洪秀全所熟悉的《礼记·礼运》篇有五行四时十二月、五色六章十二衣之句。所谓五行，即金木水火土；所谓四时，即春夏秋冬；所谓五色，即青红黄白黑。青红黄白黑，自古以来就被认为是五种正色，并被认为与五方相应。太平天国以天下一统为目标，"天下"在他们的观念中就是东南西北中、前后左右中、青红黄白黑这些序列的总和。他们分封前后左右中五军主将，分封东西南北翼五王，分青红黄白黑五旗，都是他们包举囊括天下的象征。在他们的意识中，天下军民的归属，不可能越出东南西北中、前后左右中、青红黄白黑这些序列的范围。太平天国初起时，分设前后左右中五军，可能系直接与"旗分五色"对应。（①参见本书《〈太平军目〉和太平天国军制》一文。）后来，军队日益扩充，前后左右中各军分别扩编为若干军，如左一军、左二军、右一军、右四军等等。但从"旗分五色"的原则来看，无论扩编为多少军，它们都应按照某种序列（如按照前后左右中的序列），分属于相应的旗。这就是说，按照《太平军目》关于"旗分五色"的规定，太平天国的所有军队，至少在理论上都应归属于青红黄白黑五色旗中相应的旗。
《天朝田亩制度》的社会组织方法是与军队相同的，所有人民也都按照军师旅卒两伍的体制加以编组。《天朝田亩制度》没有提到"旗分五色"，很可能，它的作者已把"旗分五色"作为不言自明的前提，认为所有按照军师旅卒两伍编组起来的人民自然要分属于五旗中的某一旗，因而不加说明地写下了"为某旗"的词句。
这样，《天朝田亩制度》中的这句话，我们似乎可以这样理解：各军逐级保举上来的伍卒即普通人民，由天王调选他们去某旗即青红黄白黑五旗中的某一旗去当师帅、旅帅、卒长、两司马或伍长。
太平天国文献提到"旗"的，还有《行军总要》。《行军总要》关于点兵号令的规定有这样的话：
凡点营盘之兵，总要令其除看守大炮并守营盘之兵，或一二旗，或三四旗，足守方可点来。然各军首领官某营盘要多少人守营守炮，仍有几旗兵可以听令，务必预先禀明（佐将）。
《行军总要》关于行军号令的规定还说：
行军须分为前中后三队。如出师之时，先要派定某官统带某军为前队先锋，某官统带某军为后队押后，自为佐将者统带某军居中队，其余老弱被伤能人，各后军分，一旗还一旗，陆续行走。……（如后队遇敌），前队中队官兵……各各速即扎定，各执军装，一旗还一旗，听后队诛妖如何情景。（①《太平天国》，第2册，417、425页。）
这里的"旗"，显然是军队中的一个单位。它与《天朝田亩制度》中"为某旗"之"旗"是否意思相同呢？似乎不同。
《天朝田亩制度》中"为某旗"之"旗"，上文解释，是与"旗分五色"相联系的。与"旗分五色"相联系的"旗"，其数量单位不能超过五，至多只能有五种旗。当五旗与五军相应时，旗就等于军，军队扩充了，每一种旗就应代表"一路军"，如黄旗代表中一军至中三军，红旗代表前一军至前四军等等。固然，在同一种旗色之下，军是这种旗色，旅也是这种旗色，旗色相同而单位的大小可以不同，但《天朝田亩制度》中"为某旗"之"旗"，所代表的必应是军或"一路军"，因为被保举者所授之官有师帅。而《行军总要》所说的"旗"，其数量词显然可以超过五，而且不可能指"军"这样的大单位。《行军总要》规定某营盘要多少人守营守炮，几旗人可以听令出战，由"各军首领官"安排禀明佐将，它所说的"旗"自然是在军之下。一名佐将带领的队伍可以有若干军、若干师，但不管有多少军、师，如按旗色划分，他至多只能带五种旗色的队伍。上述《行军总要》所说的"旗"，如果是"旗分五色"之"旗"，佐将至多只有五旗人；然而，当佐将点兵杀敌时，留守营盘大炮的兵就要一、二旗，三、四旗，可见他所带的兵是远远超过三四旗的。
太平天国军制中没有"旗"这一级，《行军总要》所说的"旗"是指什么呢？
清朝方面在太平军初起时曾报道说：
节据禀报犯供，（太平军）二十五人为一旗，共二百八十五旗，亦有供称三百旗，并有供称一千营者。（《李文恭公奏议》卷二十一，《会奏查复现在贼首股数并请调云贵官兵折》。）
根据太平天国的文献、制度，二十五人为一"两"，并不称为一"旗"。但太平天国各级将领职官之有旗帜，自"两"的长官两司马始。因此，"旗"可能是"两"这一级军事单位的别称、俗称。上述《行军总要》中的"几旗兵"等句，或即是"几两兵"的意思。（《行军总要》还有这样的话，在筑营立寨时，佐将应将"某旗兵筑几阔几派明确。这里的"某旗兵"，可以解释为"一旗兵"、"三旗兵"即"一两兵"、"三这样，"某"是一、二、三、四的代称；但在这里，"某旗兵"解释为"红旗兵"、兵"……也似乎可通。这样，"某"就是青、红、黄、白、黑的代称。）
这样看来，我们似乎可以初步认为，根据《太平军目》、《天朝田亩制度》、《行军总要》，在太平天国的观念中，"旗"是社会和军队的单位。它有两种含义，一与"旗分五色"相联系，即是以旗色统属人群的序列；一是指"两"这样的具体军事单位。
"旗分五色"的制度并没有在太平天国地区的人民中间实施。从有关设立军帅、师帅等各级乡官的资料中，见不到分立五旗的记载。（《金陵癸甲纪事略》记天京初期情况说："次日传伪令，凡姐妹俱要赴小道理……至则分四色旗，令有夫与子在城内者，立黄旗下。其夫与子打先锋远出红旗下。孀妇处女立白旗下。其夫与子变妖逃走者，立黑旗下。……各照所立旗
册。"（《太平天国》，第4册，664页）这只是临时的分类编组，与本文所讨论的问同。）在军队中，这一制度虽不是毫无踪影，但也晦而不明。然而，这些实际情况至少并不能否定太平天国有以旗色统属人民和军队的观念。他们存在这种观念，《太平军目》、《天朝田亩制度》、《行军总要》就是证明。
以旗色统属人群和以"旗"为一种单位，在当时是普遍的，太平天国创始人有这样的观念是不奇怪的。
清朝初制就以"旗"为组织社会和军队的单位。清太祖努尔哈赤先设黄红蓝白四旗，后增镶黄、镶红、镶蓝、镶白四旗，共设八旗，以统辖所有的满、蒙古、汉军之众。建立清朝后，汉人虽不编入旗，但八旗、绿旗的存在是众所熟知的。
清前期兴起的天地会也有自己的旗色制度。根据天地会传说历史，它的五房兄弟在被迫分散时，立有五色旗号，以黄红赤白青五色旗分别代表五房，以作为日后记认的凭证。五色旗意味着天地会全体。太平天国时期清朝官员所访闻的情况和所得到的图，也都说明了这一点。
太平天国时期的广东天地会还以"旗"作为起义军的基层单位。起义军各部都有很多"旗"，各旗以数目编号，每旗二十一人，设旗头，其上又有大旗头、总旗头。（佐佐木正哉编的《清末秘密结社资料》中有一些广东天地会起义军战士的供词，都称同旗有二十一人，可见其人数是明确固定的。）
太平天国时期的捻军也旗分五色，以黄白红蓝黑五色旗帜来编组、区分各路起义军。其基层称为小旗。在五色总旗之下或之外，还有各种镶边旗或杂色杂花旗。
在太平天国的敌人湘军中，"旗"也是一种编制单位。在《湘军志》、《湘军记》中，湘军的编制分营、哨、队各级。但实际上，王#、刘长佑、张运兰、蒋益澧等人所部，都有旗的编制，其规模约相当于营。"旗"以前后左右或一二三四为序列，但也有以五色为序列并有新老之分，如老青旗、新红旗等。
在太平天国时期，"旗"之作为一种军队单位，其规模大小、人数多少是无定的。广东天地会以二十一人为一旗，与之对立的乡绅武装大致也是以数十人为一旗。（赵沅英《红兵纪事》记新会三江乡地主乡绅商议各乡互救办法，称大乡出十余旗，小乡出数旗，每旗救兵至，酬谢酒一石，肉十斤。参见《近代史资料》，1955（3）。）捻军的旗，无论总旗、小旗，人数都无定。湘军的旗为三百人。苗沛霖诱骗陈玉成，声称可以出兵四旗，每旗三十万人，帮助攻打开封。（参见《被掳纪略》，见《太平天国资料》，210页。这个故事未必完全真确，但这里只是考察当时人对"旗"的观念。）胡林翼报道太平天国丙辰六年（1856）武昌的战斗，称太平军出兵东门和小龟山各十余旗。（参见《胡林翼全集·奏议》卷七，《陈奏官军连日获胜情形疏》。）他所说的"旗"或者意为"队"，十余旗即为十余队；或者就是指旗帜，十余旗就是指有十几面旗帜的一支队伍。如属后者，胡林翼所说的十余旗太平军的"旗"，其所指正与《行军总要》中所说的"几旗兵"的"旗"相同。
从以上的简略叙述中可以看出，在当时，以旗色区分队伍，以旗作为规模大小不等的军队单位的名称，是非常普遍的。（稍早于太平天国的川楚白莲教起义，不是以五色旗而是以五色编组区分队王聪儿、姚之富等为黄号，高均德等为白号……其色号，或称有黄青白蓝绿，或称红蓝，或称有黄蓝白黑。咸同间贵州反清起义，也有红白黄青等各号。）
太平天国关于社会制度的设想多有仿古的成分，例如以军师旅卒两伍编组人民和军队就来自《周礼》。但无论怎样拟古，当时社会中普遍存在的习惯做法，对他们不会不产生影响。《太平军目》、《天朝田亩制度》、《行军总要》等关于旗色和旗的提法，表明了这种影响。他们采用了古老的"两"作为军队的一级单位，同时又接受了当时流行的"旗"的名称。后来，原来作为别称使用的"旗"，在石达开的队伍中又成了正式的建制、正式的名称。石达开1859年进入湖南时，部队建制就以"旗"作为约略相当于军的单位，每旗一万人，其部众或说有十旗，或说有六旗；后来，又军、旗并存，有中旗、后旗、中一旗等番号。这似乎表明了当时的社会惯例的影响已在扩大。
二、旗色的运用
洪秀全在永安分封五王的诏旨说：
今特诏封左辅正军师为东王，管治东方各国；褒封右弼又正军师为西王，管治西方各国；褒封前导副军师为南王，管治南方各国；褒封后护又副军师为北王，管治北方各国；又褒封达胞为翼王，羽翼天朝。
根据《贼情汇纂》所绘的旗图和其他记载，东王的旗帜是黄心绿边，西王的黄心白边，南王的黄心红边，北王的黄心黑边，翼王的黄心蓝边。
关于这些旗帜的边色，《贼情汇纂》说："用五色镶边，以分别东西南北。"（《太平天国》，第3册，179页。）《金陵杂记》更具体解释说：
缘杨逆统下诸人，本系黄背心绿边，旗帜亦然。以为伪东王东方属木青色，故皆用绿边也。……韦逆系伪北王……旗帜数十对皆黄心黑边，听使诸人皆黄背心黑边，以为北方属水，从这一解释可知，太平天国将代表东方的青色分为绿蓝二色，它们是东王、左军主将翼王的旗色。青白红黑是东西南北四王的旗色。由此推断，黄色应代表位于中央的天朝。《贼情汇纂》遍绘自东王至两司马的旗帜，唯独没有天王的旗帜。但洪秀全应是有旗帜的。《金陵杂记》说，"洪逆之旗约长方一丈内外"（ 《太平天国》，第4册，638、617页。）。从天王统下的号衣为全黄无边而诸王统下的号衣皆镶各色边的事例来看，洪秀全的旗色当是纯黄。
东西南北四王的旗帜不是青白红黑四色旗，而是以黄心镶各色边以示意，这可能是因为，他们认为四王只是管治四方，其本身仍居中央天朝。虽然如此，五色代表五方的意义是明白的。太平天国的号令旗有明确的制度，即以五色旗帜表示五方，以作为调兵遣将、传达命令的工具。《行军总要》规定：
凡镇守城池及营盘，四方派有兵士筑营镇守，必要立五色大旗按五方分立，俾知杀妖往向：东方用大青旗为号，五色小旗五条；西方用大白旗为号，五色小旗五条；南方用大红旗为号，五色小旗五条；北方用大乌旗为号，五色小旗五条；中央则五色大旗俱齐，五色小三角旗亦齐。五方俱听中央号令，各方所设小三角旗以为杀妖点兵所用。
其调兵办法是，如东方有敌兵来，即由东方营盘摆动大青旗，并擂鼓角，传至中央，中央即挂起大青旗，使西南北三方都知道东方有敌情；如需调西方之兵去东方助战，即在大青旗之上加挂一条三角小白旗，如需调南方之兵，则加挂小红旗。以此类推。（参见《太平天国》，第2册，420～421页。又《贼情汇纂》卷八《伪律禁诸》并有以红旗、黑旗分别表示水路来犯之敌或旱路来犯之敌的规定，见《太平天国》，第3册，229页。）
这种以不同旗色代表东南西北中五个方位以调兵遣将的办法，在天京始终实行。在前期，"贼于城中设望楼甚多……各楼遍贴伪示云，如遇东方兵来，则于楼上麾青旗，南方兵来麾红旗，西方兵来麾白旗，北方兵来麾乌旗，即黑旗；如须城内之兵出城帮同拒敌则麾黄旗。"（《金陵杂记》，见《太平天国》，第4册，631页。又《金陵省难记略》、《记》所记略同。）在后期，"王师（清军）既复雨花台后，时有兵勇出队。如兵薄东城，城中谯楼上举青旗；薄南门，举红旗；薄西门，举白旗；薄北门，举黑旗。大吹鼓角，促各馆牌面上城"（ 《金陵纪事诗》注，见《太平天国史料丛编简辑》，第6册，404页。）。五色旗帜除了表示东南西北中以外，还用来表示前后左右中。《行军总要》关于水路号令的规定说：凡船只开行水面，必须号令分明，方能易于认识。如佐将统领各军兵船，皆当均匀分为三队行走，佐将船居中，即以自己大旗悬挂桅上为号；前队兵船桅上均挂三角红旗为号，中队兵船桅上均挂三角黄旗为号，后队兵船桅上均挂三角乌旗为号。无论何军何船，归入前队则用红旗，归入中队则用黄旗，归入后队则用乌旗。（《太平天国》，第2册，418页。）
根据这一规定以红旗代表前队、黄旗代表中队、黑旗代表后队的序列，青、白旗应代表左、右。这样的旗色序列如与杨、萧、冯、韦的旗色对照，与他们作为左辅右弼前导后护四军师的方位一致，但与他们作为中前后右四军主将的方位不一致。
太平天国的旗帜除了用以代表方位因而有各色旗帜外，仪卫旗也有多色旗帜。太平天国高级官员出行都有盛大仪仗，其中旗帜很多。《贼情汇纂》记杨秀清仪仗中的旗帜有：绿边黄心绣龙长方旗二十对，同上色绣正方旗二十对，同上色绣蜈蚣旗二十对，又参护背令旗、骑对马约数十对。（参见《太平天国》，第3册，179页。）从这里看，仪卫旗的旗色是与职衔旗一致的。《金陵省难纪略》说："东贼出门旗帜无数，北贼黑镶边蜈蚣旗八，翼贼绿镶蜈蚣旗八，伪丞相伪检点伪国宗俱银红镶蜈蚣旗四。"（《太平天国》，第4册，715页。）所记虽较简略，也说明仪卫旗与职衔旗旗色一致。