华盛顿返回纽约不久，华盛顿的前任副官、著名画家约翰·特朗布尔从欧洲返回了美国。他在欧洲的主要工作就是为美国独立战争的历史书画插图，他用自己的画笔描绘了美国独立战争的一幅幅生动的画面。杰弗逊在巴黎的府邸，经常有一些法国军官出入。这些法国军官成了法国革命的主要煽动者，特朗布尔也经常去杰弗逊的府上做客，这样他便有机会结识这些法国军官，并用自己的画笔记下了他们的众生相。特朗布尔替拉斐特捎了一个口信给华盛顿。拉斐特侯爵希望华盛顿尽快了解发生在法国的事情，以及他自己所从事的革命事业进展的情况。根据拉斐特侯爵的叙述，罗什富考尔公爵、孔多塞侯爵、拉斐特本人及其他一些领袖人物的目标是制定一部与英国相似的宪法。然而拉斐特仍然想要保留王权，把国王作为宪法中的主体部分，但同时对他的权力进行适当限制。法国的贵族已经所剩不多，侯爵希望国王通过加封新贵族的方式把权力抢回来。法国国王是一个慈祥善良的人，他十分赞同侯爵的观点。侯爵不希望废除王权，而是希望能够建立一个同英国类似的君主立宪政体。由100名法国贵族组成上院，他们希望法国的三级立法机构代表能够同意，但是侯爵的建议遭到了拒绝。奥尔良公爵极力地反对拉斐特侯爵的建议，他用自己的钱收买了许多能人志士，这些人肯为他卖命，四处搞游行示威活动，企图置法国国王于死地，然后由奥尔良公爵取而代之。在巴黎，到处都有一些自称为“优秀爱国党人”的暴动分子，他们煽动工人罢工、利用农民不满的情绪来闹事，他们打着“自由、民主、平等”的旗号，表面上是为了人民大众的利益，实质上是为了趁混乱捞点好处。他们的行为实质上是反国家、反人民的，必将把法国推向万劫不复的深渊。没过多久，国民公会就把大选会场从凡尔赛搬到了巴黎。布列塔俱乐部也随之转移到雅各宾修道院，不久就成立了众人皆知的雅各宾俱乐部。拉斐特侯爵并不赞同这个俱乐部的成立，认为它会给公众带来极坏的影响力。
杰弗逊此时已经抵达了诺福克，华盛顿派人送了一封信给他，告诉了他希望他出任国务卿的意愿。杰弗逊对华盛顿的提名感到万分荣幸，但是他同时表示对自己目前的职位更加的满意。随后他又说道，由于这个职位至关重要，为了公众的利益，他愿意出任该职位。华盛顿在信中对杰弗逊的能力进行了充分的肯定，并认为国务卿一职非他莫属。杰弗逊接受了华盛顿的任命，并打算于3月份返回美国。
1790年1月4日，国会再次举行，但是国会两院的人数直到8日才超过半数。华盛顿亲自主持了开幕式，并发表了热情洋溢的演讲。在演讲中，华盛顿提出了国会需要讨论的重要议题，包括加强国防预算、促进外交、压缩驻外机构开支、外国侨民归化法、美国货币和度量衡统一法、促进商业化和农业化问题、注意发展邮政事业和邮路问题、促进科学和文学事业发展以及支持政府信用的措施等问题。新政府的成立令所有的政党都感到欢欣鼓舞，但是政府的办事效率还远远不能令人满意，这正是华盛顿所担忧的问题。为了恢复国家的信誉，不仅要解决财政问题，还要注意提高政府职员的公信力。为了偿还国债，13个州可以出钱，但是也可以不出。各州目前所拥有的权力远远在国会之上。联邦政府不是凌驾于各州政府，而是屈居下位，一切事务都要仰仗各州政府的支持才行。独立战争结束之后，美国的内债已经高达4200万美元，加上外债，共达5400万美元。这些债务中，外债高达1450万美元，其中拖欠法国800万美元，荷兰400万美元，以及西班牙250万美元。由于国家长期欠公债不还，公债的公信力已经下降到最低点，实际价格还不足票面价格的六分之一。除了联邦政府欠下的外债之外，各州也为了政府欠了债，累计高达2500万美元，其中马萨诸塞州和南卡罗莱纳州各欠500多万美元，弗吉尼亚州欠350多万美元。
目前联邦政府迫切需要制定出一个行之有效的方案来解决这些国债问题，这项艰巨的任务自然落在了新任财政部长汉密尔顿的身上。汉密尔顿认为许多国债的持有者并不是原始的股民，而是在国债贬值的时候低价购进企图发战争横财的一部分人。所以他认为当务之急是国债的持有者应当主动免除债务的利息。汉密尔顿将自己的建议以报告的形式上报给国会，然而却遭到了强烈反对。不过通过投票选举，国会最终以31：26的比例通过了他的方案。
3月21日，杰弗逊前去纽约出任国务卿。杰弗逊非常讨厌君主制，更加讨厌宫廷式的繁文缛节。他听说华盛顿的总统府经常召开奢侈的舞会，华盛顿夫人也经常以女皇自居，这让他对华盛顿总统内心产生了强烈的不满情绪。他曾经对麦迪逊说道：“华盛顿的名声迟早会毁在他身边的那些阿谀奉承的人手里。”由于有了这些先入为主的思想，杰弗逊到达纽约之后，几乎是戴着有色眼镜来看待周围的一切的。他发现虽然合众国的新政府已经成立，但是当地的君主主义的传统依然存在。在他接待的众多的客人当中，也很少有人为共和制仗义执言，即使那些支持新政府的共和党人，常常挂在他们嘴边上的话就是：“宪法是一个很好的开端，但它不过是国家走向另一个体制的跳板而已。”虽然杰弗逊未免有些言过其实，但是当时集合在纽约的是来自全国各地的各色人等。法国大革命使得政府的体制成为国会讨论的主要话题，同时也引发了许多代表之间的争执和矛盾。迄今为止，世界上还没有任何一个国家能够成为美国效仿的榜样，即使是世界上公认的最完美体制的英国，国情同美国大相径庭，他们的体制也无法成为美国将来要发展的目标。美国人民现在要思考的最重要的问题就是，如何让他们的民族长期、平等、和谐地生存下去，这个问题能否解决，主要不是看经验，而是要看事实。但是没有哪个国家真正的有这样的经历，美国只能靠自己的理解一步一步地向前摸索。在美国政体的问题上，汉密尔顿同杰弗逊产生了极大的分歧，他们甚至形成了敌对的两大阵营，在诸多的政治问题上展开了激烈的论战。杰弗逊将汉密尔顿与其他狂热的联邦党人与保皇党等量齐观，并与麦迪逊创立民主共和党，并成为党内领袖。
1790年3月29日，国会重新召开会议讨论联邦政府代各州偿还债务的问题。北卡罗莱纳的5名代表强烈反对这个议案，与会的其他代表也在讨论中夹杂了许多感情的因素，这使得整个讨论显得非常混乱，有失国会的尊严。华盛顿看着眼前的这一切，不由得忧心忡忡。经过了几个月的激烈讨论，国会最终同意由联邦政府代各州偿还债务，不过国会此时批准的法案和汉密尔顿先前提出的法案有所不同，议会中明确规定代为偿还的债务为2150万美元。修改法案于1790年7月22日通过，赞成票和反对票还是2票之差。7月24日，众议院以34：28的票数再次通过该法案。华盛顿对这个结果比较满意，他觉得经过议员的努力，国家终于避免了一次大的动荡。由于各州从自己的利益出发，政府所在地的问题迟迟不能得到解决。无奈之下，大家只好采取折衷的办法，规定在今后十年里，国会继续留在费城；在这十年里，国家出资兴建政府办公大楼，十年以后，政府永久移驻此地。政府在弗吉尼亚和马里兰州的交界处选择一个十英里的地区修建政府所在地，并将此地命名为哥伦比亚特区。
杰弗逊在同华盛顿的一次交谈中提到了总统府铺张浪费的欢迎仪式，并向华盛顿求证这件事情是否属实。华盛顿说他本人也不喜欢这些宫廷式的繁文缛节，并规定在总统府内提倡勤俭节约的作风。杰弗逊听后十分满意，感觉华盛顿并不像传言中所说的那样是一个崇尚奢侈浮华生活的人。其实不要说总统府如何，当时的一些地方性政府追求浮华生活已经成为一种时尚。纽约州以及弗吉尼亚州等地方的一些有钱的种植园主和金融家，经常在家里举行各式宴会，每场宴会都耗资巨大。相比这些人的生活方式，华盛顿总统府的生活已经非常节俭了。他每周二的下午三四点钟左右开始接待客人，没有隆重的迎接仪式，也没有豪华的酒会，客人们在会谈结束之后由门童引导去住所。华盛顿夫人每周五举行的接待宴会也严格按照预算的标准去安排。杰弗逊亲自参加华盛顿夫人的接待宴会之后，才发现自己以前的确是误会华盛顿了。这些误会消除之后，两人之间的关系也显得融洽了许多。
在华盛顿早期执政的时候，他的心经常牵挂着法国的局势，尤其牵挂他的老朋友拉斐特在法国的情况。此时拉斐特侯爵已经成为法国大革命的领袖人物，虽然对国家来说是福祉，但是对于他本人来说，他无疑使自己陷入了一个极其危险的境地。在这样一个攸关国家生死存亡的时刻，他面临着重重的苦难，为了寻找救国的方案，他殚精竭虑、废寝忘食地工作着。拉斐特对自己追求的革命事业充满了希望，然而莫里斯却对法国的前途持怀疑的态度。拉斐特在11月份的时候写信征求他的意见的时候，他就直言不讳地说出了自己的观点。他认为如果法国国王同意新宪法，那么拉斐特目前的境遇就显得十分微妙，他所担任的革命指挥官的职务就显得名存实亡了。他在回信中直截了当表达了对拉斐特政治前途的担忧之情。
1790年1月22日，莫里斯写信给华盛顿说，拉斐特已经被战争的热情冲昏了头脑，正准备取代联省行政长官指挥佛兰德地区的部队。他目前的处境已经十分危险，只是他自己还没有意识到这一点罢了。虽然拉斐特已经对新宪法做出了让步，但是他衷心拥护的许多政策都是十分不明智的。由于对法国目前国内的局势不太了解，他在给侯爵的信中没有明确地给出他的想法和意见。事实上，法国大革命的浪潮确实来势凶猛，它打乱了华盛顿原先的构想，使他对法国的未来感到十分迷茫。为了安慰侯爵，他在信中写道：“尽管有许多事情都是不确定的，但是有一件事情是确定无疑的，那就是我和你是永远的老朋友，会一直关注着你，关心着你，鼓励着你。再没有谁比我更关心法国大革命的结果，比我更希望法国有一个光明的未来。”3月中旬的时候，侯爵写信告诉了华盛顿最近两个月的情况。法国大革命推动了法兰西民族向前行进，但是很多刚刚得到自由的人民却把自由和任意妄为混为一谈。国民公会急于制定新宪法，然而贵族们却极力支持旧政权。随着革命的进一步推进，王公贵族手上所剩的权力越来越少，旧的制度被摧毁，新的宪法还不完善，这就给了许多小人恶意毁谤的机会。不仅如此，国内目前有两大敌对势力活动十分猖獗，一个是反动的贵族阶层，一个是企图扫清一切的无政府主义者。但是侯爵对法国大革命充满了信心，他坚信法国一定会迎来自由、民主、平等的未来。
建国初期，边境依然不安宁。特别是俄亥俄州的西北部地区的印第安人经常入侵居民区，残忍地杀戮抢掠白人。华盛顿不止一次地同这些印第安部落进行交涉，同他们缔结了和平条约，然而这些野蛮人往往是不讲信誉的，他们刚刚签订完合约，转身就又去胡作非为。当然也不能将责任全部怪罪到那些印第安人身上，该地区的一些土地投机者肆意违反这些条约，加上一些不怀好意的外国商贩从中挑拨离间，这使得白人同印第安人之间的矛盾非但没有得到妥善的解决，反倒升级到白热化的程度。居住在迈阿密的印第安人，大多配有枪支弹药等武器，这些武器主要是从滞留在美国境内的英国军队那里购买的。华盛顿原本不打算用武力来解决印第安部落的问题，但是在多轮和谈无果的情况下，他不得不将其诉诸武力。他向国会提出了该议案，不久，一支民兵团在哈默尔将军的带领下从华盛顿堡出发，向迈阿密进军。经过了17天的长途跋涉，部队终于抵达了目的地。印第安人没有等到正式开战，就放火烧了附近的村庄，随后便逃向树林里。看到这些被野蛮人烧毁了的大量的物资储备，哈默尔将军不禁火冒三丈。他命令一支侦察分队四处搜寻印第安人的下落，经过严格的侦察，终于发现了那些印第安人的部落所在地。于是，他命令哈丁上校率领肯塔基的民兵连沿着印第安人留下的踪迹前去围剿他们的部落，阿姆斯特朗上校率领民兵团负责垫后。先遣部队出发没多久，就遭到了伏击。原来，那些踪迹是印第安人故意留下的，目的就是为了引他们进包围圈。指挥这帮印第安人的首领是一个名叫“小海龟”的土著领袖，此人作战勇猛，而且诡计多端。遭到伏击的民兵团仓皇而逃，印第安人取得了首场胜利。在躲避追捕的过程中，阿姆斯特朗跳入了一个沼泽地，并在淹没脖子的沼泽地里躲藏了数个小时之后才得以脱身。10月21日，哈默尔将军同“小海龟”再次展开了战斗。这次战斗中，双方损失都很严重。此次围剿印第安部落的计划没有成功，哈默尔将军只好率领部队返回了华盛顿堡。此时华盛顿正在弗农山庄养病，关于前线的战事他一无所知。他焦急地等待着前线的战报，然而一直等到11月底，他才收到哈默尔将军无功而返的消息。华盛顿对此感到十分生气，认为哈默尔将军兵败是整个部队的耻辱。