华盛顿开始着手档案文件的整理工作，然而这项工作没有开始多久，他便感染了炭疽热，短短几天之内，皮肤就出现了严重溃烂的情况。华盛顿的健康问题受到了全国人民的极大关注，而他自己却对此不以为然。他的主治医生塞缪尔·巴德，纽约的一名非常有名的内科医师，对他进行了精心的治疗。他的病情变得越来越重，虽然有不间断的治疗，但是恢复得非常慢。连续6周，睡觉的时候他都不得不保持侧卧的姿势。这个时候，深受病痛困扰的他，又得知了经他提名的本杰明·菲什伯恩落选参议员的消息。他在推选人才的时候，总是会对被选人进行严格的考察，就连自己的一些好朋友，他也会一丝不苟地遵循遴选人才的原则和程序，避免出于个人的情感而导致用人不当的问题。然而参议院在没有给出任何具体的理由的情况下就否决了他对菲什伯恩的提名，这使他受到了莫大的伤害。无奈之下，他只能默默地接受这个结果，他又提交了另外一个候选人的名单，与此同时，他给参议院写了一封信，指责他们否决菲什伯恩上校的轻率的决定。菲什伯恩上校是一名真正的军官和绅士，曾在斯托尼堡战役中立下赫赫战功，多次被推选为乔治亚议会议员以及国家军事委员会委员，在华盛顿看来，正是由于菲什伯恩上校享有人们对他的充分信任，所以他有资格成为参议院的议员。参议院最终还是没有给出一个具体的说法来说明否决菲什伯恩的原因，但是他们也感觉到了华盛顿的不满，因此第二个被提名的候选人马上就通过了参议院的投票表决。
正当华盛顿的身体正在逐渐康复的时候，家乡传来了母亲病危的消息。华盛顿的母亲当时已经是82岁的高龄，她的身体一直不好，已经卧病在床多年。8月2日，玛丽·华盛顿夫人病逝于弗雷德里克斯堡，闻此噩耗，华盛顿悲痛万分。在华盛顿的一生当中，母亲是对他影响最深远的人之一。华盛顿的母亲一生崇尚简朴，即使家里经济实力雄厚，她依然过着普通人的生活。她是一个谦虚低调的人，华盛顿当上总统之后，她内心充满了喜悦，对自己的儿子感到骄傲，但是她从来不会在外人面前炫耀，也从不利用儿子的名声和权势来谋取私利。她坚毅的品行对幼年的华盛顿产生了深远的影响，华盛顿成年之后，每每遇到困难打算放弃的时候，母亲的形象总是会出现在他的脑海里，他从母亲那里获得了巨大的勇气和信心。
迄今为止，第一届政府依然没有正式成立，各部门的职员仍然由以前的职员担任。直到9月10日，国会才正式成立，外交部、财政部、国防部等政府官员也在那天宣布就职。在众多的职位当中，财政部长的职位尤其显得重要，因为美国当时正处在经济困难的时期。在没有财政来源的条件下，美国还不得不借外债来偿还以前债务的利息。为了清偿贷款，挽救国家信誉，华盛顿准备竭尽所能加快经济建设，目前他迫切地需要任命一名得力的人来担任财政部长一职。这个人必须对美国的国情非常了解，同时也要同他有默契才行。经过反复考虑，华盛顿觉得亚历山大·汉密尔顿最适合担任财政部长。华盛顿向国会提名汉密尔顿为财政部长，有了前几次的教训，国会在收到提名的当天就给予了批准。汉密尔顿上任后不久，参议院就通过了一项决议，根据此项决议，政府要备足粮款，用以支持国家的信用贷款。财政部长任命完毕之后，华盛顿目前考虑的是司法部门的人事安排。9月27日，华盛顿给弗吉尼亚的埃德蒙·伦道夫写了一封信，想让他出任司法部长。伦道夫早年参加战争，在独立战争期间曾经做过华盛顿的副官。他在国会任职期间，积累了丰富的司法经验，1786年出任弗吉尼亚的州长，1787年作为弗吉尼亚的代表参加了修宪会议。他反对集权制，主张建立一个三权分立的政府。伦道夫年轻有为，演讲极具感染力和号召力。接到华盛顿的邀请信，他立刻答应出任该职，不过他没有立即宣布就职，而是等诺克斯、汉密尔顿等人正式任职之后才宣布就职的。联邦司法机构由一名首席大法官和5名法官组成最高法院，各州仿制建立了地方法院和巡回法庭。纽约州的约翰·杰伊被任命为首席大法官，5名法官分别是南卡罗莱纳州的约翰·拉特里奇，宾州的詹姆斯·威尔逊，马萨诸塞州的威廉·库欣，弗吉尼亚州的约翰·布莱尔和北卡罗莱纳的詹姆斯·埃尔德尔。
9月29日，国会如期举行例会，大会上讨论了许多重要的问题。本届国会比起独立战争时期的那届国会显得逊色了许多，不过出席这届国会的议员也都是冷静理智、见多识广之士。立法者和执法者之间出现了前所未有的和谐景象，大家通力合作，赢得了公众的一致赞誉。
然而外交部长一职依然空缺，此时一个人的名字出现在华盛顿的头脑里，这个人就是托马斯·杰弗逊。独立战争结束之后，托马斯·杰弗逊曾作为外交大臣被派往巴黎，在那里工作了两年多的时间。他具有强烈的民主共和思想，待人真诚友好，因此拉斐特和其他一些高级军官经常出入他的府邸。杰弗逊称赞拉斐特等人是一群“才华横溢且不受旧观念桎梏的年轻人”。这些人大多有欧洲游学的经历，他们归国之后便积极投身于祖国的革命事业中去，并形成了一个人数众多、热情激进的爱国者党派。这个党派，正如杰弗逊指出的那样：“具有强烈的革命思想，并吸引了为数众多的女性也加入了这个组织。”杰弗逊在这个组织当中享有很高的威望，爱国者不断向他寻求指导和建议，请求他为日益壮大的政治改革运动提供宝贵的意见。虽然没有亲自参加制宪会议，但是他在给华盛顿以及麦迪逊的信中提出了他的建议，这些建议都被作为重要的议题在会上做了讨论。杰弗逊的政治热情虽然使他显得有些激进，但他无疑是一个真诚的人。他于1774年写下《英属美洲民权概观》，引领维吉尼亚地方议会走向国会。这本小册子成为美国人对英国殖民者们辩驳时的有力论据，促进美国人走向独立自主，标示着杰弗逊为爱国者中思想最深刻的辩士之一。1776年9月，杰弗逊回到维吉尼亚，并获选入新成立的维吉尼亚州代表议会。杰弗逊于其任期中锐意兴革州内法制体系，以使维吉尼亚成为民主的一州。他于三年间起草126条法案，包括废除长子继承权、建立宗教自由、并使司法体系现代化。1778年，杰弗逊的“知识大幅普及散播法案”促成其母校的连串学术改革，包括美国各大学中第一个成立的选修制度。杰弗逊于1779至1781年间任维吉尼亚州州长，他不断在威廉与玛丽学院中呼吁教育改革，包括全国首创由学生自治的荣誉法则。1779年，在杰弗逊的指示下，威廉与玛丽学院委任乔治·威勒为美国各大学中首位法学教授。杰弗逊对美国的愿景为以农立国，耕者有其田，恰与约翰·亚当斯及亚历山大·汉弥尔顿为代表的联邦党看法相对立。杰弗逊受多名欧洲启蒙思想家的见解影响极深，他相信，人皆拥有“某种不可转让之权利”。也就是说，无论政府是否存在，人所拥有的不可创造、夺取或转让的基本权利永存。杰弗逊对于自由的解释最受重视，他将之定义为“正当的自由为在其他人据相同权利划定之范围内，依我等之意愿畅行无碍”。
杰弗逊认为合众国应该走向民主共和的道路，因此他反对一切形式的独裁统治。他反对总统连任制度，并在1788年5月给华盛顿的一封信中直言不讳地说出了自己的想法。他认为总统连任会导致总统终身制，这无疑是欧洲君主制的变形。杰弗逊亲历了法国政治的黑暗，因此他的内心充满了对君主制度的恐惧和失望，如果美国继续执行总统连任制度，那么在不久的将来合众国也必将走向独裁的道路。同时他也竭力反对称呼总统为“大人”，这个称呼是封建统治下的产物，不符合合众国下人人平等的原则。杰弗逊对爱国党所作出的成就非常满意，然而莫斯利州长却对此表达了与之相反的观点。1789年2月3日，受华盛顿总统的派遣，莫里斯前往法国、英国以及荷兰。他高贵的气质、敏捷的思维以及精湛的口才为他赢得了极高的声誉。1789年2月23日，莫里斯给法国驻美公使写了一封信，在信里说道：“您的国家正处在一个极其重要的转折期，结果只有两个，要么有一个根本大法，要么让意愿继续主宰法国。法国的贵族、平民都一致看好大选，认为大选能够唤醒沉睡在法兰西民族体内的巨大能量。”法国民众一致要求法国国王召开三级会议，讨论改革方案。法国国王被迫在凡尔赛召开三级会议，杰弗逊成了三级会议的常客。他同那里的政客们十分熟悉，积极地参与到每一场讨论当中去。他喜欢那里，因为那里充满了激情和革命的斗志。他同那些激进的法国爱国者领袖一样，每天口里喊的都是自由、民主和平等。对于杰弗逊的激进主义主张，莫里斯并不十分赞同。他认为国家之间存在差异性，对这种差异性视而不见是极其错误的。尽管他欣赏杰弗逊的政治热情，但是他却并不欣赏他的政治主张。1789年7月14日，巴黎人民起义，攻占了巴士底狱，法国大革命爆发。对于这场突如其来的政治风暴，华盛顿在给莫里斯的信中表达了自己的观点。他在信里说道：“法国大革命所产生的影响力是如此的深远，它激荡了法国的每个阶层。不过我担心，这场革命还没有结束，尽管已经取得了巨大的胜利，但是隐患依然存在。”对于法国大革命，汉密尔顿也表达了类似的观点。他担心法国革命者对制宪存在分歧，同时法国贵族不满足眼前的既得利益，这些矛盾如果不能解决，一旦扩大后果将不堪设想。对于法国大革命，杰弗逊同汉密尔顿表达了截然不同的观点。他们甚至对此展开了激烈的论战。
10月15日，华盛顿开始对东部各州进行巡回视察，陪同前往的还有他的秘书杰克逊上校和里尔上校。尽管他不喜欢繁文缛节，但是每当受到当地民众的热烈欢迎的时候，他的内心又充满了喜悦和感激之情。所到之处，街道两旁无不挤满了列队欢迎的民众，教堂里响起了庄严的钟声，工厂里的机器停止了转动，这一切都是为了迎接总统的到来，表达当地民众对总统的热爱之情。22日，刚刚抵达马萨诸塞州，他就接到了总督汉考克的快件，总督邀请总统去他的府邸小聚，并派出了护卫队来护送总统进波士顿城。然而一向不喜欢叨扰别人生活的华盛顿委婉地谢绝了总督的邀请，他声明在视察的途中，他不打算接受任何人的私人邀请，目的就是为了不打扰别人的私生活。他请一位在波士顿的朋友帮他安排了住处，这一切都安排妥当之后，他打算自己一个人去城里各处转转，看看这里的情况如何。总督汉考克是当地的一名富绅，同时也是一名热情好客之人，如今总统来到了他的地盘，他怎能不尽地主之谊呢？所以尽管华盛顿谢绝了他的邀请，他还是执意邀请华盛顿到他的府上做客。波士顿的地方官也同总督一样，早就做好了迎接华盛顿的准备，他们想方设法弄清了华盛顿的日程安排，争先恐后地跑到剑桥去迎接华盛顿。这样一来，就出现了一幕“抢夺总统”的滑稽场面。在总督并不知情的情况下，布鲁克斯将军以及塞缪尔·亚当斯将军分别带了一支护卫队赶到了剑桥，于是，在两支护卫队的簇拥下，华盛顿一行浩浩荡荡地进了城。当他们走到市政大楼前面的时候，列队停了下来。接下来在市政大楼门口等候的仪仗队开始奏响了军乐以示对总统的欢迎。由于等候的时间太久，华盛顿有些不耐烦起来。他悄悄地问杰克逊上校前面发生了什么事情，杰克逊上校说市政官员同执行委员会官员发生了争执，两个单位都要争抢着迎接华盛顿，正在进行辩论呢。等了半个多小时，论战终于结束了，市政官员赢得了迎接华盛顿的权力。军乐再次奏响，街道两旁站满了老百姓，他们是来自各个行业的代表，手执鲜花和海报热烈地欢迎总统的到来。华盛顿骑在一匹高头大马上，穿着虽然陈旧但是笔挺的制服，脱下帽子不断地朝群众挥舞着，他面带微笑，给人一种慈祥亲近的感觉。仪式结束后，华盛顿又在市政官员的簇拥下来到了给他安排的住所。在波士顿待了几天之后，他便匆忙启程了。他的东部视察的最后一站是朴茨茅斯，随后便转道哈特福德，最后在11月14号返回了纽约。