11月6日，英国政府下令扣留殖民地内所有的法国商船，并将商船上的货物没收，一些美国商船因此也受到了牵连，这更加引起了美国人民对英国政府的憎恨。英国政府甚至下达了禁运令，一个月之内禁止任何欧洲商船进出美国港口。1794年3月，国会决定扣下所欠英国的债务，赔偿损害美国商船所造成的损失。国会决定停止同英国之间的谈判，直到英国方面答应提出赔偿以及归还西部的军事据点。随着美国人民反英情绪的进一步高涨，亲法派在美国逐渐占了上风。许多人认为，既然英国无视美国的中立政策，美国继续同英国来往就未免显得太没志气了。为了表示自己反英的决心，他们甚至鼓动亲英派放弃自己原先的信仰，加入亲法的行列。在这个关键的时刻，华盛顿收到了美国驻英公使的信函，大使在信中告知了英国已经撤销了之前的禁令，释放扣押的美国商船。与此同时，英国政府发表公开声明，承认自己在对待美国商船方面的行为有些过激，损害了美国人民的利益和感情，特此向美国人民致以最诚恳的歉意。英国政府的公开道歉对安抚亲英亲法两派的情绪都起到了一定的作用。联邦人认为这是两国达成谅解的好机会，因此反对继续对英国采取强硬措施；反联邦党人也不再像以前那么激进，他们同意先观望局势的发展，然后再做决定。就连亲法的杰弗逊，也不太赞成美国参战，他希望能够通过和平的方式解决这些问题。然而美国人民的战争的激情已经被点燃，这时让他们放弃参战的念头已经不太可能。法国人在东部各州进行各种形式的宣传活动，进一步煽动美国人民参加战争。他们将那些临场退缩的人称作懦夫，好战的美国人经不起撺掇，纷纷表示不会放弃战斗的机会。然而一向睿智冷静的华盛顿是不会轻易被敌人的辱骂所影响的，他已经下定决心坚持中立的政策，无论在什么样的情况下都不改变。
法国政府将热内召回巴黎之后，作为一种互惠的条件，法国要求美国以莫里斯行事的方式太过于贵族化为由将其召回费城。在正式下达任免书之前，华盛顿给莫里斯寄了一封信告知了这个消息。他对莫里斯的工作给予了肯定，并向他传达了好朋友的祝福。任命书下达之后，莫里斯在法国的职务就由詹姆斯·门罗来担任。詹姆斯·门罗在巴黎受到了热烈的欢迎，由于罗伯斯庇尔被处死，法国的恐怖主义终于结束，美法之间的关系也随之得到了很大的改善。然而令华盛顿感到不悦的是，他的威信受到了史无前例的挑战，每当他提出一个新的议案，总是会招致强烈的反对。华盛顿的事业遭遇了低谷期，他感到十分孤单无助。他在给莫里斯的信中表达了自己苦闷的心情，他觉得美国人民变了，变得暴躁、多疑、不明是非。他多年来尽心尽责地为这个国家操劳着，扪心自问，他并没有做过一件对不起国家和人民的事情，他的一颗爱国之心天地可鉴，然而总是有一些反对派在暗中搞阴谋破坏，现在就连一向拥戴他的美国人民也被那些反动派给误导了，转而投向了敌人的怀抱。对于美国人民的无知和反复无常，他感到很痛心、很失望，然而事情却在往更加糟糕的方向发展。三个星期以后，宾州发生了大规模的暴乱，为了平定暴乱，国会立即通过了一条处置叛乱者的法令。然而，负责执行平定暴乱的大元帅在去往宾州的途中被武装分子劫持，并被迫宣布辞去大元帅的职务。列维尔将军的府邸也遭到了叛乱者的围攻，虽然警卫部队最终驱散了叛乱者，将军府上上下下还是受到了不小的惊吓。参加叛乱的群众越来越多，事态发展得愈加恶劣。地方大小官员都不敢干涉此事，唯恐受到牵连。叛乱者向政府提出了一系列无理的要求，遭到拒绝之后，他们居然放火焚烧了政府的办公楼。面对叛乱分子的强大攻势，连警卫部队也不得不被迫投降。大元帅设法逃出了叛乱者的魔爪，历经千辛万苦逃回了费城，将宾州叛乱的情况向华盛顿总统做了详细的汇报。华盛顿痛斥这些暴民的行为，并坚决表示要严厉打击他们的叛乱行为，如若不然，整个国家将会毁于一旦。但是如果要平息这些叛乱，至少需要7000名士兵，这支武装部队必须立刻集合起来，否则事态就会进一步恶化。8月7日，华盛顿发出公告，责令那些叛乱者立即解散，如果在9月1日前仍不解散，政府就要采取强硬措施。与此同时，华盛顿命令新泽西州、宾夕法尼亚州、马里兰州和弗吉尼亚州各派一支军队组成一支讨伐的部队。没过多久，这支讨伐的部队人数就达到了1.5万人。华盛顿在给弗吉尼亚州的州长的信中说道：“这场叛乱是民主公社早熟的产物，必将导致它的灭亡。这些民主公社都是由一些居心叵测的人创立的，他们的目的就是为了摧毁人民对政府的信任，并借机挑拨人民和政府之间的关系，让人民同政府形成对抗。这是热内在美国酿下的苦果，如果任由它开花结果，并将动摇美国共和国的基础。”华盛顿的第一次公开声明发表之后，顽固的叛乱者并没有解散，反倒聚集了更多的人参加到叛乱的行动中去。华盛顿于9月25日发表了第二次公开声明，这次他的言辞更加激烈，声明政府将要采取强力措施，讨伐那些冥顽不化的叛乱者。发表声明后不久，华盛顿便亲率部队，离开费城前往宾州西部镇压叛乱。
华盛顿刚离开费城不久，就收到了摩根将军的信。总统的公开声明激起了这位爱国将领的战斗热情。他写信告诉华盛顿总统，他已经率领一支弗吉尼亚的地方军由李将军做总指挥官，正在赶往西部协同总统平定叛乱。收到摩根将军的来信，华盛顿十分感动，他立刻回信写道：“虽然我对这次的叛乱深表遗憾，但是我很高兴能够同老战友再次并肩作战，这对我来说是无比荣幸和高兴的事情。”接着，他同将军约定在坎伯兰堡会师，部队集合完毕之后，华盛顿将率领部队先到贝德福德，然后再决定自己是留下来战斗还是回到费城参加下个月开幕的第三次国会。当时华盛顿的外甥劳伦斯·刘易斯也参加了摩根将军率领的弗吉尼亚地方军，并在军队中担任副官一职。得知劳伦斯参加志愿军的消息，华盛顿自然感到十分满意。9月10日，宾州的地方军从卡莱尔出发，在贝德福德集合完毕之后，华盛顿便动身前往威廉斯港，接着赶往坎伯兰堡。他于10月16日抵达了坎伯兰堡，此时集结在此的美国军队人数已经达到了两万人。在贝德福德，华盛顿制定了一个进攻的计划。弗吉尼亚、宾州以及马里兰的州长负责他们自己的地方军，李将军负责统领所有的部队。部署完毕之后，华盛顿便打算动身返回费城了。他临走之前，又对李将军做了必要的交代。他说道，此次平定叛乱主要有两个目的：一是将那些危害国家安全和违反国家法律的叛乱分子一网打尽，二是支持地方政府将叛乱分子绳之于法。随后，华盛顿总统便日夜兼程地赶回了费城。李将军则率领部队来到了西部边境，他们剿灭了那些叛乱分子，及时将一场即将点燃的内战之火扑灭了。叛乱平定之后，摩根将军并没有立即撤军，而是在宾州西部边境驻扎下来，准备过冬之后再撤兵。汉密尔顿也随军驻扎在宾州。华盛顿虽然人在费城，但是他无时不刻不在牵挂着前线的局势。他写信给摩根将军，表达了总统对这位老将军崇高的敬意和感激之情。
国会于11月9日开幕，华盛顿在国会发表了演讲。提到宾州西部边境发生的大规模的叛乱，华盛顿强烈谴责那些“幕后操作者”。他说道：“宾州西部发生如此规模巨大的叛乱，这对我们的国家来说是一个耻辱，因为它侵犯了国家的利益，影响了国家的安全，扰乱了人民的生活。事实证明，国家的繁荣富强建立在稳定的政治和社会环境上，稳定和谐的社会秩序是国家的民主和人民的自由的前提。他们之前策划阴谋叛乱给国家造成了巨大的损失，因此他们现在都必须臣服于国家的法律，受到严厉的制裁。正如捍卫自己的权利不受侵犯，美国人民绝对不允许有人对法律进行肆意的践踏。在这里我要对英勇的人民军队表示衷心的感谢，正是他们不畏艰难险阻，为国家清除了障碍，并为国家经济的发展奠定了稳定的基础。这无不显示我们共和政体的优越性。现在内乱已定，国家正在朝着稳定和平的方向发展。请让我们珍惜这来之不易的胜利果实，齐心协力，努力发挥我们每个人的力量，将我们的国家建设得更加繁荣富强。”华盛顿在开幕式上的一番慷慨激昂的演说，大大地打击了造反派的嚣张气焰，但同时也使他们更加憎恨政府和总统。参议院中的某些议员虽然不赞同华盛顿的说话方式，但是他们并没有反对总统的提案。为此，华盛顿的提案最终获得了通过。在反对派占上风的众议院，许多人用沉默来应付表决，以此表示自己的不满情绪。然而，经过这次的行动，那些民主社团遭到了致命的打击，立刻变得臭名昭著，没有坚持多长时间就自行解散了。韦恩将军顺利地平定了俄亥俄西部印第安人的叛乱。1794年的春天，他带领军队深入不毛之地，彻底扫荡了潜伏在该地的野蛮人的营地，歼灭了许多印第安人，从而保护了边境地区的贸易安全。该年的8月，韦恩将军又率领部队南下迈阿密，这里是西印第安人的主要聚集地。他在那里修筑了工事，并将其命名为“挑战堡”。他在迈阿密又召集了1100名志愿军，此时他的总兵力已经超过了印第安人的数量。然而，这些人数不超过2000人的印第安军队驻扎在距离30英里之外的迈阿密堡，这里曾经是英国人修筑的一个工事，他们打算在英国军队的支持下同美国军队再次展开战斗。韦恩手下的士兵一个个热血沸腾，主张立刻同印第安人开战。然而冷静的韦恩将军牢记政府的指示，命令士兵们严阵以待，没有命令不准擅自出战。他在汇报中写道：“虽然我已经做好了战斗的准备，但是我个人还是认为最好以和平的方式同那些印第安人达成和解。但是好斗的印第安人却不这么想。”20日，他命令先头部队朝迈阿密堡开进，不料在距离不到三英里的地方遭到了印第安人的伏击，为了保存实力，他急忙命令部队撤退。随后，他又率领部队同印第安人展开了激烈的交锋。双方在茂密的丛林中激战了三天三夜，印第安人最终寡不敌众，缴械投降了。