然而这时候，东南还有个台湾郑氏，未曾平定。先是鲁王入海之后，石浦守将张名振奉之居舟山。时明遗臣张煌言，也起兵浙东。一六四九年，名振和煌言合兵攻吴淞，不克。而舟山反为清兵所袭取。乃同奉鲁王赴厦门，依郑成功。名振旋死，把军事都交给张煌言。鲁王和唐王是不睦的。郑成功是感激唐王的人，所以不肯推戴鲁王，然而和张煌言很为要好。郑成功是郑芝龙的儿子。芝龙原是海盗，受招降的。当唐王时代，暗中通款于清。成功力谏，不听。清兵入闽，芝龙迎降。成功退据厦门。练海陆兵，屡攻福建，清兵入滇的时候，郑成功也大举，从崇明入长江，以图牵制。破镇江，攻南京。清廷大震。旋为清总兵梁化凤所袭破。乃收军入海。张煌言分兵从芜湖攻皖南，闻成功败，收兵从浙东出海而还。克台湾而据之。参看下篇第一章第一节。务农，练兵，定法律，建学校，筑馆以招明之遗臣。渡海附之者如织。天南片土，依然保存着汉族的衣冠。
清朝的平定南方，所靠的，实在是明朝几个降将。其中金声桓、李成栋，皆先降而复叛。孔有德封定南王。死后，国除。尚可喜封平南王，王广东。耿仲明封靖南王。死后，儿子继茂袭爵，王福建。继茂死，仍以其子精忠袭爵。吴三桂封平西王，王云南。三藩之中，三桂功最高，兵亦最强。——原来清朝也不过关东一个小部落，傥然没这班人替他效劳，要想完全吞灭中国，是做不到的。并吞中国，既然是借重这班人。到后来，自然成了“尾大不掉”之势。但是三藩之中，也只有吴三桂的兵，是真强的而且是身经百战；然而这时候，也有些暮气不振，耿、尚二藩，就更不必说了。而欲以西南一隅，摇动天下于既定之后，所以到底无成。
一六七三年。先是尚可喜因年老，把兵事都交给自己的儿子尚之信。后来就为其所制。这一年，尚可喜用谋士金光之计，上疏请归老辽东，想借此脱身。部议答应了他。吴三桂、耿精忠不自安，也上疏请“撤藩”，以觇朝意。当时朝臣都知道答应了他，一定要造反，没一个人敢做主；圣祖独断许了他。这一年十一月，三桂就举兵反。三桂初意，要想走到中原，然后突然举事的。而巡抚朱国，把他逼得很急，以致不得不发。既发之后，有人劝他：“弃了云南，率众北上。”三桂也暮气深了，不能听。叛旗既揭，贵州首先响应。明年，攻陷湖南。四川、广西和湖北的襄阳，亦均响应。清朝派守四川之兵，既然不能抵御。驻扎荆州的兵，也寸步不能进。一六七五年三月，耿精忠亦全据福建。于是三桂亲赴常、澧督战，派一支兵出江西，攻陷三十余城，以联络耿精忠，一支兵从四川出陕西。清朝的提督王辅臣，据宁夏叛应三桂。于是甘肃州县，亦多陷。声势颇振。但是三桂想自出接应王辅臣，不曾来得及。辅臣以一六七六年六月，兵败降清。而清兵反乘此攻破江西。进攻长沙为三桂所击却。耿精忠既为清兵所攻，又和郑成功的儿子郑经不睦，郑经也乘势攻击他，两面受敌，亦复降于清。一六七七年，尚之信又以苦三桂征饷，降清。于是三桂的兵势，又日蹙。乃以一六七八年八月，称帝于衡州，以图维系众心。不多时，三桂死了。诸将共立其孙世璠，居于贵阳。吴三桂手下的将士，自然不是吴世璠能驾驭的。其中又起了内讧。于是清兵从湖南、广西、四川，三路而进，连战皆克。一六八一年，入云南。世璠自杀。先是清朝已杀掉尚之信，这时候，又杀掉耿精忠。三藩就全削平。福州、广州等处，都分置驻防。清朝的势力，此时就真能控驭全国了。
郑成功卒于一六六二年。子经立。耿精忠叛清的时候，郑经举兵攻他，取漳、泉和汀州、邵武。精忠降清之后，和清兵合力攻他。一六七七年，取得之地复失。一六七九年，郑氏将刘国轩复攻漳、泉。为清闽浙抚督姚启圣、水师提督万正色所败，并失金门、厦门。三藩平后，清朝颇无意用兵于台湾；拟照琉球之例，听其不剃发，不易衣冠，而为外臣。而姚启圣不可。提督施琅，原是郑氏的降将，尤其想灭掉郑氏，以为己功。一六八一年，郑经卒。侍卫冯锡范，构成功之妻董氏，杀掉他的长子克臧，而立其次子克塽；事皆决于锡范；众心大离。一六八三年，施琅就入台湾，把郑氏灭掉。