青海西藏平后，准部的声势已衰。然而要犁庭扫穴，却还早着哩。一七二七年，策妄阿布坦死，子噶尔丹策零立。朝议欲一举而覆其根本。一七二九年，诏傅尔丹屯阿尔泰山，岳钟琪屯巴里坤，豫备出兵，策零自言愿执献罗卜藏丹津，于是缓师一年。而策零却出兵犯巴里坤。一七三一年，傅尔丹信间谍之言，出兵袭准部于和通泊，大败。准部就从乌鲁木齐、厄尔齐斯河两路攻喀尔喀。土谢图汗所属的额驸策凌，为元太祖十八世孙图蒙肯之裔。愤喀尔喀衰微，自练精兵一支，颇为强悍。及是，与准噶尔兵接战，大破之。于是进策凌爵为亲王，使之独立为一部。是为三音诺颜部。图蒙肯是个热心护持黄教的人。三音诺颜的名号，是达赖喇嘛赏给他的。译言“好官人”。喀尔喀就有了四部了。明年，准噶尔再发兵袭击策凌，又为策凌所败。又明年，准部遣使乞和。世宗也下诏罢兵。一七三七年，高宗乾隆二年。定以阿尔泰山，为准部和喀尔喀游牧的界限。
一七四五年，噶尔丹策零卒，次子策妄多济那木札尔立。因为“母贵”。一七五○年，其姊夫赛音伯勒克弑之，而立策凌长子剌麻达尔济。外妇所生。部众有想立策凌少子策妄达什的。剌麻达尔济把他杀掉。并杀小策零的儿子达什达瓦。所谓大小策凌者，世为准部家将。从土尔扈特北徙之后，杜尔伯特的属部辉特，徙居其地。丹衷之妻改嫁辉特部长，生子，名阿睦撒纳，就做了辉特的部长。于是大策凌的孙儿子达瓦齐，和阿睦撒纳合兵，攻杀刺麻达尔济。达瓦齐自立，又和阿睦撒纳相攻。一七八四年，阿睦撒纳来降。明年，高宗派班弟和阿睦撒纳出北路，永常和降人萨拉尔达什达瓦部下。出西路。五月，到伊犁。达瓦齐逃到乌什城，为城主所执献。并获罗卜藏丹津。
于是高宗想仍杜尔伯特、和硕特之旧。以辉特补土尔扈特，以绰罗斯特代准噶尔。仍为卫拉特四部；各封降人为汗；令如喀尔喀之例，为外藩。而阿睦撒纳想兼统四部，不肯奉诏。高宗诏班弟杀之。班弟为大兵已撤，不敢动手；只催他入觐，想到半路上害他。阿睦撒纳乘机逃去。伊犁复叛，班弟兵败自杀。又扰攘了两年。到一七五七年，兆惠和成衮札布，才两路出师。这时候，卫拉特诸部内讧，又痘疫大行，阿睦撤纳不能抵御，逃入俄境，病死。俄人把他的尸首送还。兆惠又留剿余党，到一七六○年才还。卫拉特的户数，共有二十多万。这一次，死于天痘的，十分之四；死于兵戈的，十分之三；逃入俄国和哈萨克的，也十分之二；存者不及十一，人称为“卫拉特的一浩劫”。
于是在伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台，各用满兵驻防。并令汉兵屯种。而在伊犁设立一个将军以节制之。
准部既灭之后，土尔扈特来归。而乌梁海就是从前的兀良哈。亦尽入版图。分其地为唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海、阿尔泰淖尔乌梁海三部。分隶于定边左副将军，和科布多参赞大臣。