准部既亡，清朝的兵力，就及于天山南路。先是噶尔丹破黑山宗而立白山宗，策妄阿布坦，又排斥白山宗而代以黑山宗。白山宗玛罕木特，想据叶尔羌自立。策妄阿布坦把他擒获，囚在伊犁。玛罕木特有两个儿子：长名布罗尼特，次名霍集占，就是向来的史家，称为大小和卓木的。清兵初入伊犁。阿睦撒纳想得回部之援，把布罗尼特放回，而且借兵给他。布罗尼特就尽定天山南路。霍集占则留居伊犁，掌管北路的回教。清兵再定伊犁。霍集占也逃回去。清朝差人前往招抚，为其所执。一七五八年，兆惠移兵南征。以兵少，被围于叶尔羌。富德前往救援，亦被围于呼拉玛。在叶尔羌东边三十七里。到底以援至得出。后来清兵聚集渐多，而大小和卓木，偏信在伊犁时的旧人；又用兵之际，税敛甚重；诸城解体。一七六○年，兆惠打破喀什噶尔，大和卓木所居。富德打破叶尔羌。小和卓木所居。大小和卓木逃到巴达克山，为其城主所杀，函首以献。于是天山南路亦平。设参赞大臣，驻喀什噶尔。大城设办事大臣，小城设领队大臣，以治军。各城皆设伯克以治民。以回人为之。一七六三年，希哈尔以巴达克山杀大小和卓木，发兵灭之。乌什的回民，也想图响应。为将军明瑞所定。于是把参赞大臣移驻乌什。
葱岭本来是东西交通惟一的要路；从回教盛行以后，天山南路和葱岭以西的关系更深；所以从回疆平定之后，葱岭以西诸国，到清朝来朝贡的就很多。现在约举其名如下：
巴达克山以下七部，清朝的书，都称他为城郭回部。
克什米尔《唐书》的个失密，亦称迦隰弥罗。
乾竺特即坎巨提，亦作喀楚特。
博罗尔就是铂米尔，《唐书》作波谜罗。唐朝于其地置羁縻州名巴密。
敖罕亦作浩罕。所属有敖罕、纳木干、玛尔噶朗、安集延四大城，窝什、霍克占、科拉普、塔什干四小城；故称敖罕八城。安集延城的人，来中国经商的最多，故中国亦通称其人为安集延。
布哈尔
阿富汗
哈萨克共分三部：左部鄂尔图玉斯，俄人称为大吉尔吉思。中部齐齐玉斯，俄人称为中吉尔吉思。西部乌拉玉斯，俄人称为小吉尔吉思。小吉尔吉思，就是黠戛斯的音转。哈萨克和布鲁特，都准每年一次，到乌鲁木齐互市。哈萨克三年一贡，布鲁特则每年进马。哈萨克的部长，清朝曾各授以王公台吉的称号。布鲁特的头目，也由将军大臣奏放。
布鲁特分东西两部，俄人称为喀喇吉尔吉思。
这许多部落到英俄势力扩张之后，都为其所并。事见下篇。
和卓木是教主的后裔，虽然一时失败，回部对他的信仰，是不会减弱的。清朝初定回疆的时候，以回众强悍，颇加意抚恤。租税则四十取一。办事和领队大臣，都慎选满员中贤明的人。回民遭大乱之后，骤得休息，亦颇相安。朝廷就渐不在意。用起侍卫和在外驻防的满员来。都“黩货无厌”，而且要“广渔回女”。于是大和卓木的孙儿子张格尔，于一八二○年，仁宗嘉庆二十五年。乘机导敖罕入寇，陷喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌。诏杨遇春以陕甘兵进讨。明年，恢复诸城。张格尔走出边。遇春设计诱他入寇，把他擒住。朝廷遂诏敖罕执献张格尔家属。敖罕不听。乃绝其贸易。于是敖罕又借兵给张格尔的哥哥摩诃末，叫他入寇。直到一八三一年，才算议明：中国仍许敖罕互市，敖罕则代中国监守和卓木一族，不许他来扰乱。