蒙藏准部和回疆，都已平定。却还有一件，对于廓尔喀的兵事，也是因西藏而起的。
廓尔喀，就是唐朝的泥婆罗。弃宗弄赞曾娶其公主；中国使臣于玄策，又曾调其兵攻印度的叛臣阿罗那顺，均已见前。第二篇下第二章第三节。泥婆罗和西藏，是极接近的。虽没有什么记载可凭，却可以推想其历代的交通，都不曾断绝。当清朝时候，泥泊尔分为三部，推加德满都为盟主。一七六七年，为其西邻的廓尔喀所并，仍以加德满都为首都。
一七八○年，班禅六世入都，祝高宗七旬万寿。赏赐甚多。诸王公的布施，也有好几十万。班禅害了天痘，死在京城里。明年，丧归札什伦布。他的哥哥仲巴，把所有财宝，通统占据了起来。借口他的兄弟舍玛尔巴，是信红教的，一个大钱也不曾分给他。舍玛尔巴，因此大忿，逃入泥泊尔。又有班禅部下的丹津班珠尔，因受了刑罚，也逃入其地。劝他的酋长拉特木巴珠尔入寇。
一七九○年，廓尔喀入西藏。侍卫巴忠等，不敢抵敌。私许以岁币银一万五千两讲和。又缴不足额。明年，廓尔喀再入西藏，驻藏大臣保泰，把班禅移到前藏。廓尔喀在札什伦布，大肆剽掠。分兵一半，载所掠而去。一半仍留屯界上。事为高宗所闻。诏福康安、海兰察出兵。一七九二年，二月，把他留屯的兵赶掉。六月，分兵三路攻入其国。六战皆捷。离加德满都，只有一天路程。福康安志得意满，挥羽扇出战，自比诸葛武侯。为廓尔喀所袭击，大受损失。乃因其请和，许之而还。自此廓尔喀定五年一贡，算做清朝的属国。
自经此战以后，政府晓得听西藏自由和人家交通，不大便利。乃扩大驻藏大臣的权限。在仪制上，和达赖、班禅平等。把军政财政的权柄，渐次收归掌握。并且虑及达赖、班禅继世之际，不免纷争。就想出掣签之法，颁发“金奔巴”译言瓶两个：一个放在西藏的大招寺里，一个放在北京的雍和宫里。达赖、班禅和各大胡土克图，继承之际，遇有纷争，就把名字写在签上，放入瓶中，以抽签之法定之。从此以后，清朝对于西藏的管束，就觉得更为严密了。