太平军和捻军之乱，可谓遍及十八行省了，却不料回民起事于西北隅，其牵动更大。
回族的杂居秦陇，是从唐朝时候起的。到元朝而更盛。汉族的同化力虽大，而回民所信的宗教，是深闭固拒的，一时也拿他无可如何（汉回的隔阂，民族上的关系小，宗教上的关系大）。因宗教不同故，感情不甚浃洽，往往至于争斗。以民风论，则回强而汉弱。而在政治上，则官吏往往“袒汉抑回”。回人积怨深了，遇有机会就要爆发。官吏怕闹出大事来，又只管糊涂敷衍；名为招抚，实则为其所挟制。于是回民又怨恨官吏，又看不起他们，遇事就更易于爆发。
咸丰末年，陕西因设防之故，多募回勇。一八六二年，捻军入陕西。回勇溃散，有劫掠汉良者。汉民集众抵御，杀掉两个回勇，回民就集众，声言复仇。刚刚有云南的叛回，逃到陕西来。就鼓动当地回民反抗，骚扰汉民村镇。甘回白彦虎等，乘机占据灵州的金积堡。川人蓝大顺，又从四川逃到陕西，与陕回联合。朝命多隆阿往讨，把蓝大顺打死。而多隆阿也身受重伤，死在营里。左宗棠督办陕甘军务，又因追剿捻军，顾不到陕西。陕回声势遂益盛。一八六八年，捻军既平，宗棠乃回军陕西。这时候，延、榆、绥各属，游勇散卒，到处骚扰。都和甘回相连合。白彦虎驻扎宁州属下的董志原，四出攻打。宗棠先把陕西肃清。一八六九年，分兵三支：一支从定边攻宁夏、灵州。一支从宁州攻环庆。一支从宝鸡攻秦州，自帅大军，进攻平凉。一八七一年，七月，黄河以东，次第平定。一八七三年，九月，河西亦平，白彦虎逃出关。
当陕回反抗时，派人四出鼓动。于是回酋妥得璘，就起兵占据乌鲁木齐，自称清真王。汉民徐学功，也起兵和他对抗，把他打败。而和卓木的子孙又来。
张格尔死后，遗族仍在浩罕，已见第六章第六节。回事既起，张格尔的儿子和卓布苏格，乘机借了敖罕的兵，入据喀什噶尔。一八六七年，其将阿古帕柏夏废而代之，尽有南路八城。妥得璘死后，阿古柏复尽取其地。徐学功抵敌不住，只得请求内附。于是阿古柏定都阿克苏。一面托徐学功介绍，向清朝求封册。一面又通使英俄，求其承认。俄人竟和他订结通商条约，英国的印度总督，也派人前往聘问。英公使又代他向清朝求册封。天山南北路，简直不像中国的了。当时朝议，以阿古柏声势浩大，而用兵繁费，也有主张弃天山南路的。左宗棠坚持不可。一八七五年，德宗光绪元年。三月，以左宗棠督办新疆军务。明年，三月，宗棠进据巴里坤、哈密，以通饷道。六月，克乌鲁木齐，平定北路。一八七七年，克辟展、吐鲁番，扼南路之吭。——阿古帕柏夏，本是个敖罕的将，和俄人拒敌，很为有名的。这时候，天山南路既不能保，而敖罕又于前一年为俄罗斯所灭，弄得无家可归。就服毒而死。儿子伯克胡里和白彦虎退守喀什噶尔。宗棠再进兵，二人皆弃城奔俄。天山南路亦平。
云南回民，起事于一八五五年。亦因汉回之积不相能，因细故而激变。这时候，中原多故，朝廷不暇顾及西南；而云南兵又出乎贵州之苗。回众一时纷纷而起，遂至不能平定。其中著名的回酋，要推占据大理的杜文秀、曲靖的马连升为最。又有马德升，盘据省城之中。内结各营将校，外结黔西苗民，巡抚徐之铭，为其所挟制。之铭不得已，反挟回人以自重。朝廷也无可如何他。一八六三年，朝廷派潘铎署理总督，为回兵所害。这时候，滇局几于不可收拾。后来代理布政使岑毓英，看破回酋马如龙，知道他和其余诸回酋，是不合的（先是杜文秀起兵时，专靠回教徒马先，替他主持军谋。后来文秀又和马先不合。一八五九年，文秀叫马先带兵去攻击省城，马先就投降官军。这时候，云贵总督是张亮基，受了他的降。又用他的族人马如龙做总兵）。一意抚慰他，和他协力。先定省城，次克曲靖，斩马连升。一八七二年，进攻大理，杜文秀服毒自杀。明年，才算把云南打定。
这一次的回事，蔓延的区域极广，声势也很浩大。虽然幸而平定，而因此引起俄法的交涉，就弄出无限的纠葛。其事都详见下章。