明清两代的官制，也是沿袭前朝的。其中最特别的是：（一）内官的无相职，（二）外官的区域扩大，级别增多。
明太祖初年，本来仍元制，设立中书省，以为相职的。十三年，因宰相胡惟庸谋反废去中书省。二十八年，并谕群臣：“……以后嗣君，……毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。”这时候，天下大政，都分隶六部，而天子以一人总其成（倒像共和时代，废掉内阁制而行总统制似的）。但是这种办法，须天子英明，方办得到。后嗣的君主，都是庸懦无能的，或者怠荒不管事，其势就不可行了。于是殿阁学士，就起而握宰相的实权。殿阁学士，中极、建极、文华、武英四殿。文渊阁，及东阁“以其授餐大内，常在天子殿阁之下，…故亦曰内阁”。本是文学侍从之臣，管“票拟”、“批答”等事，不过是前代翰林学士之流（诏诰的起草，在唐朝，本是中书舍人的职事。后来翰林学士，越俎代庖，本是件越职侵权的事情。明初既废掉宰相，殿阁学士，起而承此职之乏，却是势极自然的）。但是其责职，终究不过在文字上而已。所以太祖时，尚不过豫备顾问。成祖时，解缙等居此职，才参预起机务来。仁宗时，杨荣、杨士奇，都以东宫师傅旧臣，领部事而又兼学士之职，其地位才渐次隆重。以后累朝，什么事情，都和内阁学士商量，其权限愈扩而愈大。到世宗时，夏言、严嵩，就都赫然变做真宰相了。但是实权虽大，在名义上，终不过是个文学侍从之臣，好比天子的书记官一样，并没有独立的职权。明朝一代，弄得有权臣而无大臣（神宗时代，张居正颇以宰相自居，时人已大不谓然了）。君主的无所畏惮，宦官的能够专权，未始不由于此。所以黄梨洲发愤说：有明一代，政治之坏，自高皇帝废宰相始。见《明夷待访录》。清初以文华殿、武英殿、文渊阁、体仁阁大学士各一人，协理大学士二人，为相职。康熙中，撰拟谕旨，都由南书房翰林。所以这时候，高士奇等一班人，颇有权势。雍正用兵西北，说是怕军机漏泄，乃特设军机处于隆宗门内。选阁臣和部院卿贰，兼摄其政，谓之军机大臣。另简部曹和内阁中书等，管理拟稿编纂等事，谓之军机章京。从此以后，枢务都归军机处了。
六部在明朝，都以尚书为长官，侍郎贰之。其下有郎中员外郎，分设许多清吏司，以办一部的事务。这是庶政的总汇。清朝：尚书，满汉各一。侍郎，满汉各二。又于其上设管理部务的大臣。吏、户、兵三部和理藩院都有。因最初设部的时候，原系以贝勒管理，后来虽设尚侍，吏、户、兵三部，都沿袭未废。管部大臣，清初兼用亲王郡王。后来以权太重，但用大学士。以致尚侍的权柄，亦不完全。理藩院虽名为院，亦设尚侍，官制和六部相同。但所用都系满蒙人。五口通商以前，西洋各国的交涉，也都是由理藩院办理的。咸丰十年，才特设总理各国事务衙门。派王大臣管理。光绪二十七年，改为外交部。有管部大臣一，会办大臣一，尚书一，侍郎一，又有左右丞及左右参议。派公使驻扎各国，起于光绪元年。其初系以京卿出使，仍留原职。后来才独立为一官，隶属外务部。分头二三等。平时所派，大概是二三等；遇有特别事务，才派头等。又有总副领事和领事，驻扎各国，以保护侨民。光绪三十二年，改设外务、吏、民政、以新设都巡警部改。度支、以户部改财政处税务处并入。礼、太常寺光禄寺鸿胪寺并入。学、以新设都学务处改国子监并入。陆军、以兵部改处太仆寺并入。农工商、工部改商部并入。邮传、理藩、理藩院改。法刑部改。十一部。除外务部外，都设一尚书，两侍郎，不分满汉。宣统元年，又增设海军部谘议府。尚书都改为大臣。而将吏礼部并入内阁。裁军机处政务处，另设总协理大臣，以图设立责任内阁。
明清两朝，都察院的权最重。明制：有左右都御史，左右副都御史，左右佥都御史，及十三道监察御史。清十五道。在外则巡按，清军，提督学校，巡监，巡漕等事，都以委之。而巡按御史，代天子巡守，权最重。总督巡抚，本系临时派遣的官。后来因与巡按御史，不相统属，所以巡抚常派都御史。总督亦兼都御史。清朝则左都副御史，都满汉并置。右都副御史，但为在外督抚的兼衔。六科给事中，掌谏诤及稽察，在明代亦为有实力都官。清朝雍正时，使给事中隶属都察院，遂失其独立的资格。
大理寺与刑部、都察院，并称三法司，明清两代都同。翰林院本系文学侍从之官，明朝从天顺以后，非进士不入翰林，非翰林不入内阁；所以翰林院的位置，骤觉崇高。詹事府本东宫官，清朝不设太子，此官但为翰林院升转之阶。宗人府管理皇族，在明代关系本不甚重要。但在清代，宗室觉罗，系一特别阶级。专归宗人府管理。凡宗室觉罗议叙，专归宗人府，议处亦由宗人府会同刑部办理，所以宗人府亦颇有关系。历代中央各官，大半为奉君主一人而设。清朝则此等官署，虽亦俱有，而实际上供奉天子的事情，大部分在内务府。又太监亦是为内务府管理的，所以又兼历朝内侍省之职。
外官则明初改路为府。府之下为县。州则属州同于县，直隶州同于府。其上设布政按察二司，布政司掌民政，按察司掌刑事。也是行的两级制，而上有监司之官。但是元朝的行省，区域本嫌太大（这本不是认真的地方区画）。明初虽废去行省，而布政司所管的区域，却沿其旧，以致庞大而无当。又布政司的参政参议，按察使的副使佥事，都分司各道，遂俨然于府县之上，添设一级。道的名目很繁。在明时，最普通的，是“分巡”、“分守”和兵备。《明史》说：“明初制恐守令贪鄙不法，故于直隶府州县设巡按御史，各司所属设试佥事。已罢试佥事改按察分司四十一道，此分巡之始也。分守起于永乐间，每令方面官巡视民瘼，后遂定右参政右参议分守各属府州县。兵道之设，仿自洪熙间。以武臣疏于文墨，遣参政副使沈固、刘绍等往各总兵处整理文书，商榷机密，未尝身领军务也。至弘治中，本兵马文升，虑武职不修，议增副佥一员敕之，自是兵备之员盈天下。”而明朝所遣总督巡抚，本是随时而设的，在清代又成为常设之官，其权力远出于两司之上，就不啻更加一级而成五级了。
清朝对于东三省，治法颇为特别。奉天系陪都，设府尹，又有五部。除吏部。府尹但管汉人，旗人的民刑诉讼，都归五部中的户刑二部；而军事上则属将军。其初盛京将军，尝为兼管府事大臣。后改于五部中简一人为之。光绪二年，乃以将军行总督事、府尹行巡抚事。吉、黑但有将军副都统。末年乃设东三省总督，改为行省制。
对于蒙古、新疆、西藏，亦用驻防制度。新疆于中俄伊犁交涉后，亦改为行省；而蒙藏则始终未能改省。对于外蒙古的驻防，有定边左副将军和参赞大臣，驻扎乌里雅苏台。科布多参赞大臣，帮办大臣，驻扎科布多。对于青海、蒙古，则有西宁办事大臣，驻扎西宁，而对内蒙古和西套蒙古，无驻防。凡蒙旗都置札萨克，惟内属察哈尔土默特无札萨克，直接归将军副都统管辖。对新疆：有伊犁将军，统辖参赞、领队、办事、协办诸大臣，分驻南北路各城。对西藏，有驻藏办事大臣一人，帮办大臣一人，分驻前后藏。宣统三年，裁帮办大臣，设左右参赞。左参赞与驻藏大臣，同驻前藏；右参赞驻后藏。