明清两代，学术思想的变迁，关系极大。这种变迁，起于明末，而极盛于清朝乾嘉之时；道咸以后，又别开异境；就和最近输入的西洋思想相接触。要论这件事情，我先得引近人的几句话。他说：
综观二百余年之学史，其影响及于全思想界者，一言蔽之曰：以复古为解放：第一步复宋之古，对于王学而得解放。第二步复汉唐之古，对于程朱而得解放。第三步复西汉之古，对于许郑而得解放。第四步复先秦之古，对于一切传注而得解放。夫既已复先秦之古，则非至对于孔孟而得解放焉不止矣。《改造杂志》三卷三号梁启超《前清一代中国思想界之蜕变》。
原来中国学术，可分为六个时期。
（一）先秦时期。此时期可称为创造时期。中国一切学术，都从上古时代逐渐发生，至春秋战国而极盛。参看第一篇第十章第一节和第三节。
（二）两汉时期。此时期可称谓经学时期。因此时期之人，对于学问，无所发明创造；只是对于前一期的学问，抱残守阙；而所抱所守的，又只得儒家一家。此时期中又可分为两时期：前汉的今文学，是真正抱残守阙，守古人的遗绪的；后汉的古文学，则不免自出心意，穿凿附会；但其尊信儒家则同。参看第二篇上第八章第六节。
（三）魏晋时期。东汉时代的学问，不免流于琐碎，又不免搀入妖妄不经之说，渐为人心所厌弃。由是思想一转，变而专研究古代的哲学。这种哲学，是中国古代社会公有的思想，由宗教而变成哲学，存于儒家道家书中，而魏晋以后的神仙家，亦窃取其说以自文的。合观第一篇第十章第一节和第三节及第二篇下第三章第六节自明。
（四）南北朝隋唐时期。这时期可称为佛学时期。中国古代的哲学，虽然高尚，究竟残缺不完。印度人的思想，则本来偏于宗教和哲学方面。这时代，佛教以整然的组织，成一种有条理系统的哲学而输入，自然受人欢迎。参看第二篇下第三章第六节。
（五）宋元明时期。这一派的学术，可谓对于佛学的反动力，因为佛学太偏于出世之故。但其学问，实在带有佛教的色彩不少。参看第三篇下第五章第八节。
（六）晚明有清时期。这时期可称为“汉学”时期，便是现在所要论的。
原来中国人的学问，有一个字的毛病，便是“空”；所谓空，不是抱褊狭底现实主义的人所排斥的空，乃是其所研究的对象，在于纸上，而不在于空间（譬如汉朝人的讲经学，就不是以宇宙间的事物为对象，而是以儒家的经为对象）。这是由于尊古太甚，以为“宇宙间的真理，古人业已阐发无余；我们只要懂得古人的话，就可懂得宇宙间的真理”的缘故。
这种毛病，是从第二期以后，学术界上通有的毛病。但是学术是要拿来应付事物的。这种学术，拿来应付事物，总不免要觉其穷。于是后一期的学术，起而革前一期的学术的命。第五期的学术，是嫌第四期的学术，太落空了，不能解决一切实际的问题而起的。然而其实第五期的学术，带有第四期的学术的色彩很多；而且仍旧犯了“以古人之书为研究的对象”的毛病，既不能真正格明天下之物之理，又不能应付一切实际的问题。到后来，仍旧变为空谈无用。明朝时候，王学出，而其落空也更甚。这种学术的弊坏，达于极点，而不可不革命了。所以清代的汉学，乘之而起。汉学虽亦不免以古人的书为对象；但（一）其所“持为对象的古人的书”，是很古的，很难明白的。要求明白它，不得不用种种实事求是的考据手段。因为用了这种手段，而宇宙间的真理，也有因此而发明的。考据古书，本事因为信古书而起。然其结果，往往因此而发见古书都不可信。（二）其所持为对象的，是第一期人的书。传注虽是汉人的书，实际上都是第一期人的遗说。“以古人之书为对象，而不以宇宙间的事物为对象”的毛病，是第二期人才有的。第一期人，还是以事物为对象。看他的书，好比看初次的摄影一样，究竟去事物还近。（三）而且“考求宇宙间事物”的精神，和实事求是的精神，原是一贯的。这是经过汉学时代之后，中国人易于迎接西洋人科学思想的原理。
这一期学术之中，又可分为三小期。
第一小期，最适当的代表人物，是顾炎武。炎武的特色，在于（一）博学。他于学问，是无所不窥的。看他所著的《日知录》，便可以知道。（二）实事求是。无论讲什么学问，都不以主观的判断为满足，而必有客观的证据。看他所著的《日知录》、《音学五书》，便可知道。（三）讲求实用。与炎武同时几个明末的大儒，都是想做实事的，不是想谈学问的。所以他们讲学问，也带有实用的色彩。看顾炎武所著的《天下郡国利病书》，便可以知道。与炎武同时的黄宗羲、王夫之、颜元、刘献廷等，都带有这种色彩。夫之僻处穷山，其学不传。黄宗羲之学，是偏于史的。其后浙西一隅，史学独盛。其最著的，如万斯大、万斯同、邵晋涵、全祖望、章学诚等。献廷的书不传。又他所研究的学问（如想造根本楚音的新字母等。见全祖望《鲒埼亭集·刘继庄传》），和当时社会上流行的学问，相去的太远了。颜元是专讲实行的，凡是书本上的工夫，他一概不认为学。主张研究兵农，身习六艺。这一派学问，在当时的环境中，也不甚适于发达。因为专制的时代，不容人民出来做事。中国社会是静的，也不欢迎出来做事的人。所以到后来，专讲做实事的颜元一派消灭了，讲一种特别的学问的刘献廷一派也不传。因为当时的思想，带有一种复古的趋势之故，见第四章第一节。于后世的事情，无暇分其精力去研究，而都并其力于考古之一途。于是史学等也不甚发达，而清朝人的学问，遂集中于经。继炎武而起的，是著《古文尚书疏证》，以攻东晋晚出《古文尚书》之伪的阎若璩，著《易图明辨》，以攻宋以后盛行的河洛图书的胡渭等。参看第三篇下第五章第八节。这一派人的学问，是“博采的古人的成说，求其可信者而从之”，不一定薄宋而爱汉，可称为“汉宋兼采派”。
第二期的人物，可分皖吴两派。皖派起于戴震，其后最著的，为段玉裁、王怀祖、王引之。王氏之后，为最近的俞樾、孙诒让。吴派则惠周惕、惠士奇、惠栋，三世相继。其后著名的，如余萧客、江声、江藩、王鸣盛、钱大昕、汪中等。这一派的特色，在于专标汉儒，以与宋儒相对待。原来研究学问，有两种法子：其（一）是胪列了许多证据，以主观判断其真伪。其（二）是不以主观下判断，而先审查这证据的孰为可信。譬如东门失火，咱们人在西门；听得人述失火的原因和情形，各各不同。拣其最近情理的一种信他，是前一种法子。这是汉宋兼采派。且不管他所说的话，谁近情，谁不近情，先去审查各个传说的人，谁是在东门眼见的，谁的说话，是素来诚实的条件，以为去取的标准。是后一种法子。这是纯正的汉学。若绝不问人，单是坐在屋子里，凭虚揣度，便变成宋学了。把这两种法子比较起来，当然后一种更为谨严，所以循进化的公例，第一期的汉宋兼采派，当然要进为第二期的纯粹汉学派。这一期可称为清代学术的中坚。前此亡佚的经说，都在这一期中辑出。汉人的传注，有不明白的，在这一期中，都做成了新疏。除《左氏》、《小戴记》外，《十三经》清儒都有新疏。清朝人的学问，经学而外，最发达的是小学，在这一期中，也焕然大明。讲考据最切要的工夫，使古学复明最紧要的手段，是校勘和辑佚。到这一期而其法大备。又推治经之功，以旁及诸子，且及于史，真能使古学灿然复明。近人以清朝的汉学，比欧洲的文艺复兴，这一期当然是清代学术的中坚了。
第三期与第二期，同是汉学，然可对第二期的古文学而称为今文学。汉朝人的经学，有今文和古文两派。已见第二篇上第八章第六节。既然复古，要复得彻底。以“东门失火，在西门判断传说，先审查传说的人，谁是在东门眼见的，谁的说话，是素来诚实的等等条件”为例，当然今文的价值，比古文大。所以第二期之后，又有这一期，也是当然的趋势。这一派的学问，发生于武进的庄、存与。刘逢禄。而传衍于仁和之龚、自珍。邵阳之魏。源。播之于近代的王闿运、皮锡瑞、廖平。而康有为创孔子托古改制之说，直追寻到儒家学说的根源。且可见得社会是进化的，古代并不比后世好。好的话，是改制者所托。实在对于几千年来迷信古人的思想，而起一大革命。康氏最尊信孔子。然所尊信的，是托古改制的孔子，不是“祖述尧舜宪章文武”的孔子，便是既得解放后的尊信，不是未得解放前的尊信。这一点，不能与其迷信者流，等量齐观。
第六期的学术，如剥蕉抽茧，逐层进步；至于此，则已图穷而匕首现了。而西洋的思想，适于此时输入。两种潮流，奔腾澎湃，互相接触，就显出一种“江汉朝宗”、“万流齐汇”的奇观。
清朝的学术，在别一方面的，要论起来，也还多着呢。因不足以代表一时代的思潮，所以不再详论。
中国通史第五篇现代史第一章从武昌起义到正式政府成立