黎元洪就职后，于六月二十九日，下令恢复《临时约法》，召集国会。七月初六日，令各省督理军务长官，改称督军；巡按使改称省长。于是各省相继取消独立。先是西南宣言承黎元洪为大总统后，以“黎……未能躬亲职务；《大总统选举法》五条二项，副总统缺任，由国务院摄行；……国务院……非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织”；乃暂设一军务院，直隶大总统；设抚军若干人，用合议制，裁决度政。对内命令，对外交涉，皆以军务院名义行之。并声明俟国务院成立时，即行裁撤。军务院于五月初八日，组织成立。到七月十四日，亦宣布撤销。八月初一日，国会开第二次常会。九月初一、初四日，众院及参院，先后通过国务员。——总理兼陆军段祺瑞，外交唐绍仪，财政陈锦涛，海军程璧光，内务孙洪伊，教育范源濂，交通许世英，农商张国淦，司法张耀曾。十月三十日选举冯国璋为副总统。先是已将《天坛宪法草案》（即一九一三年宪法起草委员会所拟；因在天坛起草，所以称为《天坛宪法草案》），由原起草委员，草定理由书；于九月二十日，重开宪法会议。
一九一七年二月初二日，德国政府照会列国，使用无限制潜艇战争。初三日，美国和德国绝交；并劝中国一致。初九日，中国对德提出抗议，申明无效即绝交。——同时咨复美国政府，申明愿取一致行动。
先是袁世凯未死时，冯国璋邀集未独立各省代表，在江宁开会；会议未完而袁世凯死。长江巡阅使张勋，就邀各代表，到徐州开会。时为六月九日，到会的有京兆、直隶、山西、河南、安徽、热河、察哈尔、奉天、吉林、黑龙江各代表。九月，又组织各省区联合会，亦在徐州开会。其时外间纷传府院有意见，内阁有动摇的风说。各省区屡有函电拥护内阁。副总统冯国璋，亦有一长电。一九一七年正月，徐世昌入都调和。其结果，免掉内务总长孙洪伊，而陆军次长国务院秘书徐树铮亦辞职。三月初四日，段祺瑞请电令驻扎协约国公使，向各该国政府，磋商和德国绝交条件。黎总统不允。段祺瑞辞职赴津。旋经黎总统派人挽留，于六日回京。电即照发。初十日，德国答复：“潜艇政策，碍难取消。——但愿商议保护中国人民生命财产的办法。”这一天，众院以三三一对八七，十一日，参院以一五七对三七，通过对德绝交。十四日，由大总统布告。段祺瑞召集各省区督军都统，在京开军事会议。于四月二十五日开会。其中亲到的，是：
江西督军李纯，安徽省长倪嗣冲，湖北督军王占元，直隶督军曹锟，山东督军张怀芝，山西督军阎锡山，河南督军赵倜，福建督军李厚基，吉林督军孟恩远，察哈尔都统田中玉，绥远都统蒋雁行。
派代表到会的，则有：
江苏督军冯国璋，浙江督军杨善德，湖南督军谭延闿，云南督军唐继尧，贵州督军刘显世，陕西督军陈树藩，甘肃督军张广建，新疆督军杨增新，奉天督军张作霖，黑龙江督军毕桂芳，热河都统姜桂题。
一致主张对德宣战。
五月初一日，国务会议议决对德宣战。初七日，咨送众议院。初十日，众院开委员会讨论。有自称公民团的，聚集好几千人，向议员请愿通过。议员有被殴的。旋外交总长伍廷芳，司法总长张耀曾，农商总长谷钟秀，海军总长程璧光，提出辞呈。十九日，众议院开会，议决阁员零落不全，宣战案应俟内阁改组后再议。
这一天晚上，各督军分呈总统和国务总理，说：“日前宪法会议二读会及审议会通过之宪法数条，内有：众议院有不信任国务员之决议时，大总统可免国务员之职，或解散众议院；惟解散时须得参议院之同意。又大总统任免国务总理，不必经国务院之副署。又两院议决案，与法律有同等效力等语。……破坏责任内阁精神，扫地无余。……其他钳束行政，播弄私权，纰缪尚多，不胜枚举。……考之各国制宪成例，不应由国会议定。……我国欲得良妥宪法，非从根本改正，实无以善其后。……惟有仰恳大总统，……毅然独断，如其不能改正，即将参众两院即日解散，另行组织。……”二十一日，各督军和代表，多数出京；陆续赴徐州开会。
二十三日，黎总统下令免国务总理段祺瑞职，以外交总长伍廷芳代理。旋由国会通过，于二十八日，任命李经羲为总理。二十九日，倪嗣冲宣告“与中央脱离关系”。并扣留津浦铁路火车，运兵赴津。于是奉天、陕西、河南、浙江、山东、黑龙江、直隶、福建、山西，先后与中央脱离关系。六月初二日，各省在天津设立军务总参谋处，以雷震春为总参谋。雷震春通电说：“出师各省，意在巩固共和国体，另订根本大法；设立临时政府，临时议会。……”
六月初一日，黎总统令：“安徽督军张勋，……迅速来京，共商国是。……”初七日，张勋在徐州带兵五千起程。初八日，到天津。电请即日解散国会。十二日，伍廷芳辞职，江朝宗代理。下令解散国会。十四日，张勋、李经羲入京。各省先后通电，取消与中央脱离关系的宣言。二十一日，天津总参谋处取消。议员于十九日通电，解散命令无效。
七月初一日晨三时，张勋在京拥清帝溥仪复辟。初二日，黎总统在日本使馆，发电，请冯副总统代理职务。以段祺瑞为国务总理。初四日，冯、段电告出师讨贼。段祺瑞在天津组织讨逆军，以段芝贵、曹锟为司令，分东西两路进讨。十二日下午三时，我军复京城。张勋奔荷兰使馆。
冯副总统于初六日在南京宣告代理大总统职务。十四日，黎总统通电辞职。冯代总统于八月初一日入京。十四日，布告对德宣战。