从元帝即位建康以后，三一七年。到慕容儁入邺这一年，三五二年。晋朝的东渡，已经三十六年了。这三十六年之中却是怎样的呢？东晋的历史，我可以说是荆、扬二州冲突的历史。
元帝以三一三年都督扬州军事，镇下邳。如今江苏的邳县。这时候，北方丧乱。元帝用王导的计策，迁居建康。愍帝被弑以后，便在建康即位。江东的人心很归向元帝。却是从北方丧乱以来，南方也屡有乱事，都靠荆州的兵讨定。（荆州的刺史是刘宏，他手下的名将便是陶侃、周访），所以当时荆州的兵力，远较扬州为强。元帝即位之初，王导和从兄王敦，同心翼戴（王导典机务，王敦掌征讨）。元帝便用王敦都督江、扬、荆、湘、交、广六州军事。这时候，刘宏已死。王敦便把周访迁徙到梁州，陶侃迁徙到广州，自己专管荆州之事。元帝又有些怕他。引用刘隗、刁协、戴渊、周等一班人，叫戴渊都督司、豫，镇合肥，如今安徽的合肥县。刘隗都督青、徐镇淮阴，如今江苏的淮阴县二州军事，以防制他。又叫谯王承做湘州刺史，以掣王敦的肘。王敦在诸将中只有些怕周访。却是周访死了，甘卓继任，卓年已老耄，王敦绝不怕他。三二二年，王敦发兵反，从武昌顺流而下。刘隗、戴渊发兵入卫，拒战，都大败。刘隗奔后赵，刁协给人拔掉。敦入城，杀周、戴渊而去。同时也发兵袭杀甘卓和谯王承，元帝忧愤而崩。明帝立，敦移镇姑孰，如今安徽的当涂县。阴谋篡夺。三二四年，死了，明帝和丹阳尹温峤合谋，发兵讨平其乱。这是荆、扬二州的第一次冲突。
明帝在位三年而崩，成帝立，还只有五岁，太后庾氏临朝。后兄庾亮执政。这时候，祖约屯寿春，祖约的哥哥，唤做祖逖。请兵于元帝，要去恢复北方。元帝叫他自己召募。于是祖逖在淮阴召募约八千人，慷慨北行。和后赵相持，河南州郡，归他的极多。三一一年，祖逖死了，祖约代领其众。抵当不住后赵，退屯寿春。陶侃镇荆湘，又有个历阳内史苏峻。历阳，如今安徽的和县。讨王敦有功。都和庾亮不睦。三二七年，庾亮征苏峻为大司农，苏峻就举兵和祖约同反。苏峻的兵锋很为精锐。庾亮逃奔寻阳，去投温峤。这时候，温峤镇寻阳。温峤以大义责陶侃，一同举兵，讨定苏峻。祖约逃奔后赵，后来为后赵所杀。这一次，不是温峤公忠体国，陶侃也还未必可靠，晋朝就危险极了。这是东晋所生肘腋之变，总算靠上流的兵力镇定的。
陶侃死后，庾亮代督荆江，三三四年。才出兵北伐。这时候，后赵方强。石虎时代。庾亮兵出无功，惭愤而卒。庾亮的兄弟庾翼接他的手。三四二年，成帝崩。成帝两个儿子，一个唤做丕，一个唤做弈，年纪都还幼小。宰相庾冰便立了琅邪王岳，是为康帝。庾翼从武昌移镇襄阳，庾冰代镇夏口。三四四年，康帝又死了。康帝的儿子唤做聃，还只有三岁。庾冰要立会稽王昱，简文帝。宰相何充不同意。聃即位，是为穆帝。太后褚氏临朝。这一年，庾冰死了，庾翼移镇夏口，庾翼的儿子，名唤方之，代镇襄阳。明年，庾翼又死了。遗表请把自己的儿子爰之代镇荆州。何充不听，用了桓温，并且连方之都罢掉。从此以后，庾氏的势力，就消灭了。
桓温却是个豪杰，他占据上流以后，布置起来，便觉得旌旗变色，于是就成了伐蜀之功。前蜀的起源，《晋书·载记》上说他是廪君之后。案廪君的神话见于《后汉书·南蛮传》上。《晋书·李特载记》略同。
巴郡南郡蛮，本有五姓：巴氏、樊氏、瞫氏、相氏、郑氏，皆出于武落钟离山。其山有赤黑二穴，巴氏之子生于赤穴；四姓之子皆生黑穴。未有君长，俱事鬼神。乃共掷剑于石穴，约能中者，奉以为君。巴氏子务相，乃独中之，众皆叹。乃令各乘土船，约能浮者，当以为君，余姓悉沈，唯务相独浮。因共立之，是为廪君。乃乘土船，从夷水至盐阳。盐水有神女，谓廪君曰：此地广大，鱼盐所生，愿留共居，廪君不许。盐君暮辄来取宿，旦即化为虫，与诸虫群飞，掩蔽日光，天地晦冥。积十余日。廪君伺其便，因射杀之。天乃开明。廪君于是君乎夷城，四姓皆臣之。钟离山，在如今湖北宜都县境。夷水就是如今的清江。
《晋书·载记》上又述李氏的缘起道：
汉末，张鲁在汉中，以鬼道教百姓。人敬信巫觋，多往奉之。值天下大乱，自巴西之宕渠，迁于汉中杨车坂，抄掠行旅；百姓患之，号为杨车巴。魏武帝克汉中，特祖将五百余家归之。魏武帝拜为将军，迁于潞阳北土，复号之为巴氐。
这一支巴氐，实在是前秦、后凉、成汉的共祖。不过前秦、后凉是留居北方的，成汉却是入蜀的罢了。二九六年，关中氐齐万年反，关西扰乱，百姓都流亡入汉中。李特因将之入蜀。三○六年，李特的儿子李雄攻破成都，自称成帝。李寿改国号为汉。又北并汉中。李雄刑政宽简，百姓颇为相安。三三四年，李雄死了，兄荡的儿子班立。李雄的儿子越弑之而立其弟期。期淫虐不道，又为李特的孙子寿所弑。李寿也是个荒淫无道的，成汉就此大衰。李寿卒，儿子李势立。三四七年，桓温两道伐蜀，直逼成都，李势出降。前蜀就此灭亡。
前蜀灭后两年而石虎死，北方大乱。河南诸州，都来降晋。于是晋朝就想北伐。然而这时候，荆、扬二州的掎龁又起。朝廷忌桓温的威名日盛，就引用名士殷浩，去抵抗他。石虎死的明年，殷浩都督扬、豫、徐、兖、青五州军事。三五三年，殷浩用姚襄做先锋北伐，反为襄所邀击，大败。桓温因此逼着朝廷，废掉殷浩。于是荆州的势力，高压扬州，达于极点了。三五四年，桓温伐秦，大败其兵，直到灞上。苻健用坚壁清野的法子拒他，桓温粮尽退兵。明年，讨定姚襄。姚襄走关中，给秦人杀掉，他的兄弟苌，投降苻秦。三六一年，穆帝崩，成帝的儿子琅邪王丕立，是为哀帝。三六五年，哀帝又崩。兄弟弈立，是为废帝海西公。三六九年，桓温伐燕，战于枋头，不利。这时候，中央猜忌桓温，于他的举动颇务掣他的肘。于是桓温就想要行废立。三七一年入朝，废海西公而立简文帝。明年，简文帝崩，孝武帝立。桓温颇有“图篡”之意。朝臣谢安、王坦之故意用镇静的法子对待他。三七三年，桓温死了，他的兄弟桓冲是个无能为的人。把荆州让给谢安，于是荆扬二州的冲突，又算告一个小结束。