东晋从淝水战后，形势也大变了。这是为什么？就因为有了一支北府兵，下流的形势骤强。
孝武帝委政于自己的兄弟会稽王道子。道子也是个“嗜酒昏愚”的，又委政于王坦之的儿子国宝。谢安的女婿。孝武帝的母舅王恭镇京口，和道子不睦。桓温的儿子桓玄在荆州，郁郁不得志，也游说刺史殷仲堪造反。三九六年，孝武帝崩，安帝立。明年，王恭、殷仲堪同举兵反，以诛王国宝为名。道子大惧，把王国宝杀掉，差人去求和，二人才罢兵。于是道子又引用谯王尚之宣帝弟进的玄孙。做腹心。用他的计策，新立了一个江州，用王愉国宝的兄。做刺史，割豫州所属四郡归他管辖。豫州刺史庾楷庚亮的孙子。大怒，说王恭、殷仲堪，再举兵内向。道子的世子元显，遣人运动刘牢之，袭杀王恭。谯王尚之也杀败庾楷，而殷仲堪用桓玄、杨佺期南郡相。做先锋，直杀到石头城。朝廷不得已，用桓玄做江州刺史，殷仲堪做荆州刺史，杨佺期做雍州刺史。三人才罢兵而还。三九八年。未几，仲堪和佺期都给桓玄所并。三九九年。于是上流的权势又归于桓玄一人了。元显年纪虽小，却颇有才气，从经过一次事变以后，朝廷的实权尽入其手。四○二年，荆州大饥，元显趁势发兵以讨桓玄。桓玄也兴兵东下。元显就仗一个刘牢之，桓玄差人运动刘牢之，刘牢之又叛降桓玄。元显弄得手足无措，兵遂大溃。桓玄入都，杀掉道子和元显，并且夺掉刘牢之的兵权。刘牢之要谋反抗，手下的人都恨他反复，没有人肯帮他的忙，牢之自缢而死。于是桓玄志得意满，四○三年，废掉安帝而自立。
然而北府兵的势力，毕竟还在。宋武帝（刘裕）便是这一支兵里最有实力的人。四○四年，刘裕和何无忌、刘牢之的外甥。刘毅、孟昶、诸葛长民等，起兵京口、广陵，以讨桓玄。桓玄大败，挟安帝走江陵，为益州刺史毛璩所杀。安帝复位，于是刘裕在中央政府总揽大权，同时起事诸人，分布州郡。东渡以后，中央政府，常为外州所挟制起初为荆州所挟制，后来也兼为北府所挟制。形势，到此一变。
后燕、后秦的衰弱，已如前述。北魏道武帝，从破燕之后听信了方士的话，吃了寒食散，大概是一种金石剂，性质极其猛烈。初服的时候，觉得诸病悉除。但是到后来，毒发起来，也非常猛烈。六朝人受其害的很多，巢元方《诸病源候总论》里，载有解救的法子，还可以考见其中毒的情形。躁怒无常，国政颇乱。所以也不过谨守河北，不能出兵。刘裕“休兵息民”了几年，四○八年，出兵伐南燕（这时候，慕容德已死，儿子慕容超在位）。明年，把南燕灭掉。又回兵平定了卢循、徐道覆的乱。这件事情，虽然不过是妖人创乱，于当时的时局却颇有关系的。先是有琅邪人孙泰，习妖术于钱塘杜于恭。孝武帝时孙泰做了新安太守，就想反。事觉，伏诛。他的侄儿子孙恩，逃入海中，聚党为乱，众至数十万。屡剽扬州沿海，直至京口。这时候，刘裕还在刘牢之麾下，拒战有功。刘牢之便把这件事情专委他。到底把孙恩打平（恩穷蹙赴水死）。刘裕的“崭然见头角，自此始”。桓玄篡位，孙恩的妹夫卢循，南陷广州，玄不能讨，就用他做刺史。卢循又用自己的姊夫徐道覆做始兴相（始兴如今广东的曲江县）。刘裕北伐，卢循、徐道覆乘机分两道北犯（从如今的湖南、江西），直出长江，军势甚盛。何无忌败死，刘毅拒战，也大败。刘裕赶归守御。这时候，“北归将士，并皆创病，建康战卒，不过数千”。诸将都要奉安帝渡江，刘裕坚持不可。徐道覆劝卢循急攻，卢循不听，久之，无所得，要想回兵。给刘裕袭破，卢循、徐道覆逃回广州。却广州又已给刘裕遣兵袭取了。卢循攻交州，兵败自杀。徐道覆在始兴，也兵败而死。灭掉割据四川的谯纵。毛璩的参军。四○五年，攻杀毛璩，据蜀。四一四年，刘裕遣朱龄石把他讨平。历史上也称谯纵为后蜀。渐次剪除异己。荆州刺史刘毅，豫州刺史诸葛长民。谯王尚之的兄弟休之做荆州刺史，也给刘裕攻破，逃奔后秦。四一六年，出兵伐后秦（这时候，姚兴已死，他的儿子姚泓在位）。从合肥向许洛，所至克捷。明年，就攻破长安，把后秦灭掉。后秦求救于魏，魏人不能出兵，但列兵河上为声援，给刘裕打败。
这时候，晋国大有可以恢复北方之势，而刘裕急于图篡，引兵南归，只留着一个儿子义真，留守长安。诸将不和，长安就给赫连勃勃打破。四一八年。“裕登城北望，流涕而已。”四一八年，刘裕弑安帝而立其弟恭帝。明年，就篡晋自立。
宋武帝篡晋之后，三年而殂。子少帝义苻立为徐羡之、傅亮、谢晦、檀道济等所弑。立了武帝第三个儿子义隆，是为文帝。庐陵王义真是次子，徐羡之等也和他不睦，先诬以罪，把他废掉。文帝和檀道济谋，讨除徐羡之等三人。不多时，又把檀道济杀掉。于是和武帝同时起兵的人，既给武帝除掉，就武帝手下的宿将，到此也翦灭无余，更无力经营北方，北方就都并于后魏了。
北魏道武帝，以四○八年，为儿子清河王绍所弑。明元帝讨绍自立，又服寒食散，不能治事。四二三年，传位于太武帝，国势复强。赫连勃勃取了长安，就是这一年死了。儿子赫连昌立。魏太武帝立后二年，自将伐夏，攻统万，赫连昌逃奔上邦。又给魏人追攻擒获。他的兄弟赫连定自立于平凉。后来为魏人所破，逃到吐谷浑。吐谷浑人把他执送北魏，于是西夏灭亡。四三一年。
凉州地方，从苻坚淝水败后，就为吕光所据。三八六年。三九七年，匈奴沮渠氏叛，《载记》说“其先世为匈奴左沮渠，因以官为氏焉。”推吕光所命的建康太守段业为主，据张掖。四○一年，沮渠蒙逊杀段业而自立，是为北凉。业所署沙州刺史李暠，也据敦煌自立，是为西凉。四○○年。河西鲜卑秃发乌孤，《载记》说：“其先与后魏同出。”按拓跋秃发，就是一音的异译。又据乐都如今甘肃的碾伯县。自立，是为南凉。三九七年。后凉的地方，就此分裂了。吕光死后，儿子绍继之。绍兄纂，杀绍自立。纂弟超，又杀纂而立其兄隆。北凉南凉，时来攻击，遂降于后秦。四○三年。南凉秃发乌孤，传弟利鹿孤，利鹿孤又传弟傉檀。傉檀降后秦，姚兴以为凉州牧，移镇姑臧。后为西秦乞伏炽磐所灭。四一四年。西秦乞伏国仁，传弟乾归，为姚兴所破，降于后秦。后来逃归苑川，见上节。自立。传子炽磐，袭灭西秦，炽磐死后，子暮末立，为赫连定所杀。四三一年。西凉李暠，迁居酒泉，并有玉门以西。传子歆，为沮渠蒙逊所灭。四二一年。南凉亡后，沮渠蒙逊并有姑臧。又灭西凉，取敦煌。在凉州诸国中，最为强大。传子牧犍，为后魏所灭。四三九年。还有冯跋所立的北燕，传子冯宏，也给后魏灭掉。于是天下就剩宋魏两国了。