关于李世贤的下落，史料记载不一。陈坤的《粤东剿匪纪略》一书，根据被俘太平军士卒的供词，认为李世贤是战败自刎而死。清同治四年八月二十三日（1865年10月12日），左宗棠的奏报说：
臣等前据各军纷据逃出贼目禀报，李世贤自永定败溃后，夜半偷渡，随行溺毙数人，复凫水上岸，割去须发逃匿山中，以其能操漳州土音，遂诡称漳州难民，人无知者。于是夜行昼伏，至六月二十八日，只身逃至镇平县，请民人送信汪逆。汪逆率党郊迎，并马同入县城。因其旧党百余人泣诉汪逆猜狠之状，心不善之。汪逆前曾藉词不救侍逆，杀其党李元茂等，兹见李世贤至亦不自安，遂于七月初三夜，密遣从党四人乘李世贤酣卧时杀之，并杀其旧党伪王宗、伪天将、伪朝将等五人，传示各贼馆，扬言侍逆已降官军，兹入镇平，复结党图为内应也。臣等犹恐所闻不确未敢遽以入奏，兹镇平克复之后，询之降人难民，所言皆同，并见汪逆所贴伪示中，有侍王心怀险毒，不得已而行此法等语，则侍逆之辗转求生而卒遭汪逆毒手，实无可疑。
阅左宗棠这份奏报有根有据，其可信程度比起陈坤的记载更高一些。李世贤不仅是一位身经百战的杰出将领，而且也是当时长江以南太平军的最高统帅。英国人维里塔斯在《漳州访问记》中，对李世贤作了如下描述：
侍王似乎是一位有巨大才干的人。就一个中国人来说，似乎很精通外国政治……他现年三十一岁，短小、强壮，身材相称，他的脸面被晒得很黑，……由他攻取漳州城的手段来看，不得不承认他是一个战略家，并且有显著的军事才能。
可见，漳州虽已失守，但是如果太平军将士能够同舟共济，一致对敌，还是有一线复兴希望的。只可惜，在此危急时刻，他们仍然重复自相残杀的悲剧，其结局自然是必败无疑了。李世贤被害后，来王陆顺德也在粤东长乐（今五华）被叛徒林正扬所执，送清营，不屈而死。七月十三日（9月20日），由赣至粤参战的鲍超所部霆军提督娄云庆在镇平、大柘，击败佑王李远继。汪海洋则集中两万兵力进高思，康国器埋伏精锐于山岭间，用抬枪轰击太平军，汪海洋左腕被抬枪击伤，全军大乱。
这时清军的形势是：在嘉应地区有来自闽、粤、赣三省的军队，急需统一指挥，协调作战。于是，清廷采纳了前护理江西巡抚沈长级的建议，于八月十三日（10月2日）命左宗棠入粤督师，节制广东、江西、福建三省各军。八月十四日，汪海洋打了一场漂亮的伏击战，首先引高连升、康国器穷追至兴宁（嘉应州城西南）山中，然后伏军8000突起，击毙高连升部数千人，其大将关镇邦被斩首，康军也被击毙数百。九月初三日（10月22日），汪海洋攻占平和县（属惠州府）。九月二十一日（11月9日），汪海洋、李远继、谭体元一举攻克广东嘉应州（今梅县），这是太平军占领的最后一座州城，并屡败左宗棠所部清军，击毙了前来进攻的叛徒钱桂仁。可是，汪海洋犯了一个致命的错误，他在嘉应城外建土城、望楼，准备在此孤城死守，至此将自己置于被动挨打、坐以待毙的绝境。在太平军占领嘉应州并决定据城死守的情况下，康国器疾至左宗棠大营献策。他分析，嘉应已成困兽，诚以闽师逼其东，粤师逼其西，连营稍前，合成长围，然后作堑困之。另布罗遮师，阻其隳突。得三万兵、三月饷，可聚而歼也。
左宗棠采纳了康国器的合长围之策，调新任浙江提督鲍超率12000人入闽至武平、上杭，再由广东平远县径趋嘉应西北，是为北路；刘典率军8000人由赣入闽，由永定、大浦趋松口（嘉应州境）攻其东；左宗棠（时带新兵及总兵杨和贵、营驻福建平和县王官溪）亲率署浙江提督黄少春之军3000人、福建布政使王德榜之军2500人出饶平攻其东南；又商同两广总督衙署派广东布政使李福泰一军驻兴宁（嘉应州城西南），总兵方耀驻兴宁县东，扼嘉应西面；以高连升、康国器部攻汪海洋之西；再以粤军记名提督曾敏行、副将郑绍忠扼南路，江西巡抚刘坤一亦令臬司席宝田、总兵刘胜祥两军由平远、镇平前进。这样就形成了对嘉应城的包围圈，左宗棠决心要在这里全歼太平军余部。
十一月二十九日（1866年1月15日），左宗棠移大营于粤东大埔县（属潮州府）。十二月十二日（1866年1月28日），左宗棠指挥各路军队向嘉应州城发动总攻，“血战竟日”，以致“大战处血渍满蹊径，涧水尽赤”。左宗棠也不得不承认“诸将士皆言逆贼是日分布之密，搏斗之苦，实为从征数年来所仅见”。汪海洋在佛子高、黄竹洋等地击败刘典和王德榜之军。但刘、王二人又与高连升、康国器合军复战，以抬枪集中向康王龙旗射击，汪海洋在激战中头部中弹负重伤，次日在嘉应州因伤势恶化而死。汪海洋系安徽全椒人，初隶石达开军，随入广西，后随李秀成入浙江，是太平天国的一员骁将。清廷称他“忍耐善战，令酷而下必死，更进疾退，胜不速追，败不速走，陷名城，覆大军，屡矣”。汪海洋既死，李远继也在战斗中不知所终，由偕王谭体元带领其余部向群峰陡立的黄沙嶂撤退，嘉应州城失陷。
四更时，高连升、黄少春等攻入东门，高连升、王德榜、康国器各军均向黄沙嶂方向追击。二十三日夜，王德榜部在黄沙嶂左路围截招降太平军大部。二十四日（2月9日）黎明，高连升一军在大日追上太平军，招降万余人，何明亮等部太平军亦在北溪白河坝被鲍超军四面包围被迫投降。
同治五年正月二十一日（1866年3月7日），谭体元在黄沙嶂督战，在与鲍超军厮杀中，因力竭坠崖伤重，呻吟路旁，被黄少春部俘获，遂至左宗棠松口行营，被杀害。谭体元，广西象州人，由桂林从征到天京，亦曾随石达开返广西，后返师随李世贤征战，他是长江以南太平军最后一个牺牲的王爵。在这次战役中，太平军余部阵亡万余人，投降5万余人。至此，长江以南太平军余部的斗争遂告结束。左宗棠于正月下旬返回闽浙，总督衙署，被清廷赏戴双眼花翎，其长子左孝威亦被特赏主事。左宗棠志得意满，他在致友人的信中毫不掩饰地自夸。
至此，江南太平军余部的斗争已经失败。不久，分散逃出的太平军将士或被招降，或被迫杀。左宗棠完成了参与镇压太平天国的使命，挽救了清王朝垂危的统治，并且表现了高度的自觉和尽瘁精神。自统兵入浙以后，他身为一个主帅，每遇大战，“与僚佐皆帕首靴刀，分路杀贼”，白天指挥作战，夜晚处理公牍文书，都要“一手经理”。身为闽浙总督，三年内只有十二天入住总督衙署，其余时间均在军帐中度过，生活俭朴，“非宴客不用海菜”、“冀与士卒同此苦趣”。
咸丰十一年夏（1861年），太平军攻占建德，绕攻景德镇，曾国藩呼令还救。左宗棠自兴安“冒雨驰奔七日，甫抵乐平”，即发队作战。后来他与捻军作战时，为了督军追击，他亲履行间，一连十天“昼夜驰驱，骑马奔走”。当时的清朝诸将帅中，像左宗棠这样“刚明耐苦”者确实少见。但是，另一方面，他对太平天国和其他一切反对清王朝及冲击封建秩序的“匪类”，是极其仇视的，可谓心狠手辣。同治三年（1864年），左部湘军会同李鸿章部淮军攻陷湖州。左宗棠“不居复城之功，而以追击为事”。在宁国、威坪、蜀口等地，太平军“大小头目被擒斩者以千计”。他对起义军强调不能轻易言“抚”，而必须重“剿”，而且还要杀到“稗无遗种”。在处理俘虏时，手段极其残忍。咸丰十一年三月（1861年4月），太平军与左宗棠部湘军大战于姑鱼山、金鱼桥、范家村等地，左宗棠说：“上饶范家村之战，毙贼三千有余，阵斩贼目多名，极为痛快。”凡遇太平军将领被俘，审讯后他即处以磔刑，并株连家属。
同治二年二月（1863年3月），左部湘军攻陷龙游，太平军将领陈廷香战死汤溪白龙桥。左宗棠得知陈廷香是湖南湘阴猪婆潭人（距左宗棠老家柳庄不过数里），即札饬湘阴知县，“拿其家属”。湘军攻陷汤溪，太平军守将李尚扬因叛徒出卖被俘，左宗棠亲加审讯，处以磔刑，并札饬湖南安仁知县查拿李尚扬家属。同治五年，太平军全军覆没，左宗棠在战事已结束的情况下，处理太平军大量被俘士卒时，命将“面貌狰狞者”亦从严惩办。他还督令各部“分途捕治潮、嘉、漳、泉、兴、化、永春各邻县莠民，诛斩数千”，这更超出了镇压农民起义的范围。为了维护封建统治，左宗棠奉命出师，镇压太平军，固然出于效忠清朝皇帝的需要，但其残酷屠杀无辜良民却是天理难容的。
同治五年二月十八日（1866年4月3日），左宗棠从广东回到福建的闽浙总督衙署。他从同治元年入浙，先后巡抚浙江和总督闽浙，镇压太平军是其主要功绩，而作为一个封疆大吏，他注重恢复农业生产，进行盐务和茶务改革，整饬吏治，讲求“劾贪奖廉”与“修明政事”。对于这些举措，就连一向同左宗棠交恶的赵烈文也不得不认为，“在浙江，绍兴居民皆已复业，萧山诸境，民船夜行，橹声相应也，杭城百废俱起，复城未两月，已议及海塘。各郡之漕皆减定，颂声大作。以此观之，左之吏治实胜李（指李鸿章）十倍。”特别是左宗棠在参与镇压了农民起义后，把自造轮船以抵御外来侵略提上议事日程，创办了福州船政局，进而成为中国近代化的倡导者和近代企业的开拓者更值得称赞。