当时，在全国其他许多省区，各地政府也都面临着恢复在战争期间惨遭破坏的农业生产的问题。但是，尽管清朝统治中枢一再发布“招集流亡，垦辟田亩”的谕旨，但绝大多数地方督抚以及州县官吏，都忙着搜刮老百姓，根本无暇采取什么“惠农”措施，唯独左宗棠，不仅采取上述办法积极解决劳动力“归农”问题，而且还亲自调查地方的自然环境，宜农者使栽植粮棉，宜牧者使放牧羊只，直到他被召返京时，仍“往来胸中，未能少释”。一路上都留心察看各处自然环境，发现有砂石“中含润气”之所，或生长有野草、芦苇之地，他都驰函教诫下属，注意垦辟试种稻麦。与其他省区督抚的虚应不同，左宗棠在恢复农业生产上态度是认真的，措施是切实的。为使成千上万的饥民、流民能真正回到土地上，他在军饷异常艰窘的情况下，仍然不断地筹拨款项用于赈济农民，购运种子、农具、耕畜，按户分发给归耕的难民，并告诫下属：“早一日好一日，多一分好一分，无所庸其吝惜。如须推广，即多费数倍，亦何不可？”
在一封家书中，他说到自己入关陇以来，首以安抚为急，总不欲令其目中见一饿毙之人，其耳中闻一饿毙之事。
在经费极度困乏的情况下，他一再捐出自己的“养廉”银以济急需。公余还亲自带同营哨各官巡行陇亩，督促耕垦。他还组织军民开挖沟渠，疏通河道。后来被召回京，他还驰函嘱告甘肃臬司魏光燕切实讲求水利诸务，他说：“不佞十数年一腔热血所剩在此，至今犹梦魂不忘也。”在同时代的封建大僚中，像左宗棠这样注意保护幸存下来的农业劳动力和尽心尽力恢复农业生产的人，确是极为罕见和难得的。这与他“从小从事陇亩”，“积苦民间”的生活经历和怀之已久的“重农思想”、“民本”思想是分不开的。
这些举措的出发点是为了“民复其业，军资其粮”，减轻粮运负担和瓦解回民起义军，进而稳定清廷在这一地区的封建统治，但在客观上，它使得战后余生的回汉人民得以更快地转向劳动，对恢复西北的农业生产起到了积极作用。经过各方面五六年的努力，“残破地方渐次归业，斗价以次平减，泾、平、巩、秦、兰、凉、宁夏各属，净面每斤值银一分上下，核与当年承平时相似”，这与左宗棠的组织领导是分不开的。这里需要指出的是，左宗棠在陕甘一带为稳固封建统治秩序，“奠定一方，永洱后患”，不仅指示刘锦棠在这一地区采取安抚回民、提倡屯垦外，还实行“易城而居”、强行迁徙等措施。
到同治九年（1870年），除了西安城内尚有回民两三万外，其余五六万都流亡到甘肃的宁灵和河湟等地。他们离开陕西后，在原籍的“屋宇为汉民所毁，坟墓为汉民所平，回民之田亦悉为汉民所有”。这些回民田屋，一部分被官府没收作为“营田”，一部分仍作为“民产”，大都为“豪强霸占”，即被汉族地主豪绅所夺据。所以尽管陕西回军“无日不思归故乡”，且一再表示只要任其回籍耕殖，就甘愿“投诚”，但都因“汉民不容为业”而无法实现。在时间已过十来年，陕西回民又只剩“区区遗种”的情势下，左宗棠决定，还是将这一部分陕回就近安插在甘肃一些荒产较多的州县，以避免“汉回逼处”为宜。于是，他饬令下属和州县官吏原陕西固原的回民数千人，安插在平凉的大岔沟一带；金积堡的陕西回民一万余人，安插在平凉的化平川一带；河州的陕西回民一万余人，安插在平凉、会宁、静宁和安定等处；西宁的陕回二万余人，安插在平凉、秦安和清水等处。左宗棠不光把这部分回民安插完毕，而且考虑得比较周到，工作做得极为细致。对于安插流民地的选择，他要求达到三个标准：要荒绝地亩，有水可资灌溉；要自成一个片断，可使聚族而居，不和汉民相杂；要是一片平原，没有多大的山河之险，距离大道不过远、不过近，可便于管理。他饬令下属和地方官吏，要将流落在甘肃的陕回民分别遣送至选定地点，沿途由经过地方官接送保护，禁止土劣吓诈。对迁徙者都要发放口粮，“大口每日给行粮八两或一斤，小口每日给行粮五两或半斤，随行骡马，也专日发给草料”。左宗棠还郑重吩咐，这种行粮不管是麦还是陈小米、扁豆都好，但是没有去壳的是不行的。到达后，对于极贫之户，另照章程，大口每日给半斤，小口每日给五两。经过宿站，应找窑洞安置，并供给柴薪，原是一家，当时分散各处的，归并一处完聚。其在当地先已种有庄稼的，听其收后再移居。左宗棠还规定，每安插一起陕西回民，先造户口清册，编给门牌，经他批准后，再由地方官指拨无主荒地，允其耕种，并匀给房屋、窑洞。每户发放种子、耕牛和农具。其迁出稍晚，尚能播种粟、糜、荞麦者，照所垦地亩给种子。其季节已过不及下种者，令其尽力耕垦，以待明春。虽然这些陕西回民没有再回到原来生活的土地上，但对他们来说，不再流离失所，有稳定的生活，也算得上是一件幸事了。在整个搬迁过程中，所有的迁徙、种子、耕牛、农具的费用，全是左宗棠从当时本已十分艰窘的军费中撙（zǔn）节下来的。
安抚流民保久安
左宗棠对于战后的安抚工作做得是相当到位的，他在安抚陕西回民的同时，也对甘肃战后的回民做了同样的安抚工作。对于甘肃战后幸存下来的回民，左宗棠则参照同治六年（1867年）王柏心向他提出的“因兵力移而分置之西宁、阶、岷或延、榆边外，所立回村，勿与汉民杂处；杜塞蹊隧，择险立戍，布以威信；又简彼族良善者，使自相什伍，加之约束，无复阑出滋扰”的献策，进行了变通处置，各地区的“土回”一般均允其留在原籍，而唯对各地的“客回”和金积堡、肃州两地的回民，用武力强其迁徙，其中金积堡当地回族13000余人，迁往自然条件较差的固原州城附近安插，对金积堡外来贸易之“客回”3000余名迁至平凉大岔沟安插；把血洗肃州城后仅剩的2000多回族老弱妇女，安插在榆中一带，将银川城内回族悉数迁出，安插在灵武吴忠堡一带，将李得仓部回族3万余人安插在张家川。
左宗棠在进行安插工作的过程中，也遇到不少阻力。例如，有些汉族中的豪绅、土棍，对于已安插的回民借故报复，左宗棠得知后，即“饬府县随时惩办，断不令仍蹈恶习，致启衅端”。同治十年春，宁夏府灵州汉族豪绅吕廷桂、苗维新因讹诈回民未遂，竟狂妄地要求刘锦棠“派兵抄洗”，同时阻挠回民承领耕牛、种子；又散播流言，或说清军要杀尽回民，或说“官爱回民，不爱汉民”等等。左宗棠采取断然措施，严厉打击了这种挑拨汉、回关系的恶劣行为。他立即将吕廷桂就地正法，并令“老湘军”将领萧章开将苗维新押赴行营惩办。这说明他在处理复杂的民族问题时，相比之下，有时还是能够采取比较客观的态度。对此，一位名叫马六十的甘肃老阿訇曾在20世纪30年代口述一段流行于回民中的轶事：“河州一带，一部分回民颇与左宫保有好感，至今每逢一事不决，尚说：‘左宫保的章程，一劈两半。’盖左在所谓平乱时，遇汉回之事，尚能折中办理也。”
为了加强对回民的控制和镇压，以求得封建统治在西北的长治久安，左宗棠在安置回民“归耕”的善后工作中特别注意贯彻两点：第一，尽量避免汉回杂处。这是因为当时西北地区经过多年的民族仇杀，回汉双方“积仇既深，婚姻不同，气类各别，彼此相见，辄起杀机，断言孚洽”，即使“临之以威，强之以法令，挟不共之伍，权为同居之侣，而人之前忿，如火易燃，未可相安，时虞生变”。封建统治阶级既无力解决民族矛盾，加上回民起义已陷于失败，汉族地主、豪绅力主“尽杀”回民的气焰空前嚣张，左宗棠这种“徙回”的举措有一定的合理性，对于稳定本地区的社会秩序，恢复经济都不无好处。第二点是“分起安置，涣其群，孤其势”，规定每起每处只能数十人或数百人，相隔散置，不能“并聚一处”，每一州县安置总数如超过数千者就不能再“多所附益”，在籍贯、教派上亦注意加以区别。在地域上区别，回民只能安置在“不当冲要”，比较偏远又无险可守的地区；安置之后，不许“私迁”、“合居”，也不许“潜通消息”，更不许建筑堡寨，私藏武器、马匹，其用意是使回民永远无力反抗。所以，这种强行迁徙和孤立、限制、削弱的政策，不仅使回族人民的生命财产遭受重大损失，而且由于条件差，居住区分散，仅能从事简单的农业生产，勉强维持生计，限制了他们的正常发展。
增改县治，编审户口，实行联甲制度，也是左宗棠稳定陕甘地区封建秩序的重要措施。左宗棠在对甘肃开发之初，对回族进行强制迁徙，破坏了当地原有的经济结构，造成了回族社区和当地经济的落后。战后，回族的生产资料和生活资料作为“叛产”被剥夺，生活毫无保障，生存受到极大威胁。左宗棠每平复一地，都要对当地回族进行强行迁徙。
与此同时，在回族居住区又编审户口，设立保甲。具体做法是：回民到达安置地点之后，立即登记户口，“每户发一良民门牌，填写姓名、年岁、籍贯，男女丁口，分晰开载”，强迫各家悬挂门前，由地方官随时检查并编审保甲，由官择人充任“十家长”、“百家长”，“令其约束散户”，这是接受了过去“秦陇回民不知有地方官，一唯阿訇之言是听”的历史教训，从而削弱了回族上层对回民的控制力量，强化了地方官对回民的直接统治。甘肃回族起义被镇压下去不久，左宗棠即令宁夏、河州等地官吏，对该地回族详加审查，又指以“附逆罪名”屠杀450余名。在镇压了金积堡回族起义军后，将2万多名陕西老弱回族安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等处，并将侨寓的甘肃回族3000余人解赴平凉安置。在镇压了河州回族起义军后，将陕西回族3万多人安置在平凉、会宁、静宁、安定等荒偏地区。在攻破西宁后，将“西宁陕西老弱、妇女、壮丁合计两万有余，悉数迁移平凉、清水、秦安诸处”。肃州城破，将屠杀所剩的起义军家属全部外迁。河西出现了“自是甘、凉、安（安西）、肃一带无回族聚处”的现象。
此时，剥夺回民的往来自由，禁止其随便外出，回民只准于居处附近往来贸易，不能“混入城市”，即使去附近城镇集市购物探亲，也要由百家长到州县衙门“预领本牌号签，令其执行，以凭察验”，且不许三人以上同往；“如实有事必须出境者，去外县或外省，须由该十家长、百家长察官察酌”，发给“护照”、“路票”，注明持票人的姓名、年龄、身份、外出日期、途经地方、所办事情等。倘无护照私行往来，或者超过期限，查出一律严办。还有不允许回族在城市内居住或在城市内外“列肆贸易”等等无理禁令多种。
强迫到迁徙地之后，封闭的地理环境，物产的极度贫乏，再加上行动自由受到限制，都决定了回民经商活动的非可能性。强制的迁徙使西北回族社区逐渐分散，规模缩小，回族的商业贸易遭到破坏，经商的回民被迫迁徙至贫困山区，成为垦荒的农夫。例如，处在丝绸之路上的商业重镇肃州、陇西等地，经过战乱和迁徙后，这里再也找不到回族商人了。这就造成了这些地区经济结构上的单一化，使西北回民长期局限在贫困的小农经济之中，这也是近代这些地区长期贫困的重要根源之一。
“复其古教，禁绝新教”是左宗棠处理陕甘宗教的一项特殊政策。左宗棠在处理复杂的民族问题时，一方面比其他官吏有更高明之处，他注意尊重回族的风俗习惯，反对强制的“同化”政策。另一方面，他又明确提出“所应禁者新教，而老教断无禁革之理”。可见，左宗棠所谓的尊重回族的风俗、宗教信仰，也是以不危害清朝统治为前提条件的，而对带有异端色彩的新伊斯兰教派，则采取灭绝政策。为了防范回族反清，对老教派也施行一定的限制政策。
当回民要求修建清真寺时，他批示说：“回教之建立清真寺，例所不禁。”为了防止以后用于军事，他规定清真寺“高不得过二丈四尺，宽不得逾十丈……墙厚不得过二尺五寸，寺内外不得修建高楼，以示限制”。
左宗棠在镇压陕甘回民时所采取的一系列善后措施，其宗旨就是要用他精心编织的政治、经济、军事的网，将陕甘回民紧紧地捆缚起来，借以换取清朝封建统治在西北的“数十年之安”。这种严厉的歧视、防范、孤立、削弱、限制政策，不仅严重地伤害了回汉人民的民族感情，还严重地破坏了回族经济的内部结构，阻碍了回族传统的商业活动，以至西北地区社会经济文化发展缓慢。
应该说，这些善后安置活动使回族反抗封建统治、维护本民族利益的能力大大减弱。自左宗棠安置陕甘回民后，回族群众虽时有反抗反动统治的运动兴起，如光绪二十一年（1885年）的河湟事变、民国十七年（1928年）马仲英事变、抗日战争中三次西海固回民起义等，但这些都是局部性的，得不到其他地方回族群众的广泛支持和响应，像同治年间的那种全民族性的反抗运动，再也没有出现过。