1993年，联想集团第一次没有完成计划指标，微机计划销售3万台，实际只销售了2万台。在这种背景下，引发了联想管理思想大讨论，1994年工作会议总结事业部经验，决定全面实行从“大船结构”向以事业部为基本组织形式的体制，即向所谓舰队结构体制转变。公司原有经营部门按产品划分为14个事业部。在公司总体战略部署和统一经营计划指导下，事业部对产供销各环节实行统一管理，享有经营决策权、财务支配权和人事管理权。公司设立销售总监、财务总监，成立审计部，健全人事、财务和审计等方面的制度，对事业部进行“目标管理”及过程监控。
1994年3月19日，联想集团微机事业部正式成立。把联想电脑的研发、采购、生产、销售、服务全部环节都统一管理起来，制定了以市场为导向的战略，向事业部充分放权。杨元庆出任微机事业部总经理，曹之江、袁保玑任事业部副总经理，事业部总经理被赋予经营决策、财务、人事三项权力，微机的供应生产、销售、质控、技术服务、软件支持等全部放在事业部，形成了研发、生产、销售、服务一体化的新的微机产业体系。联想微机事业部成立后，联想的主要业务，特别是PC机业务迅速成长。事业部以微机销售为龙头，统一指挥，消除“内耗”，全方位降低成本，当时就完成了4.5万台的销量，取得较好的成果，开始建立全国性的分销体系；1996年微机事业部率先在中国市场上掀起降价“狂潮”，联想台式电脑当年的销量跃居中国市场第一，从此确立了联想电脑在中国市场的优势地位。
联想决定调整大船结构实行事业部制的主要原因，首先是大船结构在企业规模扩大后，决策速度慢、市场应变能力差的弊端日益显露：大船结构将权力集中在总部，包括研发营销在内的决策层不能贴近的市场，适应不了激烈的竞争；高层管理者因精力和能力所限，妨碍企业制定合适的战略；不利于调动下属的积极性；不利于培养干部，特别是培养领军人物。舰队结构管理模式在管理上的突出表现在于不仅发展和强调了大船结构提出的整体作战的要求，同时加入了以人为本的个性尊重，从而成为舰队结构管理模式建立的两个核心要素：“法治”和“人才”。联想全面实行事业部制意义重大，也极为成功，是联想组织结构管理走向成熟的重要标志，在此过程中，联想“建班子、定战略、带队伍”的管理三要素思想逐步形成。联想的组织结构由大船式的直线职能制转变为舰队式的事业部制，实现了生产力的又一次解放，带动联想进入了有一个高速发展时期。
§§§第四节 矩阵制——多元化的创新（1998年—2004年）
1997年之前，联想包括北京联想和香港联想两块业务：香港有一个指挥中心，北京有一个指挥中心，财务是单独核算的，形不成集团的一个统一指挥中心。1997年开始，北京联想计算机新技术发展公司将北京联想和香港联想进行了整合，通过资本重组的方式独立接管了香港联想，将北京联想的优质资产（联想电脑、联想科技）与香港联想的股权进行置换，实现了两者合二为一，北京联想的其他资产由新技术发展公司接管。
1998年6月，京港整合完毕，整合后的联想把原来的十几种业务归并为六大业务领域，成立联想集团有限责任公司（香港上市公司），北京联想变成为香港联想集团有限责任公司的全资子公司。同时，北京联想计算机新技术发展公司在并入北京联想的其余部分业务后更名为联想集团控股公司，成为联想集团有限责任公司的控股公司。
京港整合为联想事业部体制的进一步完善提供了重要的条件。整合主要集中在三个方面：
（1）资产业务的重整，“同类项归并”。联想的事业部在集团内部得到真正的统一。联想形成6大事业部（或公司），其中电脑、代理分销、系统集成、板卡制造销售是基本的经营事业部或者说是基本的战略经营单位（SBU）。
（2）进一步完善公司总部和事业部的集权与授权体系。基本事业部对产供销各环节实行统一管理，享有经营决策权、财务支配权和人事管理权。
在财务方面，贯彻大财务的管理思想，总部实行统一财务，对外只有一个账户，事业部财务部门由总部实行统一管理。总部有投资管理办法和预算制度，有统一的财务管理及接口制度。大的投资由总部决定，总部要参与各部门的预算并最终审批，修改和高速预算由总部决定。
在人力资源方面，事业部总经理、副总经理由总部任命，部门经理、副经理由事业部内部决定任命，总部备案。高级干部培训由总部负责，一般管理干部和技术培训由事业部负责。薪酬制度由总部统一制定，浮动工资部分由事业部负责。招聘由总部和事业部共同负责，由事业部决定聘用，但员工档案在总部。
在经营方面，事业部有经营自主权，但大的业务变化、大的经营举措要请示总部，如科技发展公司要做新的业务——代理网络产品，必须通过总部，又如原只代理惠普一家的激光打印机，现要代理第二家产品，也要请示总部，如已同意代理第二家产品，再代理第三家产品就可以自己做主，各子公司领导人非常明白，什么事应该请示，什么事自己可以决定。
总部对各子公司实行责任利润考核。责任利润＝毛利－费用－（应收款、存货）准备金。应收款、存货时间长自行贬值，半年贬值50%，超过一年全部减掉。
（3）建立地区平台。地区平台是联想公司对联想地区公司（如上海公司）的称呼。整合以后，各地业务都逐渐集中到各地公司，通过地区公司的渠道和支持展开业务。各地公司都是一个账号，统一运筹或支持联想在各地的共同业务。地区公司从财务管理角度来看是费用中心，承担与基本产品事业部配合开拓地区业务的重要任务。
地区平台的建立，使联想逐渐形成了以产品事业部为基础，以地区平台为全国性网络基础的经营组织体制。2000年4月5日，联想集团的业务被分成了两大公司，一个以“联想电脑公司”为主体，主要负责网络接入端产品和信息产品，以及ISP和ICP的服务为主。另一个以“神州数码有限公司”为主，主要负责以电子商务为中心的网络产品，以及为客户提供全面的系统集成方案。令人关注的两名三十多岁的“候补接班人”杨元庆、郭为分别成为两大子公司的少帅。
业务分拆后，新联想少帅杨元庆上任后面临最大的问题就是内部结构上不清晰，人员比较臃肿。联想持续的高增长以及打包形成的事业部制管理，最终还是形成了联想一个垂直线过长的金字塔，如果朝下看，需要越过11级，才能看到自己最底层的员工。新的竞争环境和新的业务模式需要一个更有弹性、更扁平化的组织。
在这种情况下，一方面联想实行了精简，把部门的组织架构由原来的几十个简化成了6个部门。好几百人的队伍一下子缩减到了100多人，到2000财年结束的时候，整个公司的层级被砍到7级，杨元庆通过更多的权力下放使这7级都变成了企业前进的“发动机”。另一方面联想开始实施企业信息化建设，组建企业ERP管理系统。联想在1998年底与全球最大的企业管理软件供应商SAP签约，由SAP提供ERP应用软件（即SAPR/3系统），并由世界著名咨询公司德勤和SAP同时提供咨询顾问。共同参与联想的ERP项目实施。经过几年来大规模的信息化建设，为联想搭建起了一个符合现代企业长远发展的信息化平台。使联想的各项成本明显降低，极大地提高了企业效率和盈利能力，为联想打造了与世界领先企业一争短长的核心竞争力，也为新联想向高端产品转型和向服务业转型提供了一个契机。
经过一系列的组织变革和信息化的流程再造，新联想形成了以客户为中心。以PC为基准业务遍及消费IT、企业IT、IT服务、信息运营、手持业务、部件与合同制造6大组群的新的组织架构。这种扁平化的模式配合联想信息化的管理。使联想的组织效率日益提高。为新联想向更高的目标迈进打下了坚实基础。
§§§第五节 多维立体组织结构——国际化的探索（2005年—至今）
2004年12月，联想收购IBM部分电脑业务，实现了从国内品牌到国际品牌的实质飞跃，并购后的新联想，总部在美国纽约。美国罗利是作为国际业务运营中心和全球市场中心，中国北京作为中国运营中心，全球研发管理中心和全球采购供应中心。新联想将拥有19000名员工，160个全球销售网点，3600个中国分销代理，4400个零售店面（中国），35000多全球商业伙伴。在中国，联想分布了四个区域和18个分区，并在沈阳、西安、上海、武汉、成都、深圳设立了分公司，在北京、上海、惠阳分别建有生产厂，移动公司设在厦门。研发中心分布在日本大和日本大阪，美国罗利和中国北京，上海，成都，深圳。
2005年联想的动作则更是让人眼花缭乱。3月31日，联想与全球三大私人股权投资公司德克萨斯太平洋集团（Texas Pacific Group）、Gineral Atlantic及美国新桥投资集团（New bridge Capital LLC）达成协议，三大私人股权投资公司向联想集团提供3.5亿美元的战略投资。5月1日。新联想在美国纽约正式挂牌成立。9月30日，新联想宣布整合提前迈入第二阶段，将联想原有业务与并购获得的IBM个人电脑业务在全球范围内全面整合在一起。经过了组织再造、品牌再造的新联想将面对全球化运作与管理的巨大挑战，而这也正是对联想组织管理能力的最大挑战，它要整合各种全球性资源，同化各种国际化差异，这将决定联想到底能不能管理跨国企业，能不能成为全球企业。
联想全新的组织架构将联想原有业务和近期并购的IBM个人电脑业务将在全球范围内整合在一起，在原有矩阵制组织结构的基础上进行了继承和创新，形成统一的组织架构。过去双方各自的产品运作、供应链和销售体系将合并，统一整合到这个全新的组织架构中。
首先，为了延续Think Pad和联想在业界领先的创新能力，新联想将全球的产品和产品营销业务整合为一个新的全球产品集团。这个产品集团将由联想集团高级副总裁兼首席运营官—弗兰·奥沙立文领导，她此前曾担任联想集团高级副总裁兼联想国际的首席运营官。该产品集团将主要负责联想品牌、Think品牌和IBM-Think品牌产品的全球业务。产品集团下设了台式电脑和笔记本电脑两个国际业务群组，同时该产品集团还设有专门的数码等其他业务、客户服务和质量控制部门。
其次，为了获得最高的运营效率，新联想将把供应链的各环节合并成一个新的全球供应链系统，该供应链系统将包括采购、物流、销售支持、供应链战略规划及生产制造等全面运作，将由联想集团高级副总裁兼首席运营官刘军领导这个全球供应链系统，刘军此前曾担任联想集团高级副总裁兼联想中国首席运营官。
第三，为了保证高水平的客户满意度，新联想将区域总部由三个扩展到五个，区域总部将主要负责该地区的产品销售和客户服务，整体由联想集团高级副总裁拉维·马尔瓦哈领导，他目前负责联想全球的销售和渠道运作。联想过去在美国和EMEA（欧洲、中东和非洲）这两个区域总部的组织架构将保持不变。联想在亚太的区域总部将主要负责日本、韩国、澳大利亚、新西兰、香港地区、台湾地区和东盟等主要市场。而在中国，Think品牌和联想品牌的业务将合并为一体，成立联想中国区——全球第四个区域总部，并由联想集团副总裁陈绍鹏兼任中国区总经理。最后，从2006年1月1日开始，联想将在其业务发展最快的国家——印度设立第五个区域总部，印度区域总部仍将向拉维·马尔瓦哈汇报。
联想同时宣布将把设在中国北京、日本大以及美国北卡罗州罗利的研发中心整合到一起，并统一由现任的联想集团首席技术官贺志强负责。调整后，贺志强、刘军、拉维·马尔瓦哈和弗兰·奥沙立文将直接向史蒂夫·沃德汇报。
联想集团首席运营官（CEO）史蒂夫·沃德表示：“我们今天发布的全球组织架构是为了能在成熟市场和新兴市场中实现联想的创新战略、高效运作和达成高水准的客户满意度而设计的。客户告诉我们，他们之所以选择联想品牌和ThinkPad的产品是由于我们产品的设计和品质，而客户的需求也不断激励着我们更加快速而高效地在更广阔的市场内推出诸如‘气囊技术’（保护硬盘数据的技术）和‘一键杀毒’技术等业内领先的创新技术。”
联想集团董事局主席杨元庆说“整合后的新联想将有能力为客户更快地带来更好的产品和服务，为员工带来更广阔的发展舞台，为合作伙伴带来更多的增长机会，为投资者带来更高的回报。整合使得联想完全合二为一，成为一间真正意义上的国际化公司。这将有利于我们打造更具竞争力的业务模式，提高效率，改善成本结构。这也将让我们有机会在保持原联想国际在大企业客户方面的竞争优势的同时，更大力度地开拓全球中小企业及消费市场。”
联想的组织结构变化与调整是频繁的，频繁到不仅仅外人不理解，有时候连一部分联想人也不能马上适应，这与许多国有企业组织机构多少年不变的情况形成了对照。变化的原因只有一个，那就是有利于提高效率，以变应变成为他们提高竞争能力的一个根本手段。中国的电脑行业与世界电脑行业相同，有几个快：一是技术变化快，二是市场变化快，三是人员变动快。与其他的行业相比，这几快已经成为电信行业一个独有的特点。很多人把近几年不下十家的中国电脑企业的消失归结为单一的技术跟不上的因素，但其实这仅仅是一个因素，问题远不止这么简单。电脑企业要想在今天这个风云莫测的世界生存下去，它的组织结构必须具有两种能力：一是快速感觉能力。要像温度计那样，嗅觉一定要灵敏，时时刻刻要保持对趋势与潮流的敏感；二是快速反应能力。要有闻风而动的本领，否则一步跟不上就会步步跟不上，90年代初美国王安电脑公司的破产就是一个明证。联想组织结构的多变顺应了这种市场要求，而它的所谓组织的创新也恰好表现在这里。
联想集团组织变革的成功，给我们很多有益的启示，即一个企业要想保持旺盛的活力，保持创造性和强大的市场竞争力，首先你的组织要有创新，要有活力，否则企业就会暮气沉沉。变化是现代社会的常态，以不变的策略，或仅采取局部修正的策略，都将无法在激烈竞争的市场中脱颖而出。