随后萨拉斯特罗命令把塔米诺和他的跟随者带上来，并委托老人教导他们。萨拉斯特罗向神祈祷，希望这对情侣能顺利通过严厉的考验。
第二场 神殿中的小庭院
夜，远处有雷声。塔米诺和帕帕盖诺在这里修行。老人与另一位祭司上场，接着就是和塔米诺间的问答：“你到此追求何物？”“友情与爱。”“你敢赌下生命吗？”“愿意。”“只要往前走一步，就驷马难追。”“我明白。”
老人把两人头上的布解开后退去。当他一走，帕帕盖诺就满腹牢骚，表示无法忍受这些考验。塔米诺责备说：
“怕什么，你也是堂堂男子汉。”帕帕盖诺却回答：“若是女人就好了。”接着雷声大作，帕帕盖诺吓得直叫：“完了！完了！”
拿着火炬的老人又上场。他问塔米诺要不要继续接受更严厉的考验，塔米诺回答说愿意，因为他不会改变初衷。当问到帕帕盖诺时，他却答说：“我只要能睡觉、讲话和喝酒。”这时祭司们告诉他：“到了成功的清晨，萨拉斯特罗将赐给你一位美丽的少女帕帕盖娜。”帕帕盖诺听了才答应接受考验。老人宣布现在起要考验“沉默”。
这时两位祭司说：“小心女人的诱惑，守住自己是男人的第一义务。”当祭司们走后，四周又变成一片漆黑。帕帕盖诺忍受不住就说：“带来亮光。”说也奇怪，三位侍女随即出现。
侍女们诱惑说：“这是怎么回事，怎么在这样可怕的地方？这么一来全都完了。”帕帕盖诺想开口，但被塔米诺制止。
当侍女们失望地想离开时，传来祭司们的合唱，叫喊着：“快掉落地狱中！”立时雷电交加，震耳欲聋，侍女们立刻掉入深渊中。帕帕盖诺也昏倒在地。
侍女们消失后，老人与祭司又出现，并赞美塔米诺，弄醒昏过去的帕帕盖诺。然后，又蒙住这两人的眼睛，带到另一个考验的场所。
第三场 美丽的花园。中央有一座亭阁
晚间的花园，帕米娜在那里睡着。莫诺斯塔托斯蹑手蹑脚地走出来。虽然受过萨拉斯特罗的惩罚，但看到帕米娜的睡姿，又兴起邪念。他说：“一会儿拥抱，一会儿亲吻，但他们说，我没有权利谈情说爱，因为我又黑又丑。”接着他自言自语道，“月亮呵，若是看不顺眼，那么请你躲起来。”然后走近帕米娜想吻她，可是突然一声雷鸣，夜女王出现，把黑人驱走。
这时，夜女王告诉帕米娜，她父亲去世时，把太阳的七重盾交给了萨拉斯特罗，由于失去这把盾，她就不再有力量能保护自己的女儿。接着她就交给帕米娜一把短剑，要她把萨拉斯特罗杀死，并夺回那奇异的七重盾。不料，女儿却惊恐地抗拒这命令，夜女王就狂怒地说：“死与绝望在眼前闪动，若不杀萨拉斯特罗，你就不再是我的女儿。永远消失吧，沉沦吧，毁灭吧，此世的羁绊都粉碎吧。啊，一切都毁灭，否则就要把萨拉斯特罗打倒。啊，复仇的神，请听我的誓言。”说罢，夜女王就不见踪影。
在阴暗处看到这情景的莫诺斯塔托斯再次出现。这次他不再是想偷偷摸摸吻帕米娜，而是要正面袭击她了。帕米娜举起手中的短剑，准备和他拼个你死我活。这时萨拉斯特罗出现，莫诺斯塔托斯乘机溜掉。
帕米娜向萨拉斯特罗为母亲求情，他安慰她说：“你母亲要向我报仇是错误的。在这神圣的殿堂，没有人想到要报仇的事。在这里，每人都要爱人如己。”他又说，“若是有人不喜欢这信条，而不能原谅敌人，那么就没有资格成为人类了。”说完他就带着帕米娜离开了。
第四场 大厅
塔米诺和帕帕盖诺被老人与祭司带进来。祭司们吩咐要继续保持沉默后，就先离去。可是帕帕盖诺仍旧忍不住要说话：“连水都没有，实在不像话！”后来他居然想要喝葡萄酒。
这时，有一个老太婆拿了一大杯水出现。帕帕盖诺接过来喝了以后，就好奇地问她的年龄，她立刻回答说：“我十八岁又两分钟。我有个情人叫帕帕盖诺。”帕帕盖诺听到后吓了一跳，刚要开口问她芳名时，一声响雷把老太婆赶走了。
这时三个童子坐在船上出现。他们原是夜女王的人，现在却成为萨拉斯特罗的使者。童子们唱道：“欢迎你们来这里，这是第二次欢迎你们。萨拉斯特罗要把魔笛与银铃还给你们。”他们鼓励塔米诺拿出勇气，也劝告帕帕盖诺保持安静，然后一起退去。
帕帕盖诺马上狼吞虎咽起来，可是塔米诺却吹起魔笛。由于这是呼唤帕米娜的魔音，果然她就出现了。但因塔米诺正接受沉默的考验，非但不能跟她说话，还挥手要她离去。
帕米娜看了既困惑又伤心，她说：“啊，我知道了，我的幸福永远不再回来，不再回到我身边。看哪，塔米诺，看我为你流下的眼泪，看这爱的凄怆。可怜我吧，唯有死亡才能得到平安。”说完她就哭着退场了。
这时帕帕盖诺在紧要关头也能不说话。事实上，他是因嘴里塞满食物而说不出话的。三声和弦又响起，塔米诺要帕帕盖诺一起去接受另一次考验，可是他却留恋着可口的酒肴不肯离开。接着号角高鸣，塔米诺只好硬把他拉走。
第五场 金字塔地下室
萨拉斯特罗称赞塔米诺此前的努力，宣布即将进入最后的考验，而且把帕米娜带出来，要塔米诺向她告别。
迟到的帕帕盖诺这时才赶来，到处寻找塔米诺。当他找不到人而想走出门时，却被雷鸣轰回来，吓得魂不附体。这时老人出现了，他告诉帕帕盖诺说，他所受考验已完全失败，将被永远关在这个地下室中。帕帕盖诺失望之余，只要求给他一杯酒解解渴。老人给他一杯葡萄酒并离去后，他就开心地又跳舞又摇铃，快乐地唱道：“如果有个爱人或妻子该多好，吃的喝的都很丰富，排场豪华得像君王，那该有多妙。世上漂亮的女人有的是，就是没有一个肯爱我。”接着他悲伤地表示，“如果不能这样，宁死也不要活着。”随着铃声，刚才那个给他水喝的老太婆拄着拐杖，跳着舞上场了。帕帕盖诺不想理睬她，可是老太婆却认真地说：“如果你不举起我的手发誓爱我，你就永远走不出这房间。只能靠着面包和水，在这里过一辈子。”
帕帕盖诺听了，认为和一位老太婆一起生活，总比寂寞无聊地困在这里好。于是发誓永远爱她。不料，奇迹出现了。随着一股清烟，老太婆立刻变成一位年轻可爱的少女，她也穿着同样的羽毛衣。帕帕盖诺看了惊喜万分，高喊着：“啊，帕帕盖娜！”上前要抱她，可是老者出现，将帕帕盖娜带走了。
第六场 小花园
三个童子自天而降，宣布考验即将结束：“黎明的太阳将要照耀在黄金的道路上，这里将变得像天堂。”
他们看到帕米娜伤心地走来，就躲到树后去了。由于塔米诺的离去，她变得神志不清，于是举起身上的短剑，准备自杀，童子们赶忙阻止，这时她才清醒过来。
深表同情的童子们，答应把她带到正受考验的塔米诺身边。
第七场 深山，一边是瀑布，一边是火山
穿着铁甲的两名武士把塔米诺带到这里。竖立在山口铁门旁的石碑上写着：“要走入这条充满苦难的道路的人，可被火、水、大气与大地所洁净，当他克服了死亡的恐怖时，就能从地面往上天飞奔而去。这时会因伊西斯的奇迹，使你的身体变洁净。”当塔米诺准备接受这考验时，帕米娜热切地呼唤着他的名字赶来了。两个武士不仅不加阻挠，反而祝福他们。一对情人高兴地拥抱在一起。
接着帕米娜就说出塔米诺手上“魔笛”的由来：“这是我父亲在一个狂风暴雨的日子，取用千年树最深处的物质，驱使魔法制成的，只要吹响这魔笛，任何危险都不必害怕。”于是两人就决心凭着爱与魔笛的力量，克服可怕的考验，赴汤蹈火。两个武士也从旁边鼓励着。
塔米诺和帕米娜携手走进铁门，这对情侣克服烈火的考验，又一起面对水的考验，当两人从瀑布下出来时，立即出现一条通往神殿的光明大道。沉默片刻后，后台传来雄壮有力的合唱，祝福两人的胜利。他们在合唱的欢迎下，走进神殿。
第八场 庭园
帕帕盖诺在到处寻找被带走的帕帕盖娜。他着急地唱着：“帕帕盖娜，帕帕盖娜，可爱的女人，小鸽子，我的爱人，你在哪里？啊，帕帕盖娜不见了，只怪我爱讲话。恋爱过一次的人，是永远忘不了那滋味的。”
由于始终找不到爱人，他就拿起一条绳子准备上吊。可是由于四周看不到能救他的人，就打消了自杀的念头。他又数一次一、二、三，依然没有人出现，他无可奈何，终于把活结套在脖子上。这时三个童子出现了，提醒他使用银铃。帕帕盖诺立刻边摇边唱：“大声响吧银铃，响彻每个角落。”果然帕帕盖娜随即出现。两人深情地拥抱在一起，唱出一段轻快的二重唱。
这时夜女王、三个侍女和莫诺斯塔托斯五人，拿着火炬鬼鬼祟祟地登场。他们知道人们集合在神殿中，企图趁黑夜攻击他们。夜女王答应把女儿许配给莫诺斯塔托斯。可是突然传来雷声，不一会儿雷电交加，大雨倾盆而下，把这五人赶走，永远打入黑夜中。
接着，舞台逐渐明亮，象征着启蒙的灿烂阳光照耀着大神殿，上面站立着萨拉斯特罗、塔米诺、帕米娜、三位童子，以及众多的祭司。萨拉斯特罗庄重地宣布：“黑夜已去，阳光普照。”最后大伙儿一起唱出：《美与智慧，将戴上永远的王冠》。全剧在这热闹的合唱中结束。
音乐欣赏
《魔笛》不仅是莫扎特歌剧的精品，也是世界歌剧史上最伟大的作品之一。它的音乐之美，几乎是无与伦比的。因此，这部内容平庸荒诞的剧作，却因为莫扎特的音乐而增添了无比的光辉。它的许多唱段，也成为歌唱家们的保留曲目，至今传唱不衰。
序曲
这是一首非常著名的序曲，经常在音乐会中单独演出。乐曲采用奏鸣曲式，bE大调，慢板，2/2拍。一开始，乐队的全奏加上长号的强奏，很有气势。
这段音乐选自第二幕大祭司萨拉斯特罗和祭司们进入神殿时所奏的进行曲，庄严而肃穆。接下来的音乐带有一种神秘的色彩，渲染着戏剧的神话色彩。然后，由第二小提琴奏出呈示部主题。
这个主题由第一小提琴和乐队用赋格的手法展开，旋律明快刚健，是王子塔米诺形象的表现，也是整个歌剧健康积极的基调。副部主题优美而抒情，象征着塔米诺和帕米娜的爱情。
前面出现的两段主题一直在后面伴随着它。
展开部是第一主题的变奏，在调性上作了多次变化，气氛热烈。
再现部又回到bE大调上，最后在欢快的气氛中结束，预示了戏剧美满的结局。
我捕捉小鸟本领高（帕帕盖诺的唱段男中音）
这是捕鸟人帕帕盖诺出场时的唱段，G大调，2/4拍。
一开头，是一段二十六小节的前奏，这是帕帕盖诺出场的音乐。旋律中不断出现1234∣5，非常有趣，这是帕帕盖诺在不断地吹着排箫，同时也揭示了帕帕盖诺活泼的性格。
乐曲的伴奏，第一小提琴用跳弓、连弓跟主旋律，其他弦乐器演奏伴奏音型，双簧管和短笛演奏华彩。
快去解救可爱的姑娘（夜女王的咏叹调花腔女高音）
《魔笛》中的两首夜女王的咏叹调是花腔女高音的经典之作，一直到现在，都是花腔女高音歌唱家最喜欢的曲目，但是也被视为是最难演唱的曲目之一。原因之一，是因为夜女王的两段咏叹调高的地方达到f3，莫扎特在写作此剧的时候，他的表妹约瑟夫·威柏扮演夜女王，而她的声音就能很自如地达到这个高度。
这是《魔笛》第一幕中夜女王向塔米诺王子讲述女儿帕米娜被萨拉斯特罗掳去受苦，让塔米诺去营救帕米娜时唱的一段咏叹调，bB大调。
前十二小节是宣叙调，4/4拍。然后是3/4拍的广板，曲调略带痛苦。后半部分又回到4/4拍，小快板。这是一段华彩，有大量的花腔唱法，演唱难度极大，但却优美异常。
帕帕帕帕（帕帕盖诺和帕帕盖娜的二重唱）
这是一首非常生动幽默的著名男女声二重唱。这是帕帕盖诺和帕帕盖娜在相互表达爱情，盼望今后生一大群小帕帕盖诺和帕帕盖娜时的演唱。词曲都非常风趣幽默。
乐曲是G大调，4/4拍。开始的一大段，歌词只有“帕”一个字，却充分发挥了音乐的魅力。此后，乐曲越来越热烈，把观众也带入一种欢乐的情绪之中。
版本推荐
索尔蒂指挥维也纳爱乐乐团版，Decca公司，片号：Decca414568－2
这是索尔蒂爵士1969年的旧录音，是维也纳爱乐乐团原汁原味的演出。其中伯罗斯诠释的塔米诺应该是无人能比的角色。从整体感上讲，这一版本的效果应该是非常完美的。获得《日本唱片艺术名曲名盘300》推荐。
费伦茨·弗里乔伊指挥RIAS交响乐团版，DG公司，片号：DG741－2
这是20世纪50年代中期的录音，虽然是单声道，但是仍然是这个曲目的经典代表作。费伦茨·弗里乔伊是20世纪重要的匈牙利指挥家，对莫扎特和贝多芬作品的演绎有独到之处。这张唱片的演唱者菲舍尔－迪斯考、Stader等都是一时之选，尤其是菲舍尔－迪斯考对捕鸟人帕帕盖诺的表演有自己的风格，有新鲜感。获英国《企鹅唱片指南》三星带花评价。
卡拉扬指挥维也纳国家歌剧院管弦乐团与合唱团版，EMI公司，片号：EMICHS769631－2
这是1950年的单声道录音，但仍然有惊人的鲜明、丰满的现场感。此片没有对白部分，演唱部分非常精彩。获英国《企鹅唱片指南》三星带花评价。