正在陈友谅高兴之际，朱元璋又突然出现在了另一条战船上，继续指挥，陈友谅大惊，怎么他不是已经战死了吗？怎么还……原来，在刘基感到有些不对劲的同时，就已经把朱元璋推到了河里，以免遭到陈友谅炮火的袭击。幸亏朱元璋躲闪得及时，否则真的要被那颗火炮巨石给击伤了。此时，朱元璋命令全体战舰，加强火力，猛烈攻打陈友谅的战舰。陈友谅有些招架不住了，命令士兵们快快护驾，赶紧撤离。这第五天的战斗就这样结束了，朱元璋望着遗弃在湖面上的旌旗浮尸，不禁感慨万千。他对着身后的俞通海等人，欣慰地说道：“今日大胜，全仰仗着各位的拼死效力了。”战争无疑是一场赌博，而此时的陈友谅就是一个输红了眼的赌徒。而赌徒唯一让人称道的地方，就是不肯服输。陈友谅也是如此。在经过几场艰苦的战斗之后，双方依然处于胶着状态，他的战况越是失败，他就越是要打，即使是弄个鱼死网破，也要跟朱元璋一拼到底，朱元璋此时只能是奉陪到底了。可是朱元璋并不想把自己的“宝”全都压在陈友谅这张牌上，他还要面对更多的企图吞并他的敌人，元廷、张士诚、徐寿辉，还有一些较小地方武装，所以在这相持不下的时候，朱元璋开始对自己的必胜的信心产生动摇了。自己的部队人数上毕竟比敌人少得多，他无力把陈友谅困在这浩大的鄱阳湖里，他对自己最终能否赢得这场大战的胜利突然感到没有把握了。面对这种情况，谋士朱升献计说：“主公不必为此而着急上火，虽然我们的实力比不上敌方，军粮带得也不多，但是您不要忘记，陈友谅他也是倾巢出动啊，以全部的力量出征，他所携带的粮草肯定也不是很多，只要我们在这里把他们拖住，等到他们弹尽粮绝之时，不愁反攻不成。”朱元璋说：“嗯，朱先生言之有理，可是我们所带的粮草，毕竟也不是太多啊，我们拿什么去跟他们耗呢？”朱升说：“主公，我听说湖水北岸附近有四个大户家人，家中粮食甚多，我们可以到他们那里去，征些粮食过来。这样，一可以解决我们的粮草供应问题，二又可以避免陈友谅得到。如此一来，即使我们不能一时速胜，也能求得稳扎稳打，不必操之过急了。”“好，朱先生，好建议。”朱元璋觉得朱升所献的确实是一条很好的计策，不禁连连称赞。接着他便派邓愈去湖北岸的那四户人家征集粮草，果然得到许多粮草衣食。朱升的这一征粮久战之策，可谓釜底抽薪，非常合乎实际。试想，陈友谅带来的60万人马，如果出现缺粮少食的现象，那将会是一种什么样的情景。朱元璋只有20万人马，就已经开始为粮食的问题发愁了，那陈友谅的60万大军，岂不是热锅上的蚂蚁？多耗一天就消耗数吨的粮食，可有多少粮食禁得起他这样只出不进的消耗呢？表面上朱升算得是一笔经济账，实际上这却是一招非常高妙的兵法。经过分析，朱升得出了陈军的粮草必然也不会有过多的准备，他劝说朱元璋，只要能坚持到最后，就能够取得最终的胜利。粮食的问题一得到有效的解决，朱元璋就从被动转而变成了主动。经过短暂的休整，朱元璋派人前去挑战，但陈友谅拒不应战。水军大将俞通海对朱元璋说，当地湖水较浅，一旦落潮，战船很容易搁浅，所以建议主公移舟北上，那里水深地广，那里才是进行决战的好地方。谋士刘基也趁机向朱元璋建议道：“我军应驻扎在湖口地区才较为妥当。”朱元璋担心白天撤退会遭到不必要的袭击，所以命令军队夜间撤离。晴空皓月，朱元璋的战船各自悬挂着一盏灯，前后尾随，一字排开，开始向湖外地区转移。天明时分，朱元璋的大军已经安全停泊在左蠡地区了。
陈友谅也不是呆子、傻子，他也同样不想让自己的军队触礁搁浅，遭到朱元璋的袭击。所以第二天晚上，他也效仿朱元璋的样子将自己的舟师撤出这危险的浅滩，在第三天的清晨，他已停泊在清风地区，与朱元璋的战舰隔岸相对。两军隔水相望，谁都按兵不动。第四天，陈友谅实在沉不住气了，他召集部将商讨下一步与朱军作战的行动计划，身旁的水军统领右金吾将军这时说道：“依我看，现在的形势对我们很不利，此处也并非久留之地。上游水路出口已经被朱元璋的大军堵住，下游又潮落水浅，我看我们还是弃舟登陆吧，从这鄱阳湖的南岸率军撤退，以保留相对的实力。”而左金吾将军不同意他的看法，听了他这番言辞很是生气，与他争辩起来，说：“你这不是等于还没有开战，就向朱军投降了吗，就说形势对我们不利吧，可是我们的战舰毕竟也不是少数，完全可以再进行一战。如果大家齐心协力，共同对敌，谁输谁赢，我看还不好说呢？再说，你弃船登陆，万一要中了敌方的埋伏怎么办？朱元璋命令步骑抄袭我们的后路，我们前无屏障，后无阻挡，而且自己又断了自己的后路，岂不是等着敌军把我们一举歼灭吗！”就在陈友谅犹豫不决之时，外面的水师却与朱元璋军交起战来。面对朱元璋的突然袭击，陈军在交战中又吃了败仗，这使得陈友谅心灰胆寒，这才决定采纳右金吾将军弃船登陆的意见。在这不情愿中，还流露着对左金吾将军的埋怨。左金吾将军看在眼里，记在心上，因为他深知陈友谅性情乖忤，生怕他兴师问罪，所以当晚就趁着夜色，率领部将投奔了朱元璋。本来就信心不足的右金吾将军，见这大势已去，更是无心抵抗，干脆也带领本部人马投靠了朱元璋。此时的陈友谅才知什么是雪上加霜了，心灰意冷的他面对自己大将的纷纷离去，也无心再战了。就在这时，朱元璋派人送去了一封劝降信或者是生死挑战书。信中的话如同针芒刺进了陈友谅的心脏，使他发狂似的撕碎了朱元璋的信。一气之下，陈友谅传令把军中的所有朱元璋军队的战俘全部推出去斩首示众。为了耀武扬威，陈友谅还扣住朱元璋的使臣不放，并且加强巡逻，以防不策。朱元璋经过一段时间的准备，打算对陈友谅来个一网打尽。这一天，他派常遇春、廖永忠等率舟师出湖口，横截湖面，断其归路。又派一支军队在岸上树立木栅，挫败了陈友谅准备登陆的计划。这样又是围困半个月之久，陈友谅军中出现了缺粮断草现象，无望之时，他派500艘船去都昌抢粮，当抢粮船返回时，朱文正派部将陈方亮截获烧毁。八月二十六日，陈友谅万般无奈，只得冒死突围。他率领100余艘舟舰向南边湖口驶去，想从那里进入长江，退回武昌，但却受到朱元璋水师的猛烈阻击。由于双方主帅亲自督战，所以两军的船舰纷纷一字排开，同时展开了生死大绝斗。激战一直从上午打到了下午，交战双方谁都不服谁，谁都想把对方牢牢地控制在自己的手心里。陈友谅派兵西去，在泾江口不巧又遇到朱军伏兵的袭击。这回陈友谅是打算把这条老命豁出去了，他命令乱箭齐发，坐在船上的胡床指挥的朱元璋看到雨点般的箭袭来，命令大军躲闪，谋士朱升一把把他推进船舱。朱元璋再回头看时，发现胡床瞬间已被几根流矢共同射中。这边的陈友谅喜出望外，没想到自己的这一计策，给了朱军这么大的重创，他从自己乘坐的船舱里探出脑袋张望，看看是否射中了朱元璋。这边的大将郭英看准时机，拉弓搭箭，一下射出，陈友谅躲闪不及，一支利箭直贯他的眼睛，并从另端钻出，他痛苦地大吼一声，当场毙命。主帅陈友谅一死，手下将士们全无斗志，各自逃命，而太子陈善儿、平章姚天祥等被生擒，5万多人均缴械投降。太尉张定边趁着夜色，划着一条小船，载上陈友谅的尸首和其子陈理，突出了包围，逃回武昌去了。经过这么多天的激战，朱元璋的部队终于取得了鄱阳湖大战的胜利。有人建议朱元璋乘胜追击，直捣陈友谅老巢——武昌，但朱元璋不同意，他说：“俗话说‘穷寇勿追’。如果我们一再追击，他们必然会狗急跳墙，与我恶斗，那样岂不是死伤会更多吗？”所以后来只派出
一支人马追击张定边，自己则率诸将返回了自己的大本营——应天。鄱阳湖大战从陈友谅出兵武昌算起的话，前后总共经历了四个多月，可以说是朱元璋戎马生涯中进行的最为艰苦的一次战斗。通过这次战役，朱元璋消灭了陈友谅这个劲敌。陈友谅的部下张定边等人逃回武昌后，立陈友谅之子陈理为帝，改元德寿。至正二十三年(1363年)九月十六日，朱元璋命令徐达留守应天，自己则亲率常遇春、康茂才、廖永忠、胡廷瑞等人，统军亲征陈理。马步舟师，水陆并进，大军直下武昌。十月七日，朱元璋的大军抵达武昌城下。朱元璋命令部将常遇春在四座城门之外安营扎寨，又在长江联舟结为水寨，以便切断武昌与外界的联系，采取围而不打的攻克方式。同时，他又马不停蹄地分兵攻打汉阳、德安等州郡。朱元璋对诸将们说：“这陈理犹如困在了羊圈里的小羊，欲出无门，时间一长，必然会自己乖乖地出来投降。如果他们弃城出来，准备与我们绝一死斗，我们也不要轻举妄动，我们只需坚守在这营栅中继续围困就行了，到时他城中无粮，不怕他武昌城不破。”至正二十四年(1364年)，走投无路的陈理最终还是出城投降了。至此，湖南、湖北、江西等地区完全成了朱元璋的天下。不久广东韶关以北地区也归附了朱元璋政权。打败陈友谅回到应天后，朱元璋觉得如释重负，文武群臣纷纷上表劝他称帝。但朱元璋清醒地认识到：东边的张士诚还没有消灭掉，此时正在虎视眈眈注视着他的一举一动；北方的大元王朝仍未被推翻，势力依然很强，同样不可小视，放眼天下依然是群雄逐鹿的局面。此时称帝，只会给自己招来更多的不必要的麻烦。朱元璋对上表的大臣说：“放眼天下，我朱某人，戎马未息，疮痍未苏，天命难必，人心未定，我还有许多大事要干，我怎么能在此称帝呢？”群臣们依然固请不已。朱元璋想了想，最后说道：“不宜称"帝"，那我就暂且称"王"吧。应天曾是历史上孙权吴国的国都，我想干脆大家称我为吴王好了。”至正二十四年(1364年)正月，朱元璋在应天由吴国公改称为吴王。而张士诚在至正二十三年(1363年)九月自封吴王。这时，同时有了两个吴王并存，于是民间便以张士诚为东吴的东吴王，以朱元璋为西吴的西吴王。朱元璋称王后，为了表示自己还是小明王的一个臣属，立即着手按朝廷规格建立百司官属。中枢机构是中书省，以李善长为右丞相，徐达为左丞相，常遇春、俞通海为平章政事，汪广洋为右司郎中，张昶为左司都事。立长子朱标为世子。他又设立了浙江、江西、湖广、江淮等行中书省，任命了一些文职官吏。然后，朱元璋又对军队进行了整顿。由于自滁州进发江南以来，渡江之后，各式队伍前来投靠，编制很是混乱，朱元璋下令改翼为卫，废除各翼统军的帅府，另设武德、龙嚷等17个卫亲军指挥使司。兵士们的服装也规定一律身穿红色的战袄、战裙，头戴阔檐红皮壮帽，插“猛烈”二字小旗，接着制造了大批武器。经过激烈的生死较量，朱元璋打败了陈友谅的武装力量，消灭了争夺天下的一个劲敌。随着疆土的扩大和机构的健全，朱元璋的实力更加巩固，一个封建政权的雏形已经初步形成。
平定江南
在刘基为朱元璋分析的时务十八策之中，朱元璋的劲敌除了陈友谅，还有一个就是张士诚。张士诚，原名九四，淮南泰州白驹场人。泰州濒临东海，居民多靠晒盐为生。张士诚和兄弟士义、士德、士信都是盐贩子，驾船贩卖私盐。张士诚力大过人，仗义疏财，喜结宾客，很有人缘。盐贩们便推他为头目。当时盐为官营，贩卖私盐是违法的事，盐贩们经常遭到官军的追捕。为了自保避祸，盐贩们便组织起来，成帮结队地贩运私盐。张士诚除了被官府捕抓外，还受当地富豪的压迫。那些富豪抓住他们贩卖私盐的把柄，恶意欺诈，经常买盐不付钱，还三天两头拦截他们的盐船。张士诚咽不下这口气，趁着各地红巾军起义，纠集了潘原明、吕珍等18人，杀了当地那帮富豪，放火焚烧了他们的房子，造起反来。当地盐丁苦于官役过重，都聚集在张士诚的麾下。张士诚率众进攻周围的盐场。在丁溪，遭到当地地主武装“义兵”的阻击，张士义阵亡。张士诚奋起击溃“义兵”，乘胜攻占了泰州。虽然他们不属于红巾军体系，却是一股势力可观的反元武装。