布鲁克本想让这三位副司令架空艾森豪威尔，但他的希望很快就破灭了。这种企图首先遭到了艾森豪威尔本人的反对。他拒绝了英方在地中海作战行动中实施集体指挥的企图。1月20日，当盟军参联会发布命令，指示将作战实际控制权交给副司令时，艾森豪威尔（他当时说自己“满腔怒火”）口述了一份“措辞强硬的电文”，抗议别人干涉他的指挥部署，坚持要维持统一指挥的原则。史密斯恳求他修改一下电文，但是艾森豪威尔只允许史密斯缓和一下语气，但不准改变意思。只要他是总司令，他就要坚决行使自己的权力。他告诉马歇尔：“显然，责任……直接落在我的肩上。”
马歇尔也决心维护指挥的统一。为了帮助艾森豪威尔，他私下告诉前者，自己正推荐他晋升为上将。2月10日，晋升获得批准。四星上将是美国陆军当时最高的军衔（甚至格兰特也只是三星中将而已），1943年时，拥有上将军衔的只有马歇尔和麦克阿瑟二人。
就在两年之前，艾森豪威尔还只是个临时上校。他告诉玛米，晋升的结果是让“我觉得非常谦卑。我没有觉得自己已经‘得偿所愿’，或是觉得自己的主要工作已经完成。我不过是刚开始”。他发誓“永远尽我最大的努力来履行职责”。
在突尼斯，美军占领了战线的南端。他们无所事事，洋洋自得，纪律散漫，对埃尔温·隆美尔的非洲军团毫无准备。这支敌人撤离埃及边境后，经过长途跋涉，即将抵达前线。艾森豪威尔千方百计整顿军纪，提高部队的战备能力，却没有什么成效。责任部分在他，部分在弗雷登多尔。
第2军（由第1步兵师、第34步兵师和第1装甲师组成）兵力过于分散。第1装甲师也被分成A战斗群和B战斗群两部分。最糟糕的是，弗雷登多尔过于担心自己指挥所安全，结果把它设在离前线几英里的峡谷边上，还让二百名工兵修建地下掩体。
艾森豪威尔的领导手段是劝说与暗示，而不是直接插手。虽然他担心弗雷登多尔这种躲在坑道中的做法，在行动上，他只是告诉弗雷登多尔，“最让我不放心的一件事，就是我方某些将军习惯上喜欢守着自己的指挥所”，并请他“务必十分仔细地查看部下是否存在这个问题”。艾森豪威尔提醒弗雷登多尔亲自熟悉地形的好处，还说：“将领就像军队中的其他东西一样，也是可以牺牲的。”但弗雷登多尔对这些暗示无动于衷，继续待在指挥所中。
2月11日，盟军司令部的情报部长报告，突尼斯北部的德军司令冯·阿尼姆将军正从隆美尔亚洲军团那里得到增援，不久之后将对位于第2军防线北端的丰杜克发动主攻。这一情报的来源是无线电侦听。
艾森豪威尔决定亲自赶赴前线，对付阿尼姆的进攻。2月13日下午，他抵达弗雷登多尔的司令部开会，然后彻夜不休巡视前线。眼前的一切使他大为不安。美军仍然是一副沾沾自喜的样子。艾森豪威尔驱车前往A装甲战斗群司令部，趁着月色在沙漠中散了一会儿步。他向东眺望，可以依稀分辨灰暗的群山之中有一个缺口，那就是费德山口。在山口的另一侧，隆美尔和他的非洲军团正在集结。但山口之中却没有什么动静。
凌晨3点半，艾森豪威尔驱车赶往弗雷登多尔的司令部。两小时后，他到达目的地，却得知在他离开费德山口半小时后，德军越过山口，对A装甲战斗群发起了攻击。艾森豪威尔仍然认为，主攻的方向是在北面，这不过是佯攻。他决定赶往自己位于君士坦丁堡的前线指挥所，在那里跟踪整个前线的情况。
2月14日中午时分，他抵达君士坦丁堡，获悉费德山口的进攻是主要方向。隆美尔的装甲部队打败了美军的一个坦克营，击溃一个炮兵营，孤立了美军残余部队。艾森豪威尔花了一天时间，全力向费德地区增派援军，但由于距离太远，再加上道路状况不好，根本无法帮助已被包围的A战斗群。2月15日，隆美尔继续进攻，摧毁了98辆美军坦克、57辆半履带车和29门大炮。A战斗群实际上已经被消灭。
2月16日，非洲军团驶向另一山脉，越过了卡塞林山口。德军眼前是一片开阔地和盟军位于勒凯夫的主要补给基地。局势万分危急。艾森豪威尔要采取补救措施，可以将弗雷登多尔撤职，或是把所有属下换掉。第二个办法有些不切实际，艾森豪威尔也不想在作战期间换掉弗雷登多尔。但他撤掉了自己的情报部长，因为此人“过于迷信单一类型的情报”——无线电侦听（实际上侦听到的情报很准确，但隆美尔根本没有服从上级命令，而是自行发动了进攻）。迫于战局，他拒绝撤换弗雷登多尔。
他紧急调派援军加入战斗。他命令第9师的炮兵急行军735英里赶赴前线，将第2装甲师和第3步兵师的装备交给弗雷登多尔，并向前线输送阿尔及尔和摩洛哥其他部队的卡车、坦克、火炮与弹药。
虽然损失惨重，局面令人尴尬，但艾森豪威尔并没有丧失信心。他意识到，尽管自己对部队再三强调，要消除懈怠，严格执行战场纪律，但这些话并无多大成效。他也认识到，在进攻时遭遇德军所带来的震惊有助于自己达成目标。
在战斗最激烈的时刻，他告诉马歇尔：“战士们学得很快。虽然我相信，现在以生命换来的许多教训其实在国内时就应该未雨绸缪。我向你保证，经历过这场战役的部队，一定会在战斗中做到机动灵活，在战术方面富有效率。”最好的消息是，原先不愿冒着敌人炮火前进的美军士兵，正迅速从隆美尔的打击中清醒过来。美军不再喜欢被动挨打的局面，而是开始踏踏实实地战斗。
然而隆美尔于2月21日通过了卡塞林山口。艾森豪威尔认为，这一情况并非威胁，而是一次机会，因为经过自己的努力，美军火力在攻击点上占有压倒性的优势，尤其是火炮。隆美尔仅有的一条补给线不但漫长，而且通过狭隘的山口，终于使德军露出了破绽。
艾森豪威尔向马歇尔保证：“我们有足够的力量阻止他前进。”除此之外，他还想更进一步。他要求弗雷登多尔立即在隆美尔的侧翼发动反攻，夺取山口，切断非洲军团的退路，最终消灭它。但弗雷登多尔不同意艾森豪威尔认为隆美尔已成强弩之末的判断，而是希望敌人再发动一次进攻，自己采取守势来迎敌。隆美尔审时度势，于当晚开始退兵，并且成功完成了撤军。盟军丧失了稍纵即逝的良机。
从战术上来说，隆美尔取得了一次胜利。他付出了很小的代价，使美军伤亡5000多人，摧毁数百辆坦克及其他装备。但在战略上，他一无所获。实际上，隆美尔帮了艾森豪威尔一个忙。艾森豪威尔在卡塞林会战之前发布了公告。他反复强调，战争极为艰苦，并且一定要让部队认识到这一事实。
但是美军之所以存在种种缺点，艾森豪威尔本人负有最大的责任，原因就是他不够铁面无私。虽然他对弗雷登多尔满腹疑虑，却仍然让他带领部队，听任指挥方面继续一片混乱。他听信了来源单一的情报。在隆美尔最为脆弱的关键时刻，艾森豪威尔未能激励手下的指挥官发起进攻，结果让隆美尔躲过一劫。
卡塞林之战是艾森豪威尔首次指挥战斗。总的来说，他的表现乏善可陈。只是因为美军火力较猛，德军又面临物资短缺，他才没有遭受失败之辱。
但是，艾森豪威尔和美军吸取了教训。他向马歇尔报告，战士们“现在激动不已，做好了战斗的准备”。他本人也是如此。他又说：“从上至下，我们全体将士都认识到，这并非儿戏，决心要大战一场。”他向马歇尔保证，今后他指挥的部队（包括前线部队）“绝不会停止训练”。他撤了弗雷登多尔的职，由巴顿接替。
巴顿到来后，艾森豪威尔向他提了一些建议。其实这些话更适用于艾克自己。艾森豪威尔警告巴顿：“对于任何担负重要职责的人，如果你对他完成工作的能力有怀疑，一定要立即撤换他……与其他迫不得已的事情相比，这件事通常需要更多的勇气，但是我希望你在这方面能做到毫不留情。”
他的老朋友杰罗当时正在苏格兰训练一个步兵师，艾森豪威尔在给他的信中也谈到了上面这一话题。他说：“一定要剔除失职的军官。不要考虑友谊、家庭、为人友善和性情温和这些事，这都与这个问题无关……你一定要严厉。”他说，有必要清除那些“懒惰、懈怠、漠不关心或是洋洋自得的人”。艾森豪威尔本人在这方面能否做到铁面无私，仍有待观察。
巴顿执行军纪非常严厉。他坐着敞篷指挥车，在摩托车警卫的拥簇下，一路按着喇叭四处巡视。看到这阵势，军中人人惊畏。口若悬河的巴顿从不掩饰对英军的蔑视，使美军的自豪感大增。听到英国军官嘲笑美军的作战素质，巴顿怒骂道：“他们会知道我们的厉害。”他质问，卡塞林山口出现危险情况时，英国佬又在何处。但亚历山大告诉巴顿：避免与敌展开激战，不要招惹是非。
看到蒙哥马利给予非洲军团最后一击，而自己只能袖手旁观，巴顿大感恼火。他请艾森豪威尔派他回摩洛哥，以便在那里继续制定进攻西西里岛的计划。艾森豪威尔同意了这一请求，派新到的奥马尔·布雷德利将军（他在西点的老同学）接替了巴顿。艾森豪威尔接着对亚历山大说，在突尼斯战役的最后阶段中，美军必须参战。亚历山大答道，美军在卡塞林山口打了败仗，所以这次他们要守在后方。
艾森豪威尔没有发作，但说话的口气很强硬。他告诉亚历山大，美国把许多先进装备给了英军。如果美国民众觉得自己的军队没有在欧洲战区发挥重要作用，他们可能会坚持采用“亚洲优先”的战略。艾森豪威尔说，最重要的是，亚历山大必须认识到，在粉碎**的战斗中，美军必定会派出大批军队，肩负起大部分重担。因此，必须要让美军士兵对自己的杀敌本领产生信心；倘若只是守在后方，就无法实现这一点。亚历山大试图争辩，但艾森豪威尔坚持己见。最后，亚历山大终于同意将第2军部署在北方沿海的战线上。
说服了勉为其难的亚历山大之后，艾森豪威尔将注意力转向布雷德利。他说，虽然分配给第2军的区域不利于发动进攻，但布雷德利必须克服困难，证明美国陆军的“作战表现起码对得起自己手中的装备”。他指示布雷德利，“周密细致地策划每次行动，集中最大火力支援每次进攻，绝不松懈，务求每个人都能全力以赴……”最后，他提醒布雷德利做事要强硬。艾森豪威尔说，他刚获悉有个步兵营在10人阵亡之后，就请求撤退下来进行调整。这类事情不许再发生。艾森豪威尔说：“鉴于现在情况危急，部队必须完成各自分配的任务。我们必须命令指挥官们身先士卒，确保必要的战果。”
4月的最后一周，艾森豪威尔巡视了前线，对看到的情况很满意。他认为，布雷德利“工作非常出色”。一名英国老兵说，美军第1步兵师是“我见过的最优秀的作战部队之一”。听闻此言，艾森豪威尔倍感欣喜。
战斗进行至5月的第一周，阿尼姆的桥头阵地已经退缩至比塞大和突尼斯城的市区外围。5月7日，英军攻入突尼斯。同一天，布雷德利向艾森豪威尔发出了一份只有四个字的电报：“任务完成。”第2军攻占了比塞大。后续工作就是清除残敌，将轴心国的部队完全赶出突尼斯。
此次战役的最后一周，艾森豪威尔都在前线指挥。战斗给他留下了深刻的印象。2月，他对玛米说，每当自己有些沮丧时，他就会想到“突尼斯寒冷的山地上，那些冒着风雨在泥泞中战斗的士兵”，然后心情就会平复。
5月，他在美国报纸上读到一篇关于他母亲的报道。这篇文章强调了艾达的和平主义信仰和她身为将军的儿子，对此颇有揶揄。艾克在给哥哥亚瑟的信中写道，“新闻记者写的那些俏皮话根本不值一哂，母亲在信仰中得到的欢乐才是我关心的事情。”接着，他也谈到了和平主义者，“这些人只知空谈对战争的痛恨，我怀疑他们是否真的像我这样厌恶战争。”
他说，和平主义者“可能没有见过战场上腐烂的尸体，没有闻过人肉腐烂的恶臭。他们没有到过挤满重伤员的野战医院”。艾克说，他与和平主义者的不同之处在于，自己痛恨战争，但更痛恨**。他还说：“我对战争的憎恨，永远比不上我的信念。那就是，当战争爆发时，我们每个人……都要听从政府的命令。”他也对儿子说：“战争中唯一一个不可饶恕的罪行就是不能恪尽职守。”
5月13日，困守突尼斯的最后一股轴心国部队投降。艾森豪威尔的部队俘虏了27.5万敌军（其中半数以上为德军），这一数字甚至超过了3个半月前俄军在斯大林格勒抓获的俘虏数。
但艾森豪威尔知道，北非战役历时6个月，不但花费了许多时间，也付出了很高的代价——他的部队共有10820人阵亡，39575人受伤，另有21415人失踪或被俘，减员人数高达71810人。但战役终于结束，美军获得了胜利。他最大的贡献并不是指挥英美盟军取得胜利，而是在于坚持英美这两个盟友一起战胜敌人。在很大程度上，正是由于艾森豪威尔的努力，英美同盟通过了首次考验，比以前更加强大。
艾森豪威尔在突尼斯参加了胜利游行后，与英国政治顾问哈罗德·麦克米伦一起飞回阿尔及尔。当他们乘坐的“空中堡垒”轰炸机经过比塞大上空时，他们看到一支庞大的盟军车队正在朝埃及顺利挺进。麦克米伦碰了一下艾森豪威尔的胳臂。他说：“将军，那就是你的胜利成果。”艾森豪威尔转过身来，眼中闪着泪光，微笑着对麦克米伦说：“我们的胜利。你说的是我们的胜利。”
突尼斯战役临近尾声时，艾森豪威尔将目光投向西西里岛及其他地方。他告诉马歇尔，占领西西里岛之后，他准备进攻撒丁岛和科西嘉岛，然后将它们作为跳板，进攻意大利西部。他意识到，这样扩大地中海攻势的规模与马歇尔的想法完全不同。“‘围歼’计划是正确的方向，我个人对它的信念从未动摇。”艾森豪威尔这样安慰马歇尔。在1943年的夏季，盟军若是一事无成岂不是很遗憾，更何况占领这些地方并不需要很多的投入？——艾克说话的口气像极了1942年7月的丘吉尔。艾森豪威尔指出，地中海早已成为主要战区，所以只要付出较少的额外投入，盟国就能继续保持对德国的压力，满足公众希望军队有所作为的要求。
而马歇尔认为，问题恰好出在这里，因为这是一种得过且过的思想，缺乏战略目标。击败意大利不但于事无补，反而会成为负担，因为盟国不得不通过海运为意大利人提供补给。马歇尔告诉艾森豪威尔：“我们早晚要下决心从英国进攻欧洲大陆。”如果盟军占领地中海的西西里岛之后不再发动其他攻势，进攻大陆的计划也就能早些实施。