克拉克的部队在向滩头陆地进发。德军正在夺取罗马的控制权。他们在萨莱诺有一个师，并能迅速向那里增派兵力。艾森豪威尔告诉马歇尔：“我们有可能会遭到一些麻烦。”
9月9日，艾森豪威尔一觉醒来后得知，克拉克的第5集团军已成功登陆，但德军已经控制了罗马，意大利政府惊恐万分。早上5时，国王、巴多利奥及最重要的军事领导离开罗马，逃往南方寻求盟军的保护。
根本没人向意大利地面部队（总兵力约170万人）下达命令。德军解除了多数意军的武装，而其他人则丢下军装，混入百姓之中。几乎只在一夜之间，意大利军队不复存在，意大利成了一个被占国家。
艾森豪威尔发电报给逃到布林迪西的巴多利奥，敦促他采取行动。艾森豪威尔说：“意大利的未来与荣誉完全取决于意军现在准备发挥的作用。”他要求巴多利奥向所有意大利爱国人士发出呼吁，“掐住每个德军的喉咙。”
这一呼吁收效甚微。不过，意军舰队的确驶离港口加入了盟军，从而将巴里、布林迪西和塔兰托拱手让给了坎宁安的舰队，英国第1空降师趁机占领了意大利的最南端。但在地面部队方面，请意军采取行动根本就是白费力气。除了舰队之外，盟军从停战中得到的只有国王与巴多利奥象征性的领导权，而这两人都已经逃离了首都。
在萨莱诺，盟军取得了最初的胜利，但上午十时左右，局势开始令人不安。英军与美军的滩头阵地之间存在一个25英里宽的缺口。两军试图会合，但是敌军的抵抗越来越强。克拉克想请艾森豪威尔将第82空降师紧急调往缺口处，但艾克急切之间找不到可用的登陆艇。9月9日中午，艾森豪威尔告诉盟军参联会：“我认为，今后几天萨兰诺的局势千钧一发，极其危急。”如果他有足够多的登陆艇把第82空降师立即送上岸，“基本上就能做到胜券在握”，但就目前的状况来看，“我们必定要面对一些苦战。”
情况果真如此。9月10日，德军开始对滩头阵地实施一系列反攻，进攻的重点正是英、美两军之间的缺口。到了11日，德军在该地区投入了5个师，克拉克的第5集团军似乎面临灭顶之灾。艾森豪威尔手中没有可以增援克拉克的登陆艇，只能把第82空降师空投至滩头阵地上。他催促蒙哥马利从意大利的靴尖部急速向北挺进，威胁德军的左翼（虽然敌人的抵抗微不足道，但英国第8集团军登陆后的头7天之中却只前进了45英里）。艾森豪威尔紧急向狭窄的滩头阵地调派飞机，进驻那里的小型机场。他还准备了另一个步兵师，只要登陆艇一到手，即刻赶赴萨莱诺。他恳求盟军参联会能够增派B-24轰炸机。他说：“此刻我愿意付出明年的工资，来多换两三个重型轰炸机大队。”
形势非常紧急，一个拥有四个师的集团军面临被全歼的危险。克拉克给艾森豪威尔发了一封电报，暗示他准备将司令部转移到军舰上，以便同时控制两处战场。哪处战场获胜的机会更大，就在哪处继续战斗。
这封电报使艾森豪威尔火冒三丈。他告诉布彻和史密斯，司令部应该最后撤离，克拉克应该表现出海军舰长与军舰共存亡的精神。他大声喊道：“天哪！第5集团军应该以斯大林格勒的苏军为榜样，寸土不让，坚持战斗。”他怀疑，让克拉克负责指挥可能是个错误，也后悔自己当初没有选择巴顿。
虽然克拉克继续让他失望，但艾森豪威尔一直都没有考虑撤换克拉克。第一个原因，他喜欢并尊重克拉克；第二个原因，他把当前的困境归咎于盟军参联会，而不是克拉克。
如果上级能够采纳意见，给他所需的轰炸机和登陆艇，萨莱诺不会出现问题。而现在的情况是，“我们的集结极其缓慢，敌人始终能够调动大批兵力来对付我们”，因此才造成了危急局面。
艾森豪威尔在9月14日那天的日记中承认，副手们曾经警告过他，用于此次进攻的登陆艇和空中掩护不足，建议取消此次行动。发动进攻“完全是我个人的决定。如果出现差错，只能由我来承担责任”。在给马歇尔的报告中，他说自己相信克拉克能够守住阵地。如若不然，“我……就会宣布，我们的登陆被敌人击退，而原因就在于我错误判断了敌人在那个地区的兵力。”但他坚信：“虽然目前战况告急，我们一定可以渡过难关。”
9月14日，德军发动进攻。千钧一发之际，美军炮兵坚守阵地，挡住了德军的突击。艾森豪威尔一边给克拉克加油打气，一边要求特德将“所有能飞的战机”（包括所有轰炸机）派往萨莱诺，还命令坎宁安让所有战舰靠近岸边，用舰炮轰击德军。那天盟国空军投下了3020吨炸弹，而盟国海军（多数为英国皇家海军）发射了1.1万多吨炸弹，为滩头阵地上的地面部队提供直接支援。夜幕降临时，危机终于解除。第二天，第8集团军的先头部队与第5集团军的巡逻队取得了联系。9月18日，德军脱离战斗，开始撤军。
两周之内，艾森豪威尔的部队在意大利境内建立了一条连续的战线，而蒙哥马利的右翼部则与来自意大利靴跟部分的英国第1空降师会师。盟军损失惨重，各部队伤亡程度相差悬殊：第5集团军死伤1.4万人；第8集团军600人。盟军开始向那不勒斯及位于福贾的机场进发。
就在此时，马歇尔对艾森豪威尔的指挥提出了一些批评，并加上了改进的建议。马歇尔说，对艾森豪威尔未能派第82空降师占领罗马颇感失望，对选择在意大利靴尖位置登陆的做法也非常不满，认为此举过于保守。马歇尔担心，如果艾森豪威尔浪费时间巩固那不勒斯周围的阵地，德军就会趁机构筑防线，给盟军进攻罗马设置极大的困难。他建议，一旦盟军兵临那不勒斯城下，艾森豪威尔可以指挥第5、第8集团军停止进攻，采用水陆并进的方式，急速向罗马开进。
艾森豪威尔有些恼怒地回答，他也想勇敢一些——“只要能让一个战斗力很强的师在加埃塔湾（那不勒斯北部）登陆，我愿意献出自己的全部家当。”可他手里就是没有登陆艇。艾森豪威尔口述电报为自己辩护时，脸色阴沉，一副专注的神情。
艾森豪威尔提醒马歇尔，自己并无足够的登陆艇，而德军一个装甲师在加埃塔湾，另一个师在罗马，另有一个预备役师可支援上面任何一处。艾森豪威尔觉得，如果自己派少数部队登陆就会被迅速消灭；如果派足以自保的大部队登陆，运送或维持又成了问题。
最后他写道：“总而言之，我们时刻都在寻找机会，希望能够运用海空军的力量来夺取敌方阵地……我殚精竭虑，只是想让部队加快行动，不畏艰险，勇猛攻击。其他人不可能比我更加用心。”
艾森豪威尔正在口述命令时，丘吉尔给他发来了一封电报。首相恭喜艾森豪威尔成功在萨莱诺登陆，还说：“威灵顿公爵谈到滑铁卢之战时曾说，‘这一仗胜得非常侥幸。’”丘吉尔说，他很佩服艾森豪威尔的“冒险”策略。艾森豪威尔兴高采烈地将这封电报转给了马歇尔，并说：“我相信那个人（丘吉尔）把我当成了赌徒。”
不管艾森豪威尔是不是赌徒，9月26日之前他执意指挥部队从陆路向罗马进军，但是这种正面接敌的战术推进慢，代价大。虽然他仍然希望自己能在10月底之前攻下罗马，但是他大错特错。由于气候恶劣，地形复杂，再加上敌人的顽强抵抗，盟军进展缓慢。倾盆暴雨使得盟军的空军无法参战，坦克无法离开道路实施机动，火炮陷在泥泞之中。由于没有登陆艇，盟军无法利用制海权，所以艾森豪威尔手中的装备没有什么用处，而德国利用他们超过二比一的兵力优势（艾森豪威尔的11个师要对付德军25个师），使盟军每前进一步都要付出血的高昂代价。从10月至11月整整两个月，第5和第8集团军试图发动攻击，但成果甚微。德军使意大利的战局陷入了僵局。
艾森豪威尔的新办公室位于那不勒斯北部的卡塞尔塔宫。他住的一个房间大得可以当火车站。他抗议房子太宽敞，但无人理会他的意见。他手下的参谋人员都搬进了豪宅，将军们也不甘落后。艾森豪威尔坐船巡视卡普里岛，看到一幢大别墅。
他问：“那是谁的房子？”手下答道：“长官，那是您的房子。”——这是布彻所做的安排。艾森豪威尔摆头看着另一幢更大的别墅，问道：“那幢房子呢？”“那是斯伯茨将军的房子。”
艾森豪威尔火冒三丈，“该死的，那不是我的别墅！那也不是斯伯茨将军的别墅！只要我是这里的头儿，那些房子不属于任何一位将军。这应该是成为参战人员的休养中心，而不是高级军官的游乐场！”他说到做到，回到岸上后，立即致电斯伯茨：“这种行为直接违反我的政策，必须马上停止！”
关心下属是艾森豪威尔的典型作风。这使他备受爱戴。卡普里岛发生的一切和其他类似事件很快在部队中传开，将士们欣喜不已。听说艾森豪威尔教训了斯伯茨或其他一些将军，那些在意大利的泥泞中艰难行军的士兵都很高兴。士兵们也很欣赏艾森豪威尔像中士一样骂人。再加上他经常访问前线，认真倾听部队的意见，尽心尽力地为部队办事，更是获得许多好评。
艾森豪威尔也乐于借着访问前线的机会，躲开那些进入他所辖战区的大批“贵宾”。同战士们聊天让他神采焕发。“我总是觉得，离前线越近，战士们的士气越高，埋怨越少。没有人知道我多么喜欢在他们中间走动。和真正的战士待上一天，我总是觉得很高兴。”
罗斯福总统前往开罗参加盟军参联会的一次会议，途中来到了地中海，艾森豪威尔飞往奥兰与总统见面，然后陪同他前往突尼斯。在那里，他们乘车参观了古战场和刚发生过战斗的地方，并且进行了一次长谈。罗斯福总是在快速转换话题，艾森豪威尔发现他非常健谈。
在谈话之中，罗斯福总统提到了“霸王”行动，这是跨海峡攻击行动的新代号。罗斯福觉得应该给马歇尔一次公平机会，让他能够以野战部队司令的身份名留青史。当天晚些时候，陪伴罗斯福的海军上将金告诉艾森豪威尔，自己曾坚决要求总统把马歇尔留在华盛顿，但没有成功。金告诉艾森豪威尔：“我很不愿意见到马歇尔将军离开参谋长一职，但想到你能接替他的工作，我又感到很宽慰。”艾森豪威尔把金的这席话“几乎当成了正式通知，认为自己很快就会卸去战地指挥权，返回华盛顿”。