对艾森豪威尔而言，这是他一生中最痛苦的经历之一。他想支持最高法院，却又不愿冒犯许多南方的朋友。他想执行法律，但又不愿动用武力。他不想与任何人为敌，但别人似乎总是来自南方的白人种族隔离分子。他两次成功地当选为国家领袖，却又不愿在民权问题上发挥领导作用。他自相冲突的情感和言论最终引发了混乱，使得种族隔离分子以为总统决不会采取行动。
1957年8月和9月，南方种族隔离分子为抵制“布朗案”及其相关判决全力出击。8月2日凌晨，高潮终于到来。参议院对艾森豪威尔的民权法案进行了精疲力竭地辩论，然后举行投票，以51票对42票通过了该法案关于陪审团审讯的修正案。
艾森豪威尔早上醒来后，得知投票情况，非常愤怒。在上午9时召开的内阁会议上，他说这次投票是“过去四年中最严重的一次政治挫折，主要是它严重违背了美国的一项基本原则”，那就是选举权。艾森豪威尔说，他绝不会原谅那些在投票中与南方议员站在一起的人（共和党参议员这样做的有十二人，其中包括亚利桑那州的巴里·戈德华特）。在当天上午晚些时候发表的声明中，总统宣布陪审团审讯修正案将使司法部无法对拒绝登记黑人的南方选民登记员定罪。他说，参议院的投票结果使千百万“继续……被剥夺权利的美国同胞”感到“极其失望”。
尽管总统的言辞比较激烈，但参议员还是在8月7日以72票对18票通过了被阉割的民权法案。接着，法案被提交至参众两院协商会议（众议院原先已经通过了艾森豪威尔想要的法案），解决两院之间存在的分歧。
如果众议院同意这个有缺陷的陪审团审讯修定案，他不知道如何应对。他得到的建议自相矛盾。白宫收到的信件要求他不可签署这个“空头”法案，知名的黑人领袖也赞同这样的意见。拉尔夫·邦奇写道：“有一个被参议院阉割过的法案，还不如根本没有好。”棒球运动员杰基·鲁宾逊致电表示反对。他说：“我等待一个有意义的法案已经用了很长时间。我可以再等些时候。”鲁宾逊是最近出现的民权领袖之一。民权运动元老，也是资格最老的领导之一菲利普·伦道夫也赞同鲁宾逊的反对意见。伦道夫说：“这比根本没有法案更糟。”但全国有色人种协进会认为，有总比没有好，想让艾森豪威尔签署这一法案。小马丁·路德金也表示赞同。
没有人对协商会议通过的法案感到满意。法案规定，法官有权决定被告是否需要接受陪审团的审讯；它还设立了一个为期两年的民权委员会；并在司法部设立了一个民权处；授权司法部长，当个人投票权被剥夺时，可以发布强制令。但是，对破坏选举权的处罚非常轻，司法部长面对的障碍又非常多，结果这个最终通过的法案，远远不能为基本民权提供保障，虽然艾森豪威尔坚持说这种民权是所有美国人的天赋权利。部分民权领袖指责南方的参议员要对这一结果负责，但其他民权领袖说这是艾森豪威尔的责任，因为他没有在这个问题上发表坚定、明确的意见。
这份千疮百孔的法案很难说完全是艾森豪威尔一个人的过错，但是这个法案对于民权问题的含糊、犹豫的处置的确反映了总统个人优柔寡断的态度。他仍然犹豫是否要签署这个法案。等到他9月9日决定要签署的时候，小石城事件已经使法案蒙上了阴影，它得到签署一事基本上无人关心。这一法案的生效也未能引起多少关注或实际行动。可以说，艾森豪威尔把维护黑人公民宪法权利的问题交给了他的继任者。
9月4日，对国会纷争深感厌倦的艾森豪威尔和玛米飞往罗德岛的纽波特，在那里海军基地过暑假。抵达纽波特后，艾森豪威尔在市长和其他当地知名人士举行的招待会上说：“我向你们保证，这次休假非常顺利。”
实际上，这次休假非常多灾多难，因为就在前一天，阿肯色州州长奥瓦尔·福伯斯给艾森豪威尔制造了他千方百计想要回避的问题，那就是州长公然对抗法院的命令。福伯斯调集阿肯色州国民警卫队，将它部署在小石城中央高中的周围，并且命令部队阻止十来名黑人学生进入该校。
经过几番司法协调，一位联邦法官于9月20日禁止福伯斯和阿肯色州国民警卫队干涉中央高中的种族融合过程。福伯斯发表声明，对联邦法院的权威提出质疑。当天下午，艾森豪威尔打电话给布劳内尔。后者向总统汇报了福伯斯的行为，并说州长可能会撤走警卫队，将中央高中周围的街道交给种族主义暴徒。他也可能走上“直接对抗”的道路。布劳内尔说，不管如何，总统都需要作出一些艰难的决定，包括动用美国陆军来执行法院的命令。
艾森豪威尔说自己“讨厌动用部队”。他担心“行动会升级，暴力也会出现”。随后，艾森豪威尔说出了他一直以来最担心的事。他问布劳内尔：“如果孩子们上了学，而福伯斯州长关闭学校，他这样做是不是合法呢？”布劳内尔说，他要去查一下。艾森豪威尔担心，一旦南方取消公立学校，联邦政府将毫无办法。而一旦有了联邦政府的权威受到违抗的先例，这将对黑人，对南方贫穷的白人和整个国家产生灾难性的后果。
9月23日（周三）上午，一群大喊大叫的种族主义暴徒聚焦在中央高中周围，狂叫着反对取消种族隔离。暴徒人数估计有五百至“数千人”之多。这帮暴徒突然袭击了两位黑人记者。当暴徒们把记者们推翻在地并且实施殴打时，九名黑人学生从侧边溜进了学校。得知这一消息的暴徒们更加愤怒。他们冲过警察设置的路障，想要闯进学校，发誓要“绞死黑鬼”。警察根据小石城市长的命令，转移了这些黑人学生。中央高中的种族融合只持续了三个小时。
在担任总统的四年半时间中，艾森豪威尔渡过了许多次危机，办法就是拒不承认危机的存在。他最喜欢的办法就是照常行事，尽可能地按惯例办事，讲话做事有节制，等待激烈情绪最终冷却下来。但是他任由事态自由发展，企图和福伯斯进行谈判，对种族融合问题未能发表强硬讲话，或是在道德问题上发挥真正的领导作用，结果他发现自己深陷于自己一直想避免的麻烦之中。他似乎有些不知所措。曼市长的电报使他别无选择，只能动用武力。
但他可以选择使用哪一种武力。中午12时08分，他打电话给布劳内尔，称终于决定动用武力。他说，他想使用美国陆军。他接受了布劳内尔的建议，同时命令阿肯色州国民警卫队听从联邦政府，与正规军并肩行动。12时15分，他通过电话向泰勒将军下达了命令。他要求泰勒立即行动，以显示陆军能迅速作出反应。数小时之内，第101空降师的500名伞兵按照泰勒的命令抵达小石城；另外500名士兵于日落前到达。
整个南方的白人种族隔离分子都被“入侵”所激怒。游行示威的人举着横幅，嘲讽陆军的招募口号：“参加陆军，看好中学！”林登·约翰逊称：“双方都不应有部队在校园内巡逻。”伊斯特兰参议员说：“总统之举是想摧毁南方的社会秩序。”奥林·约翰斯顿参议员大胆地宣称：“如果我是州长，而他闯了进来。我一定和他好好打上一仗。”
第二天上午，第101空降师的部队驱散了暴徒，只发生了很小的事故（有一人被刺刀扎伤），有九名黑人学生进入中央高中，在军队的保护下，完成了一天的学业。中央高中实现了种族融合。这是种族隔离分子发誓要阻止的结果，而艾森豪威尔的命令使之成为现实。福伯斯迫使艾森豪威尔面对这样一个重大问题：南方的州长是否可以动用州武装力量来阻止种族融合？但是，由于福伯斯被迫在公然蔑视联邦法院命令的情况下提出了这个问题，从而使得艾森豪威尔除了行动，别无选择。艾森豪威尔在采取行动之前，已经被逼得走投无路，但在关键时刻，他履行了自己的就职誓言。他逐渐使多数南方的白人意识到，他们不能使用武力阻止种族融合。
危机逐渐消除。福伯斯继续叫嚷，不愿服从命令，但到了10月14日，局势已经相当稳定，艾森豪威尔撤回了一半陆军兵力，并解除了百分之八十州警卫队员的联邦职责。接下来一周，布劳内尔实现了他长期以来的辞职意愿，重操旧业。这一做法有助于平息民间的激动情绪，因为许多南方人认为布劳内尔是这次事件中的反派角色。10月23日，黑人学生不需军队保护就可进入中央高中。11月，第101师最后一批部队撤离。由联邦政府控制的国民警卫队仍然留守直到1958年6月学年结束。当年9月，福伯斯做了艾森豪威尔最担心的事情——他完全关闭了中央高中（1959年秋该学校在实现种族融合后重新开学）。
对艾森豪威尔来说，小石城事件是“超乎想象的麻烦事”。但危机结束时，它成了一件很平淡的小麻烦事，因为那时美国教育的另一场危机使小石城事件黯然失色。这次危机是由苏联人引起的。
艾森豪威尔度过了许多个令人沮丧的秋天。1942年，他陷入了突尼斯的泥淖；1943年，在意大利受困；1944年遭遇了“西部壁垒”。1954年，他在秋季选举中失去对国会的控制。1955年9月下旬，他第一次心脏病发作。1956年10月，苏伊士运河出现危机。1957年9月，小石城事件。对任何人来说，这一切已然难以承受，可是令人沮丧的事情继续发生。1957年10月4日，苏联向地球轨道发射了世界第一颗人造卫星，名为“斯普特尼克”（意为“旅伴”）。这一重大成就对艾森豪威尔及其政府来说“完全出乎意料”。但是正如艾森豪威尔在其回忆录中所承认的那样，“最出乎意料的是……公众对此事的极度关注。”