五天之后，就在赫鲁晓夫尚未对艾森豪威尔的建议作出答复时，麦科恩与艾森豪威尔会面，要求“再进行一次核试验”。他说，自己需要总统“立即”作出决定。艾森豪威尔“大感恼怒，说自己已经宣布中止核试验，而现在‘他们’还想再进行一次大规模试验”。但麦科恩坚持己见，终于使不耐烦的总统同意了。8月22日艾克发表声明当天，英国开始了新一轮核试验，在圣诞岛上进行了一次核爆炸。
8月29日，赫鲁晓夫表示他愿意在10月底举行谈判。同一天，原子能委员会开始新一轮试验，正式名称为“硬饼干二号”，但报界称之为“最后期限”行动。“硬饼干二号”测试了19次核爆炸，大部分是低当量爆炸，其中包括一枚用火箭筒发射的核弹，可由两人在不到二英里的射程外发射。苏联也抓紧时间进行核试验，从9月30日起开始一系列试验，连续测试了14次爆炸，在此过程中，释放出大量放射性物质。自1945年以来，美苏在1958年终于首次中止核试验，但在这一年中，三个核大国引爆的核炸弹要多于以往任何一年（仅在1958年10月一个月内，苏联实施的核爆炸就超过了1957年全年核爆的数量）。据统计，全年共有81次核爆炸。辐射水平达到了顶峰。但是，至少人们看到了结束这一切的真正希望。
与此同时，随着中期选举的临近，共和党内弥漫着一片绝望情绪。第一个原因是艾森豪威尔否决农业法案；第二，共和党提出的候选人相对较为平庸。小石城事件和苏联发射卫星更使共和党感到苦恼。民主党急于扩大他们在国会中的领先地位，希望为1960年的总统选举打下基础。他们正在积极展开竞选，改变他们在1952年大选中的劣势，反守为攻。在这种情况下，民主党似乎必将大获全胜。
几乎所有共和党人都想找一个替罪羊。多数人责怪舍曼·亚当斯。9月初，要求他辞职的压力令人无法抵挡。但艾森豪威尔仍然不愿意让亚当斯离开。作为将军和总统，艾森豪威尔发现很难撤换一名恪尽职守、忠心耿耿的部下，不管这个人已经成了多大的障碍。他对待亚当斯就是如此。
9月17日，艾森豪威尔会见了亚当斯表示，他愿意递交辞呈，但他想再等一个月左右，以便处理好个人的事情。艾森豪威尔告诉他：“如果我们办了什么事，或是我们做了某个重要决定，就像我一直说的那样，你必须自己采取主动。”但会见之后，总统改变了主意。他打电话给亚当斯，说自己不能让这事再拖上一个月。随后他又说，他会保护亚当斯“不受任何冷遇”。
五天之后，也就是9月22日，亚当斯宣布辞职。艾森豪威尔“极为惋惜”地接受了辞呈。脓疮已经割除，但这次手术能否治愈病入膏肓的共和党，仍然难以预测。
尽管舍曼·亚当斯已经辞职，但艾森豪威尔和共和党在中期选举前夕仍然感到前景黯淡。民主党人正在选举中大肆攻击共和党，主要罪状就是“六年来缺乏领导的摇摆不定，使我们差点……在没有做好充分准备的情况下单独打一场核战争。”他们指责艾森豪威尔允许美苏“导弹差距”继续扩大。这一招史蒂文森在1956用过，但并未取得多大成功。接着赛明顿继续穷追猛打，终于使民主党在1958年选举中看到了成效。
艾森豪威尔试图把这个问题排除在政治之外。他首先努力纠正民主党批评者的错误看法。为此，他派艾伦·杜勒斯给他们做了一次情况说明。但他不允许杜勒斯透露任何关于U2计划的确切情况，因此无法说明消息来源的杜勒斯缺少说服力。与此同时，艾森豪威尔在记者招待会上，总会赞扬一下美国的国防，对“导弹差距”表示不屑。但是他说得十分含糊，又不引用数字或说明消息来源，因此，他也同样无法说服别人。
民主党喜欢指责的另一件事，就是共和党内已经分裂成保守派与艾森豪威尔中间派。艾森豪威尔极想把这样的指责转移到民主党头上。10月20日，总统在洛杉矶的一次重要竞选演讲中，称民主党“不是一个——而是两个——有着同一名字的政党。他们只是两年一次联合起来进行政治竞选活动”。其中一翼是南方保守分子，而另一翼是大肆挥霍的“政治激进分子”。民主党的胜利意味着无数新的社会项目，更高的国防开支，还有降低税收，而这一切将引发无法控制的通货膨胀和联邦政府的不断扩大。
1958年11月4日，尽管艾森豪威尔事先作出了警告与努力，但是共和党仍然遭遇了“大萧条”以来最严重的失败。在新一届国会中，民主党人在参众两院都以接近两比一的优势超过共和党。民主党拥有35名州长，而共和党仅有14名。洛克菲勒在纽约州的胜利被诺兰在加利福尼亚竞选州长的失败所抵消。总而言之，这是共和党的一次惨败。虽然共和党的领导人是一位受人拥戴的总统，但它仍然受到了民众的唾弃。这也使艾森豪威尔成为第一个在任期内，连续三届国会都被反对党控制的总统。
自从1954年以来，由于艾森豪威尔和杜勒斯将注意力放在欧洲、中东和亚洲，美国或多或少忽视了拉丁美洲。美国政府，尤其是拉丁美洲专家米尔顿·艾森豪威尔，曾呼吁增加对该地区的经济援助，但是从国会得到拨款极其困难，因而成效不大。像以往一样，拉丁美洲的激进分子指责美国应对普遍的贫困与不满负责，而美国也像往常一样，只要这些人没有威胁要推翻亲美政府，总不会去理会这样的煽动。
但在古巴这个最繁荣的西班牙语国家，这一政策惨遭失败。在那里，菲德尔·卡斯特罗发动了一场叛乱，对抗腐败和反动的独裁者富尔亨西奥·巴蒂斯塔。巴蒂斯塔声名狼藉，而卡斯特罗年轻、浪漫，充满活力。
1959年元旦，巴蒂斯塔逃离古巴，菲德尔胜利地进入哈瓦那。美国与其他美洲国家一起承认了新政权。卡斯特罗任命古巴自由派人士在他的新政府中担任高级职务，这使华盛顿产生了希望。但1月中旬，卡斯特罗使共产党在古巴合法化。而到了月底，他的首任总理辞职，抗议处决巴蒂斯塔的支持者，反对卡斯特罗演说中越来越强的反美立场。2月13日，卡斯特罗亲自出任总理。接下来的数周时间中，处决和针对美国的攻击不断升级。
美国对拉美激进主义的传统做法是派海军陆战队出击。这是艾森豪威尔根本不予考虑的选择，因为卡斯特罗不仅在古巴，甚至在整个拉丁美洲和美国都很受欢迎，而且派兵也可能对世界舆论产生不良影响。除了派兵之外，中情局给了他另一个选择。
在艾伦·杜勒斯的领导和艾森豪威尔的鼓励下，中情局一直在世界各地进行秘密活动。有过1953年的伊朗政变和1954年危地马拉行动那样最为成功和出色的成绩，但是有些行动（例如1956年在匈牙利）却遭受惨败。不管如何，秘密行动仍然是艾森豪威尔在冷战期间的主要武器。现在问题是如何通过中情局来除掉菲德尔。
1958年10月31日，“禁止核武器试验会议”在日内瓦召开。一周之前，艾森豪威尔会见戈登·格雷，商讨美国谈判小组应该遵循的原则。格雷对国家安全顾问一职非常重视。在与艾森豪威尔谈话时，他比卡特勒更加直率，也更加好战和活跃。与福斯特·杜勒斯相比，他更不信任苏联。他提醒艾森豪威尔，要对核禁试谈判保持高度谨慎。但艾森豪威尔认为，有必要冒些风险。虽然他坚持称自己绝对不会危害美国真正的安全利益，但艾森豪威尔说，由于这类武器武器数量大，运载手段不断改进，“他希望在谈判中做法可以宽松一些。”他说，继续进行核试验和军备竞赛，“使他感到恐惧”。
尽管艾森豪威尔总统表示了明确的态度，但谈判开局不利，在第一天就陷入了僵局。问题出在日程上。苏联希望谈判开始时讨论全面核禁试，而美方坚持要讨论核查制度。双方各自坚守自己的立场，没有给谈判留下多大余地。但至少大家都自愿暂停核试验。虽然苏联玩弄花招，在日内瓦谈判的第一周内进行了两次核试验，但艾森豪威尔承诺，如果苏方停止试验，他也会照办。因此，11月3日之后苏联不再进行核试验。这样，正如《时代》杂志所言，艾森豪威尔做了他一直来自称不会做的事，“在没有任何核查条款的情况下，主要凭借诚信停止了（美国的）核试验。”
苏联人从艾森豪威尔那里得到了他们想要的不受监督的核禁试，终于在日内瓦首次同意将核查制度提上日程。谈判人员接受了设有180个哨位的检查系统。但后来苏联坚持否决由七个国家组成的控制委员会，谈判再次陷入僵局。因此，急于打破僵局的艾森豪威尔接受美驻日内瓦代表团成员艾伯特·戈尔参议员在11月中旬提出的建议。戈尔认为，由于核查问题的存在，双方不可能达成全面核禁试协议。他恳请艾森豪威尔宣布一个为期三年的单边保证，在此期间不在大气层中进行对全世界具有辐射危害的核试验。戈尔告诉艾森豪威尔，苏联人一直在放射性尘埃问题上猛烈攻击我们，但是如果美国只开展地下试验，“苏联将不得不这样做，或是在宣传上处于守势。”
艾森豪威尔大为苦恼。他很想达成核禁试协议。实际上，他要的不仅是这个，而是想实现真正的裁军。但他觉得自己不能信任苏联。
1月12日，总统科学顾问委员会委员、乌克兰出生的乔治·基斯佳科夫斯基博士提醒总统，指出苏联拥有了一支能够作战的洲际弹道导弹力量。艾森豪威尔说，情况可能属实，但他仍然怀疑苏联导弹数量不足，精度不够，无法造成太大的破坏。“他然后问道，如果苏联对准我们发射这些武器，将会出现何种结局。他们仍然难以逃过被消灭的命运。他怀疑，这并不是一种可行的作战方式。虽然他承认，这是一种摧毁美国大部分力量的办法，但接下来的报复将使战争变得毫无意义。”
早在1956年，后来加入总统科学顾问委员会的科学家中，多数人都反对进一步开展核试验，基利安尤为突出。1958年春，基利安及其他人再次断定，核禁试对美国有利；利用较少（180处）的核查点，就能发现低当量地下爆炸之外的所有核试验。根据这一分析，艾森豪威尔同意美国参加日内瓦谈判，并单方面暂停核试验。
但是当这些科学家们成为总统的正式顾问后，部分人士在基利安和基斯佳科夫斯基的领导下，开始觉得核禁试并非明智之举。12月下旬，委员会向总统报告，称它无法探测2万吨当量的地下核爆炸，因此，要监视全面核禁试，就需要数千个核查点。可想而知，艾森豪威尔对这些科学家大为不满，因为他知道大幅增加核查点会给苏联提供被美欺骗的口实。他也不喜欢有人向他提供错误情报。更糟糕的是，他还据此采取了行动。
但他认为自己还是要听从科学家的意见，因此1959年1月5日，日内瓦的美国代表团公布了最新发现的结果，要求增加核查点。苏联拒绝讨论这些数据，谈判再次陷入僵局。艾森豪威尔指示基利安成立一个新的委员会，寻找通过少数核查点实施可靠核查的办法。
1月16日，麦科恩向总统提交了一个申请，要求建造一个新的反应堆，以便按照国防部的需求生产更多的核弹。艾森豪威尔大发雷霆，称未经自己批准，根本不存在任何“需求”，并说当时每天生产近两枚核弹，提高生产速度毫无意义。他说，国防界的人正在“使自己处于一个难以置信的地位。他们拥有的武器不仅足以摧毁全世界所有目标，而且储备的武器足以摧毁世界三次”。
美国早已具备了攻击苏联的强大能力。1958年11月下旬，总统评估了国防部对1960财年的预算要求。参联会需要500亿美元，国防部将其减少至438亿美元，而艾森豪威尔想将它减少至400亿。参联会和国防部仍然什么都想要，包括制造第二艘核动力航空母舰。艾森豪威尔表示反对。他说自己“想象不出一场争夺海面的战争”，现有的常规航空母舰提供了充足的机动力，能够满足任何小规模战争的需求，或是从事像出兵黎巴嫩那样的干涉行动。他坚持暂缓制造航母，削减其他开支，将总支出减少至400亿美元，因为“除非（联邦）预算能够收支相抵，否则国防系统的采购毫无用处。”
艾森豪威尔大力追求财政统一，甚至动用否决权，这一切发挥了作用。民主党人建议，四年之内每年花费4.5亿美元进行城市改造。艾森豪威尔表示了强烈的抗议，并从南方议员得到了足够的支持，否决了这项提案。当国会最终在开支已经减少的情况下通过了一个住房法，艾森豪威尔投了反对表。由于存在来自南方的选票，参议院无法推翻总统的否决。这一年中，这样的情景反复出现。令艾森豪威尔高兴的是，1960财年他手中有了10亿美元的盈余。