最后列宁去了柏林。列宁经常去皇家图书馆看书，在那里研究国内得不到的马克思恩格斯著作。因为买书太多，他不得不写信向母亲请求经济上的援助。同时，他在柏林期间还注重研究西欧工人运动，并参加那里的工人集会。晚间，他通常到各处走走，考察柏林的社会风尚和市民生活习惯，并借机学习德语。他觉得到各种民间的娱乐场所游访，要比到博物馆、剧院和商场等地方去更有意思，更能了解到市民社会的真实情况。
四个半月的出国旅行结束了。列宁感到满意的是，他不仅完成了任务，扩大了视野，而且从国外带来了一只夹底箱子，夹层中间装满了秘密书刊。
通过海关时，警察察觉了列宁箱子夹层的破绽，警察局企图以箱子为线索，采取“放长线，钓大鱼”的手段，监视大批领取和散发秘密书刊的人，争取一网打尽。之后，警察加强了对列宁的监视。
1894年秋天后，工人运动趋于活跃起来，对此，列宁提出了进行鼓动的倡议，推动小组成员同工人群众建立更广泛的联系，把经济鼓动和政治鼓动结合起来。彼得堡的警察面对范围日益扩大的秘密传单感到十分头痛，采取了更加严密的监视措施。为了避免更大的危险，列宁要求大家在私人交往中避免知识分子自由散漫的毛病，没有真正的事要办，不要你来我往“开怀畅谈”一番。为了谨慎起见，小组成员都起了外号，列宁叫“尼古拉·彼得罗维奇”，瓦·瓦·斯塔尔科夫叫“捷姆利亚尼卡”（维维），古楚尔人扎波罗热茨叫“古楚尔”，格·马·克尔日扎诺夫斯基叫“苏斯利克”（黄鼠），瓦涅也夫叫“米宁”（地雷），米·亚·西尔文叫“波扎尔斯基”（烈火）等等。
随着“鼓动”工作的深入，组织扩大了，除了中心组之外，还发展了庞大的外围组织，即由宣传员、技术员、秘密书刊的保管员和传递员、联络员组成的若干个附属小组。列宁要求各小组做到以下几点：第一，将组织成员按区分组；第二，严格划分每个成员的职责和在组内应尽的义务；第三，停止一切不必要的相互往来；第四，任何私人通信都减少到最低限度。这样就尽量避免或主动或被动、或明或暗、或有意或无意地泄露机密，发生意外。大家认为，列宁是整个小组中最通晓秘密工作的人：他熟悉有过道的院子，善于巧妙地愚弄暗探，教大家怎样用化学药水在书上写字，怎样作暗号，还想出了许多绰号。有一次，列宁被一个密探死死盯住了，费了好大劲也未甩掉密探。在绕弯子、兜圈子过程中，列宁仔细观察这个“尾巴”的盯梢踪迹的“规律”。当他发现密探躲在一幢房子的深深门洞里时，就迅速地绕过大门，跑进了这幢房子的入口处，坐在看门人的圈椅里。在那里别人看不见他，而他透过玻璃窗却什么都看得清。他从那里看到，“尾巴”发现列宁一下子不见了，赶快从躲着的地方跳出来，东瞧瞧，西望望，急得东奔西窜，一副猴急相，而列宁坐在圈椅里忍不住偷着乐起来。
列宁回国后，向国内沿途各地的社会民主主义者小组成员介绍了西欧工人运动和劳动解放社的情况，从国外带回的大批书籍也在彼得堡和其他城市的社会民主主义者中间广泛流传着。
回国后，列宁已感到当时各马克思主义小组的分散状态和手工业活动方式不能适应俄国工人阶级的迫切历史任务。他写道：“在这样一个历史关头，可以把一句名言改动一下，说‘给我们一个革命家组织，我们就能把俄国翻转过来！’的时候，我们却表现出是一些手工业者。”他积极地着手巩固和扩大社会民主主义组织的工作，几乎每天都到工人区去，召开各种会议，在各革命小组中间“穿针引线”。不久，在列宁的领导下，彼得堡的20多个马克思主义小组联合成一个统一的政治组织，12月这个组织命名为“工人阶级解放斗争协会”。协会实行集中制、严格的组织纪律和密切联系群众的原则。协会的宗旨是：把工人为改善劳动条件、缩短工作日和增加工资等而开展的经济斗争同反对沙皇制度的政治斗争联系起来。因此，协会是马克思主义与俄国工人运动相结合的产物，是俄国无产阶级革命政党的雏形。协会由列宁、格·马·克尔日扎诺夫斯基、瓦·瓦·斯塔尔科夫、阿·亚·瓦涅也夫、尤·奥马尔托夫组成领导中心，分设3个区小组，通过有先进觉悟的工人和若干工厂挂上钩，工厂设有收集情况和散发刊物的组织员，在一些大企业中还建立了工人小组。
“斗争协会”成立后，具体地参与并领导了工人的罢工斗争，印发了一些反映工人生活中的迫切问题和提高他们革命意识的传单。
11月初，在“斗争协会”的领导下，托伦顿工厂有500名纺织工人举行了罢工，协会印发了《纺织工人要求什么》的传单。不久，列宁写了第二张传单《告托伦顿工厂男女工人》。为写这张传单，列宁费了很大心血。列宁让人找来一位工厂的产品验收员，从他那里收集了不少宝贵的材料，接着又派了两个同志扮成女工深入工厂，掌握了有关工人生活、罚款和工资额等第一手材料，甚至连“商品名目”这样的“小事情”也注意到了。传单列举了列宁细心收集的有关工人困苦生活的事实，号召全体男女工人支持罢工，指出只有团结一致才能改善自己的生活状况，传单在工人中产生了强烈反应，罢工取得了胜利。
在“斗争协会”政治鼓动过程中，列宁的秘密小册子《对工厂工人罚款法的解释》起了很大作用。小册子通俗地讲解了工人十分关心的罚款问题，深入浅出地讲述了厂主怎样剥削工人，无产者应该用什么方法斗争。列宁指出：农奴给地主干活，受地主惩罚；工人替资本家做工，受资本家惩罚。所有的差别只在于，不自由的人从前是挨棍子打，而现在是受卢布鞭笞，要改变这种状况，工人只有一种自卫方法，那就是联合起来，同资本家和法律所规定的不合理制度作斗争。
1895年8月5日，世界无产阶级革命导师恩格斯去世。列宁惊悉后，怀着十分崇敬的心情，为劳动解放社不定期文集《工作者》写了一篇题为《弗里德里希·恩格斯》的悼念文章。标题下列宁引用了诗人涅克拉索夫的一句诗作为引子：“一盏多么明亮的智慧之灯熄灭了，一颗多么伟大的心停止跳动了！”在文中列宁扼要叙述了恩格斯的生平及其对科学共产主义和国际共产主义运动所建树的伟大功勋，对恩格斯的历史地位作了全面科学的评价，认为恩格斯是继马克思之后整个文明世界中最卓越的学者和现代无产阶级的导师。
随着“斗争协会”作用的增大，莫斯科、基辅等地也纷纷建立了类似的团体和组织。为加强各地马克思主义组织的协作和联系，列宁决定秘密出版《工人事业报》作为“协会”刊物。
列宁为《工人事业报》创刊号写了几篇文章：《告俄国工人》（社论）、《我国的大臣们在想些什么》、《1895年雅罗斯拉夫里的罢工》等，在工人中引起很大反响。列宁在《我国的大臣们在想什么》中写道：大臣们把工人看成火药，把知识和教育看成火星；大臣们确信，火星一旦落到火药上，首先被炸的是政府。没有知识，工人就无法自卫，有了知识，工人们才有力量。
三、吃墨水瓶的人
1895年12月8日深夜，正当《工人事业报》创刊号付印的时候，当局侦察到了列宁等人的行踪，迅速出动，以列宁为首的“斗争协会”领导成员被捕，报纸样稿未来得及出版就被搜走。
列宁被捕后，彼得堡律师界十分同情他，由律师会议主席威·奥·柳斯提赫提出，经彼得堡律师姆·弗·沃尔肯什坦附议的保释申请书送交警察司，母亲玛丽亚也写了保释的申请书，但均遭拒绝。
列宁被囚禁在彼得堡什帕列尔街监狱第193号“未决犯拘留所”的一个单身牢房里。第一次审讯时，警察提到了那只从国外带来的箱子，列宁搪塞说在莫斯科家里（警察当局在彼得堡未搜到那只箱子）。之后，列宁用密码信赶紧通知前来探望的克鲁普斯卡娅。
姐姐安娜得到消息后，百般小心地照原样重新做了一个。当局由于没有找到与“箱子”有关的线索，这一“罪状”就在其他“罪状”中隐没了。但其他“罪状”有确凿的证据，警察从瓦涅也夫那里抄走了尚未付印的《工人事业报》第一号，证实了列宁和同时许多被捕的人有联系，并给工人上过课等。
虽然身陷囹圄，但是列宁没有消沉，时刻也没有忘记革命工作，并做好了长期坐牢的思想准备，他把自己的牢房变成了狱中斗争的指挥所和同狱外联系的中心。
从1895年12月8日被捕到1897年2月13日被判放逐西伯利亚东部，列宁在彼得堡监狱里度过了14个月。铁窗限制了他的人身自由，但并不能使他停止革命活动。他想了许多办法同狱外保持联系，在狱中领导着彼得堡工人阶级解放斗争协会。
被捕20多天后，列宁就从拘留所里寄出了第一封信。这封信是寄给列宁一家的知交亚·基·切博塔辽娃的。其实，这封信是寄给狱外“斗争协会”的同志们的，其中也包括克鲁普斯卡娅。列宁写这封信的目的之一是要打听一下，和他同时被捕的还有哪些人。为了避免提到姓名，列宁运用了暗号，他把同志们的绰号同他要求送来的那些科学书籍的内容联系在一起。这封信里附有一大张关于科学著作和统计汇编的书单。列宁巧妙地在其中穿插一些书名，在书名旁边打上问号，好像是在表示他凭记忆所列的书名是否正确，而实际上却是告诉同志们在这种情况下他不是要书，而是要打听情况。由于一些同志的化名同列宁所列的书名的文字相近，这样就不会引起拘留所检查人员的注意。比如，他打听斯塔尔科夫的情况，打有问号的书名是“维·维：《俄国资本主义的命运》”，因为斯塔尔科夫叫“维维”。他打听克鲁普斯卡娅，写的是一个英文书名即“麦因·李德：《鳗鱼》”，因为克鲁普斯卡娅的绰号叫“鱼”或“鳗鱼”。这样的书名纳入所需的科学书籍目录可能引起检查人员的注意，因此又在第二张纸上加了一句话：“多种体裁的书可以用来调剂单调的环境”，这就麻痹了检查人员。列宁这种提问的方法虽然事先没有经过商量，但同志们都能理解，并且立即回答了他。比如，他问下新城的两个人瓦涅也夫和西尔文时，打问号的书名是柯斯托马罗夫的《混乱时期的英雄传》，因为这两个人的化名前者叫“地雷”，后者叫“烈火”。同志们给他的答复是，《混乱时期的英雄传》图书馆只有第一卷，就是说，被捕的只有瓦涅也夫，没有西尔文。
列宁被捕一个月后，他的母亲、姐姐、妹妹一起到彼得堡近郊安顿下来，以便探望和照顾他。她们获准每周探监会见他两次，时间是星期一和星期四。一次是单独会见，另一次是一般探监（隔着栅栏）。前者在看守人的监视之下持续半小时，后者则为一个小时，有两个看守在来回走动，一个在拦住犯人的铁栏的笼子后面，另一个在探监人的后面，由于探监时的喧哗嘈杂声，看守人都普遍感到腻烦，加上他们愚蠢无能，所以只要略施巧计，探监时几乎可以无话不谈。每周可以送饭三次，送书两次。而且，书籍不是由宪兵，而是由拘留所附近的法院检查官检查。若送进去的书很多时，这种检查多半不过徒具形式而已。准许送进去的书相当广泛，连月刊，甚至周刊都可以送。这样单独监禁下最大的苦恼之——与外界隔绝的问题就不存在了。拘留所图书馆的藏书也相当丰富，它是由各方面的捐赠集成的。
母亲、姐姐和妹妹对探监分了工，母亲和妹妹星期一当天探监，姐姐周四隔栏探监。弟弟德·伊·乌里扬诺夫有时也到狱中探望。列宁和姐姐要谈的话很多，因而探监的时间比较长。他和姐姐常使用外语字眼，如碰到“罢工”这类不便明说的词语，就用英文或法文等代替。姐姐总是动脑筋把自己所收集到的见闻转达给列宁，列宁也想方设法谈自己的事和打听消息。当他们听懂彼此所谈的内容时，两人便乐得大笑起来。有一次，两人交谈中用外语太多了，看守厉声说道：“不许用外语讲话，只许用俄语。”列宁回头看了看守一眼，说道：“好吧，就说俄语。”他接着用俄语对姐姐说：“你对这位金人说……”这里的“金人”是指戈尔得曼。列宁把这个德语的词译成俄语，看守也就不知道“金人”指的是谁了。
姐姐每周给他送两次书，时间是星期三和星期六，在每包书里，都有一封用铅笔在字母上加点或画线的密码信。早在入狱前列宁就教过姐姐密码通信的基本知识，他们在字母中间打上不大看得出来的黑点或画上短线，并用约定的记号标志出有密码信的书和页数。用这种方法交流情况非常迅速及时，星期三的密码信，可以在星期四探监时说明，这样可以把狱外的事件一项不漏地告诉他。姐姐除了在狱外同“斗争协会”的成员保持密切的联系外，还广泛地同人交谈打听各路消息，在探监前把有关工作和罢工进展的第一手资料了解清楚。姐姐除了把外面的情况告诉他，还把跟他一起坐牢的同志的情况告诉他，往返传递他们之间的消息。列宁很关心狱中的同志，只要听到谁急躁不安，就利用监狱中的图书与谁进行通信，写信去鼓励。
列宁同狱外的“斗争协会”会员建立了联系，他坚持要“斗争协会”尽快筹备召开党的第一次代表大会。
1896年夏天，彼得堡爆发了纺织工人大罢工，罢工很快波及到莫斯科，吓得在外地巡视工作的沙皇不敢从南方回到彼得堡。这次罢工使人们情绪高昂，精神振奋。列宁创立的工人阶级解放斗争协会愈来愈受工人欢迎。许多工人群众要求他们印发传单。列宁为起草传单，拟订了几个小册子的题目。
在狱中公开用密码写传单和文件是不可能的，需要采用一种不易察觉的、到狱外又能显影的办法。小时候母亲曾教列宁玩过一种儿童游戏，即用牛奶写字，然后在灯或蜡烛上加热，写的东西就显影出来了。列宁在狱中每天都能得到牛奶，于是他便用面包瓤做成一些小瓶，里面倒进几滴牛奶，蘸着牛奶在一本本准备毁掉的书的字里行间写秘密文件。列宁用挖个洞的黑面包做“墨水瓶”，以便听到响声或发觉有人在监视孔里窥探时，可以把它吞下肚去。一天，警察窥探到列宁正在写什么东西，便立即把门打开闯了进来，奸笑着说：“哈哈，到底让我看到了，你在写什么？”列宁很镇定，用眼睛看了一下警察，装作没事似的把面包往嘴里送。“你怎么吃墨水瓶？”警察惊讶地叫道。“您大概看花眼了吧，这是面包！”列宁不慌不忙地说。警察走近一看，“嗨，还真是面包。”他一边揉着眼睛，一边嘀咕着，“真是怪事，墨水瓶怎么能吃呢？大概看花眼了！”警察走后，列宁用面包重新做了墨水瓶，倒上牛奶，继续工作。这一天列宁在信的附白里写道：今天真不走运，一连吃了6个墨水瓶。