列宁在狱中用牛奶把传单和秘密文件抄写好后，便把草稿小心地毁掉。有些材料，如党纲的详细说明，一天之内抄不完，而且写完之后，还要一边思索，一边不断地修改和补充，所以不能马上把草稿销毁掉。后来，列宁利用他从事科学研究的声誉，把草稿夹在他用工整字体写满统计数字和其他摘录的纸张堆里保存起来。他这样做居然瞒过了检查官兵的眼睛。有一次，一个宪兵军官到他的牢房里作例行检查，把堆在屋角里的一大堆书籍、表格和摘录翻了一会，开了句玩笑：“今天太热，不宜研究统计数字。”敷衍一下走了。母亲和姐姐十分担心列宁所处的危险环境，列宁不以为然，他曾开玩笑地对姐姐说：“我的处境比俄罗斯帝国的其他公民都好，因为已经不能再逮捕我了。”
列宁在狱中起草的秘密文件有《论罢工》、党纲及详细的党纲说明。《论罢工》这本小册子由其未婚妻克鲁普斯卡娅显影抄写，交拉赫塔印刷所。在克鲁普斯卡娅被捕后，党纲的详细说明由姐姐安娜抄写。
克鲁普斯卡娅与姐姐安娜保存秘密文件的用具是一张小圆桌。这是一张看似普通但设计巧妙的圆桌，它是根据列宁的意图设计的。桌子很粗的独腿有个特制的底盘，比普通的稍大一些，可以旋开，中间挖空了的地方能放许多纸卷。小圆桌起初由列宁使用，后来交给克鲁普斯卡娅，他们被捕后，转给安娜。一到深夜，安娜就把抄好的文件藏到里面去，把灯上烤过的那几页原稿小心地毁掉。这张小圆桌起了不小的作用，警察在搜查他们的住处时，都没有识破其中奥妙，列宁起草的党纲幸免于难。后来，由于底盘常常旋开，螺丝纹磨光了，才不再使用。
狱中的生活十分艰苦，特别是孤独使人备受折磨。许多人忍受不了这种折磨，有的身体状况每况愈下，有的得了精神失常症。列宁以顽强的意志，尽量保持镇定自若和精神愉快。列宁特别注意锻炼身体，他坚持做体操，用冷水擦身，特别是每次做操时像虔诚的教徒那样要做50次鞠躬礼，让看守觉得不可理喻。同时，列宁在狱中严格地按自己的作息时间生活。他善于安排自己的生活，把日程安排得满满的。他的著作《俄国资本主义的发展》一书需要用的大量材料就是在狱中收集的。在狱中，列宁利用能“安静”写作的条件，认真研究了俄国资本主义的发展，并开始动手写《俄国资本主义发展》的初稿。1897年初，列宁得知他将被流放西伯利亚时，有点“惋惜”地说：“还早呢，我还没有来得及把必要的材料收集齐全呢！”
四、流放西伯利亚
1897年2月，列宁被判流放西伯利亚3年，受警察的公开监视。遥远偏僻、荒凉寒冷的西伯利亚是当时沙皇政府流放“违法”分子的天然监狱，既省心，又经济，而且漫长的押解路程极为难熬，有的人未到流放地就死在了路上。听从友人的忠告，经过母亲的努力，列宁获准不经押解而自费前往，并且争取到自己想去的米努辛斯克专区舒申斯克村。一则那儿比其他地区的环境好一些，二则流放到那里的还有列宁的战友格·马·克尔日扎诺夫斯基和瓦·瓦·斯塔尔科夫等人。否则，沿途辗转跋涉，会严重损耗列宁的体力和精力。在列宁获释的那天，彼得堡“斗争协会”的会员们欢欣鼓舞。
临出发前，因母亲有病，列宁在莫斯科停留了一周。利用这些时间，列宁连续两个晚上出席了“斗争协会”的会议，批评了“青年派”的“经济主义”倾向，和“斗争协会”部分成员马尔托夫、克尔日扎诺夫斯基、瓦涅也夫、马尔琴科、扎波罗热茨等人留影纪念，同时还抽空到鲁勉采夫图书馆去学习，收集了一些关于俄国资本主义发展的材料。
2月17日，母亲、妹妹、姐姐和姐夫4人伴随列宁从莫斯科动身，到达图拉车站后，列宁和家人依依告别。之后，他要一个人前往流放地。3月16日途经克拉斯诺亚尔斯克。因叶尼塞斯克省公署未收到警察司关于列宁流放的任何指令，列宁在克拉斯诺亚尔斯克暂住了近两个月。在这儿，列宁结识或遇到了不少社会民主主义者或政治流放者，彼此进行了交流。另外，列宁顺便到当地商人、藏书家格·瓦·尤金私人图书馆进行了研究和查阅资料工作。
5月12日，列宁又开始动身前往流放地。1300俄里的旅途是荒凉的，三天三夜的行程，看到的是皑皑白雪和满眼的荒凉单调。列宁在给母亲的信中写道：我刚走过西伯利亚铁路所经过的整个地区，单调得令人吃惊，到处是荒无人烟的草原。没有房子，没有城市，村庄很少，偶尔看到一片森林，其他全是草原。
5月20日，列宁到达流放地点舒申斯克村，被安置在农民孜里亚诺夫的小屋里。舒申斯克村离铁路线600俄里，地处偏远，交通不便，是个不毛之地。19世纪30~50年代，十二月党人曾被流放在这里。从俄国中部来的邮件最少得半个月，全村没有人订报纸。列宁曾在家书中描述过这个村的荒凉情况：村子很大，几条街道都非常脏，尘土很多，完全不是通常那样的村庄。它在草原上，没有树木，甚至可以说是一片不毛之地。村子四周堆满了牲口粪。这里的人不把牲口粪运到地里去，就那样堆在村子周围，所以要出村子，总得经过粪堆。村边有一条叫做舒什的小河，现在河水已经变得很浅了。在离村子一俄里到一俄里半的地方，舒什河流入叶尼塞河。我常在一条最大的支流里游泳。
尽管条件很艰苦，但是列宁并没有灰心气馁和悲观失望。一到流放地，列宁便紧张地工作起来。首先，列宁和当地农民交了朋友，建立了密切的关系。在当地农民中，列宁有两个最要好的朋友，一个是茹拉夫廖夫，他有些文化，敢于仗义执言，反对富豪和不公平现象。另一个是索斯巴迪奇，经常和列宁一块打猎，列宁给他讲一些革命道理，而他则送列宁一些山货。列宁当过律师，法律是他的专长，因此他经常为当地农民提供法律咨询，出谋划策，不仅帮助农民打赢了不少官司，也为他们提供了一些对付当局和地主富豪的办法。例如，列宁曾帮助一名被金矿开除的工人打赢了官司，矿主被迫如数发了矿工被开除的工资。消息传出后，当地农民对列宁很敬重，都愿意把心中的委屈和一些消息告诉列宁。1922年3月27日，列宁在俄共（布）十一大上曾回忆起他在西伯利亚当律师的事情：“那时我是个黑律师，因为我是个被放逐的国事犯，不准当律师，可是没有别的人，大家只好到我这里来陈诉某些事情。”通过与当地农民的交往，列宁了解到了西伯利亚农村农民的生活经济状况、风俗习惯和阶级关系，为他后来研究土地问题提供了很好的素材。
在西伯利亚，列宁和散处在北方和西伯利亚各个角落的被流放的革命者建立了广泛的联系。列宁先后和维尔霍斯连克的尼·叶·费多谢也夫、土鲁汉斯克的尤·奥·马尔托夫、维亚得卡省的亚·尼·波特列索夫、阿尔汉格尔斯克省的亚·列·马尔琴科和米·格·格里格也夫以及弗·维·林格尼克等人通过信。根据列宁的倡议，在流放者中间组织了图书交流。另外，列宁还与俄国工人运动的中心彼得堡和莫斯科，下新城和沃龙涅什的同志建立了联系，并通过安·伊·叶利扎洛娃与劳动解放社取得了联系。这些信件是列宁最重要的消息来源，是联系和领导俄国社会民主主义组织的手段。列宁在信中阐述了马克思主义的理论问题和政策问题，拟订了未来的革命工作计划。
同志间难得的来往和交流是令列宁十分高兴的事。受命监视列宁的是一个当地富裕农民，他开了一个肉铺，每天最关心的是把牛肉卖给流放者，而很少用心监视流放者们的行踪。这样，有时列宁和“政治流亡犯”们可以找一些借口，如庆新年、婚礼、生日等，进行会面或举行会议。例如，1897年9月，列宁曾经到米努辛斯克去了两天，结识了住在当地的流放者费·雅·柯恩、阿·弗·梯尔科夫等人。归来时顺路到捷辛斯克会见了格·马·克尔日扎诺夫斯基和瓦·瓦·斯塔尔科夫，并逗留了5天。甚至有一次还到了克拉斯诺亚尔斯克，参加了当地政治流放者举行的会议。有时，克尔日扎诺夫斯基、斯塔尔科夫、西尔文、瓦涅也夫等人也赶来看望列宁，相互进行勉励和交流情况。有一次，列宁想到捷辛斯克去，就听了克尔日扎诺夫斯基的主意，说捷辛斯克有一座在地质方面很有价值的山，想去研究这座山。列宁半开玩笑地给县警察局长递交了一份申请，没想到县警察局长不仅派专差送来许可证，而且还批准了列宁希望女友克鲁普斯卡娅一同前往帮忙工作的要求，令列宁感到惊喜。
在舒申斯克村被流放的还有两个工人，一个是波兰的社会民主党人、制帽工人伊·卢·普卢敏斯基，另一个是普梯洛夫工厂的芬兰籍工人奥·亚·恩格贝尔格。列宁同他们处得很好，还同恩格贝尔格一起把德文版《共产党宣言》译成俄文，共同读《资本论》。列宁给家中写信，请他们把所有的带插图的儿童读物寄来，送给普卢敏斯基的孩子。列宁在流放期满后，曾分别送给他们一张有自己签名的照片。
1899年，为悼念好友费多谢也夫，列宁和一些流放者决定为费多谢也夫募款建一座纪念碑。5月，警察截获了流放者利亚霍夫斯基给列宁的一封信的回执，信中谈的是为纪念碑募集经费的问题。警察以此为借口突然到列宁家中进行搜查。按照工作习惯，列宁把重要文件和书信放在书柜的最下边。警察搜查书柜时，列宁很机警地递给一把椅子，警察开始从柜子上面的几格搜起来，由于上面摆的都是一些他们不感兴趣的统计资料汇编，警察疲惫不堪，翻着翻着，就失去了耐心，克鲁普斯卡娅乘机告诉他们，下面都是一些教育书籍，警察正好懒得看，轻信之下，就扫兴地走了，一场虚惊过去。
在流放地，列宁同母亲、姐姐、弟弟等亲人的通信很频繁。对于母亲对自己从事革命事业的理解和支持，列宁深表敬意，同时也因自己使母亲受到牵累而不安。他十分挂念母亲的生活和健康，每次通信总是竭力安慰母亲，请求母亲不要为他担心，并向母亲叙述自己的生活、自己的想法和工作计划。母亲和姐姐也给了列宁很大帮助，帮助列宁联络同志、查寻和收集资料、邮寄书刊等。列宁和家人虽然天各一方，但亲情没有被割断。
读书和研究是列宁流放生活中的重要内容。在流放地，列宁研读了法文版《哲学的贫困》、《〈黑格尔法哲学批判〉导言》等马克思、恩格斯的著作和几十本关于哲学、政治经济学等方面的书，其中有黑格尔、康德的哲学著作。在闲暇和困倦时，他还喜欢读普希金、莱蒙托夫、涅克拉索夫、托尔斯泰等作家的优秀作品，对车尔尼雪夫斯基的长篇小说《怎么办？》更是爱不释手，反复阅读。另外，列宁还订阅了许多杂志和报纸，如俄文的《俄国财富》、《财政通报》、《新语》、《科学评论》、《田地》，外文的《社会立法和统计文库》、《社会实践》、《新时代》、《法兰克福报》等。这样，就使列宁了解到了若干时事内容以及西欧和俄国的工人运动、经济发展等方面的内容。
列宁不仅研阅了大量书籍，而且克服了种种困难，以饱满热情投入艰深的理论活动。
夜深人静时正是列宁工作的大好时机，有时候他的窗户彻夜透着灯光，在沉入梦乡的村庄的昏暗中特别引人注目。俄国诗人斯·施·帕切夫的长诗《舒申斯克的小屋》曾经这样写道：烛火燃烧，暗影轻轻颤动，
齐窗的狂风大雪掩没了村庄，
但地球正绕着舒申斯克旋转，
因为这是列宁工作着的地方。
夜深人静，白雪满窗，
他还在埋头写着，一行又一行。
透过十九世纪的狂风大雪，
他清楚地看见了二十世纪的曙光。
他深知俄罗斯力量的源泉，
他看见照亮未来的光芒。
纸上的墨迹还未干透——
写下的话已注定永垂不朽……在三年的流放生活中，列宁除发表100多万字共几十篇著作外，还为俄国社会民主工党写了大量的秘密文件、传单，翻译了韦伯夫妇的《英国工联主义的理论与实践》、卡尔·考茨基的《伯恩施坦与社会民主党的纲领反批评》等书。
流放期间列宁的理论活动主要有以下几个方面：（1）创作小册子《俄国社会民主党人的任务》，初步论述了俄国社会民主党人的政治纲领和策略；（2）出版学术性专著《评经济浪漫主义》、《1894~1895年度彼尔姆省手工业调查以及“手工”工业中的一般问题》、《我们拒绝什么遗产》，从各个方面深入地清算了民粹派理论；（3）撰写《俄国资本主义的发展》，驳斥了民粹派关于国内市场问题的主要论点，创立俄国资本主义发展的理论体系；（4）撰写《俄国社会民主党中的倒退倾向》、《农业中的资本主义》、《俄国社会民主党人抗议书》等文章，批判伯恩施坦修正主义和经济派及“合法马克思主义”；（5）致力于学习和研究哲学，坚持、发展和捍卫了马克思主义哲学理论；（6）发表了《我们的纲领》等论文，详细制订了在俄国建立马克思主义政党的计划。
《俄国社会民主党人的任务》于1897年底完成，该文总结了“彼得堡工人阶级解放斗争协会”活动的经验，论证了俄国革命的社会民主派的政治纲领和策略，阐明了工人阶级在资产阶级民主革命中应该如何科学地对待其他阶级，强调革命运动必须以马克思主义作为指南。列宁指出，为实现极其宏伟的事业，每一个革命者都要研究各种秘密工作的细节，有极大的耐心和自我牺牲精神，“全部生活服从于枯燥和严格的规定”；把自己的活动和工人的实际日常生活问题结合起来，把原则的坚定性和策略的灵活性结合起来，把民主主义的任务和社会主义的任务结合起来；小资产阶级具有两面性，有时会“折服于专制制度的种种试探和诱惑手段”，“有教养的人”的态度也不彻底，“为求得官家俸禄，或为分得利润或股息而实行妥协”，往往拘泥于狭小书房中。书中明确提出了“没有革命的理论，就没有革命的行动”的著名论断。
《经济评论集》是列宁的第一本论文集，也是一本系统地深入批判民粹主义的文集，收录了列宁写的《评经济浪漫主义》、《1894~1895年度彼尔姆省手工业调查以及“手工”工业中的一般问题》、《民粹主义空想计划的典型》、《我们拒绝什么遗产》、《论我国工厂统计问题》等5篇论文。通过姐姐安娜的帮助，论文集于1898年10月在彼得堡出版，署名为弗拉基米尔·伊林，印数2000册。由于书报检查机关对书籍审查十分苛刻，所以列宁在写作时行文十分巧妙和含蓄，以免惹麻烦，例如把“马克思主义理论”改写成“最新理论”，“马克思”写成“著名的德国经济学家”，“马克思主义者”写成“现实主义者”，《资本论》写成“一篇论文”等等。后来再版时，列宁才重新改了过来。