笛卡尔认为，哲学更应该是引起人们深思的学科。当然，我们并不能否认历来研究哲学的人是最多的。即使是一个研究历史、数学、文学或者其他任何学科的人，也逃脱不开哲学的羁绊。但是即使这样，笛卡尔发现仍然没有一个“事理”是绝对不为人们所争执，甚至不为大家产生丝毫疑惑的。总而言之，即使那么多的优秀哲人为研究哲学付出如此多的努力，但从结果看好像并不尽如人意。笛卡尔说：“当我看到那么多人在为同一个问题争执不休，并且都是一些所谓的‘博学之士’，真是汗颜！”笛卡尔认为，他所能做的就是把一切似是而非之事都当作伪的或者几乎伪的事情来看待。
从哲学的不确定性，我们实际上就可以看出其他学科的情况。因为其他的具体学科都要从哲学这里提取原则。所以，既然哲学本身还存在不稳定性，那么它就不能成为其他学科的基础。其他学科把自己建立在一个本身就没有稳固的根基的学科之上，不能不让人为它们的稳固性担忧。因此，笛卡尔得出结论，这些把自己建立在哲学基础之上的学科实际上也失去了令人信服的“科学性”，不足以让人们为学习它们花费大好青春。至于邪说，例如炼金术士的许诺、星象家的预言等，笛卡尔认为都不足以让人们相信，当然前提是我们要对它们的实际价值做一个合理的、科学的评估。笛卡尔认为，要掌握科学，不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。笛卡尔在这里所讲的科学体系就是他所说的——人类知识之树。“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这颗巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。笛卡尔认为，哲学的目的就是要让人类最终成为自然的主人和拥有者。同时，人类也只有拥有了自然，成为了自然的主人，才能真正认识到本质的自然，才能掌握自然规律，才能依照自然规律生活，才能在实践中取得更大的效率，才能在这些过程中获得真正的幸福。那么，人类怎样才能实现这一目的呢？答案是：科学。
笛卡尔认为，只有掌握真正意义上的科学，人类才能够真正幸福。笛卡尔的哲学追求从某种意义上说，就是要掌握真正的科学。那么，要掌握科学首先应该从什么地方入手呢？笛卡尔选择了一种与常人相反的策略。他认为，要掌握科学不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。
建立更加合理的科学体系，这是笛卡尔哲学研究的起点和动力。笛卡尔在这里所讲的科学体系，曾经在他的著作和演讲中多次提到过。实际上，这个科学体系就是他所说的——人类知识之树。
那么，具体来讲，这个“人类知识之树”应该是怎样的呢？笛卡尔是怎样描述这个“人类知识之树”的呢？
笛卡尔说：“哲学的第一部分应该是形而上学，它包括知识的最基本的原理。之所以说这部分的知识包括的是最基本的原理，是指这部分知识应该包括解释上帝存在的原理，解释灵魂的非物质性的原理，解释在我们之中的全部清楚的、简单的、观念的原理。”
“哲学的第二部分应该是物理学，物理学是指在我们真正发现世界的最基本的原则之后的解释宇宙万物的基本原理。一般指考察宇宙组成的原理，考察地球本性的原理，考察与地球联系在一起的自然界万物（例如空气、水、矿石以及一切自然物）的运行规则的原理。在物理学里，我们之所以还有必要分别研究自然界各个具体事物的本性，是因为这样做可以帮助我们更容易地建立起研究各个具体事物的专门性的科学体系。”
“这样看来，哲学就不应该仅仅是研究一种事物的科学，它更是一个整体。形象地说，作为一个整体的哲学研究，它就像是一棵枝繁叶茂的大树。这个参天大树的根便是我们上面讲过的形而上学，相应地，它的主干是物理学。由这棵树的主干发展而来的各个枝杈则是从作为主干的物理学归结出来的其他各门具体的科学。这些具体的科学又可以归结为三门主要的科学——即医学、机械学和伦理学。伦理学是指最高级、最完善的道德科学，他以其他各门具体科学的基本知识为存在的前提，是智慧的最高等级。”
最后，笛卡尔总结说：“‘人类知识之树’只是一个庞大的科学体系。要进行哲学研究，就必须建立这样一个科学体系；要进行科学研究，就必须以这个科学体系为基础；要进行哲学研究，就必须归结到这颗庞大科学体系上来。但是，还要注意的是，搞好哲学研究不能没有好的方法。哲学研究要从考察研究哲学的方法开始，只有掌握了合适的研究哲学的方法，才能真正地深入哲学研究之中，得到更确实的真理。否则，哲学研究就无法进行。”在这里，笛卡尔所讲的科学的方法，实际上就是逻辑学。在笛卡尔看来，科学的逻辑学是科学的方法论，是研究哲学的起点，只有逻辑学才能指导我们以更理性的态度，去发现那些我们不知道的真理。针对逻辑学或者方法论的研究结果，笛卡尔在他的著作《谈谈方法》中有很好的论述。
很明显，笛卡尔所讲的“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这棵巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。例如，作为“人类知识之树”的分支之一的医学是为了保护人类的身体健康而建立的；物理学的目的是为了把人类从繁重的体力劳动中解放出来；伦理学能帮助人类获得精神上的幸福和安宁。总而言之，一切科学都是为了人类的幸福，哲学是保证人类幸福的最低防线。
三、寻找乐趣
笛卡尔生活的时代，本就是一个充满严重动荡、面临严重考验的时代。物价上涨、人口增多，尽管美洲的白银大量流入欧洲，但由于技术没有什么大的突破，结果导致政治、经济的危机。连绵不断的宗教战争，又给本来就危机四伏的社会火上浇油。主权国家基于“王冠与圣坛”的统一，强制宗教一体化，使宗教战争比以前更加残酷和复杂。在法国，由于加尔文本人是法国人，又于1541年在日内瓦执掌大权，因而，加尔文宗（胡格诺教徒）在法国就有了很大的势力，当时法国显贵波旁、孔代、国王亨利四世等都属于此派。1624年，法国国王路易十三的宠臣、红衣主教黎世留成为国家实际上的统治者，为加强中央集权制与各种势力展开斗争。黎世留利用手中的权力，对内强制大贵族就范，以削弱地方分裂势力，1626年镇压有王后参与的叛乱，1630年平息由太后撑腰的掌玺大臣的叛乱，1627—1628年击退了由英国支持的新教徒的叛乱，从此法国新教势力得到遏制。1629年，路易十三颁布了“阿莱斯恩典敕令”，剥夺了新教徒拥有的地盘和武装，大大加强了国家的统一。与此同时，黎世留还对轰动一时的冉森教派进行了打击，加强了思想意识形态方面的统治。为了正面加强对文化界的控制，黎世留还着手建立法兰西学院，1635年1月路易十三颁布诏书，批准法兰西学院的成立。黎世留去世后，他的继承者马扎然继续实行黎世留的方针政策，法国由此成为一个中央集权化的强大国家。对外，针对奥地利和西班牙的哈布斯堡家族的扩张计划，主动参与30年战争，从而扩大了法国在欧洲舞台上的影响。
这场战争几乎把欧洲所有的国家都卷了进去。正如当时的一位传教士所说：“这是震颤的年代，这种震颤是普遍性的。”笛卡尔所关注的正是这场战争的序幕。当时的战争还局限在德国境内，巴黎没受多大的影响。
1623年春季，笛卡尔在巴黎呆了几个月后，觉得这里很不适合他，于是回故乡变卖属于自己的那份家产后，就于同年9月前往意大利朝圣，目的是还他那年冬天在小木屋许给神的愿。他的行程路线是：巴塞尔→格里松斯→瑞士→蒂罗尔→因斯布鲁克→威尼斯→洛勒特（圣地），圣诞节前夕，他来到了罗马。此时伽利略正在罗马接受第三次审判。依当时的条件和笛卡尔的声望，他本来有机会在佛罗伦萨与伽利略会面的，但笛卡尔却没这样做。据后来他写给朋友麦尔塞纳的信中指出，由于受教皇乌尔班八世的迫害，伽利略被迫对外宣称他的思想是错误的。笛卡尔认为伽利略的声明与他自己的陈述自相矛盾。但不管二人未会面的原因是什么，伽利略受审一事对笛卡尔未来的学术和生活都产生了很大的影响。笛卡尔后来的《宇宙论》一书就受到伽利略思想的影响，他也主张宇宙是无限的，是在自转。不过，在笛卡尔逝世前，这本书从没有完整地发表过，因为教皇对科学的镇压和伽利略的受审仍使他心有余悸。我们知道，笛卡尔是个心性比较柔弱的人，他比较能够面对现实，不愿与当权者直接对抗，也不愿让自己处在学术之外的是非漩涡里，但这并不影响笛卡尔思想的进步性和革命性。
在罗马期间，笛卡尔有幸结识了当时任帕特雷依大主教的巴格诺，参观了罗马盛大的耶稣升天节。在夏特罗，有朋友劝他在军队里买个官职，笛卡尔以手头拮据而婉言谢绝，其实钱对笛卡尔并不是问题，他只是不想让他的自由受到任何的束缚和限制。
1624年底，笛卡尔结束了对罗马的访问，起程返回巴黎。其归程的路线是：佛罗伦萨→皮埃蒙特→都灵→苏萨→桑尼山→阿尔卑斯山→巴黎。