日本室叮幕府后期战乱纷起，从1467年起到1573年的百余年间，封建领主互相吞并，纷攘不息，日本历史上称为战国时期。
1467年，室叮幕府管领细川胜元和所司山名持丰两派为将军继承人问题进行内战，长期争斗不下，致使地方势力增强。新兴大名不断崛起，遍及日本各地，互相间战乱不休。各地大名对领国实行专制统治，制定法律，建筑城堡，排挤乡间武士，直接剥削农民。
战乱中皇室贵族、僧侣、艺人逃散四方。佛教旧教团衰退，新教势力扩展。其间农民、市民运动高涨。爆发了信仰佛教的农民起义和法华暴动。
对中国明朝的贸易也成为大名争夺的对象，1523年九州大名与细川发生冲突，至1551年与明朝官方的贸易因大名作乱而终止。
经过多次战争和吞并，剩下九条、武田、织田、岛津等大名，后均被织田信长所压服。1573年，织田信长将足利义昭将军驱逐出京都，室叮幕府被推翻，从而结束了战国时期。