1813年底，圣马丁指挥的阿根廷爱国军队在同西班牙殖民军队的战斗中受挫，损失严重。这使他认识到，若巩固阿根廷的独立，必须在拉美彻底击败西班牙殖民势力，特别是彻底摧毁它在秘鲁的军事堡垒，为此，1814~1817年间圣马丁组织编练了一支骁勇善战的“安第斯军”，并指挥它飞越安第斯天险，于1818年解放了智利。
智利的解放，进一步巩固了阿根廷的独立，为进军秘鲁扫清了最后的障碍。
1820年，圣马丁在经过2年精心准备后，建立了拉美独立国家第一支舰队。
1820年8月20日上午，圣马丁率军从智利出发，9月8日在利马南部的斯科特登陆。一上岸圣马丁就宣布解放奴隶，广泛地进行宣传和鼓动工作，号召人民武装起来，同时加紧对敌人边远薄弱地区进行讨伐，孤立利马。
这些政策策略非常成功，各地人民纷纷响应，支持爱国军队。经过艰苦卓绝的斗争，圣马丁终于打败了占绝对优势的西班牙殖民军队，其残余势力被赶到山区，后来被南美另一杰出将领，“解放者”玻利瓦尔的军队消灭。
1821年7月9日，圣马丁率部进入秘鲁首都利马，7月28日秘鲁宣告独立，圣马丁被选为总统。
在接受“护国公”称号后不久，圣马丁将军将指挥权交给玻利瓦尔，于1822年携爱女悄然隐退，在欧洲度过余生。