翼王石达开负责指挥攻城。林凤祥先锋军两万人分军堵住仪凤门等五处城门；李开芳带一万人围住南面聚宝门，首先发起攻击，使城内清军感到南面吃紧。
两江总督陆建瀛从安庆只身逃回南京以后，惊恐不定心有余悸，退避总督署内室三日不见同僚。江宁将军祥厚是满族人，他身份特殊是朝廷派来专门监视那些汉族大臣的。他耳听得长毛发匪迅猛而来，而钦差大臣陆建瀛却贪生怕死，躲在内室避不见人。他耐着性子请陆建瀛出面督战，可陆建瀛却装病不起。
祥厚向朝廷狠狠参奏了陆建瀛一本。咸丰帝得报欲将陆建瀛革职拿问，以祥厚为钦差大臣兼两江总督，但上谕未到太平军已包围南京，传令官隔在长江以北，消息无法送进南京城内，皇帝御旨成了一纸空文。
南门炮声一响，陆建瀛再也装不成病了，他自知难免一死，索性豁出一条老命，带着江宁布政使祁宿藻去守南面聚宝门；令江宁将军祥厚去守北面仪凤门等诸门。
太平军不仅处于军事上的绝对优势，而且还得到广大人民群众的积极支持。城郊附近每天都有成千上万的人，从四面八方送来粮油物资，保证了部队衣食，免除了后顾之忧。
石达开给林凤祥、李开芳定下了攻城大计。李开芳在南面聚宝门日夜骚扰，佯装强攻以吸引清军注意力。而林凤祥却故意放松北面攻势，实际则令土营日夜在仪凤门下挖掘地道、埋置炸药，准备由此处攻进南京城。
李开芳借用了罗大纲打永安的攻心战，时而向城内打几炮；时而派小股部队轮流冲锋，搅得城内清兵提心吊胆日夜不宁，在体力上和精神上把敌人搞垮。
到发动总攻的前一天夜晚，李开芳为消耗敌人火药，叫部下将城外西天寺的五百尊罗汉，搬到雨花山坡上，排成队形插上旗子，点起火把，让大嗓门战士躲在后面大声喊杀，活像大部队发起猛攻。
江宁布政使祁宿藻负责守卫雨花台一线，近日他已被李开芳的惊心战闹得神经错乱，他吃不下、睡不安身体垮下来了。
祁宿藻肝火旺盛开始吐血，听到雨花山坡上有发匪冲锋趁夜攻城，他声嘶力竭道：“不要让长毛发匪挨近城墙半步，火枪大炮一起打！”打字刚出口，他浑身燥热心血上涌，喉头发痒，止不住“哇、哇”几下，吐出几大口鲜血来。
城南清军见雨花山坡上队列整齐，火把通明，旌旗招展，喊杀连天，都以为太平军由此处攻城，便遵照祁宿藻命令，连接不断地向雨花山坡开枪打炮忙个不停，一直折腾了大半夜，到天亮时才发现，他们用尽了火药，只不过打碎了西天寺中的五百尊罗汉。
祁宿藻得报气得心中一阵阵绞痛。他半卧在太师椅上，骷髅似的脸面没有半点血气。他几天吃不好、睡不安，加之惊扰吐血，身体已十分虚弱。现在太平军又如此骚扰戏弄，祁宿藻气得要命，肺部又一阵发热，浑身毛血管扩张，顿时他大叫一声，“哇、哇”又吐出了几口鲜血，待他的家人赵兴、董位，慌忙上去护理他时，祁宿藻脑袋一歪、眼睛一闭死了。
赵兴、董位将主人草草埋葬。赵兴流着眼泪道：“主人生前官高爵显何等荣耀！今日未得善终，可恨发匪猖獗！”
董位道：“主人平日对我俩很是仁义。现在于阵前暴亡，兵荒马乱之际，我俩将其全尸而葬也算是尽了忠心。”
赵兴道：“我俩久在祁大人家中做事，发匪打来定饶不了我们。我看还是等机会逃出南京。”
董位同意“对！主人有一胞兄乃大清三朝元老，现在为军机大臣。我俩可去投奔他。”
太平军封锁了南京城，所有交通要道都驻军把守，不准任何人出入。赵兴、董位只得等待1再设法混出去。
数日来，天军印发传单，用箭射入城中，告知攻城大战即将开始，要百姓们闭门不出，以免误伤。人们见了传单，不由竖起大拇指道：“天军真乃仁义之师也！”
总攻时机到了。林凤祥部已在下关静海寺挖通了地道，埋好了炸药一切准备就绪。
一八五三年三月十七日，太平军对南京发起了总攻。起初是全城大战，各处枪炮不断，叫清军手忙脚乱顾此失彼。
陆建瀛感到末日来临，不服气地大叫道“城将破，非吾无能也！贼匪号称百万，而金陵仅存兵五千，岂可守乎？破而无撼。”
次日，南京所有城门一律停止攻打归于宁静，唯有北面仪凤门反而火力加大，攻势更猛。陆建瀛惊叫道：“不好！发匪要从仪凤门攻入。”他立即抽调聚宝门、水西门、汉西门三处守军赶到仪凤门增援。
陆建瀛没有猜错，太平军真正要从仪凤门首先攻破。林凤祥部故意加大火力暴露军事意图就是想招来各处清兵援守仪凤门，然后再引爆地道炸药，多消灭一些敌人。
清军果然中计，他们在仪凤门城上厚集兵力，想用高大城墙负隅顽抗。不料，外墙脚下已挖洞埋雷。林凤祥一声令下，烈性炸药引爆，仪凤门墙崩地裂，大批清兵一起升天。
城北炸开一道缺口，林凤祥身先士卒，率敢死队首先冲入南京城。
敢死队一路飞奔行军迅速，冲过金川门、神策门，由成贤街直向小营冲去。恰遇陆建瀛坐轿逃出。林凤祥见这轿队威风排场，知是朝廷高官便率众冲了上去。一阵掩杀除敌卫队，可那轿子仍然静静地放在原地，门帘不曾掀开，里面毫无声息，好像是座空轿。
林凤祥手持大刀撩开门帘，只见陆建瀛端坐轿内闭目养神，身子丝毫不动，活像一个木偶，要不是他鼓着嘴唇喘气，真难以相信他是个活人。
林凤祥喝问：“妖官何人？报上名来。”
陆建瀛这才睁开眼睛，傲慢道：“本人乃两江总督陆建瀛。你们这些造反乱民，见了本官还不快快下跪。”
林凤祥冷笑两声道：“哼、哼！你死在眼前还胆敢胡言乱语。你若劝部下缴械投降归降天国，可免一死。”
陆建瀛也冷笑两声道：“哈、哈！我堂堂朝廷命官怎么能屈从贼匪，尔等以百万之众攻我五千守军，算哪路英雄好汉？本官我死而无撼，只可惜世风日下，人心不古也！”