从根本原因分析，河流黑臭同样是人类污染造成的恶果，其主要罪魁祸首是污水排放、垃圾倾倒、城建填河。一方面，大量污水排放和垃圾倾倒的结果使得河流中污染物浓度急剧升高，污染物在生物及化学分解过程中会大量消耗河流中的溶解氧，使得整个河流处于严重的厌氧发酵状态。黑臭河流的“黑”主要与河流中存在着大量吸附了黑色金属硫化物的悬浮颗粒有关，“臭”则是由于厌氧发酵产生的硫化氢、硫醇、氨和胺等带异味的物质从河流中逸出而造成的。
黑臭河流的另一特征是冒泡，这是它在河流厌氧状态下产生的另一类发酵产物——沼气造成的，这些沼气气泡在上升过程中携带底泥上泛，使得河流更加污秽不堪。另外，城建填河及盲目设闸使得河流的自我净化能力越来越弱，这在一定程度上加速了河流黑臭的发生和发展。
河流黑臭是地表水体环境质量极度恶化及生态系统崩溃的典型例证，其危害性极其严重。那么，防治河流黑臭根本的措施在于控制污染，这就要求我们彻底杜绝把河流当成排污沟、垃圾倾倒场的恶劣行为。其次，我们要帮助已经黑臭的河流实现净化和恢复，具体措施有河流曝气增氧、疏浚底泥和生物修复等等。