姚文元的文章发表后，虽然X引起中央和各地报刊编辑部的重视，但对于这样突然抛出的一篇点名批判北京市副市长、著名史学家的文章多采取了观望态度。可是在文艺、学术各界却引起了强烈的反响，不少人对姚文元文章的专横武断表示愤慨。北京市委第一书记、文化革命五人小组组长彭真，根本不了解毛泽东批准发表姚文的内情。北京市委调查了吴晗的政治历史，证明吴晗历史清白，认为吴晗没有反党反社会主义的问题。《海瑞罢官》可以作为学术问题讨论。姚文发表10天内各报没有转载。江青向毛泽东进言：从各地的报上情况看，他们封锁姚文元的文章完全是有组织有步骤的阴谋。北京各报刊几乎都接到彭真的指令，不许转载姚的文章。11月20日，毛泽东指令上海立即出单行本，向全国征订；同时打电话给周恩来，要求各报转载姚文元文章。11月29日，《北京日报》转载了姚文元的义章，根据彭真28日的指示，写了按语，强调"有不同意见应当讨论"、"实事求是地分清是非"。1月30日，《人民日报》转载姚文元的文章，并加了编者按。这个按语是经周恩来修改过的。按语说："我们希望通过这次辩论，能够进一步发展各种意见之间的相互争论和相互批评。我们的方针是：既容许批评的自由，也容许反批评的自由；对于错误的意见，我们也采取说理的方法，实事求是，以理服人。"《人民日报》并将姚文元的文章放在第5版"学术讨论"专栏，以示作为学术问题讨论。
但是，这些努力已不可能阻止来势迅猛的政治大潮了。12月21日，毛泽东在杭州同陈伯达、艾思奇、关锋谈话时说："姚文元的文章也。很好，点了名，对戏剧界、历史界、哲学界震动很大，但是没有打中要害。要害问题是’罢官‘。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是海瑞。"这样，对《海瑞罢官》的批判更与现实政治联系在一起了。
12月27日，《北京日报》发表了吴晗《关于（海瑞罢官）的自我批评》，吴晗在作自我批评的同时，申辩了他写作《海瑞罢官》与"单干风"、"翻案风"无关，提出自己写该剧是在1961年之前。已经同江青、张春桥勾结起来的戚本禹于1966年1月15日写出了《（海瑞骂皇帝）和（海瑞罢官）的反动实质》一文，对吴晗进行了更加恶毒的攻击。戚本禹在文章中对吴晗的申辩进行了全面批判。他们说"吴晗排出来的’时间表‘恰好说明了他狂热的海瑞宣传同阶级斗争形势的内在联系。他的《海瑞骂皇帝》，实质上是为右倾机会主义分子向党进攻捶鼓助威"。他把吴晗于1959年6月庐山会议前写的《海瑞骂皇帝》一文与所谓的"右倾机会主义"联系起来了。同时，戚本禹还从最根本的是"罢官"这一角度对吴晗的《海瑞罢官》进行了批判，他说"在吴晗写成剧本的时候，是一些什么人被人民’罢‘了’官‘呢？正是那一撮以’刚直不阿‘、’为民请命‘形式，以反党、反社会主义为实质的右倾机会主义分子"。这是对吴晗批判的进一步升级。
面对气势汹汹的大批判，作为1964年成立的文化革命小组组长的彭真于1966年2月3日，主持召开了"五人小组"扩大会议，指出：经查明，吴晗同彭德怀没有关系，因此，不要提庐山会议。他还提出：为了"放"，不要谈《海瑞罢官》的政治问题，学术批判也不要过头，要慎重。会议拟定了《关于当前学术讨论的汇报提纲》（后来被称为《二月提纲》）。《二月提纲》将对《海瑞罢官》的批判及由此开展的关于道德继承，"清官"、"让步政策"、历史人物评价及历史研究的观点、方法等讨论，定为"学术批判"性质，认为这是"在学术领域中清除资产阶级和其他反动或错误思想的斗争"，"应当足够地估计到这场斗争的长期性、复杂性、艰巨性"。《提纲》规定采取"放"的方针，同时强调指出："学术争论问题是很复杂的，有些事短时间内不容易完全弄清楚。""要坚持实事求是，在真理面前人人平等的原则，要以理服人，不要像学阀一样武断和以势压人，要提倡’坚持真理，随时修正错误‘。""要有破有立（没有立，就不可能达到真正、彻底的破）。"对于吴晗这样的人，"报刊上的讨论不要局限于政治问题，要把涉及到各种学术理论问题，充分地展开讨论。如果最后还有不同意见，应当容许保留，以后继续讨论"。这个提纲，经过在北京的中央政治局常委同意后，彭真等人到武汉向毛泽东汇报。毛泽东在听取汇报时说，左派整风3年以后再说，他对提纲没有表示不同意见。因此，《二月提纲》于2月12日由中共中央转发全党。但是3月底，毛泽东连续找康生、江青、张春桥等谈话，严厉指责《二月提纲》混淆阶级界限，不分是非，是错误的。同时也对中宣部和北京市委、文化革命小组进行指责。4月，彭真被停止工作。
5月8日，《解放军报》以显著地位刊载了署名为高炬的《向反党反社会主义的黑线开火》的文章，点名批判了邓拓的《燕山夜话》以及用吴南星（即吴晗、邓拓、廖沫沙）署名的《三家村札记》，公然地给邓、吴、廖扣上反党反社会主义的帽子。同时，《光明日报》以显著地位发表了署名为何明的《擦亮眼睛，辨别真假》的文章，点名批判北京市委的一报一刊即《前线》和《北京日报》对"三家村"和《燕山夜话》搞"假批判、真掩护、假斗争、真包庇"。5月10日，姚文元在上海《解放日报》发表《评"三家村"》，诬蔑《前线》、《北京日报》、《北京晚报》是"反党反社会主义的工具"，"充当了反动阶级和右倾机会主义分子向党进攻的喉舌"。戚本禹则在1966年第17期《红旗》杂志上抛出《评（前线）（北京晚报）的资产阶级立场》，把矛头直指北京市委。由江青、陈伯达插手，进一步批判了文化革命五人小组《关于当前学术讨论的汇报提纲》，攻击这个《提纲》是模糊了这场大斗争的目的是对吴晗及其一大批反党反社会主义的资产阶级代表人物（中央和中央机关、各省、市、自治区都有这样一批资产阶级代表人物）的批判。
对新编历史剧《海瑞罢官》的批判，是以文艺为突破口，以"三面红旗"和1961年以来中央领导层在许多重大问题上的意见分歧为主要内容，针对北京市委和中央第一线领导人，作为全局性的问题而提出来的，揭开了"文化大革命"的序幕。
崇武海战
11月14日凌晨，国民党大型猎潜舰"永泰"号和护航炮舰"永昌"号两艘两栖舰艇，在给盘踞在福建省南口群岛南部乌丘屿上的国民党残部运送军需给养后，窜人我崇武渔场海域，袭扰渔民。"永昌"号护航炮舰（舰号61），原系美国"可钦"级舰队扫雷舰，舰号AM287，1944年下水，1948年交给台湾当局，改为护航炮舰，舰的标准排水量650吨，全载量为945吨。舰上装备有76.2毫米高平两角炮两门，40毫米炮4门，20毫米炮6门。"永泰"号大型猎潜舰（舰号62），原系美国护航驱逐潜舰，舰号PCE867，1942年下水，1946年交给台湾当局，改为大型猎潜舰。其舰标准排水量为640吨，全载量为903吨，舰上装备有76.2毫米高平两用炮2门，40毫米炮4门，20毫米炮6门。
担负护渔任务的中国人民解放军海军舰艇部队在得知消息后，当即以三艘"江南"级护航驱逐舰和5艘"上海"级炮舰组成战斗队伍，自泉州湾星夜出击，全速驶向渔场。指挥员魏桓武曾经率领舰艇击沉过美制蒋舰"沱江"号和炮舰"六三"号，此时，他指挥舰队全速接近敌舰。在离蒋舰只有几百米的时候，向蒋舰发出了警告信号。但蒋舰不顾我方连续发出的严重警告，反而向我舰艇开炮。魏桓武下令还击，顿时一片火海。蒋舰见势不妙，转舵外逃。但被我舰队紧紧咬住，猛烈轰击，"永昌"号很快沉人海底。"永泰"号亦遭受重创，在夜间战斗机的掩护下出逃，我舰艇大获全胜，胜利返航。