因为毛泽东3月中旬在政治局常委扩大会议上批评了"三家村"，《北京日报》被迫批判"三家村"，4月16日在《关于（三家村）和（燕山夜话）的批判》大标题之下，用三个版的篇幅，发表了一批材料和《前线》、《北京日报》的编者按。这批材料有吴晗、廖沫沙、邓拓过去发表过的几篇文章和《（燕山夜话）究竟宣扬了什么》一文，编者按说："本刊本报过去发表了这些文章，又没有及时的批判，这是错误的。其原因是我们没有实行政治挂帅，头脑中有着资产阶级、封建阶级思想的影响，以致在这一场严重的斗争中丧失立场或者丧失警惕"，"放松了文化学术战线上的阶级斗争"。在《（燕山夜话）究竟宣扬了什么》一文中，对《燕山夜话》的主要批判是："歪曲党的百花齐放、百家争鸣的方针，主张让资产阶级思想泛滥"；"全面美化封建制度"，"借封建古人之尸，还资产阶级之魂"，"宣扬剥削阶级没落的人生哲学"；"以古讽今"、"旁敲侧击"，从而上了阶级斗争的纲。编者按很不实事求是，把正确说成错误，却被认为是"假批判，真包庇"。
在5月4日召开中央政治局扩大会议，讨论彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆问题的同时，5月4日《解放军报》发表了《千万不要忘记阶级斗争》的社论。5月8日，《解放军报》又在显著位置发表江青写作班子署名高炬的《向反党反社会主义的黑线开火》一文，《光明日报》发表了何明（即关锋）的《擦亮眼睛，辨别真伪》的文章，对《燕山夜话》和《三家村札记》发起攻击。同时，上述两报联合刊载了《燕山夜话》和《三家村札记》的"材料摘编"，并加了断章取义、无限上纲以及具有极大煽动性的说明。因为毛泽东曾说过："何明的文章，我早就看过，还不错，所以何明在文章中质问《前线》和《北京日报》，’你们究竟是无产阶级的阵地还是资产阶级的阵地？你们是无产阶级专政的工具，还是复辟资本主义的工具？你们究竟要走到哪里去？"‘月10日，上海《解放日报》和《文汇报》同时发表姚文元的署名文章：《评"三家村"——（燕山夜话）（三家村札记）的反动本质》。姚文元在该文中，来了一个180度的大转弯，一反原来对《燕山夜话》的羡慕之情，板起面孔，诬蔑邓拓"同’三家村‘的伙计们一起，把《前线》、《北京日报》、《北京晚报》……当作反党反社会主义的工具，猖狂地执行了一条反党反社会主义的右倾机会主义即修正主义的路线，充当了反动阶级和右倾机会主义分子向党进攻的喉舌"，"放出了许多反党反社会主义的大毒草"。他牵强附会，无限上纲，给邓拓等加上莫须有的罪名。说什么"邓拓、吴晗、廖沫沙这个时期所写的大批向党进攻的文章，并不是各不相干的单干，而是从’三家村‘的合伙公司里抛出来的，有指挥、有计划、异常鲜明地互相配合着。吴晗是一位急先锋，廖沫沙紧紧跟上，而三将之中真正的’主将‘，即’三家村‘黑店的掌柜和总管则是邓拓"。而邓拓等三人的"政治目的"是："大力推行资产阶级反动的学术路线，为资本主义复辟组织力量"；"大力推行资产阶级的反动的教育路线，为资本主义复辟准备精神条件"；"坚持反动的地主资产阶级道德，以图从社会关系上恢复剥削阶级统治"。"集中到一点"就是"全面地、彻头彻尾地实现资本主义复辟"。姚文元的文章，还提出了挖"根子"的问题。他说"人们不禁要问：’三家村‘这样猖狂，竞能连续达4年之久，其原因是什么？"这个提问，是把斗争矛头指向了彭真和北京市委，因而他宣称，只有挖掉"三家村"的"最深的根子"，"才能够连根拔掉这株大毒草"，才能彻底肃清"三家村"的流毒。
姚文元的文章出笼以后，全国各地报刊起而效尤，纷纷抛出批判"三家村"的文章，全国许多地方也开始批本地区的所谓"三家村"、"四家店"，从而使不少人遭到迫害。邓拓于5月18日含冤而死。吴晗夫妇在残酷的打击迫害下，于1969年10月11日离开人世。廖沫沙长期受到监禁关押，受尽摧残。
粉碎"四人帮"后，中共中央进行了拨乱反正。1979年2月21日，新华社报道所谓"三家村反党集团"是一个大冤案。同年8月3日，《人民日报》报道，经中共中央批准，北京市委正式决定，为所谓"三家村反党集团"冤案彻底平反。
"彭罗陆杨事件"
5月4日至26日，为了全面发动"文化大革命"，中共中央政治局根据毛泽东的意见在北京举行扩大会议，参加会议的有中央政治局委员和有关负责人共76人。会议由***主持，按照毛泽东4月在杭州主持召开的政治局常委扩大会议的部署进行。这次政治局扩大会议进行到5月23日，通过了《政治局扩大会议决定》，其中决定："（1）停止彭真同志、陆定一同志、罗瑞卿同志的中央书记处书记的职务，停止杨尚昆同志中央书记处候补书记的职务，以后提请中央全会追认和决定。（2）撤销彭真同志的北京市委第一书记和市长的职务；撤销陆定一同志的中央宣传部部长的职务……"24日，政治局常委决定成立审查委员会，对彭真、陆定一、罗瑞卿、杨尚昆进行专案审查。由此而产生了彭罗陆杨"反党集团"之说。其实，彭、罗、陆、杨的所谓"反党罪行"是根本不存在的，所谓"反党集团"的罪名更是强加在他们头上的。
先谈彭真的问题。彭真原为中共中央书记处常务书记、中共北京市委第一书记、北京市市长。从其身兼数要职不难看出党中央对他的信任和倚重，问题在于他为维护党的利益而保护吴晗，主持起草了《二月提纲》。那么为什么吴晗需要保护呢？原来是他在1959年6月，即庐山会议之前，为响应毛泽东的宣传海瑞精神的号召，已写了《海瑞骂皇帝》的文章在《人民日报》发表。1960年他又应北京京剧演员马连良之约，写了《海瑞罢官》的剧本。《海瑞罢官》上演后，毛泽东高兴地在家中观看了马连良演出的这个戏的片段，并称赞说：戏好，本子也写得好。但是到1962年，长期称病而又不甘寂寞的江青向毛泽东提出《海瑞罢官》有问题，要批判，但是没有被毛泽东接受。她去找中宣部和文化部的4位正副部长，提出可批此剧，也被拒绝。两年后即1964年，康生去见毛泽东，面陈要批《海》剧，他说："主席在八届十中全会上讲过，现在利用小说反党，是一大发明"，"我想到当时演的一出戏，是不是也是这个问题……就是’海瑞罢官"‘、"这出戏跟1959年庐山会议有关系，这不是偶然的巧合，是有意的配合。这出戏的内容，从始至终都贯穿着一个思想，就是替彭德怀呜冤叫屈。"这时，由于毛泽东对国内国际形势的错误判断越来越严重，所以听了康生的话后他开始改变了态度。几天后，江青又火上加油，她对毛泽东说："吴晗算不了什么，是别人拿他当枪使，真正的危险人物，是隐藏在幕后操纵他的人"，"吴晗是北京市的副市长，而北京市的’太上皇‘是彭真……"在毛泽东主持下，江青又专程去上海找到张春桥，再由张春桥物色姚文元写成了《评新编历史剧<海瑞罢官>》。此文在《文汇报》发表后，由于是背着中央政治局大多数人和有关部门秘密写好的，所以彭真等不了解背景，没有指示全国报刊马上转载，因此出现了除华东几家报纸转载外，而其他地方报纸在10多天内均未转载的情况。11月下旬，彭真由外地返京，着手处理转载问题。这时他虽从上海回来的罗瑞卿那里了解到一些内幕情况，但在听取《红旗》杂志的汇报后，仍指示：中央报刊是否发表批判吴晗的文章，还要再考虑一下。他指示北京市委书记处开会讨论转载问题；并说："吴晗性质不属于敌我矛盾，对姚文元文章错误的地方也要批判。"而且彭真又于1966年2月3日主持召开了五人小组扩大会议，会上彭真发言时说："吴晗的问题是学术问题。与彭德怀没有关系"，因此不要提庐山会议，他还提出："学术批判不要过头，要慎重"等等。根据会议讨论意见拟定了《文化革命五人小组关于当前学术讨论的汇报提纲》（简称《二月提纲》）。《提纲》的指导思想是针对当时的斗争焦点，反对将学术问题搞成政治问题。2月8日，彭真、陆定一与康生等去武汉亲自向毛泽东汇报，毛泽东没有表示不同意见。2月12日，这个汇报提纲以中共中央文件的形式批发全党。但不久，毛泽东就否定和批判了《二月提纲》。3月30日，在一次会议上，毛泽东指责五人小组的汇报提纲是错误的，指责中宣部不支持"左派"，是"阎王殿"，要"打倒阎王，解放小鬼"。
毛泽东的表态，使形势急转直下。4月中旬，中共中央书记处在北京开会。会议决定：第一，起草一个撤销并彻底批判《二月提纲》的通知（即后来的"五一六通知"）；第二，成立文化革命文件起草小组（即后来的中央文革小组），4月下旬，彭真被停止工作。5月4日至26日，召开了由***主持的中共中央政治局扩大会议。会上康生、张春桥等罗列了彭真的罪状：从北京各报不转载姚文；姚文印成小册子后，北京新华书店不表态一直到揭露彭真历史上的"问题"，以及搞修正主义，甚至要搞反革命政变等等。会上彭真作了检讨，但同时也讲"至于搞政变、颠覆中央、里通外国等罪恶活动，我连做梦也没有想到。至于我同罗瑞卿、同陆定一有没有反党的联系，请中央审查"。
这次中央政治局扩大会议之后，林彪、江青一伙又强加给彭真以"彭真、刘仁反革命修正主义集团"、"二月兵变"、"畅观楼事件"等莫须有的罪名，未能得逞。此后转入审查彭真1929年被捕中的一些问题。1975年5月21日，中央专案审查小组作出结论，定彭真为"叛徒"反党分子（中央没有审批）。
十一届三中全会之后，经中组部复查、中央于1979年2月17日发出通知认为：彭真1929年6月在顺直省委工作时，由于叛徒出卖在天津被捕，被捕后政治上是坚定的；在工作中成绩是主要的。中央决定：林彪、江青反革命集团强加给彭真的种种罪名和一切诬蔑不实之辞，均应予以推倒，并决定恢复彭真党的组织生活，分配工作。关于罗瑞卿的问题，他与彭真几乎是同时被批判的。他的主要罪状有两条：一是"极端仇视毛泽东思想"，反对"突出政治"；二是有野心，要夺林彪的权。
罗瑞卿当时任中共中央书记处书记、国务院副总理、军委秘书长、中国人民解放军总参谋长。他是在庐山会议后，由林彪向中共中央提名，以公安部长调任总参谋长的。起初，林、罗工作上相处尚可，但从1961年起就有些矛盾。1964年后，林彪在一些重要问题上对罗瑞卿十分不满，甚至恨之入骨。
对于1964年的军事训练，林彪说："军事训练搞得太突出，时间占得太多，军政工作比例有些失调，冲击了政治。"罗瑞卿说："是建国以来最好的一年"，"气可鼓不可泄，就是不要泼冷水"。
对于军事训练和政治的关系，林彪说："军事训练不能冲击政治，相反政治可以冲击其他"，"政治冲垮了，一切都垮了，军事训练也垮了"。罗瑞卿说："红与专是辩证的关系"，"政治好了，也要把其他工作搞好"，"政治工作要保证完成训练和各项任务"，"否则，天天讲突出政治，业务工作总是搞不好，提不高，那就是毛主席所说的空头政治家"。这就被诬为反对"突出政治"。
至于林彪提出的"最高最活"，罗瑞卿说："不能这样讲，最高，难道还有次高吗？最活，难道还有次活吗？最高最活，不好理解。"至于林彪提出的"顶峰"，罗瑞卿说："这不符合毛泽东思想，难道马列主义、毛泽东思想就不再发展了？"这就被诬为"极端仇视毛泽东思想"。
林彪、罗瑞卿在上述一系列问题上的对立，使林彪感到要想篡夺军权，必须排除掉罗瑞卿。于是由叶群造谣，说他于1965年2月14日、15日指使原空军司令员刘亚楼向叶群提出四条意见，核心是让她劝林彪"再不要多管军队的事情"，"一切交给罗瑞卿去管"。林彪、叶群还指使吴法宪于同年12月25日，用给林彪写信的手法，诬陷罗瑞卿有"篡夺军权的野心"，致使罗瑞卿遭到残酷批斗。
毛泽东听信了林彪、叶群的诬告。1965年12月，毛泽东在上海主持召开的中央政治局扩大会议上根据吴法宪等人的诬陷材料，罗瑞卿被停止了领导职务，隔离审查。罗瑞卿于1973年底，初步获得人身自由。1980年5月20日，中共中央发出为罗瑞卿平反的文件，宣布撤销1966年5月16日《中央批转中央工作小组关于罗瑞卿错误问题的报告》，受株连的同志也予以平反、恢复名誉。
陆定一当时是中央政治局候补委员、中央书记处书记、中央宣传部长。1966年3月底，毛泽东指责中宣部是"阎王殿"，要"打倒阎王，解放小鬼"，那么作为部长的陆定一自然就是"阎"，其厄运也就注定了。后来又加给他把"活学活用毛泽东思想"骂成是"实用主义"、"庸俗化"、"简单化"，‘又说他在文化大革命问题上的立场和观点"同彭真完全一致"等罪名。造成他被打倒的直接原因是所谓"攻击和辱骂"林彪和叶群。其实，真正的原因是陆定一的夫人严慰冰出于义愤，曾多次写匿名信揭发叶群的不正当男女关系问题，写的主要是生活问题。林彪抓住此事硬说陆定一是幕后指使人，并把这同所谓"搞政变"硬扯到一块，必欲除之而后快。5月，中央政治局扩大会议期间，林彪在会上发表有名的《五一八讲话》，他以古今中外的大量事例，说明"世界政变成风"，证明毛泽东正确。他说："最近有很多鬼事、鬼现象，要引起注意。""可能发生反革命政变，要杀人，要篡夺政权，要搞资产阶级复辟，要把社会主义这一套搞掉……""他们现在就想杀人，用种种手法杀人，陆定一就是一个，陆定一的老婆就是一个……"
中央政治局扩大会议之后，经中央批准，对陆定一进行隔离审查。1968年5月23日陆定一被逮捕入狱。1975年10月9日，中央专案组向中央报送了《关于陆定一问题的审查报告》，认定陆为"阶级异己分子"、"反党分子"、"内奸嫌疑"，建议清除出党。据此，中共中央于1975年12月11日发出《关于陆定一问题的决议》。十一届三中全会后，中组部遵照中央指示进行复查，证明陆定一是"文化大革命"中遗留的一桩重大错案。1979年6月8日，中共中央宣布为陆定一平反，并决定撤销1975年中央《关于陆定一问题的决议》。
杨尚昆当时是中共中央书记处候补书记、中央办公厅主任。他根据中央的规定，在一定场合为毛泽东的重要讲话安排录音，以便存档，但被诬陷为对毛泽东搞"窃听"和"秘密录音"，另一条罪名是泄露党的大量机密文件和档案。林彪、康生、江青等人还诬陷杨尚昆领导的中央办公厅是"黑窝子"、"烂摊子"，由此被立案审查者达数百人之多。