中共十一届三中全会后，中央办公厅写了复查报告，经中央书记处批准给予彻底平反。1980年10月23日，中共中央办公厅发出通知：撤销1966年5月24日中央文件对杨尚昆的错误指责及1978年11月22日中央专案组对杨尚昆的错误结论；撤销1967年12月13日中央文件对中央办公厅和杨尚昆的指责。复查报告指出："杨尚昆同志原在中央机要室的录音工作而从来没有搞过阴谋活动。"所谓抄录档案问题，是由于编写党史、军史、战史的需要而对档案资料的正常利用，不存在什么"泄密"问题，完全是强加的罪名。因上述问题受株连的同志，有关党委已宣布平反，恢复名誉。
彭罗陆杨四人的"问题"，内容上并无关系，组织上更没联系，四人被拉在一起受诬陷的根本原因在于他们都不同程度地抵制了"左"的错误，或对林彪一伙作了一定的斗争，被视为"文化大革命"的直接障碍。打倒彭、罗、陆、杨，实际上是为全面发动"文化大革命"扫清障碍；这也为林彪、康生、江青等人篡夺党和国家的领导权创造了条件。
聂元梓的大字报和北京市委的改组
5月25日，在中央文革和康生的亲自授意下，由康生妻子曹轶欧出面，策动北京大学哲学系聂元梓、宋一秀、夏剑豸、杨克明、高云鹏、李醒尘、赵正义等7人写了题为《宋硕、陆平、彭骊云在文化大革命中究竟干些什么？》的大字报，张贴在北京大学。这张大字报矛头直指北京大学党委和北京市委，后来，被毛泽东称为是"全国第一张马列主义的大字报"。
聂元梓等人的大字报的出现是以《五一六通知》为背景，受康生等人利用，以及聂元梓等人一贯的思想倾向和个人品格等因素决定的。聂元梓，1921年生，河南滑县人。1938年在延安加入中国共产党，同曹轶欧相识。1946年派往黑龙江省，任齐齐哈尔市第一区区委书记，不久调任哈尔滨市委宣传部理论处处长。1963年进入北京大学，翌年任哲学系党总支书记。1965年，北京大学在校党委书记陆平等领导下开展了社会主义教育运动，其问，伤害了一些人。聂元梓和哲学系的一些人遂与陆平发生了尖锐的矛盾冲突。作为北京大学上级党委的北京市委了解到这一情况后，彭真等多次亲临现场，表示了对陆平的坚决支持，聂元梓等人受到一定程度的压制。这样，就使聂元梓等人同陆平的关系更加紧张，并产生了对北京市委的怨恨，寄希望有机会发泄和表现。
5月中共中央政治局扩大会议的召开和《五一六通知》的通过，使得中央文化革命小组利用聂元梓和陆平这种紧张关系，制定了"从北大点火，往上搞"的行动方针，并派出了以曹轶欧为首的中央理论小组调查组等到北京大学。
聂元梓等人的大字报就是在这种背景下产生的。
这张大字报批评中共北京市委大学工作部副部长宋硕、北京大学党委书记兼校长陆平、党委副书记彭骊云等人破坏"文化大革命"，诬陷北京大学党委和北京市委搞修正主义。其中写道："现在全国人民正以对党对毛主席的无限热爱，对反党反社会主义黑帮无限愤怒的高昂革命精神掀起轰轰烈烈的’文化大革命‘，为彻底打垮反动黑帮的进攻，保卫党中央，保卫毛主席而斗争，可是北大却按兵不动，冷冷清清，死气沉沉，广大师生的强烈革命要求被压制下来，这究竟是怎么回事？"他们指责"陆平和彭骊云完全用同一腔调布置北大的运动，他们说’我校文化革命形势很好……‘’现在急切需要领导，引导运动向正确的方向发展‘，’积极加强领导才能引向正常的发展‘，’北大不宜贴大字报‘，……这是党中央和毛主席的文化革命路线吗？不是，绝对不是！这是十足的反对党中央、反对毛泽东思想的修正主义路线。""你们为什么这样害怕大字报？"最后号召："一切革命的知识分子，是战斗的时候了！让我们团结起来，高举毛泽东思想的伟大红旗，团结在党中央和毛主席周围，打破修正主义的种种控制和一切阴谋诡计，坚决、彻底、干净、全部地消灭一切牛鬼蛇神、一切赫鲁晓夫式的反革命修正主义分子，把社会主义革命进行到底。"
这张大字报贴出后，立刻受到北京大学广大师生员工的强烈反对，半天之内就贴出上千张大字报进行驳斥。当晚，华北局第一书记李雪峰到北大讲话，第二天，周恩来派张彦到北京大学，批评了聂元梓的作法搞乱了中央的部署，违反了中央规定的内外有别的原则。
未能达到打开缺口目的的康生把刊有这份大字报的《文化革命简报》背着在北京主持中央日常工作的***、邓小平等领导人直接转送给了正在杭州视察的毛泽东。毛泽东于6月1日，在这份《文化革命简报》上批示："此文可以由新华社全文广播，在全国各报刊发表，十分必要。北京大学这个反动堡垒从此可以开始打破。"当日晚，中央人民广播电台向全国广播了大字报全文。6月2日，《人民日报》在头版头条以《北京大学七同志一张大字报揭穿一个大阴谋》为通栏标题，以《"三家村"黑帮分子宋硕、陆平、彭佩云负隅顽抗妄想坚守反动堡垒》为副标题，刊登了聂元梓等人的大字报全文。同时，还配发了关锋、王力、曹轶欧等起草的评论员文章《欢呼北大的一张大字报》。这篇评论员文章诬蔑北京大学"是’三家村‘黑帮的一个重要据点，是他们反党反社会主义的顽固堡垒"。诬蔑北京大学的党组织"不是真共产党，而是假共产党，是修正主义的’党"‘，"是反党集团，代表剥削阶级的利益"。号召全国人民"起来反对他们，把他们打倒，把他们的黑帮、黑组织、黑纪律彻底摧毁"。
月4日，《人民日报》公布了中共中央关于改组北京市委的决定，由中共中央华北局第一书记李雪峰兼任市委第一书记，调中共吉林省委第一书记吴德任第二书记，对北京市委进行改组。同日，新组成的北京市委作出决定："撤销北京市委大学工作部副部长宋硕的一切职务"，"撤销中共北大党委书记陆平、副书记彭讽云的一切职务，并对北京大学党委进行改组"。"派以张承先为首的工作组到北京大学对社会主义文化大革命进行领导"，"在北京大学党委改组期间，由工作组代行党委的职权"。
其实，对于北京市委的改组是由于1965年11月以来，彭真领导下的北京市委和文化革命五人小组所采取的一系列行动，使得毛泽东极为不满。1966年3月，毛泽东多次谈及北京市委和《二月提纲》说，如果北京市委和中宣部"再包庇坏人，中宣部要解散，北京市委要解散，’五人小组‘要解散"。实际上这是发出了解散文化革命五人小组，改组北京市委的警告。此后，林彪、江青便肆无忌惮地从批判"三家村"到攻击北京市委。5月初，《解放军报》发表江青写作班子署名"高炬"的《向反党反社会主义的黑线开火》的文章，《光明日报》发表了文革小组成员关锋署名"何明"的《擦亮眼睛，辨别真假》的文章，上海《解放日报》和《文汇报》发表了姚文元的《评"三家村"——<燕山夜话>、<三家村札记>的反动实质》等文章。紧接着又炮制了《关于彭真错误的一批材料》，诬陷北京市委是资产阶级"独立王国"，"在彭真掌握下的北京市委的领导集团，已经成为他进行反党活动的工具"。5月11日，又派了中共中央华北局李雪峰为组长的工作组到北京市委。这样，就为改组北京市委和北京市人民委员会作好了舆论和组织准备。
月下旬，中共中央政治局扩大会议决定停止彭真、陆定一、罗瑞卿的中央书记处书记的职务，停止杨尚昆的中央书记处候补书记的职务，同时也决定撤销彭真的北京市委第一书记和市长的职务。这次会议还决定李雪峰兼任北京市委第一书记。6月4日，《人民日报》头版显要位置公布了中共中央关于改组中共北京市委的决定。随后，又有刘仁等17名北京市党、政主要领导干部或被撤职或停职反省，一大批委、办、局以上的领导干部相继被打成"黑帮分子"。
中央决定向大中学校派遣工作组
在毛泽东决定播发聂元梓等人的大字报同时，还经毛泽东批准，陈伯达于5月31日率领工作组到人民日报社夺权，由他们"掌握报纸的每天版面，同时指导新华社和广播电台的对外新闻"。6月2日，经毛泽东同意，改组后的中共北京市委派以张承先为组长的工作组进驻北京大学，代行党委的职权，领导文化大革命。
当时，广大学生出于对党和毛泽东的信赖，首先响应号召，效法北大聂元梓等的做法，起来造"修正主义的反"，纷纷起来贴大字报，开批判会，使运动在北京和各大城市迅速开展起来。中共基层党委首当其冲，普遍成为"造反"的目标，不能进行正常的领导工作，有的学校停课，发生了严重的混乱现象。这时，毛泽东不在北京。6月3日，***紧急召开中央常委扩大会议。依照多年来解决基层问题的通常做法和毛泽东批准向人民日报社、北京大学派出工作组的先例，决定向北京市大、中学校派出工作组领导"文化大革命"。其他许多省、市也起而仿效，相继向大专院校和部分中学派出工作组。6月9日，***、邓小平、周恩来乘专机飞往杭州向毛泽东汇报，并请毛泽东尽快回京主持领导运动。毛泽东表示暂时不准备返京，委托***相机处理运动事宜，只顺便说："派工作组太快了并不好，没有准备。不如让它乱一下，混战一场，情况了解清楚了再派。"然而，这时大部分工作组已经派出。
这样，从6月5日开始，在半个月左右的时问里，北京的绝大多数院校进驻了工作组，工作组组员近万人。同期，全国各大城市均向所辖院校派驻了工作组。其中，上海向29所大学、160多所中学派驻了工作组。为了解决已经出现的问题，控制混乱局面，6月8日***主持中央政治局常委扩大会议，作出了几条指示，规定要"内外有别"、"注意保密"、"大字报不要上街"、"不要搞大规模声讨会"、"不要包围’黑帮‘住宅"、"不准打人和侮辱人"等。
采取派工作组的做法，目的是为了保持党对运动的领导，消除已出现的混乱现象。但因为"文化大革命"本身是错误的，到底怎么搞"文化大革命"，不仅工作组就连中央一线的领导人也不清楚，因此，工作组进校后，很快同那些要造党委反的群众发生矛盾，群众中出现了保工作组和赶工作组的两派势力斗争，尤其是6月18日，北京大学一些人乘工作组集中集中开会之时，设立"斗鬼台"；批斗党团干部、教师等40多人，出现了戴高帽、抹黑脸、罚跪、殴打、侮辱妇女的乱批乱斗现象。对此，北大工作组组长张承先向全校作了广播讲话，强调"六一八事件"是"阶级敌人的报复"，要求以后批斗人要经过工作组等等。6月20日，***将北京大学工作组制止乱批乱斗事件的简报，即《北大文革简报》批向全国，并加按语说："中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的、及时的"，指示"各单位如果发生这种现象，都可以参照北大的办法办理"。各地各单位贯彻中央"八条指示"和批发的北大简报后，开始克服混乱局面。23日，北京市委召开会议，会议指出"现在出现了假左派、真右派和我们激烈地争夺领导权的现象"，提出要"反干扰"，"对右派赶工作组一定要清理"。在这一精神指导下，一部分院校打击了一些反对党委、反对工作组的人，有些被定为"反党干将"、"右派"或"反革命分子"、"右派学生"等。但是，这种做法却引起了少数造反派的极端不满。在江青、康生一伙的支持和推动下，不少学校出现了轰赶工作组的事件。
围绕着工作组问题的分裂影响到中央领导层。就在中共中央向学校派驻工作组之际，中央文化革命小组暗中打听到毛泽东不同意立即派工作组，即提出了异议。6月20日，中央文化革命小组向中共中央提出了书面建议，"建议全国大中学校、机关单位在适当的时候成立文化革命小组，领导’文化革命‘运动"，"只在最必要的地方，最必要的时候，可以由上级派工作组"。7月13日、19日、22日，陈伯达在中央会议上又3次提出撤出北京大学工作组的问题。这些意见，被参加中央会议的多数人所拒绝。
月18日，毛泽东从外地考察回到北京，当天即听取了中央文化革命小组关于工作组的汇报，看了北京大学、北京师范大学、清华大学、人民大学等院校反工作组的材料。紧接着，根据毛泽东的意见，于7月19日至23日间，***主持召开了"文化大革命情况汇报会"。毛泽东在会场见到***等人时即毫不客气地指出：派工作组是错误的。中央文化革命小组在会上严厉批评派工作组的做法，指责工作组"镇压学生运动"，认为北京大学"六一八事件"是革命行动。其间，毛泽东还十分动情地说："回到北京后，感到很难过，冷冷清清，有些学校大门都关起来了，甚至有些学校镇压学生运动。谁才镇压学生运动？只有北洋军阀。凡是镇压学生运动的人都没有好下场？"7月24日，毛泽东召集政治局常委和中央文化革命小组成员开会，批评了***，作出了撤销工作组的决定。25日，毛泽东在接见各中央局书记和中央文化革命小组成员时又说："工作组起坏作用，阻碍运动"，"不要工作组，要由革命师生自己闹革命"，要把工作组"统统驱逐之"。
月28日，中共北京市委根据毛泽东的意见，作出《关于撤销各大专学校工作组的决定》，规定："在工作组撤销之后，大专学校的’文化大革命‘由全体师生员工分别选举，成立各级文化革命的群众组织，负责领导。"29日，李雪峰在北京市大专院校和中等学校师生文化大革命积极分子大会上宣读了上述《决定》。***、周恩来、邓小平在会上讲话，并代表中央承担了责任。***也讲出了心里话："我们是老革命遇到新问题"，"怎样进行无产阶级文化大革命"，"我老实回答你们，我也不晓得。我想党中央许多其他同志，工作组的成员也不晓得"。
这样，从6月3日在京主持中央日常工作的***作出向学校派工作组的安排，到7月下旬从外地回京的毛泽东断然决定撤销已驻进学校的工作组，出现了在不到两个月的时间内，工作组仓促进驻学校和匆匆撤销的局面。
中共八届十一中全会
到1966年8月，"文化大革命"已发动2个多月，为了清除阻力，加快"文化大革命"的进程，8月1日至12日，毛泽东亲自在北京主持召开了中共八届十一中全会。
5月中共中央政治局扩大会议后，毛泽东仍在外地考察。北京大学第一张大字报出现后在京主持中央工作的领导人所采取的一系列措施和由此形成的"文化大革命"局面，使毛泽东非常失望，感到文化大革命遇到了阻力，认为"文化大革命"被压下去了，并认为这种阻力主要来自中共中央。因而决定回京，亲自领导"文化大革命"。