月18日，毛泽东回到北京。在听取中央文化革命小组成员的汇报和***主持的文化大革命汇报会，以及看了北京文化大革命的书面材料后，为了全面发动"文化大革命"，使它更加合法化，毛泽东决定召开一次全会。7月24日，中共中央发出了召开中共八届十一中全会的通知。7月27日即开了为期4天的预备会。中共八届十一中全会于8月1日至12日召开。
中共中央八届十一中全会由毛泽东主持，出席会议的中央委员74人，候补中央委员67人。各中央局和各省、市、自治区党委的负责人，中央文化革命小组全体成员、中央有关部门的负责人和北京高等院校"革命师生"代表共47人列席了会议。
在8月1日的开幕式上，邓小平、***、陈伯达先后讲话和报告。邓小平介绍了会议议程："这次会议主要的工作是：一、通过《关于无产阶级文化大革命的决定》。二、讨论和批准十中全会以来中央在国内、国际问题上的重大措施。三、会议要搞公报，最后要通过公报……四、就是法律手续的问题。""中央政治局曾经决定撤销彭、罗、陆、杨中央书记处和政府的职务，决定补充陶铸同志为中央书记处常务书记，叶剑英同志为中央书记处书记，按法律手续要在这一次全会上决定。"***的报告主要讲了两个问题，一是八届十中全会以来党中央关于国内外问题的重大决策和部署，二是就派工作组的问题作了说明，承担了责任，说"这一段我在北京文化革命中有错误，特别是工作组问题上出了问题，责任主要由我负"。陈伯达的讲话则主要提出了两个观点：一是工作组做了坏事，二是官做大了不要脱离群众。
同日，全会印发了毛泽东8月1日写给清华大学附属中学红卫兵的复信，信中说："我向你们表示热烈的支持。同时我对北京大学附属中学红旗战斗小组说明对反动派造反有理的大字报和由彭小蒙同志于7月25日在北京大学全体师生员工大会上，代表她们红旗战斗小组所作的很好的革命演说，表示热烈的支持。……不论在北京，在全国，在文化大革命运动中，凡是同你们采取同样革命态度的人们，我们一律给予热烈的支持。"
月1日、2日，进行会议讨论。在涉及工作组问题时，许多会议代表坦诚地谈到对撤工作组"想不通"。在这种情况下，毛泽东改变会议原定4日开全体会议讨论通过《中国共产党关于无产阶级文化大革命的决定》、5日结束会议的安排，于4日下午召开中央政治局常委扩大会，毛泽东在会上发表了十分激烈的讲话并指责说："派工作组是站在资产阶级方面反对无产阶级，是镇压！是恐怖！这个恐怖来自中央。"他公然说："牛鬼蛇神，在座的就有。"这个会议表明，在中央常委会}义上，已经完全不能平等地讨论问题，毛泽东的"左"倾错误的个人领导实际上已取代了党中央的集体领导。8月7日，会议印发了毛泽东于8月5日在《北京日报》边空上写的《炮打司令部——我的一张大字报》，并附印聂元梓等7人大字报，以及林彪在1966年5月18日在中央政治局扩大会议上的讲话，让与会者讨论。毛泽东的大字报虽然没有直接点名，但从内容看，毛泽东明显地把矛头指向了***，并涉及到邓小平。这样，会议立即转入集中揭发、批判***、邓小平的轨道上来。
月8日，全会通过了《关于无产阶级文化大革命的决定》，共十六条，简称《十六条》。这是继《五一六通知》后，关于"文化大革命"的又一个充满"左"倾错误的纲领性文件。《十六条》规定："我们的目的是斗垮走资本主义道路的当权派，批判资产阶级的反动学术权‘，批判资产阶级和一切剥削阶级的意识形态"；这次运动的重点是整党内那些走资本主义道路的当权派；"发现和壮大左派队伍，坚决依靠左派"；"让群众在运动中自己教育自己"，"自己解放自己"；"要充分运用大字报、大辩论这些形式，进行大鸣大放"；"要敢字当头"、"不怕出乱子"，"革命不能那样雅致、那样文质彬彬，那样温良恭俭让"。《十六条》虽然也规定这次运动要在以毛泽东为首的党中央领导下进行，要求各级党委"坚持正确领导"，"严格分别两类不同性质的矛盾"，"要用文斗，不用武斗"，"抓革命，促生产"以及保护科技人员等，但后来的事实证明这些规定根本无法贯彻执行。
这次中央全会根据毛泽东的提议，改组了中央领导机构。8月12日，全会选举了新的中央政治局常委。政治局常委由原来的7人扩大为11人，增加陶铸、陈伯达、康生、李富春。林彪名列第2位，陶铸提升为第4位。他是由5月的中央政治局扩大会议决定从中南局第一书记调任中央书记处常务书记兼中宣部部长的，但是他在进入政治局常委后不久被排斥（后来被迫害致死），李富春不久后也被排斥。***在政治局常委的名次排列由原来的第2位降到第8位。全会没有重新选举中央副主席，但以后只有林彪被称为中央副主席，其他原来的副主席***、周恩来、朱德、陈云都不再提及他们的这个职务。唯一的副主席林彪成为毛泽东实际的新接班人。
党中央领导层发生如此突然而重大的人事变动，使许多与会者极为震惊。这次中央全会通过的文件尤其是《十六条》等规定，在党内完成了发动"文化大革命"的法定程序。
"炮打司令部"
"文化大革命"初期，广大党员干部，特别是高级干部对"文化大革命"的不同认识和许多做法的抵触和不理解，统统被毛泽东看作是"阻力"。毛泽东决定排除所谓"运动阻力"，使"文化大革命"之火在全国燃得更旺。为此，他在回京前临时决定召开中国共产党中央委员会全体会议。
在经过短暂的仓促准备之后，1966年8月1日至12日，在毛泽东主持下，中共八届十一中全会于北京召开。
月1日，***在大会上报告了八届十中全会以来党中央在国内国际问题上的重大措施，并对派工作组问题承担了主要责任。毛泽东插话，指责工作组"起了一个镇压群众、阻碍群众的作用"。这次会议是在开始出现全国性动乱，许多领导干部已经受到冲击和围攻的情况下突然召开的。与会者对会议的内容心中无数，加以听到毛泽东对工作组的严厉指责，更使会议的气氛异常紧张。
在以后两天的大会和小组会上，担任中央一些部委和各大区负责工作的中央委员在发言中，都没有就如何开展"文化大革命"提出系统的意见或建议，而是纷纷作检讨。检查自己"跟不上形势"，"跟不上主席"，"犯了方向、路线错误"，等等。
在8月4日举行的中央常委扩大会议上，毛泽东对派工作组提出更加严厉的指责。他认为派工作组是"明明白白站在资产阶级方面反对无产阶级"。并且说："牛鬼蛇神，在座的就有。"他宣布："今天大会不开了，开小组会好了。把这里讲的传给大家，你们分别去参加。"这个会议突出地表明，在中央常委会议上，已经完全不能平等地讨论问题，毛泽东的"左"倾错误的个人领导实际上取代了党中央的集体领导。
月5日，毛泽东写了《炮打司令部——我的一张大字报》。毛泽东在大字报中说："全国第一张马列主义大字报和人民日报评论员的评论，写得何等的好呵！请同志们重读一遍这张大字报和这个评论。可是在五十多天里，从中央到地方的某些领导同志，却反其道而行之，站在反动的资产阶级立场上，实行资产阶级专政，将无产阶级轰轰烈烈的文化大革命运动打下去，颠倒是非，混淆黑白，围剿革命派，压制不同意见，实行白色恐怖，自以为得意，长资产阶级威风，灭无产阶级的志气，又何其毒也！联系到1962年的右倾和1964年的形’左‘而实右的错误倾向，岂不是可以发人深醒的吗？"这张大字报的发表，改变了中央全会的议程和方向，开始了对***和邓小平的揭发批判，造成了极其严重的恶果。以派工作组为直接依据，而追溯到1962年以来中共中央在工作指导方针上的分歧，提出在毛泽东为首的党中央之外，另有一个以***为首的资产阶级司令部。
这张大字报是毛泽东8月5日写的，写在6月2日《北京日报》头版转载的《人民日报》社论《横扫一切牛鬼蛇神》左面边空上，下书"1966年8月5日"，无标题。毛泽东的秘书徐亚夫重抄了一遍，毛泽东在抄稿上加了标题，把"长资产阶级的志气，灭无产阶级的威风"改为"长资产阶级的威风，灭无产阶级的志气"，又在"左"字的前后加上引号。8月7日毛泽东向全会印发了这张大字报，并附上聂元梓等人的大字报。在铅印件上，毛泽东又作了修改和补充："是何等写得好啊"改为"写得何等好呵"，"可是在五十多天里，中央到地方的某些大领导人，"改为"可是在五十多天里，从中央到地方的某些领导同志"，加"请同志们重读一遍这张大字报和这个评论"，加"压制不同意见"。
毛泽东在大字报中提及了他与***产生分歧的两件事：
"1962年的右倾"，是指1962年2月和5月两次中央会议的问题。
1月，毛泽东主持召开了七千人大会，会议分析了当时国民经济基本形势，认为经济最困难的时期已经过去了。
月21日至2月23日，***主持召开了中央政治局常委扩大会议，即"西楼会议"，会议分析了经济形势，研究了财政经济方面存在的严重困难。会议认为当时我国国民经济仍处于"非常时期"。
月7日至11日，***在北京主持召开了中央工作会议，讨论《中央财经小组关于讨论1962年调整计划的报告（草稿）》。***在讲话中对当时的经济形势作了比较实事求是的估计。他认为"现在在经济上来说，总的讲，不是大好形势，没有大好形势，而是一种困难的形势"。
***主持的这两次会议，都是比较客观地估计了当时的经济形势，根据"调整、巩固、充实、提高"的八字方针，提出了一系列重要的克服困难的措施。这对克服当时经济困难起了重要的作用。毛泽东对这些措施虽然原则上表示过赞同，但是在同年7、8月召开的北戴河会议和后来召开的八届十中全会上，却提出了所谓把形势说得"一片黑暗"和存在"平反之风"、"单干之风"的指责。
"1964年形’左‘而实右的错误倾向"，是指1964年下半年***主持制定《中共中央关于农村社会主义教育运动中一些具体政策（修正草案）》的问题。
5月2日至12日，毛泽东在杭州召集部分中央政治局委员和大区书记参加的会议，讨论了农村社会主义教育问题。会议制定了《关于目前农村工作中若干问题的决定（草案）》，又称"前十条"。"前十条"提到，"当前中国社会中出现了严重的尖锐的阶级斗争情况"，要求"重新组织革命的阶级队伍"，开展大规模的群众运动，打退资本主义和封建主义势力的进攻。会后，各地进行了社会主义教育运动的试点。
9月，中央在北京召开工作会议，制定了《关于农村社会主义教育运动中一些具体政策的规定（草案）》，也称"后十条"。根据各地试点中提出的一些带普遍性的问题，"后十条"强调团结95％以上的干部和群众的重要性，提出要依靠基层组织和基层干部，并对整顿基层组织，对地、富、反、坏分子的处理和正确对待地、富子女等问题，作了一些正确的或比较正确的政策规定。
5月15日至6月17日，党中央在北京举行工作会议。毛泽东出席了这次会议。会议讨论了社教运动中的问题，作出了农村基层组织的领导权有1／3不在我们手里的错误估计，对社教运动作了新的部署。根据这次中央工作会议精神和一年来桃园大队等若干试点单位带有片面性的经验，***主持对"后十条"作了修改，并在9月18日经中央工作会议讨论通过，成为"后十条"修正草案。这个修正草案改变了原来依靠基层组织和基层干部的政策，规定"整个运动都由工作队领导"，强调"必须把放手发动群众，放在第一位"，首先解决干部中的问题，并提出了"访贫问苦，扎根串连"等过去搞土改的工作方法。这些政策规定执行的结果，伤害了许多好的或比较好的基层干部，使农村工作受到损失。毛泽东察觉到这个问题，并于1965年1月主持制定了《农村社会主义教育运动中目前提出的一些问题》（即"二十三条"），纠正打击面过宽，搞神秘主义等偏向，对稳定农村形势起了一定作用。但是，"二十三条"中的第一条说"四清"的目标是整党内走资本主义道路的当权派的提法。***对这个提法有不同看法。这涉及对"四清"运动主要矛盾的争论。这些情况说明，毛泽东对***的不满由来已久，"文化大革命"初期派工作组之争，只是一个导火线。
毛泽东的大字报等于向全国、全党发出了一个战斗号召：打倒那个被认为另立党中央之外的资产阶级司令部。它标志着毛泽东与***在政治上的决裂。
红卫兵运动
5月29日，清华大学附属中学一些以干部子女为主的高中生在圆明园遗址集会，决定提倡毛泽东在延安时所说的"造反有理"的口号，并决定像苏联"青年近卫军"小组那样组织起来。集会中，有人提议今后署名的大字报都用红卫兵的名称，大家都赞同这个提议。这一天后来被看成是红卫兵的诞生日。6月2日，清华附中正式贴出了署名红卫兵及100余人签名的大字报。6月初，北京大学附属中学、北京石油学院附属中学、北京地质学院附属中学、北京矿业学院附属中学以及北京市第二十五中学的学生成立了"红卫兵"、"东风"、"红旗"等学生组织。这就是中国最早的红卫兵组织。红卫兵组织从其产生之日起，就充当了文化大革命的急先锋。1966年6月24日，清华大学附中红卫兵贴出了"论无产阶级的革命造反精神万岁"的大字报。后来又写了"再论无产阶级的革命造反精神万岁"和"三论无产阶级的革命造反精神万岁"的大字报。他们在大字报中说："革命就是造反，毛泽东思想的灵魂就是造反。我们说，要在’用‘字上很下功夫。就是说，主要在’造反‘二字上下功夫，敢想、敢说、敢做、敢闯、敢革命，一句话敢造反，这是无产阶级革命家最基本最可贵的品质，是无产阶级党性的基本原则，不造反就是百分之一百的修正主义！"当时，对于发展这样的组织是否适当，在学校和社会上都有争议，因而没有得到发展。为了得到毛泽东的支持，清华大学附中的红卫兵托江青把他们写的"论无产阶级的革命造反精神万岁"和"再论无产阶级的革命造反精神万岁"的大字报转给毛泽东。