罢工开始后，吴佩孚在帝国主义势力的支持下，调动军警在京汉铁路沿线血腥镇压罢工工人。2月5日，靳云鹏在郑州逮捕了郑州分会负责人高彬等，施以重刑，强迫他下令复工。在长辛店，赵继贤贴出告示，以开除全体工人相威胁，限12小时内全路取消罢工。吴佩孚从保定、琉璃河方面调集军队包围长辛店，禁止工人出进。在江岸，湖北督军肖耀南派其参谋长张厚生命令军警强迫工人开车，并胁迫工会交出京汉铁路总工会和江岸分会的负责人。工会以强硬态度严词拒绝，"非有总工会的命令，决不上工"，成为罢工工人坚守不渝的誓言，表现出中国工人阶级特有的团结性和严密的组织性、纪律性。罢工进行到第三日（6日），帝国主义驻北京公使团召开紧急会议，议决向北京政府提出严重警告，要求立即采取武力镇压罢工。英国驻汉口总领事也召集肖耀南的代表和外国资本家开会，策划破坏罢工运动。京汉路工人的罢工得到了社会各界的同情和支持。各工团分别派出代表到江岸举行了慰问工人大会。会上，工人们高呼着"京汉铁路总工会万岁！""全世界的劳动者联合起来！"等口号，举行了大规模的示威游行，沿途共有3000余人加入了游行队伍。2月7日黎明。长辛店3000余名工人在纠察队副队长葛树贵等带领下，到警察局门前，要求释放被捕工人，遭到军警开枪射击。葛树贵等6人壮烈牺牲。同日下午，张厚生派一警官到江岸分会，约定总工会的代表于下午5时半在会所等候谈判，企图将工会领导人骗至一处后一网打尽。到了约定的时间，肖耀南即令张厚生率两营全副武装的军队，分三路包围了总工会，并开枪射击。当场被打死的有纠察团副团长曾玉良等36人。同时，吴佩孚在帝国主义的支持下，派出大批反动军警，在汉口江岸、郑州、长辛店、新乡、正定、保定、高碑店等地对罢11人进行血腥镇压，工人家属也遭到洗劫，造成52人被杀，300多人受伤，1000多人被开除而流亡在外，60余人被捕。被捕的工人中包括京汉铁路总工会江岸分会执行委员长、共产党员林祥谦和武汉工团联合会法律顾问、共产党员施洋。张厚生将林祥谦缚在电线杆上，逼迫他下复工命令。林祥谦威武不屈，严词拒绝。张厚生气急败坏，命令刽子手朝林祥谦砍了一刀，再次逼问："上不上工？"林祥谦忍痛大呼："上工要总工会下命令。我的头可断，工不可开！"遂英勇就义。张厚生命令将林祥谦的头割下，挂在车站"示众"。当晚，肖耀南逮捕了施洋，以"煽动工潮"的罪名，于2月15日将其在武昌狱中杀害。施洋就义时身中数弹，仍高呼"劳工万岁"的口号不止。这就是吴佩孚一手制造的、震惊中外的"二七"惨案。
"二七"惨案后，中国劳动组合书记部发表《为"二七"惨案告全国工人书》，历数吴佩孚一伙屠杀工人的血腥罪行，号召全国"工人阶级组成一个极大极强的团体，再联合农民商界学界，同心努力，打倒大家的公共敌人军阀，建设真正的民主共和政治来代替军阀政治"。中共中央发表《为吴佩孚惨杀京汉铁路工人告工人阶级与国民书》，号召全国人民和工人阶级团结起来，打倒惨杀工人的军阀吴佩孚、曹锟。全国各地工人和各阶层人民纷纷发表通电，捐款救济，举行游行示威和同情罢工，迅速掀起一个声讨军阀、援助罢11人的运动。国外侨胞、国际无产阶级和世界革命人民也予以积极声援。京汉铁路工人坚持罢工到9日，在反动派武力蛮横压迫之下，为保存革命力量。京汉铁路总工会和武汉工团联合会忍痛下令复工。"二七"惨案发生后，全国各地的工会组织除广东、湖南外也都遭到重大破坏和摧残，许多工人领袖被逮捕或杀害。湖北工团联合会及《真报》也被封闭，全国工人运动暂时转入低潮。
金佛郎案
9月帝国主义列强与清政府签订的《辛丑条约》规定，中国付出赔款45亿两白银，分39年还清。关于付款方式，1905年7月，清政府提出按伦敦银价用白银归还、用期票付还或用电汇付还等三种，供帝国主义列强选择。法、英、美、比、意、荷等国。选定按本国货币按电汇付款方式，并表示在付清赔款之前，不予变更。因此，中国偿付法国的偿款，是用法郎计算，按白银与法郎的比价，以白银购买法郎然后电汇给法国。清政府及以后的历届北洋军阀政府均承认《辛丑条约》，十数年来一直按此方式偿付赔款，法国亦未提出任何异议。但第一次世界大战结束后，法国金融混乱，通货膨胀，法郎大幅度贬值。法国便认为，中国仍按以前的办法用法郎偿付赔款，则法国"吃了亏"，中国占了"便宜"。于是，法国以恢复"中法实业银行"为诱饵，提出了所谓金佛郎（即法郎）案，企图使中国改变付款方式。
中法实业银行原是1912年以中法合办的名义成立的，实际上是法国在一手控制，对中国进行经济侵略。总行设在巴黎，在中国的北京、天津、上海、汉口和香港等地设有分行。第一次世界大战期间，由于金融紧迫加上经营不善，1921年7月间，总行及各地分行先后倒闭。法国政府为了维护在华的侵略势力，急欲恢复中法实业银行，于1922年7月9日照会北京政府外交部，以退还部分庚子赔款恢复中法实业银行为诱饵，迫使中国以硬金计偿庚子赔款。所谓硬金，法国开始说是美元，后又改为金法郎。其实，国际上并没有金法郎这种货币，法国也是只有纸币法郎而无所谓的金法郎。以当时白银与法郎的比价，一海关两值14法郎，若买硬金，则只值4法郎。中国若照法国要求以所谓金法郎偿付赔款。则要多付海关银6200余万两。北京政府于1922年7月下旬照复法国公使，表示接受。紧接着，美国、比利时、意大利等国也向中国提出了同样的要求。
消息传出，举国上下一致反对。北京政府迫于舆论。曾议决否认以金法郎偿付赔款。1923年2月7日，法国公使以取消退还部分赔款相要挟，限北京政府于2月10日以前答复。北京政府迫于无奈，内阁于2月9日通过了此案；10日，照会法国公使承认以金法郎偿付赔款。27日，法国又勾结英、美、比、意、荷、日、西等国公使联名照会北京政府，要求各国赔款一律按硬金计算，并以扣留关税余款相逼。北京政府的卖国行为遭到了全国人民的一致反对。5月间，国会也否决了此案，所以此案未得实施。直系军阀曹锟贿选上台后不久，1923年11月5日，法、英、美、日、比、荷、西等七国公使联名照会北京政府，再次催促以金法郎偿付法国赔款。10日，法、葡两国公使又联合要挟北京政府，限于13日前承认金法郎案。在帝国主义联合压力下，曹锟打算不再提请国会审议，而通过秘密谈判承认此案。秘密谈判的消息传出以后，全国人民和反直各派强烈反对，国会议员也纷纷对内阁提出质问。12月28日，曹锟政府分别照会有关政府，回绝了金法郎案。但是帝国主义不肯就此死心。1924年2月8日，八国公使又联合驳复北京政府的照会；3月1日，法国公使更是单独提出强硬照会，以离华回国相恫吓。美、荷两国公使以避免引起国际纠纷，对中国有所不利为说词，劝诱北京政府屈服。曹锟为了取悦帝国主义，再次屈服，一面密电各省直系军阀通电赞成，一面企图再次收买议员通过此案。然而，慑于人民的压力，各省直系军阀均不愿冒天下之大不韪，曹锟也不敢一意孤行。金佛郎案又被搁置下来。1924年，段祺瑞上台后，宣布承认帝国主义与中国签订的一切不平等条约。1924年12月10日。法国代办催促段政府开议金法郎案，并以退还比、意、西、法四国扣留的两年关余、盐余一千五六百万元相诱。段祺瑞出于自身利益的考虑，遂不惜牺牲国家利益，与法国举行秘密谈判。1925年4月11日，段祺瑞政府国务会议通过了金法郎案，12日签订了<中法协定》，并于21日正式公布。段政府在公布的文件中，说明了金法郎案必须解决的"理由"：此案不解决，法国等四国扣留的关余、盐余不能收回，致使一切财政计划无法执行；根据1922年7月和1923年3月中国政府承认此案的照会，中国政府无法拒绝法国的要求等等。这实际上是掩饰其出卖民族利益的托词。段祺瑞政府正式签订协定，遭到全国舆论的强烈反对。中国共产党通过《向导》周报指出，卖国的金法郎案已威胁了全国人民的安宁，号召人民立刻起来反抗。国民党中央执行委员会，浙江、湖南等省议会均发表通电，反对金法郎案。北京各界群众举行了国民革命大示威运动，要求召集国民会议，惩办卖国贼。在全国舆论斥责和人民坚决反对之下，此案拖延了三年之久，最终未能实施。
广州政府陆海军大元帅大本营成立
陈炯明叛变革命后，孙中山准备用于北伐的部队回师广东，虽被陈炯明击败，但并没被消灭。这支部队随即向东西两面撤退。朱培德率滇军数千人由湘南退到桂林，许崇智率粤军约7000人由闽赣边界进入福建。这时，孙中山利用他的政治威望，联络国内各派政治势力，并确定了集中力量打击陈炯明的策略。为此，许崇智联合福建驻军王永泉部共谋驱逐闽督李厚基。1922年10月中旬，他们占领了福州，接着又占领厦门和漳州。人闽部队经休整和补充，按照孙中山的命令改编为东路讨贼军，分为三个军13个旅，由许崇智任总司令，黄大伟为第一军军长，许崇智兼第二军军长，李福林为第三军军长，蒋介石任参谋长，准备从闽南回师广东，直捣陈炯明的老巢。与此同时，孙中山还派人积极联络和策动在广西境内和驻西江一带的滇、桂、粤各军，组织西路讨贼军，计划从西江东下，攻占广东。国民党香港支部按照孙中山的指示成立了"驻港办事处"，专门从事军事联络工作，并致函海外侨胞和国民党员筹款支援。
12月下旬，滇、桂、粤三方代表在广西藤县太湟江白马庙召开军事会议，商议联合讨伐陈炯明的策略。1923年元旦，滇军杨希闵部，桂军李易标、刘玉山部以及部分粤军由西江北岸向广东进发；桂军刘震寰部、滇军范石生部沿西江南岸东进；而"桂军主力之沈鸿英则担任向北江出动"，包抄陈炯明的侧背。1923年1月4日，孙中山在上海发表讨伐陈炯明的通电，历数陈炯明的种种罪恶，指出讨贼军的任务是"为国家除叛逆，为广东去凶残"。孙中山的通电得到各路军民的响应。在各支部队的打击下，陈炯明被迫于1月15日下台，经惠州、海丰转赴香港，"陈部主干部队，一部分由广州退守惠州根本地，一部分就近退往北江韶关一带"。
平定陈炯明叛变后，广州军民热烈欢迎孙中山回粤。2月15日，孙中山离沪返穗；2月21日，从香港抵达广州，在东郊设立大元帅府，就任大元帅职；3月1日，陆海军大元帅大本营正式成立，孙中山担任大本营最高职务——陆海军大元帅。大本营由五部（军政、财政、内政、外交、建设）、三局（法制、审计、航空）、一库（金库）、三处（参军、参谋、秘书）、二委（宣传、财政）组成。孙中山任命程潜为军政部长，谭延闽为内政部长，廖仲恺为财政部长，邓泽如为建设部长，伍朝枢为外交部长，杨庶堪为秘书长，朱培德为参军长，胡汉民为总参议。陆海军大元帅大本营的成立，打破了直系军阀企图迅速"统一"全国的迷梦。这是孙中山第三次在广东建立政权。孙中山总结了两次护法运动的经验教训，决定放弃"护法"的旗帜。不再使用非常大总统的名义，也不再召开非常国会。他说："今次本总理再回广州，不是再拿护法问题来做工夫。现在的政府为革命政府，为军事时期的政府。"大元帅大本营成立后，帝国主义和军阀势力千方百计进行破坏，企图将它扼杀。大元帅政府面临财政、军事和外交上的重重困难。这时，桂军首领沈鸿英企图勾结直系军阀夺取广东地盘。他以移防为名，将部队集中于韶关、新街、高塘一带，伺机叛变。4月15日，沈鸿英在新街宣布就任北洋军阀政府委任的"广东军务督理"。随后，桂军一万多人在李易标等人的指挥下，向广州东门外和观音山（现改名为越秀山）等地进攻。孙中山宣布撤销沈鸿英的桂军总司令职务，并命令杨希闵、刘震寰等部反击叛军。4月19日，沈军沿粤汉线撤退。5月9日，沈军从韶关败退。7月，李济深部占领梧州。至此，战事以沈军的失败而告终。
讨伐盘踞在东江的陈炯明叛军，是孙中山在1923年进行军事斗争的重点。陈炯明被驱逐出广州后，所部仍有三四万人，以惠州为根据地，图伺机再起。5月间，正当平定沈鸿英叛乱的战事激烈进行的时候，盘踞东江的陈炯明部再度叛乱。洪兆麟、林虎等部向潮汕地区发动进攻；许崇智部受到袭击，损失惨重。叛军推叶举为总指挥，分兵三路，进攻广州。孙中山急调西江、北江两路军队开赴北江前线，并委任程潜为东江讨贼军总指挥，统率滇、粤、桂联军分路进攻惠州。1923年8月中间，陈炯明系部从潮汕向罗博、惠州一带发动进攻。孙中山从8月23日起，亲自督师东征。在石龙设大本营。10月，陈炯明在得到直系军阀吴佩孚接济的大批军火、物资后，由香港潜返东江，策动部下分三路向广州进攻。11月12日叛军占领石龙。孙中山只得返回广州，部署保卫广州的战斗。11月中旬，叛军直抵广州近郊的石牌、黄埔、瘦狗岭一带。这时，吴佩孚调来配合陈炯明进攻广州的豫军樊钟秀部三个旅也由北方到达韶关。正当广州十分危急的时候，谭延闽奉孙中山的命令率湘军赶来救援；而樊钟秀也在孙中山的感召下反戈，前来投奔孙中山，参加保卫广州战。叛军攻势受挫，只得退回惠州、东江一带，广州再度转危为安。广州保卫战的胜利，使孙中山领导的南方革命政权在广东的西江、北江和珠江一带站稳了脚跟。并日益巩固和发展。