这次战争的主战场在山海关、九门口一线摆开。直奉双方均在此配备了各自的嫡系精锐部队，战斗异常激烈。10月初，奉军向直军发起全线进攻，但由于直军事先占领有利地形。奉军急攻不下，双方都伤亡惨重。10月7日，奉军趁直军不备，首先突破黄土岭口，随后攻克九门口。吴佩孚遂于10月12日亲自率领直辖劲旅第三师前往山海关督战。在九门口、石门寨、三道关等地，双方展开一场大战，死伤1万多人。奉军仍以猛烈炮火全线进攻，先后攻克石门寨、山海关等地，并于17日进入长城。直系处于被动之势。吴佩孚于是改变登陆计划，以舰队海运3万精锐在秦皇岛登陆，企图挽回颓势。正当直奉两军激战于山海关之时，冯玉祥回师北京，发动北京政变。吴佩孚对冯玉祥的举动大吃一惊，立即在秦皇岛车站总司令部召开军事会议，把山海关的军事交由张福来、彭寿莘负责。奉军趁留驻山海关的直系主力军心动摇之时，又发起全线出击，断绝了直军的后方通路，将其包围在山海关和秦皇岛之间。10月28日，除张福来、靳云鄂部相继搭乘轮船从秦皇岛运出万余人外，其余8万被困的直军均做了俘虏。
吴佩孚将山海关一带军务转交后，自己率部队回天津讨伐冯玉祥。当他听到直军在秦皇岛的败局之后，将部队集中于北仓、杨村、军粮城一线，并致电江苏、浙江、湖北、河南等省，向其求援，准备先平定冯玉祥部队，再讨伐张作霖，以便挽回局面。而此时，山西阎锡山宣布中立，并出兵石家庄，切断了京汉铁路的交通，豫、鄂等省援军因此被阻不能北上。接着，皖系山东督军郑士琦于11月1日宣布武装中立，派兵南下炸毁津浦路韩庄附近铁路，阻止江、浙援吴的直军北上；还出兵到沧州、马厂，阻止吴佩孚通过山东南下。这样，吴佩孚腹背受敌，又无援军，败局已定。11月2日，冯玉祥所部攻占杨村和北仓，吴军司令部被迫撤至军粮城。这时，奉军又攻占了唐山、芦山，而在山海关一带的20万直军已于10月31日被奉军全歼。吴佩孚走投无路，不得不于11月3日率其残部3000余人登上装甲运输舰从天津大沽口南逃长江流域。历时50余天的第二次直奉战争至此结束。
战后，冯玉祥和张作霖共推段祺瑞为中华民国临时执政，出现了国民军、奉系和皖系三种势力共同执掌北京中央政权的局面。
平定商团叛乱
10月15日，广东革命军镇压由帝国主义唆使的汇丰银行广州分行买办陈廉伯等策划的反革命叛乱的事件。又被称为平定商团叛乱事件。
清末民初，时局动乱，广州社会治安不靖。商人为保护经营与生命财产安全，组织了商人武装进行自卫，1912年广州商团因此成立。商团成立之初，由资本家、店老板及主要店员司理、掌柜等40人组成。每周集中操练，参加者备价购领枪支，主要任务是协助警察站岗，维持市面秩序，纯属商人自卫性组织。陈廉伯最初为商团理财科主任，管理商团财务。为博得商人拥护，攫取权位，他主动垫支数万元办理团务，终于1919年被选为商团团长，掌握了商团实权。1921年，广州商团扩充到400余人，市内设总团，下设10个分团。同时与佛山、江门、顺德、九江、肇庆等地商团勾结，到1923年已发展到3000余人。
革命统一战线建立后，广东成为革命运动的策源地。英帝国主义首先起来反对革命政府，它一方面支持盘踞东江的军阀陈炯明，准备从外部向广州进攻；另一方面唆使陈廉伯运动商团从内部颠覆广东革命政权。英帝国主义分子煽动已人英国籍的陈廉伯说："如果你能运动商团反对政府，我们英国便帮助你组织商人政府，你陈廉伯就是中国的华盛顿。"于是，陈廉伯从1924年5月开始，以商人自卫为口号，积极扩建商团武装，势力迅速扩大，"北通曹、吴，东连陈炯明"，并勾结佛山大地主、国民党右派陈恭受的乡团和商团，利用沙面租界作为反革命基地，准备发动叛乱，妄图推翻革命政权，建立"商人政府"。5月下旬，广州市政厅公布"统一马路两旁铺业权办法"。陈廉伯趁机指使商人向广东革命政府"请愿"，反对抽收铺底捐，并声言如达不到目的就举行罢市。5月26日，广东省长、广州市长被迫发出布告，宣布取消"统一马路两旁铺业权办法"。5月27日，广州商团召开有108埠商团代表300余人参加的广东省商团代表会议，决定于8月13日成立广东省商团军联防总部，推选陈廉伯为总团长。会上还通过多项议案，主要是购置武装巡舰案；筹设商团军制弹厂案；组织商团军学校和讲习所案；筹组商团公立银行案；联防总部下设军事参谋案及联络各属分团案等。
7、8月间，陈廉伯向英商购买大批枪械后，托粤汉路总理许崇灏，向政府请求发给购枪护照，革命政府军政部长程潜于8月4日将护照交给陈廉伯。护照注明要在40日以后生效，可是8月8日，就有悬挂挪威旗的丹麦船"哈佛号"满载军火入口，10日，孙中山下令黄埔军校扣留全部枪械。经查验，计有"七九"步枪4850支，子弹215万发，驳壳枪4330支，子弹206万发，手枪660支，子弹165000发，价值百余万元。枪支数目大大超过护照上规定数目，广东政府决定悉数没收。11日，孙中山手谕大本营军政部吊销该项军火入口护照。同时下令禁止商团军联防总部成立。陈廉伯原定于8月13日就任商团军联防总部总长职，此时闻风一面辞职，伪称赴港，一面指使爪牙煽动商民反对政府。13日，商团不顾政府警告，举行庆祝联防总部成立的活动。14日，商团代表千余人到大元帅府请愿，要求政府无条件发还被扣枪械，否则将罢市。孙中山接见了代表，指出这些枪械无论枪支数目还是运到日期均与护照不符，这批军火"不是私运，便是顶包"，应待查明处理。同时指出政府正在调查陈廉伯策划颠覆政府的阴谋，劝代表转告商人，勿为陈廉伯所愚弄。可是陈廉伯于18日又煽动银钱业罢市，拒收政府银行纸币。20日，孙中山令广东省长廖仲恺下令通缉陈廉伯。随后又下令通缉另一商团首领佛山大地主陈恭受。8月21日。商团总部迁往佛山，由陈恭受主持。陈恭受召集各埠商团在佛山开紧急会议，决定在全省范围内同时罢市。22日，佛山首先罢市。23日，陈恭受向孙中山提出三项要求：（1）扣械全部无条件发还；（2）准许商团成立联防总部；（3）取消革命政府对陈廉伯的通缉令。25日，在陈廉伯及其党羽煽动下，广州有100多处罢市。之后，各大商号悬挂英法国旗，商团军还散发反革命传单，并通电各县商团驱逐县长，宣布独立。这时，英帝国主义也公开出面支持商团叛乱。8月28日，9艘英舰驶入白鹅潭，并将炮口指向孙中山大元帅府。当晚，领事团向省长廖仲恺提出"警告"。29日，英驻广州总领事再向大元帅府发出最后通牒，公然宣称："奉香港舰队司令命令，如遇中国当道有向城市开火时，英海军即以全力以待之。"面对商团公开反抗政府的严重形势，中国共产党主张对反革命商团必须进行坚决镇压。8月21日，《向导》周刊发表文章，指出革命政府军事计划应该是：第一步解散商团军，第二部讨伐陈炯明，第三步才是北伐。"革命政府若不能解散商团军，一旦东江或北江军事失利，第二次以枪弹‘请孙下野’便是商团军！"在共产党的领导和号召下，广州的工农群众纷纷要求政府镇压反革命商团。8月24日，广州两万工人集会声讨陈廉伯、陈恭受，反对罢市，誓作政府后盾。29日，广州工团军、农民自卫军800余人向大元帅请愿，要求明令讨伐商团。面对商团威逼商人罢市以饿死市民使政府屈服的企图，广州市劳动人民立即推举代表会集于省长公署，组织管理粮食的平祟委员会，准备接管粮食及其它生活必需品，以对付商团罢市威胁。
在中国共产党、广大工农群众和以廖仲恺为代表的国民党左派支持和影响下，孙中山决定对商团的反革命行为采取镇压政策。8月24日，孙中山调兵入省，宣布广州戒严，以对付商团叛乱活动。26日，在大本营召开的军政联席会议上，孙中山主张以武力解决商团反革命活动，强制商人开市。同日，又以大元帅名义发布命令，责成商店复业，否则将没收枪械并予严办。当8月29日英驻粤领事对广州政府进行恫吓时，孙中山立即于9月1日发表《为商团事件对外宣言》、《致英国麦克唐纳尔政府抗议电》，严厉指责英帝国主义干涉中国内政。但是，广东革命政府中的汪精卫、伍朝枢、胡汉民、许崇智等认为应"和平解决"。驻在广州的滇军第二军军长范石生、第二师师长廖行超竟以第三者的姿态进行所谓调停，谋求妥协，并于8月29日与商团订立了六项条件：陈廉伯、陈恭受通电拥护大元帅府，服从政府，政府即取消通缉令，发还封产；商团枪械由范石生、廖行超担保按照军政部护照规定数目发还；商团联防总部改组，受省长节制，其细则于7日内公布，但呈请立案，有不完备处，由范石生、廖行超调节，要求立案；各商店一律于29日复业，军队于复业后解严，其在扣械风潮发生后凋省军队，一律开回原防；商团报效军费50万元，于领械时交纳；如联防总部具呈，7日内未能立案，由范石生、廖行超担保于7日内将全部械弹点交商团公所收领。商团和范石生等还以"宣布独立"和调兵人省要挟孙中山接受上述条件。同一天，廖仲恺则因严办商团主张受阻，向孙中山面辞广东省长职。9月3日，江浙战争爆发，孙中山决定北伐。5日，发表《大元帅出师对粤宣言》，亲往韶关，督师北伐。9月15日，陈廉伯通电拥护政府，但没有表示悔过，因此扣械未发还。商团借机攻击政府，散发反动传单，并酝酿第二次总罢市。9月下旬，陈廉伯指使广州买办商人、豪绅地主集会攻击政府，并致电国际联盟指控孙中山是"破坏国际善意的叛徒"。对商团的反革命行径，代理大元帅的胡汉民采取完全妥协态度。9月20日，胡汉民取消对陈廉伯、陈恭受的通缉令，发还其被封财产。10月3日，又决定发还部分枪械。商团见政府软弱可欺，又于10月4日在佛山召开全省188个县商团代表大会，决定于10月10日"双十节"发动全省第二次总罢市，武装进省请愿。"双十节"前，广州盛传商团要发动武装叛乱，陈炯明、林虎、洪兆麟等反动武装准备从石龙、东莞袭击虎门与商团会师。9日，商团发出第二次罢市通牒。9日晚，孙中山令蒋介石依照胡汉民转呈广州市长兼全省民团督办李福林所拟妥协办法发还商团枪械50支，条件是商团交20万元捐税。10日，胡汉民、李福林等于清晨派人赴黄埔将枪械4000支交还商团。商团见政府继续让步，认为叛乱时机成熟，事先招收两三千土匪假充商团，企图在"双十节"收回枪支时叛乱，对政府进行武装威胁。10日，广州市商店在商团号令下罢市。
为打击反革命气焰，10日下午，在中共广东区委的组织领导下，广州反帝大同盟、广州工人代表会、工团军、农民自卫军、社会主义青年团、学生联合会、民族解放协会等30个团体，约万余人在广州第一公园举行纪念辛亥革命大会。大会高呼"打倒帝国主义"、"打倒一切反动派"、"中国民族独立万岁"、"复活辛亥革命精神"等口号。3点钟会议结束，当各团体结队游行示威到太平南路时，商团军向徒手游行群众开枪扫射，当场打死20余人，伤者百余人。12日，商团军到处张贴"打倒孙政府"、"请孙文下野"等反动标语。这时盘踞东江的陈炯明也准备配合商团军进攻广州。在这紧急关头。中共广州地方委员会发表《告民众书》；参加游行的团体也组织"工农兵学革命大同盟"；广州工人代表会发出通电，"誓为政府后盾"，广州的工团军、农民自卫军及黄埔军校的学生都纷纷表示愿尽一切力量随时准备对商团军作战。孙中山决心采取断然措施。10月10日，他在韶关大本营成立了革命委员会，自任会长。次日。特派廖仲恺、谭平山、许崇智、汪精卫、蒋介石、陈友仁两党人士为全权委员处理商团问题。同时电饬胡汉民及各军司令，指出对商团叛乱不得"再事姑息"。13日，商团又在沙面秘密集会，阴谋扩大叛乱。这时，孙中山一面令胡汉民将广州商团机关一律解散并缴械，一面令韶关警卫军及湘军、粤军各一部，连夜赶回广州戡乱。
月14日，商团军在陈廉伯的指使下，集中全市商团军枪支，占据广州西关进行顽抗。他们架起天桥，修筑炮台，用铁栅封锁街道，把广州分割为城内和西关两部分，以武力控制西关，从14日晚到15日晨向政府军开枪扫射。15日，工团军、农民自卫军、警卫军、黄埔军校学生与桂、湘、豫、粤等各军分五路包围西关，勒令商团军缴械。经数小时激战，政府军完全占领西关地区，将商团军全部歼灭，商团军首恶分子逃往香港，各地商团也都被迫缴械。16日，政府发出安民布告，从17日起，全市商店一律开业。至此，由帝国主义、买办资产阶级和军阀相勾结，企图颠覆广州革命政权的一场叛乱被彻底粉碎。
北京政变
10月23日，直系将领冯玉祥倒戈回师北京，囚禁贿选总统曹锟，发动政变的事件。冯玉祥，字焕章，安徽巢县人。曾任北洋陆军第十一师师长，陕西督军，第一次直奉战争后任河南督军。1922年11月，北京政府依照直系军阀吴佩孚的意图，调任冯玉祥为陆军检阅使，移驻北京。冯玉祥在部队编制、军饷方面受到吴的排挤，冯、吴矛盾激化。因此，在当时中国民主革命势力影响下开始倾向革命的冯玉祥暗中同对吴不满的直系将领王承斌、胡景翼、孙岳结成同盟，决心反直。