之后，右路军乘胜前进。2月17日击溃洪兆麟的主力，占领平山。随后在海陆丰农民的支持下长驱直人，于2月27日攻下海丰，3月初进占潮汕。至此，右路军控制了整个潮汕地区。当孙中山得知右路军胜利进军的捷报时，兴奋异常，于3月3日致电杨希闵说："卧病兼旬，得捷音胜于良药。右翼深入，击破洪、叶；须使中、左并进，乘胜击林。"在东征部队破竹般的攻势中，陈炯明仍不甘心于失败，令林虎、李易标率其主力数万人于3月上旬从兴宁、梅县等地南下，寻求决战，企图一举消灭黄埔军校教导团。而担任左、中两路的滇、桂军却故意按兵不动，企图让右路军孤军深入而被陈炯明消灭。当洪兆麟部将要溃败时，与林虎等早有勾结的滇军故意从河源、老隆撤兵，以便林虎部南下袭击黄埔军校教导团。
于是，林虎部趁机由河源、老隆进攻河婆，企图一举将右路军歼灭于揭阳、潮汕之间。3月上旬，苏联军事顾问加伦将军、军部政治部主任周恩来等亲临团部指挥。廖仲恺还来到前线慰劳将士，并亲自率领民工运送弹药。13日，双方在揭西棉湖地区展开激战。黄埔军校教导一团只有12个连，但抗击了10倍以上的敌人，战斗十分激烈。当天下午，教导二团和粤军第七旅、海陆丰农民自卫军赶来增援，终于使原来处境十分险恶的教导一团转危为安，击败了敌军。棉湖之战是第一次东征以来最大的战斗。黄埔军校官兵以一当十，奋勇杀敌。尤其是教导一团，以千余人抵挡林虎部两万精锐的进攻，士气高昂，不怕牺牲，虽伤亡惨重，但终于大败敌军。棉湖大捷，林虎部溃退百余里，俘官兵500多人，被缴枪700余支。棉湖大战后，林虎部败退到五华、兴宁一带。3月14日，右路军乘胜追击；19日，攻克河婆、五华；20日，占领兴宁；23日，进驻梅县县城。4月4日，陈炯明部将杨坤如向右路军投诚。林、洪的残部分别向福建边界逃窜，陈炯明被迫率其败军龟缩于惠州。这样，东征军须过近两个月的英勇奋战，打败了陈炯明的主力两万余人。4月初，第一次东征胜利结束。
但陈炯明并不甘心失败。1925年9月，陈炯明在得到帝国主义和国内反动派的支持后，重新对广州国民政府发动进攻，企图夺取广州，破坏和镇压轰轰烈烈的省港大罢工。9月11日，陈炯明布置林虎、洪兆麟、叶举分兵三路向普宁、惠来、揭阳、潮阳四县进犯，并陆续占领东江大片地方，形势日趋严峻。9月16日，陈炯明由上海到达香港，筹划进犯广州事宜。他指派刘志陆为总指挥，李易标为前敌指挥，谢文炳、王定华、林烈分别为左、中、右路指挥。同时，他还联络受段祺瑞政府任命的"粤南八属督办"、盘踞在广东南部的地方军阀邓本殷共同行动，分头并进，形成对广州夹击的形势，企图一举攻下广州。
为了彻底消灭陈炯明叛军，统一广东，巩固革命根据地，进而举行北伐统一全中国，广州国民政府决定举行第二次东征。9月24日，广州举行了有军、政、学、农、工、商各界群众10万多人参加的大会，号召军民联合起来，扫除一切障碍，统一广东，巩固广东革命根据地。广州国民政府平定叛军的战略部署是：以国民革命军第四军第十师陈铭枢部固守南路，以第二、第三军解决北江川军，把全部主力派往东江，举行第二次东征，清剿陈炯明残部。9月底，广州国民政府组建了东征军，进行讨伐陈炯明的第二次东征。东征军由蒋介石任总指挥，汪精卫任党代表，周恩来任总政治部主任，协同蒋介石指挥作战，苏联顾问罗加乔夫将军任军事顾问。
东征军编为三路纵队，分左、中、右三路作战。第一纵队为中路，由国民革命军第一军第一师、第三师和第二师第四团等部组成，共15万人，为东征的主力，从博罗、惠州前进，纵队长是何应钦；第二纵队为右路，由国民革命军第四军的陈济棠、张发奎部组成，约1万人，从平山（现为惠东）、淡水向海丰前进，纵队长是李济深；第三纵队为左路，由攻鄂军、豫军、赣军和潮梅荤组成，共约6000人，从龙门、河源前进，纵队长是程潜。东征军在部队出发前，为了加强部队的政治工作，政治部在周恩来的领导下，制定了战时政治工作规章，成立了拥有100多人的政治宣传队，进行了广泛而卓有成效的政治宣传工作。10月1日，东征军总指挥部发布命令，开始东征。10月6日，各路纵队开赴前线，直捣陈炯明的老巢——惠州城。10月10日，中路东征军抵博罗后继续向惠州进发。当时，陈炯明的主力集中在惠州地区。惠州是东江的门户，素来号称"南中国第一天险"，这里地势十分险要，易守难攻，敌人又有重兵防守，攻城的难度很大。陈炯明企图利用天险将东征军堵在惠州城下，然后反守为攻，歼灭东征军。因此，能否攻下惠州城，就成为第二次东征双方胜负的关键所在。10月上旬，蒋介石率国民革命军第一军的第一师、第二师的第四团进驻惠州城附近，曾经准备攻打惠州城。由于蒋介石不懂战术，又拒绝罗加乔夫将军的建议，致使第一次攻城失利，死伤过半。后来，东征军调整了部署，再次攻城。10月13日，各路东征军围攻惠州城。13日上午，东征军发起攻打惠州的决战。在国共两党党员的奋勇拼杀下，经过20多个小时的激战，东征军终于在14日攻克惠州，打破了惠州"固若金汤"的神话，为消灭陈炯明残余势力创造了十分有利的条件。
惠州攻城战的胜利，是国民革命军第一军在友军配合下取得的，也是共产党人和国民党革命分子同心协力，浴血奋战的结果。共产党员、第四团团长刘尧宸在13日攻城时率领一个排带头冲锋，不幸被城上敌人机枪射中。他在牺牲前高呼："我为被压迫民族请命，扫除反革命军阀，军人应该战死，革命军人更应该为三民主义战死！惠城下，广东统一，从兹大局发展，我死无憾！"共产党员、第八团党代表蒋先云在枪林弹雨中身先士卒，带领战士用云梯强行登城。他身上多处受伤，血流不止，仍坚持战斗。参加攻城敢死队（当时叫做"奋勇队"）的27名连队党代表中，有20人牺牲，6人负伤。整个战斗中，有400多名共产党员、青年团员和国民党员牺牲和受伤。为了鼓舞全军斗志，根据周恩来的提议，10月16日，在惠州召开了追悼阵亡烈士大会。大会由何应钦主持，蒋介石作了演讲，周恩来接着宣读祭文，并郑重指出：我们的任务是打倒军阀，统一中国，打倒帝国主义，使中国独立。我们应继续努力，才是真正的、救国救民的军人。这是国共两党在一起悼念牺牲的两党党员的最早的会议之一。
攻占惠州后，东征军总指挥蒋介石于10月16日发布向潮梅进军令，东征军各纵队分路前进。第一纵队直扑海陆丰、潮油地区；第二纵队进逼紫金（永安）一带；第三纵队向河源、龙川、梅县、兴宁、大埔等地进发。第一纵队第一师在师长何应钦、党代表周恩来的率领下，于10月17日从惠州出发，22日占领海丰，26日攻下陆丰，并迅速占领揭阳县河婆。第二纵队在李济深率领下，于10月17日从永湖出发，18日抵达平山，20日占领三多祝。22日第一独立旅旅长张发奎率部遇敌主力林虎等部于热汤墟，因兵力相差悬殊，张发奎部损失惨重。当天傍晚，李济深闻讯率两个团赶来增援。第二天早晨，陈济棠师也从右翼赶至，各部奋勇冲锋，终于将敌军击退，并于26日占领紫金。第三纵队在程潜的率领下，于23日下午攻占了河源，26日又占领了老隆。东征军在攻克惠州后的10多天中横扫了各路敌军，占领了海丰、陆丰、紫金和老隆，控制了通往潮梅的交通要道，取得了第二次东征重大胜利。
东征军三路获胜，蒋介石以为敌军已无斗志。此时广东南路陈铭枢告急，蒋介石决定将第四军主力回援南路。不料陈炯明主力集中于华阳附近，企图反攻。第一纵队第三师冒然向华阳前进。10月27日，第三师在紫金东边的塘湖遭到陈炯明叛军林虎部一万余人的伏击。由于众寡悬殊，第三师陷于苦战中。蒋介石得报立即亲赴督战，但仍不能扭转战局，官兵死伤惨重，第三师有8名连长、8名党代表、1名团长、1名代理团长和1000多名士兵阵亡。在危急中，共产党员陈赓不畏艰险，奋力救护，背着蒋介石脱离险境。接着，他又冒着生命危险连夜翻山越岭，同驻扎在河婆的第一师取得了联系。何应钦、周恩来率领的第一师得知第三师受挫后急欲前往策应，但林虎率叛军在击溃第三师后趁势南下，同退守棉湖、鲤湖一带的洪兆麟部，分三路进攻第一师：一路由黄任寰率领，出罗经坝；一路由李易标率领，出上沙、黄塘；一路由洪兆麟率领，出井尾。第一师在第二纵队的配合下奋勇出击，于30日歼灭了敌中路主力李易标部，其他两路敌军也被分别击溃。从此敌军一蹶不振，东征军继续追击。第一纵队于11月2日攻占普宁，3日占领揭阳，敌军残部逃往潮安。第二纵队于11月7日占饶平。第三纵队于10月28日占五华，31日占兴宁，11月3日进驻梅县，叛军向福建边界败退。11月6日，东征军总指挥部抵汕头，东江一带的叛军被肃清。11月初，陈炯明逃往香港。为了追歼陈炯明叛军，东征军于11月8日决定分兵三路人闽追歼残敌。第一纵队从饶平出分水关；第二纵队由大埔经枫朗人平和；第三纵队由梅县的松口经大埔攻人永定。东征军乘胜追击，很快歼灭了陈炯明残部。
东征军自出师以来，仅经过一个多月的战斗就彻底消灭了盘踞东江一带10多年之久，对广州国民政府威胁最大的陈炯明叛军，歼敌12000名，缴获各种枪枝8000多支，取得了第二次东征的彻底胜利，从而结束了陈炯明祸乱广东的历史，为统一广东，平定南部邓本殷的反动势力创造了条件。第二次东征胜利后，国民政府委任周恩来担任东江行政委员，负责惠州、潮州、梅县等地的行政领导，开展了轰轰烈烈的农民运动，并进行东江各地国民党的改组工作。
善后会议
2月1日段祺瑞在北京召开的御用会议。它以军阀、官僚、买办、土豪、劣绅为主要成分，其目的是企图抵制人民革命运动，维护北洋军阀统治，因而从一开始就激起了全国人民的激烈反对。
皖系军阀首领段祺瑞自1920年直皖战争失败后，便寓居天津租界，以图东山再起。自曹锟贿选遭到全国各界的反对后，反直系的各派军阀也趁机打起了反贿选的旗帜。段祺瑞抓住直奉军阀矛盾发展的时机，暗中勾结张作霖，并与坚持反直系军阀的孙中山相联系。1924年9月，第二次直奉战争爆发，冯玉祥向段祺瑞的亲信贾德耀表示，待反直计划实现后，将请段祺瑞等有重望的人物出来维持大局。北京政变后，冯玉样电邀孙中山北上。11月13日，孙中山应邀离粤北上，同时提出废除不平等条约和召开国民会议的政治主张。这一主张为帝国主义和军阀所反对。11月10日，冯玉祥、张作霖、段祺瑞召开天津会议。在会上，段祺瑞积极联合张作霖，压迫冯玉祥。张作霖提出在新政府产生前，暂时组织临时政府。并推段为临时执政。执政府不设国务总理，由临时执政召集国务会议。这个提议，无形中否认了黄郛摄政内阁，也使孙中山到达北京时无过问政治的机会。迫于当时的形势，冯玉祥只得同意张作霖意见，并于11月15日与张作霖、卢永祥等联电拥段出山。11月22日，段祺瑞由天津人京，于24日就任"中华民国临时执政"职。
段祺瑞一上台，即于12月6日发表《外崇国信宣言》，表示尊重各帝国主义在华的既得利益，这与孙中山提出的废除不平等条约的主张是相对抗的；又决定召开御用的善后会议，以反对孙中山提出的召开国民会议的主张。还在11月22日入京前，段祺瑞在发表的马电中就声称："现拟组织两种会议，一日善后会议，以解决时局纠纷，筹备建设方案主旨，拟于一个月内集议……二日国民代表会议，拟援美国费府会议先例解决一切根本问题，拟三个月内齐集。其集会会章，俟善后会议议定后，即行公布。"随后于12月24日公布了《善后会议条例》。根据《善后会议条例》规定，参加会议的人员有四类：（1）有大功勋于国家者（系指孙中山与黎元洪）；（2）此次讨伐贿选及制止内乱之军事最高首领；（3）各省区及蒙、藏、青海军民长官代表；（4）有特殊资望学术经验者，由临时执政聘请或特派，其人数不得超过30人。条例规定会议议题为四项：（1）国民代表会议组织法；（2）关于改革军制事项；（3）关于整顿财政事项；（4）临时执政会议事项。规定会议日期为一个月。根据这些规定，段祺瑞电请了123人参加会议，其中除孙中山等极少数人有资格以外，主要是全国各地的军阀头目、官僚买办、政客及其御用文人，如胡适等，却根本没有人民群众推选的代表。从代表成员可见，这是一个代表官僚、军阀利益的会议。段祺瑞决定由这个会议讨论、决定国民会议组织法、召开国民会议、产生新政权。显然，在这个基础上只能产生军阀官僚专政。
《善后会议条例》公布后，立即遭到全国人民强烈反对。1925年1月22日，中国共产党在"四大"所发表的宣言中作出了《对段祺瑞善后会议之议决案》，指出："段氏且欲借善后会议以取得合法政府之资格，而受帝国主义国家之承认"，号召"全中国的劳动群众，起来制止段氏这种恶劣的计划"。同时，中共中央在发出的《中央通告第24号》中表明中国共产党对善后会议的态度是："通电说明无人民代表参加的善后会议之危险"，"反对善后会议有议决国家根本大法及外交、军事、财政问题之权利，并不能议决国民会议组织法"。中共中央的这个通告明确表明坚决反对善后会议，"继续要求人民的预备会议"，"函商各地促成会速在北京开国民会议，并请北京促成会担任筹备"。在中国共产党的号召下，全国各地群众团体纷纷通电揭露善后会议的反人民性质，并积极成立国民会议促成会，争取召开国民会议，以抵制善后会议的召开。