1月17日，抱病赴京的孙中山发表了《为反对包办善后会议事致段祺瑞电》，指出段祺瑞在国民会议之外组织善后会议的两种谬误，提出两点补救办法：第一，善后会议应容纳人民团体代表，如现代实业团体、商会、教育会、大学、各省学生联合会、工会、农会等；第二，善后会议虽可涉及军政财政，但最后决定权应归于国民会议。段祺瑞拒绝了孙中山的要求，1月29日在给孙中山的复信中说："开会之期，数日即届……忽改条例，延缓会期，恐于和平统一前途，有所窒碍。"为了搪塞孙中山，段决定于善后会议所设专门委员中聘请省议会议长、教育会会长、农会会长、商会会长为专门委员出席会议，以示"尊重"孙中山意见。这是段祺瑞玩弄的一个骗局，原因有三：第一，段祺瑞根本没有允许广大工人、青年学生代表参加会议；第二，这些被邀请的专门委员不由人民推选，而由各地方军阀实力派推荐，只要军阀允许，什么人都可充当委员；第三，即使这样，产生的委员也是仅能列席会议，并无表决权。可见段祺瑞的这个决定，与孙中山提出的吸收人民代表参加的主张毫无共同之处。
因此，孙中山于1925年1月31日决定，国民党员拒绝参加善后会议；不仅如此，连特邀的黎元洪、岑春煊、梁启超、章太炎、唐绍仪、朱启钤也来函谢绝参加善后会议。与此同时，全国各地人民也先后通电抵制善后会议。上海总商会通电段祺瑞：善后会议各省代表均应列席，非到有2／3以上人数，不能开会。上海国民会议促成会也通电段祺瑞，提出：善后会议须有各省国民会议促成会等人民团体之代表出席，代表2／3以上方有讨论国事的权利，要求延期召开会议，以待人民代表到京始可开议。
段祺瑞不顾各界的反对，悍然于1925年2月1日在北京召开了善后会议。会议原定出席总人数为166人，可是开幕式到会者仅86人，不足法定人数，所以推迟到13日才召开第一次会议。至4月21日，善后会议闭幕，总共开过22次大会，7次座谈会，却一个军政重要问题也没有解决。尽管会前段祺瑞声称召开这个会议以解决时局纠纷，但因为引起纠纷的真正根源是帝国主义和反动军阀的统治，段祺瑞无法在会上提出反帝反封建的主张，问题必然无从解决。如会议召开后，段曾下令在议会期间，全国各地一律停止军事行动，一切问题应提至善后会议解决。然而命令下达后，广东、广西的军事行动及河南胡憨之争并未因此停止。会议在讨论改革军制时，段企图集军权于中央，曾指使军事委员会提出"军政建设大纲"一案，规定全国兵额为50个师、并采取义务兵役制，废除督军、督理等。这个议案一提出即遭到手握重兵的奉系军阀张作霖的反对。张令东三省代表以不出席会议为抵制，段只好将议案搁置起来。在讨论政权体制时，段企图实行中央集权制，而西南各省的"联治派"则要求实行联省自治，并于会上提出"联省自治案"。张作霖自战胜吴佩孚后，也极力反对联省自治，因此，会上西南派与东北派的"联治"与反"联治"之争十分尖锐。双方互相以不出席会议为要挟，致使会议经常无法进行，段祺瑞不得不延长会议20天。这时，浙江代表褚辅成又提出了改组临时政府为委员制一案，西南派又与之合流。段祺瑞无奈只得将此两案推交国民会议解决。上述种种情况既反映了军阀内部矛盾重重，又表明了善后会议的破产。直到4月21日，这个会议在决定了《国民代表会议条例》、《军事善后委员会条例》、《财政善后委员会条例》之后，草草收场。
段祺瑞召开善后会议的目的，一方面想藉此欺骗人民，扼制人民反帝废约运动和改革军阀统治的斗争；另一方面，则企图藉此产生御用的国民会议，选举他作正式总统，以便重新维护北洋军阀统治。但是，善后会议的召开，再一次充分暴露了段祺瑞的反动面目，从而激起了群众的强烈反对。为了反对善后会议，在国共两党的共同努力下，1925年3月1日，在孙中山支持下，国民会议促成会全国代表大会在北京召开。代表的成分十分广泛，有工农群众、学生、教职员、专家、新闻记者、律师、民族资本家等；代表中还有不少国民党左派人士和著名的共产党人，如***、赵世炎、王尽美、邓颖超等。大会着重揭露了段祺瑞善后会议的反人民性质，并且否认了段祺瑞向善后会议所提出的国民代表会议的条例；会议对中国革命的一些基本问题进行了认真、广泛的讨论，通过了相应的决议。这次会议虽然未能达到改组政府的目的，但是在反对善后会议、宣传中国共产党和孙中山的革命主张、组织和引导人民群众进一步参加反帝反封建的政治斗争方面起了积极的作用，有力地推动了国共领导的国民革命的发展。在全国人民的反对声中，善后会议议定的国民会议条例没能实施，而以国民会议为口号的群众运动，却更广泛、深入地开展起来。
孙中山病逝
孙中山由于长期为中国革命奔波，积劳成疾，身患肝病。加之北上沿途劳累和对段祺瑞召开善后会议的气愤，致使病情恶化。1925年1月23日，孙中山病势加重，被送人协和医院，住在301病房。当天下午6时，由该院外科主任邰乐尔确诊为肝癌并施行了手术。术后，孙中山在重病中仍然积极筹划召开国民会议。一方面指派国民党中央执、监委员汪精卫、李石曾、吴稚晖、于右任、***、张国焘组成一个国民党中央政治会议代替处理一切政治事务；另一面经常在病榻上发表声明，接待客人、处理公务。
月24日，孙中山病情恶化。汪精卫、宋子文、孙科、孔祥熙等人到孙中山病榻前请求留下遗嘱，并将准备的遗嘱草稿读与孙中山。3月10日，孙中山病情更加恶化。但当获悉广州东征军打败陈炯明叛军、占领潮安、汕头，便立即嘱咐电告胡汉民，前方军队应遵纪爱民，"千万勿扰百姓"。11日上午八时，何香凝去孙中山榻前问候，发现他眼睛已经散光，便告诉汪精卫："现在不可不请先生签字了！"当天，汪精卫将遗嘱和孙科的自来水笔呈上。这时孙中山手力微弱，便由宋庆龄托其右手在遗嘱上逐一签上"孙文"二字。孙中山在临终前留下了《国事遗嘱》、《致苏俄遗书》和《家事遗书》3份史料。
《国事遗嘱》，又叫《总理遗嘱》，指出："革命尚未成功，同志仍须努力"，要求得中华民族的解放，"必须唤起民众及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗"。《致苏俄遗书》（原稿为英文），表示"我已命国民党长此继续与你们提携"，并希望"两国在争取世界被压迫民族自由之大战中，携手并进以取得胜利"。《家事遗嘱》表明，"因尽瘁国事，不治家产，所遗之物，均付吾妻宋庆龄，以为纪念。而余之儿女，已长成，能自立，望各自爱，以继余志"。
3月12日上午9时30分，孙中山因病医治无效，在北京东城铁狮子胡同5号住处（今地安门东大街23号）逝世，终年59岁。孙中山逝世后，北京临时政府通令全国下半旗致哀三日；同日，由于右任、吴稚晖、宋子文、孔祥熙、李石曾、汪精卫、邹鲁、孙科、林森9人组成的孙中山北京治丧处成立；而胡汉民也发出通电，宣布广州也组织了孙中山哀典委员会，委员有胡汉民、伍朝枢、廖仲恺、古应芬、杨希闵、谭延闽、许崇智、刘震寰、程潜、邓泽如、吴铁城11人。国共两党组织各界民众进行哀悼活动，广泛传播孙中山遗嘱和革命精神，形成了一次全国规模的声势浩大的革命宣传活动。
中国共产党中央委员会在《向导》周报第107期上发出吊唁和《中国共产党为孙中山之死告中国民众书》，指出："为中国民主自由而战的孙中山先生死了，自然是中国民主自由运动一大损失，然而这个运动是决不会随中山之死而停止的。"并号召全国人民"加倍努力，一方面猛烈的继续国民会议及废除不平等条约运动，反抗帝国主义的工具段祺瑞、张作霖在北方对于这次运动之进攻；一方面保卫南方的革命根据地——广东"。《中国青年》、《政治生活》等杂志也都出版了悼念孙中山特刊。
孙中山的逝世，同时引起了国际无产阶级和世界进步人士的深切哀悼。3月14日，共产国际执行委员会就孙中山逝世发表了《致中国人民大众书》，高度评价了孙中山伟大的革命功绩。它指出："孙中山为了中国人民大众的解放，毕生从事反对世界帝国主义的斗争。全世界的无产阶级和正在进行反对世界帝国主义斗争的东方被压迫民族，都景仰他的名字。……孙中山是战士，是中国革命团体的组织者和领导者，是反对国内反动势力的坚定不移的人民领袖，对于无产阶级和东方各民族的革命运动，他有着真正伟大的意义。"斯大林以俄共（布）中央委员会总书记的名义发来唁电，表示："俄国共产党中央委员会相信，孙中山的伟大事迹将永远铭记在中国工人、农民的心里，永远使中国人民的敌人心惊胆寒。"苏联《真理报》也发表悼念专文，指出："孙氏生命之伟大，在其不断前进、百折不挠，好学不倦。"孙中山"在一切被压迫民族心中，永不遗忘"。各种悼念活动也在莫斯科、东京、巴黎、伦敦、纽约、旧金山和东南亚等地举行。
孙中山的逝世，也引起全国人民的深切哀悼。3月19日，孙中山出殡。12万人胸挂白花，臂挽黑纱参加送葬。12时15分，孙中山灵柩抵达中央公园（现改名为中山公园），园内鸣放32响礼炮。3月23日至25日，北京中央公园举行公祭，74万多北京各界人士和外国友人致祭。4月2日，孙中山灵柩移往北京西山碧云寺，30多万群众护送至西直门，此外，还有2万人从西直门步行到香山。4月16日，广东省革命政府作出决定，将孙中山的诞生地香山县改名为中山县，并将留粤的永丰舰改名为中山舰。5月25日，国民党第一届中央执行委员会第三次全体会议通过了《关于接受孙中山遗嘱之训令决议案》，强调：总理虽然去世，总理之一切遗教仍如日月之经天，江河之行地，存留于世间。吾党同志当兹艰色，更宜自觉其责任之重大，同德同心以信总理之遗教。……并指出：只有以总理之遗教即为纪律之基础，国民革命之伟业乃能迅速完成。遵照孙中山生前葬在钟山的遗愿，1929年6月1日，孙中山的灵柩移到南京，安葬在钟山中部小茅山南麓，即著名的南京中山陵。
孙中山的一生是战斗的一生，伟大的一生。在他长达40年的革命生涯中，不停息地为祖国的独立、自由而战斗。全国各族人民举行的悼念活动，充分显示了全国人民对他的爱戴和怀念。
孙文主义学会成立
第一次国内革命战争时期，以黄埔军校教职员和学生中的国民党右派为骨干组成的反动政治团体。
2月1日，在周恩来的领导组织下，黄埔军校成立了以共产党员和青年团员为骨干，有粤军讲武学校、滇军干部学校、桂军军官学校青年军人参加的青年军人联合会。该会成立以后，积极宣传革命理论和共产党的统一战线政策，团结革命力量，站在反帝反军阀斗争的前列，在东征讨陈炯明，平定杨希闵、刘震寰叛乱等战斗中，起了重要的作用。因此，它成为"中国青年军人运动的中心"。
"青年军人联合会"的建立、发展和影响的扩大。激起了国民党右派势力、特别是黄埔军校中右派分子的仇视。他们为对抗共产党和青年军人联合会的活动，决定采取以组织对付组织的行动。1925年2月，在蒋介石指使下，贺衷寒、缪斌等人于4月24日发起成立中山主义学会。6月3日，在《广州民国日报》发表《中山主义学会宣言》，认为中山主义学会"是我们中国四万万人的唯一救星"，组织中山主义学会的目的是"研究中山主义，实行中山主义革命"。同年12月29日，中山主义学会改称孙文主义学会，并正式举行典礼。其主要领袖分子是王柏龄、陈诚、贺衷寒、缪斌等，核心成员均在黄埔军校，其中学生有杨引之、冷欣、杜从戎、潘佑强、伍翔、曾扩清、酆梯、贾伯⑩涛、胡靖安、余程万、李杲、胡宗南、桂永清、蒋伏生等。教职员中有王伯龄、林振雄、徐桴、王文翰、童锡坤、张叔同等。此外还有"虎门要塞司令陈肇英，海军将领陈策、欧阳格，公安局长吴铁城"。广州孙文主义学会成立以后，在东江各县均设立了分会，如惠州分会、潮州分会等。