邵飘萍是中苏邦交正常化的积极倡导者，早在1919年便提出意见，之后，苏维埃俄国几次派代表到中国，邵飘萍都撰写文章论述"早达中俄两国互相携手共维远东大局之目的"，热切呼吁"中俄两国之外交关系辟一新纪元"。邵飘萍的《京报》为中苏建交做了大量工作，既阐发了《京报》自己的主张，民众的意向，苏俄的正确意见，又及时有力地反击了帝国主义使团的干扰破坏，含蓄地批评北京政府的暖昧与软弱。邵飘萍在苏俄代表与北京政府之间穿梭，以著名记者的身份发挥着特殊作用。中苏建交之际，他又以个人名义举办庆祝会，并向苏联代表团赠送了锦幛，上写"精神可师"。《京报》的影响愈来愈广，逐渐取代了《晨报》的地位，成为北方公开传播马克思主义，宣传十月革命的重要园地。
在中国共产党成立初期，邵飘萍已是党的挚友。1923年2月，在中共领导的"二七"大罢工之后，《京报》就以大字标题发表了《京汉路工人昨午起大罢工》的消息。"二七"惨案发生后的第二日，《京报》又以《昨日长辛店枪击工人大惨剧》的醒目大字为题，详细报道了惨案发生的经过，怒斥直系军阀枪杀工人的暴行，点名讥讽镇压工人的刽子手、京汉铁路局局长赵继贤的"勋业可谓能削平工潮，应铸铜像！"9日，又刊登了《第三国际慰问京汉路工人》的消息。《京报》除了刊发文章同情工人运动外，还暗中给予物质支援。罢工失败后，《京报》帮助印发《京汉工人流血记》、《工人周刊》。邵飘萍还利用自己与上层的关系，曾向中共提供政治军事等方面的重要情况，并帮助代培进步新闻工作者。1924年，他秘密加入共产党后，《京报》的言论与中共的方针路线越来越默契。
国共合作开始，邵飘萍拥护孙中山的三大政策，热心传播南方革命消息，还暗中与国民党秘密合作。《京报》的主张与孙中山的主张相吻合，因此，孙中山在北上途中，特意将自己的照片赠予《京报》，刊在《京报·图画周刊》的创刊号上，标题是《全国景仰之中山先生》。《京报》上还刊登了邵飘萍写的《推翻一切不平等的条约》并最早在北方的报纸上亮出这一口号，积极支持国民会议，热情提倡实行"人民的政治"。1925年，广东革命政府成立时，《京报》在头版以出号标题称颂国民政府的开创业绩，针对北京政府的腐朽统治，邵飘萍亲自书写"广东国民政府，论政治为全国第一"，一时轰动北方，但亦为北洋军阀所痛恨。这时，在以广东为中心的革命运动的影响下，北洋军阀内部不断发生分化。先是冯玉祥发动北京政变，囚禁贿选总统曹锟，驱逐废帝溥仪出宫。继而又出现奉军将领郭松龄倒戈，反对张作霖。邵飘萍均对他们的行动表示赞许。他曾建议冯玉祥赴苏联学习，与南方革命势力相联系，将部队改为国民军，进驻西北，开发西北。1925年2月，他又在《京报》创刊《西北周刊》，刊登冯玉祥的照片，并撰文《开发西北之重要关系》，支持冯远离军阀争斗的北京，到西北去。对郭松龄的倒戈，《京报》不仅"全力赞扬"，而且公开鼓励张学良"父让子继"，由少帅接任"镇威军"总司令，改造东北政局。当郭松龄倒戈失败后，《京报》便将日本以"二十一条"中关于满蒙地位条款为支援张作霖条件和张作霖的卖国内幕全部公诸于众。张作霖对此恨之入骨，也促成了张作霖必欲杀邵飘萍的念头。
邵飘萍与<京报》以反帝反军阀的倾向自立于世，这是二次革命失败后绝大多数报刊望尘莫及的。1925年五卅惨案发生后，《京报》从6月1日接到消息起，连续20余天连续报道事实真相，募款支援，并且撤掉《京报》所有的英日商品广告，不惜巨资发了3次特刊，刊登了大量通讯、专刊，评论、图片等，声讨帝国主义，支援上海人民。从6月1日到7月中旬的一个月内，仅以飘萍署名发表的文章就有28篇。他在评论中怒斥帝国主义，指出惨案发生的根本原因在于帝国主义强加在中国人民头上的不平等条约，因而提出了"废除不平等条约"、"打倒外国强盗"的口号。年底，反奉斗争进行时，《京报》刊登了一版时局人物照片，把亲日军阀称作是"一世之枭雄亲离众叛之张作霖"、"鲁民公敌之张宗昌"、"国民公敌之李景林"。1926年"三一"惨案发生后，邵飘萍义愤填膺。《京报》第二天便详尽报道了惨案真相。邵飘萍又连续发表了5篇评论：《日英之露骨的干涉》、《世界空前惨案——不要得意，不要大意》《可谓强有力之政府矣——举国同声痛苦，列强一致赞成》、《警告司法界与国民军》、《诛人类之蟊贼》、《敬告法大学生》等檄文，指出段祺瑞政府是"惟泛费数万万元外债，捐得一亲日派头衔"的卖国政府，是"列强多年所希望之强有力的政府"，并且疾呼："吾人唤醒全国各党派起而声讨，所以诛人类之蟊贼，为民族一洗野蛮凶杀之奇耻！"建议组织特别法庭，将段逮捕，公开审判。段祺瑞对他恨之入骨，曾两次将他列入通缉名单中。鲁迅先生也在《京报副刊》上发表了《可惨与可笑》《如此讨赤》、《大衍发微》等文章。
在邵飘萍的主持下，《京报》一时成为北方进步舆论的重要阵地，反动派也因此把他看成眼中钉，时刻企图加以迫害，置之死地而后快。"三一"惨案之后，北方形势逆转。1926年春，张作霖与吴佩孚重新携手并联合山东的直鲁联军首领张宗吕、李景林一起进攻国民军。4月15日，奉鲁军乘虚而入北京。早在1926年4月中旬，国民军第一军被迫撤离北京前，国民军将领鹿钟麟就曾多次劝说邵飘萍暂避外地，邵执意不肯。相反，他在国民军撤退后的第二天（4月16日）在《京报》上发表署名文章《欢送国民军》，热情宣称"本报对于国民军第一军始终示爱护之态度"，赞扬国民军不愧为国民的军队，祝愿它在退居西北后得到发展。直鲁联军人城时，邵飘萍避居六国饭店，《京报》改出两大张。他在六国饭店开了一个房间，接待来访客人，由他的夫人汤修慧暂守报馆，应付局面。奉军进城后，实行残酷的白色统治：布告二十七条，声称对宣传共产党、鼓吹赤化、不分盲从，一律处死。他们以"拿办赤党"为名，派出军警，大肆搜捕爱国群众。此时，北京街头已出现了不利于邵飘萍的传单，说他是"卢布党"记者。邵飘萍仍旧很坦然，他在4月22日《京报》上刊出《飘萍启示》，自数"罪状"：一不该反对段祺瑞及其党羽之恋栈无耻；二不该主张追究段贾惨杀民众的法律责任；三不该希望取消不平等条约；四不该称赞国民军第一军之纪律；五不该识章士钊不配言整顿学风。有此数条"罪状"，私仇公敌早已伺守于旁。张作霖对邵飘萍怀恨已久，但因邵是一个很有才干，颇具影响的著名新闻界人物，企图重金收买为己所用。因此在入京前曾汇30万元予邵飘萍，但被邵退回。于是张作霖便决心于打进北京后，立即处决邵飘萍。由于邵已避居六国饭店，所以奉军决定实行诱捕。他们收买了《大陆报》社长张翰举。邵飘萍平素也认识张翰举。张翰举数次深入饭店，对邵表示异常关心，并自称"能设法向张学良疏通，张已见允"等等。4月24日，邵因挂念报馆和家事，决定回报馆看看。他事先打电话给张翰举询问外面的情况。张翰举骗他讲一切都疏通好了。邵飘萍信以为真，下午乘车回魏染胡同京报馆，不足一小时便走。才出胡同，即被预伏军警截捕。邵飘萍被捕的第二天下午，新闻界召开紧急会议，推举刘煌等13名代表求见张学良，恳请军方本着尊重舆论的善意，免去邵飘萍死罪。活动无效。26日清晨，军阀即以"宣传赤化"为罪名，不经审讯，押赴天桥枪决。邵飘萍牺牲翌日，北京《世界日报》于头版大字标题刊登"邵飘萍以身殉报"。邵飘萍死后，《京报》被迫停刊。
整理党务案
5月15日召开的国民党二届二中全会，通过了一个《整理党务案》，这是继中山舰事件之后蒋介石发动的又一个反共事件，是右派在思想理论和军队里的反共事件之后所发动的从组织上限制共产党的事件。
中山舰事件之后，蒋介石为继续排斥共产党和左派力量，巩固和扩大中山舰事件中获取的成果，声称要避免像中山舰事件这样的"误会"发生，就要找出消除误会的具体方法。这个方法就是要解决共产党员加入国民党引起的党内纠纷。他提出整理党务的建议，要求召开二届二中全会。1926年4月底鲍罗廷从苏联回到广州。他带回了苏联政府的指示："不管蒋的三月政变的后果多么严重，‘国共合作’的政策应保持不变……中共应接受三月政变所造成的局势，承认蒋的军事独裁，接受他的‘整理党务案’。同时协助他领导北伐。"蒋介石拿出他的方案与鲍罗廷"磋商"。5月9日，鲍罗廷与蒋介石达成三项"君子协定"：共产党接受蒋介石的建议，限制他们在国民党内的活动；蒋介石同意鲍罗廷的主张，反对右派；鲍罗廷改变反对北伐的态度为支持北伐。他们在会谈中集中讨论了限制共产党在国民党内活动的问题，鲍罗廷一再退让，这就为国民党二届二中全会通过《整理党务案》作了准备。
5月15日至22日，国民党二届二中全会在广州召开。会议完全由蒋介石所掌握。蒋介石等人以改善国民党与共产党关系，消除疑虑，杜绝纠纷为由，提出了整理党务的4个议案。提案之一为《整理党务案》，提出了整理党务的四个基点：（1）改善国共两党关系；（2）纠正两党党员妨碍两党合作的言论行动；（3）保障中国国民党党纲党章的统一权威；（4）确定中国共产党员加人国民党的地位与意义。该案提议，为达到上述目标，组织国民党、共产党联席会议进行协调。提案之二为《国民党与共产党协定事项》，本案由蒋介石单独提出，共9条。其主要内容有：（1）凡其他党党员加入国民党，各该党应训令其党员明了三民主义为国民党基础，并不得加以怀疑或批评；（2）凡其他党党员加入国民党的，各该党应将加入国民党的党员名册交国民党中央执行委员会主席保存；（3）凡加人国民党的其他党党员，在高级党部（包括中央党部、省党部、特别市党部）任执行委员时，其额数不得超过各该党部执行委员总数1/3；（4）凡其它党加入国民党的党员，不得充任国民党中央机关的部长；（5）凡是有国民党党籍的，不许在党部许可以外，有任何以国民党名义召集之党务集会；（6）凡是有国民党党籍的，若没有最高级党部的许可，不得另有政治关系的组织及行动；（7）对于加入本党的其它党员，各该党所发出的一切训令，应先交联席会议通过。（会议通过的《联席会议组织大纲案》规定：联席会议合国民党代表5人，共产党代表3人。这8人只"审查两党党员妨碍两党合作之行动、言论及两党党员之纠纷问题"，"无修改整理党务案之权"）。如有特别紧急事故，不及提出通知时，应将此项训令，请求联席会议追认；（8）国民党党员未被批准脱党之前，不得加入其它党籍，若已经脱离国民党党籍而加入他党的，不得再加入国民党；（9）党员违反以上各项时，应立即取消其党籍，或依其所犯的程度，加以惩罚。提案之三《选举中央执行委员会主席案》，主要内容为设置中央执行委员会主席，规定了常委委员会主席的职责与范围。提案之四主要规定了国民党全部党员重新登记的问题。蒋介石以大会主席团成员身份操纵会议，通过了上述提案，分别称作《整理党务第一决议案》《整理党务第二决议案》《整理党务第三决议案》《整理党务第四决议案》。总称《整理党务案》。很明显，这个提案是蒋介石继"中山舰事件"之后进一步打击共产党，篡夺国民党领导权的重大步骤。它在保障国民党党纲党章的统一权威和改善国共两党关系的名义下，排斥共产党和左派势力，限制和控制共产党，将党内合作的形式，蜕变成容纳与控制的党外合作，为夺取与独占国民党的最高权力扫清道路。其实，议案的内容是违背孙中山亲手制定的国共合作的原则与精神的。孙中山曾亲自批准不少著名共产党员加入国民党，并且亲自圈定许多共产党员担任国民党中央执行委员和中央各部部长。蒋介石的所做所为违背了孙中山的意志，也违反了国民党"一大"、"二大"的决议，是违犯国民党党规和党章的。至于规定成立两党联席会议，也只是流于形式，因为这个联席会议无权决定国共合作中的任何重大问题。事实上后来的两党联席会议也多是听汪精卫和鲍罗廷所发表的长篇宏论，而不解决任何实际问题。
为了确定对策，中共中央派彭述之、张国焘来指导二中全会的中共党团。在党团会上讨论接受不接受整理党务案时，会议讨论了7天，毫无结果。这与鲍罗廷的态度不能不说有关系。在国民党二届二中全会召开之前，许多有关国共两党关系的事务都是由蒋介石、张静江和鲍罗廷讨论商定的。会前，鲍罗廷已经知道了整理党务案的内容，但是，他怕苏联顾问被逐出广州而寻求同蒋介石的妥协。鲍罗廷曾派张国焘、谭平山会见蒋介石，说明中共对《整理党务案》决不反对。鲍罗廷的这种态度，无疑对中共党团产生了重要影响。后来在中共党团会上，大家还是签字接受了这个整理党务案。在二届二中全会上，国民党左派何香凝、柳亚子、邓演达等都想站起来讲话，但共产党人都不讲话，左派也就憋气不出席会议，出席也不发言，他们都投票反对。这样，蒋介石一手炮制的《整理党务案》就得以在全会上被通过。6月4日，中共中央致书国民党中央，表示整理党务系国民党"内部问题，无论如何决定，他党均无权赞否"。同日，陈独秀致书蒋介石说："从建立黄埔军校一直到3月20日，都找不出蒋介石有一件反革命的行动"，他保证共产党决不会"倒蒋"。同时他还认为，导致两党纠纷的原因是共产党人对国民党中的工作"太过负责"。
国民党二届二中全会以后，根据整理党务案，改组了国民党中央领导机构，担任国民党中央部长的共产党员，组织部长谭平山、代理宣传部长毛泽东、农民部长林祖涵以及中央执行委员会秘书长刘芬等全被撤换。国民党右派分子叶楚伧担任了中央秘书长，顾孟余担任了宣传部长，邵元冲为青年部长（不久，蒋介石又推丁惟汾继任），甘乃光担任了农民部长，蒋介石担任了国民党中央组织部长（由陈果夫代理）、军人部长和国民革命军总司令职务。二中全会新设中央常务委员会主席一职，原定蒋介石担任，后由张静江代理。谭延闽代理中央政治会议主席和国民政府主席。实际上，党、政、军大权都掌握到了蒋介石一人手中，为他日后发动政变做了重要准备。蒋介石在后来回忆整理党务案时也讲："这是我们中国国民革命成败的关键，也就是本党与共产党消长的分水岭。"
国民革命军总司令部成立