在1925年7月以前，在广东革命根据地驻有来自各省的军队，即有粤军、湘军、滇军、桂军、鄂军、豫军等。第一次东征回师广州平定杨、刘叛乱后，7月1日成立国民政府。国民政府成立后即筹议统一广东军队，由中央组织军事委员会，以蒋介石为主席，将各种地方军名目一律取消，改称为国民革命军，成立5个军。第二次东征后，改程潜所部为第六军。两广统一后改广西军为第七军，由李宗仁任军长。唐生智归附革命后愿作北伐先锋，改所部为第八军，由唐生智任军长。
北伐开始后，为适应北伐战局领导指挥，6月5日，国民政府特任军事委员会主席蒋中正为国民革命军总司令，并开始组织司令部，专命北伐。国民党中央执行委员会通过了国民革命军总司令部组织大纲。大纲内容共十条：（1）国民政府特任国民革命军总司令一人，凡国民政府下的陆海航空各军均归总司令统辖。（2）国民革命军总司令对于国民政府与中国国民党，须负军事上的完全责任。（3）总司令兼任军事委员会主席。（4）军事委员会参谋部长兼任总司令的参谋部长；或由总司令呈请国民政府任命。（5）总司令部设置参事厅，由参谋长、总参议、高等顾问若干人组成，参赞军机，协助总司令处理北伐中的军事事宜。（6）总司令部设于军事委员会内，根据战势，随时指挥前方军队。（7）政治训练部、参谋部、军需部、海军局、航空局、兵工厂等各军事机关，均直属于总司令部。（8）出征动员令下达后，即为战争状态，为军事上指挥方便起见，凡国民政府所属军民财政各部机关，均须受总司令的指挥，以总司令的命令行事。（9）总司令部出征时，设立治安委员会，代行总司令职权，该会受政治委员会的指挥，其议诀案中关于军事问题的，交由总司令部执行。（10）总司令部的编制及规则另行再定。这个总司令部的组织大纲把一切权力都给了总司令，对处在北伐特殊时期的国民革命政府来说是必要的。但同时由于总司令权力过于集中而不受约束，为蒋介石日后的独断专行创造了合法的条件。另一方面，这个组织大纲得以被当时的国民党中央和国民政府接受，也与北伐时国民党内的状况分不开。国民党二届二中全会之后，蒋介石在右翼势力中颇有威望，他们切望蒋介石专权；而共产党员在国民党中央执行委员会上无力反驳蒋介石，于是，相较之下有一定军事才能的蒋介石自然成为领导北伐战争的重要人物。
国民革命军总司令部所辖共8个军；第一军军长何应钦，辖五个师；第二军军长谭延闽，辖四个师；第三军军长朱培德，辖三个师；第四军军长李济深，辖四个师；第五军军长李福林，辖两个师；第六军军长程潜，辖三个师；第七军军长李宗仁，辖九个旅；第八军军长唐生智。还有，中央军事政治学校步兵学生的第一、二两团，入伍生的第一、二两团，杭毅的宪兵团，赖世璜的独立第一团。1926年7月9日，国民革命军总司令就职典礼在广州平较场召开。农工商学各界30万人参加，鞭炮燃放了好几个小时，气氛异常热烈，上午8时许，蒋介石率司令部官员来到会场。10时就职典礼开始，总司令对国民党党旗、中华民国国旗行三鞠躬礼，总司令及群众又向孙中山遗像行三鞠躬礼。吴稚晖代表党部授总司令旗，谭延闽向蒋介石授总司令大印小印。随后，蒋介石以总司令身份检阅在场队伍。这既标志着国民军总司令部成立，也标志着北伐正式开始。
北伐战争
从1926年5月到1927年3月，中国国民党和共产党合作进行的以推翻帝国主义支持的北洋军阀为直接目的的革命战争。
从第一次国共合作建立后，全国的革命运动就蓬勃开展起来。1925年至1926年春，广东革命政府先后消灭了广东境内和革命政权内部的反动势力，广东革命根据地得到了巩固和统一，使北伐战争有了可靠的后方。与此同时，在全国，特别是粤、赣、湘、鄂等省的工农运动的进一步发展，为北伐战争准备了广泛、雄厚的群众基础。在此期间，为适应革命形势需要，在中国共产党的推动下，1925年7月，广东革命政府改组了大元帅府的军政府，成立了委员制的国民政府。接着，国民政府所辖各军统一改编为国民革命军，共编6个军，以黄埔军校为基础编为第一军，把原来的湘、粤、滇、鄂、赣各军分别编为第二、三、四、五、六军，各军都设立了党代表和政治部。国民政府还实行了军政、财政和民政的统一，取消苛捐杂税，深得人民群众的拥护。国民政府出师北伐前，广西李宗仁和湖南的唐生智先后宣布拥护广东革命政府，两广实现统一。这样，广东革命政府的国民革命军发展成拥有8个军18个师兵力的武装，这些都是打败北洋军阀的重要力量。
全国当时的形势也十分有利于北伐。五卅运动后，人民反对军阀和帝国主义的情绪日益高涨。为了扑灭高涨的人民革命运动，国内外敌人比以前更多地采取了反革命的联合行动。1926年3、4月间，吴佩孚、张作霖等军阀组成奉直联军，将拥护广东革命政府和倾向革命的国民军赶出京津地区，进而加强了在北方的统治。在南方，吴佩孚因湖南人民在3月的"驱赵运动"中赶走了自己的亲信赵恒惕，大举进兵湖南，打败了投顺国民政府的唐生智，占领了长沙。唐生智被迫退守衡阳。之后，各派军阀相联合，准备攻打"南北二赤"，计划由张作霖会同山东张宗昌进攻退守在南口和张家口一带的国民军；由吴佩孚进攻湖南的唐生智；然后再联合盘踞在东南五省的孙传芳以及西南各省的地方军阀围攻广东，企图一举消灭广东革命政府。
面对军阀"南伐"的严重形势，各地群众组织或党部纷纷致电广东革命政府要求北伐。广东国民政府出师北伐的任务迫在眉睫。中国共产党也积极地为北伐做准备，1926年2月在北京召开了中共中央特别会议，讨论了北伐问题。中央特别会议之后发出的79号"中央通告"明确指出：中国共产党在现时政治上的主要职责是从各方面准备广东政府的北伐。并且提出，党必须加紧进行北伐战争时所必经的湖南、湖北、河南、河北等省的群众工作，特别是注意发动和组织工人阶级的同盟军——农民群众，以便接应北伐战争，积极支持和参加北伐战争。会后，中国共产党加强了对工农运动的发动和组织工作，积极支援北伐战争。但是，作为中共中央主要负责人的陈独秀对北伐持不同态度。1926年3月初，联共（布）中央派出一个高级使团——布勃诺夫使团到达上海。鉴于当时直奉联合进攻国民军的形势，陈独秀在接待使团时谈到，广东的真正意义的北伐尚未准备成熟，眼前是大敌临门，所以他主张打击吴佩孚，支援国民军。一旦吴军败退，国民军得救，广东军队仍然回广东，继续准备真正意义上的北伐。陈独秀的这一看法同中共中央不尽相符。中央特别会议认为这次北伐是要"会师武汉与北方革命势力相联合造成国民革命胜利的局面"，陈独秀则认为此次北伐只是拯救现有力量，并不是要从事革命。但是，即使陈独秀对北伐的理解很保守，他还是4次写信给蒋介石和汪精卫，督请国民政府立即出兵北伐。他在给蒋介石的一封信中写道："我认为要趁吴佩孚势力尚未稳固时，加以打击，否则他将南伐，广东便没有积聚实力的可能。"
正当国共双方酝酿北伐时，广州突然发生了"中山舰事件"，蒋介石一箭三雕，打击了汪精卫，打击了俄国顾问，也打击了共产党的力量。不久国民党二届二中全会又通过了整理党务案，蒋介石的排共气焰很高。鉴于反共统一战线内部反共力量的抬头，中共中央一些负责人和苏联顾问鲍罗廷等人对蒋介石的北伐用心已有所警惕，对如此北伐的前途产生了严重的疑虑，担心北伐的胜利将会成为蒋介石个人独裁的胜利。因此，陈独秀在《向导》上发表《论国民政府之北伐》一文，文章指出："中国民族革命之全部意义，是各阶级革命的民众起来推翻帝国主义与军阀以自求解放；全民族经济解放，尤其是解除一般农工平民迫切的困苦。北伐只是讨伐军阀的一种军事行动，还说不上是和帝国主义者直接的武装冲突。这种军事行动，对于推翻军阀确是一种重要方法，而不是唯一无二的方法。""再论到北伐军本身，必须它真是革命的势力向外发展，然后北伐才算是革命的军事行动；若其中夹杂有投机的军人政客个人权位欲的活动，即有相当的成功，也只是军事投机之胜利，而不是革命的胜利。"苏联顾问鲍罗廷刚刚从苏联来华，对突然提出的北伐也持反对态度。他在出席中共中央南方局会议上建议：要首先在国民党内部求稳定；要造成有利的政治环境与冯玉祥国民军达成协议；尝试同孙传芳协议，哪怕让他保持中立；在农民中间进行宣传活动；还必须完全用苏联武器装备军队。后来，由于人民的热烈支持和国民党将领的纷纷要求，鲍罗廷也转而支持北伐。
国民党方面，蒋介石在国民党二届二中全会后掌握了国民党内的党权和军权，在汪精卫出走后，成了广州唯一握有实权的人物。所谓国民党对北伐的态度，关键取决于蒋介石的态度。北伐是孙中山一直为之奋斗的事业，也是他的遗愿。国共合作、革命军的建立和广东革命根据地的巩固，使北伐具备了基础条件。广大国民党党员和国民党左派一直不忘孙中山遗愿，主张北伐，推翻军阀统治；国民党海外各国支部也纷纷来电要求北伐。一直到1926年5月之后，国民党中央和国民政府才把北伐问题提到议事日程上来。这其中有两个原因促成：一是叶唐战争危及到广东的安全，二是中山舰事件后国民党内出现危机，为摆脱危机，各派都主张借北伐之机向外发展。这样做，既可实行孙中山主张，又能满足一些将领甚至一些投机分子的个人目的。在1926年上半年中，尽管蒋介石在北伐问题上反复不定，但最终还是确定了北伐，以尽早扩充自己的军事实力。
北伐既已确定，国民政府和军事委员会即开始着手于具体的筹备工作。1926年5月1日，广州国民政府派遣国民革命军第四军**独立团和第七军第八旅作为北伐先遣队从广东肇庆出发进军湖南，援助唐生智，并任命唐生智为北伐军前敌总指挥和国民革命军第八军军长。6月2日，唐生智通电就职。6月4日，中国国民党中央执行委员会临时全体会议正式通过国民革命军出师北伐案。6月5日，广州国民政府任命蒋介石为国民革命军总司令。7月1日，广州国民政府军事委员会发布北伐动员令。7月6日，中国国民党中央执行委员会临时全体会议通过《中国国民党为国民革命军出师北伐宣言》。7月14日，北伐宣言正式发表。宣言指出："中国人民一切困苦之总原因，在帝国主义者之侵略，及其工具卖国军阀之暴虐：中国人民之唯一的需要，在建设一人民的统一政府。而过去数年问之经验，已证明帝国主义者及卖国军阀实为统一之障碍，为革命势力之仇敌。"因此，为了扫除卖国军阀的势力，国民革命军不能不出师北伐。宣言还号召人民同情北伐，支持北伐，参加北伐。7月7日，广州国民政府发布了国民革命军总司令部组织大纲。这个大纲规定把党、政、军大权都交给总司令一人。为蒋介石日后实行的军事独裁提供了依据。7月9日，国民革命军在广州举行北伐誓师大会。蒋介石以总司令的名义发表了《为出师北伐告广东全省人民书》，《为出师北伐告士兵同志书》、《出师北伐告海外侨胞书》，北伐正式开始。7月12日，中共中央提出《中国共产党对于时局的主张》，分析国内外形势，号召全国的革命民众巩固"国民的联合战线"，"以此推翻国内军阀，推翻帝国主义"。
当时，北洋军阀向革命阵营进攻的行动计划是：在北方，由直、奉军阀主力共同进攻国民军；在南方，由吴佩孚出兵湖南，联合四川、贵州、云南、江西、福建等地的军阀围攻广东革命根据地。这时两湖地区有吴佩孚的军队10万人作为围攻广东的主力；在江西有孙传芳的部下周荫人部3万人，准备伺机袭击广东革命根据地。北洋军阀不仅拥有巨大的财力物力，他们直接掌握的军队就有70万人。相比之下，国民革命军只有10万人左右，可谓敌我悬殊。但北洋军阀中奉系张作霖、直系吴佩孚和孙传芳三方之间，勾心斗角，存在着深刻的矛盾，难以一致行动。在这种情况下。革命阵营能否制定出一个正确的战略方针，就成为关系北伐战争成败的一个重要因素。‘从1926年4月到6月底，这个战略方针几经讨论，后来在苏联军事顾问加伦将军的帮助下，针对敌众我寡和敌人内部矛盾重重的情况，制定了集中兵力各个击破敌人的作战方针：首先集中力量进攻湖南、湖北，消灭最凶恶的敌人吴佩孚；同时，派出部分兵力，警戒江西、福建方面的敌人。’等到两湖战场胜利后，再出兵东南各省，消灭孙传芳。最后，选择适当时机消灭张作霖，统一全中国。7月1日，中国国民党军事委员会发布了"先肃湖南、然后再会师武汉，进而与北方国民军联合，以期统一中国，完成国民革命之使命"的命令。根据这个作战方针，北伐军组成三路大军：西路军由国民革命军第四、七、八军组成，唐生智任总指挥，共约5万人，担负两湖正面战场的作战任务；中路军由第二、三、六军组成，蒋介石兼总指挥，其任务是进入湘东、湘南一带，保障西路军的右翼和后方安全，警戒江西之敌；东路军由第一军的第三、十四师及张贞的独立团组成，何应钦任总指挥，镇守广东潮梅地区，监视福建方面之敌；第一军的第一、二师为总预备队。此外，李济深率第五军及第四军之一部留守广东。