万县惨案的消息，震惊r四川。9月6日，朱德、陈毅推动召开了万县各界万人抗英大会，并组织了万县惨案后援会，通电全国，要求严厉制裁英帝国主义，为国雪耻，为死难同胞复仇。中共四川省委书记杨阎公等共产党人联合国民党左派人士在重庆成立了"万县九五惨案后援会"，发出快邮代电，宣传、发动和组织群众，掀起了抗英高潮。在万县人民反英斗争的高潮中，杨森也发出通电，叙述万县惨案的情况，谴责英方暴行，同时"电请政府向英使严重抗议，制止英舰继续作战，保留一切要求条件。并派员来万检查，以作交涉根据外，谨请军民各界起维国权，主张公道，一致对英，雪此大辱"。9月8日，重庆各界成立"万县惨案四川国民雪耻会"，作为各地反英斗争的领导中心。9月18日，重庆各界将近10万人举行了"水陆示威大游行"。四川成都、泸州、自贡、綦江、叙府（宜宾）、顺庆（南充）等地，以及上海、北京、广州、长沙、武汉等城市，先后成立万县惨案后援会、国民雪耻会，声援万县人民的爱国斗争。就是远在国外的华侨工商学代表也发表通电，抗议英军暴行，希望全国民众团结一致，争取废除不平等条约。然而，由于直系军阀吴佩孚受英帝国主义的支持，而且他本人也对北伐军的胜利进军非常恐惶，急于让杨森结束关于万县惨案的交涉，以便迅速出兵援助湖北，所以他电令杨森退让以求和平。杨森是在吴佩孚的支持下才得以重回四川，占领万县一带的。所以，他遵从吴佩孚的电令，派重庆关监督兼交涉员季宗孟前往宜昌，会同以调解人身份出现的"长江上游总司令"卢金山，及宜昌交涉员魏家莲，于9月16日同英方会商于英舰上。会商结果是季宗孟同英方签订了三项协议：杨森放行两轮，由美国捷江公司驻宜昌经理霍来新为"居间人"，接收两轮转交英方；如果日后英国兵舰再上驶时，需由英舰副司令及英领事负责保证，决无敌对意见之行动；所有关于万案应用的一切赔偿要求，双方均声明保留，以备后来另案交涉。杨森在未达到惩凶、赔偿的条件下，便放行了两轮。万县民众上千人的伤亡和数千万元的财产损失，只能是白白断送了；万县惨案后掀起的群众性的抗英爱国斗争，也就被军阀的妥协政策所断送。后来在中国共产党的动员之下，又形成了以成都为中心的反英斗争新高潮，直到1926年11月初，万县惨案所引起的反英斗争才告一段落。
五原誓师
9月，冯玉祥在五原县举行誓师，表示实行孙中山的三民主义，配合国民革命军的北伐。这是冯玉祥领导的国民军发展道路上的一个重要转折。
9月，冯玉祥在第二次直奉战争中同胡景翼、孙岳发动北京政变，将所部编为国民军。冯玉祥被推举为国民军总司令兼第一军军长，胡景翼、孙岳为副司令并分别兼第二军和第三军军长。国民军的出现是中国北方政局中发生的一个重大事件。国民军是从北洋军阀部队里分化出来的一支具有革命倾向的部队。1925年，奉军将领郭松龄倒戈反奉失败后，余部编为国民军第四军（1926年3月又脱离国民军）。1926年1月，直鲁军将领方振武部倒戈反对张宗昌，加入国民军为第五军。这样，国民军便成为北方赞成国民革命，反对奉系军阀的一支主要军事力量。
北京政变后，中国共产党北方区委采取了联合国民军、打倒段祺瑞和奉系军阀张作霖的策略。改组后的国民党北方执行部决定，积极争取国民军参加国民革命，以便与南方革命相呼应，迅速夺取全国革命胜利。北京政变和国民军成立不久，国民党北方执行部先是由***出面，亲自到北京郊区冯玉祥驻地拜访，与冯玉样进行了诚恳的交谈，向他阐述了孙中山的新三民主义，介绍了苏联国内的情况。在此期间，***还派北大教授毛以亨与冯玉祥联系，争取冯参加国民革命。冯玉祥表示同意，并派刘骥、唐悦良、包杰之为代表与北京国民党组织联系，又通过国民党的介绍，与苏联驻北京的大使加拉罕直接会谈，要求苏联顾问团指导国民军。国民党也派徐谦为驻冯部的代表。1925年3月，广东革命政府顾问鲍罗廷亲自到张家口访问冯玉祥。4月，苏联顾问团分别到张家口和开封指导国民军。10月，冯玉祥又派军事顾问团去苏联访问。
冯玉祥通过与共产党人和苏联顾问团的接触，对中国革命和苏联新制度有了一定的认识。由于冯玉祥在第二次直奉战争中倒戈，使直系军阀吴佩孚在战争中失败。因而吴佩孚要报倒戈之仇，于1925年通电声明结束讨奉战争，以便与张作霖重归于好。而张作霖由于在直奉战争中势力大为扩展，与冯玉祥的矛盾也日趋尖锐，因此在1926年1月5日致电吴佩孚，对他表示谅解。这样，在帝国主义的支持和策划下，直系军阀吴佩孚和奉系军阀张作霖在讨伐"南北二赤"的目标下重新联合起来。他们计划先消灭北方的国民军，然后南下推翻广州国民政府。在战争一触即发的紧急关头，冯玉祥的处境十分困难。这时，国民军第一、二、三军，不仅联系不密切，指挥不统一，而且内部矛盾重重，步调难以一致。1926年1月，冯玉祥在奉系军阀、直鲁联军、晋系军阀的联合进攻和段祺瑞临时政府的排挤下，处于内外交困的境地。面对十分艰难、复杂的政治形势，冯玉祥苦于找不到解决办法，于1926年1月辞职，希望通过这种个人引退的方法来保存国民军的势力，使直、奉军阀失去进攻的借口。1926年3月20日，冯玉祥携带随员、卫队，由平地泉乘汽车启程赴苏。3月22日到达库伦（今乌兰巴托），在这里逗留了一个多月，国民军暂由张之江、李鸣仲、鹿钟麟指挥。冯玉祥此次出国的目的之一，就是要学习革命方法，增进革命知识。因此，他在库伦期间，非常注意了解苏联、蒙古的革命经验，探索中国的革命问题。4月3日，苏联顾问鲍罗廷同中国国民党要人于右任、顾盂余也赶到了库伦。他们同冯玉祥共同讨论革命的前途问题。鲍罗廷表示，如果冯玉祥自己的救国方针、具体计划优于国民党，苏联顾问团可以离开国民党来帮助他；如果冯玉祥并无救国方针和具体实施计划，则鲍罗廷劝说冯玉祥加入国民党，接受其主义和政策，联合一致，共计革命的成功。冯玉祥认为，自己只是一个军人，不懂政治，更无具体办法，但比较仰慕孙中山先生的为人和主张。经过一夜的考虑，他决定加人国民党。第二天，经徐谦介绍，冯玉祥履行了入党手续，成为中国国民党党员。1926年4月27日，冯玉祥一行离开库伦前往苏联，5月9日到达莫斯科，受到苏联各界人士热烈欢迎。在苏联访问考察期间，他会见了许多苏联党政领导人，正在黑海养病的斯大林也给他写信，表示欢迎。他还参观了部队、工厂、农村和机关、学校，访问了工人、农民和士兵。中共中央驻共产国际代表团的领导人蔡和森也拜会了冯玉祥，向他介绍中共中央的主张，阐述国民革命的意义。经过3个月的考察，冯玉祥对孙中山联俄、联共、扶助农工的三大政策有了进一步的认识和理解，同时也进一步认识到，"要想革命成功，非有鲜明的主义与参加为行动中心的党的组织不可"。于是，他为国民军全体官兵履行了加入国民党的手续，决心继续革命。苏联政府对冯玉祥的革命行动表示支持，并决定给冯以军事援助。
冯玉祥在苏联期间，中国北方的形势发生了很大变化。直奉军阀并没有因冯玉祥下野而取消搞垮国民军的计划。1926年2月下旬，李景林部先后占领沧州、献县、青县等地。帝国主义列强也公然插手，动用军舰帮助直鲁联军进攻国民军。奉军于3月中、下旬公然占领卢龙、迁安、乐亭、滦县、唐山等地。这时，阎锡山的晋军也加人直奉联军，出兵大同，威胁国民军后方。奉军投人兵力15万人，鲁军12万人，直军13万人，晋军5万人，共计将近50万人。国民军的兵力约12万人，在重重包围之下，处境十分困难。面对这种不利的军事形势，国民军决定撤出阵地，有秩序地退到南口一线，驻守在北起多伦、沽源，经延庆、南口，西至晋北丰镇长达2000余里的战线上。南口是国民军长期经营的阵地，修筑了坚固的阵地。国民军在南口一线的兵力有步兵和骑兵11个军，9个师，38个旅，6个特种团。张之江任全军总司令，设总部于张家口。鹿钟麟、宋哲元分任东、西两路总司令。东路负责多伦至南口一线，防御奉直联军进攻，西路负责察哈尔南部、晋北一带，向晋北采取攻势。"讨赤联军"则兵分五路向国民军发动进攻。4月下旬，张作霖、吴佩孚、张宗昌等联合向南口国民军发动了进攻，爆发了南口大战。同时，阎锡山的晋军在大同及晋北地区与国民军展开激战，吴佩孚部刘镇华向陕西国民军发动进攻，吴佩孚的另一部张兆钾等进攻甘肃国民军。国民军虽进行了英勇顽强的抵抗，但由于张之江指挥失当，又缺乏粮草、弹药，终于在1926年8月失败。在南口参战的国民军损失5万人以上，粮饷、弹药十分匮缺，处境极为困难，全军被迫向绥远和西北地区撤退。国民军尽管在南口战败，但对北伐军在两湖的胜利进军仍起了十分重要的作用：国民军在南口之役中歼敌5万以上，削弱了奉直联军的实力，在战略上也配合了国民革命军在两湖战场上的进军。南口战役牵制奉军、直军近50万之众，使北伐军得以顺利进入武汉。国民军在南口作战不仅使直、奉军阀遭到很大损失，而且还使得吴佩孚与孙传芳之间，以及吴军内部矛盾不断激化。在1925年爆发的浙奉战争期间，孙传芳是联冯反奉的。这时，孙传芳对吴佩孚在南口进攻冯玉祥不予支持。北伐军进入湖南后，孙传芳电促吴佩孚南下，可吴不仅拒不南下，反而催促孙传芳由福建进攻广东，从江西进攻湖南。孙传芳不愿与吴佩孚合作，对湖南战局坐观成败。同时，吴佩孚与其部下靳云鹗之间也存在着联奉反冯与联冯反奉的分歧。吴佩孚在南口对国民军的进攻使这一分歧更趋严重。吴佩孚撤了靳云鹗讨贼联军副总司令的职务，但靳的部下仍暗中与靳保持联系。1926年7月中旬，吴佩孚调靳部陈文钊师南下增援湖南，陈拒不听命。南口战役结束后，吴佩孚调靳部高汝桐、阎日仁两师南下，但兵马开到后两军就按兵不动，直到吴佩孚不得不恢复靳的职务后才继续南下，但已错过了战机，使吴军在汀泗桥战役中未及时得到增援。
国民军从南口撤退时，陕西和甘肃战场上的国民军仍在十分艰苦的情况下继续坚持战斗，他们拼死坚守西安、三原等地，使刘镇华军日益疲惫，无力支援吴佩孚。甘肃国民军在***等部支援下，于8月底打败了张兆钾和张繁锦部，基本上稳定了甘肃局势，使从南口败退下来的国民军有一条退路，为国民军提供了一个比较稳定的后方根据地，对国民军再起有重要意义。
国民军在南口浴血奋战时，冯玉样在苏联考察。1926年6月，冯玉祥派刘骥等为代表由莫斯科去广州与国民政府、国民党中央商谈共同革命的计划。7月，刘骥一行到达广州，双方达成国民军接受三民主义和三大政策，从北方协助国民革命军北伐，国民政府对国民军则按照国民革命军的标准给予同等待遇的协议。1926年7、8月问，正当国民军处于危难之时，***3次电催冯玉祥早日回国，主持军务，收拾国民军的危急局面，参加北伐战争。冯玉祥得知国民军在南口失利的消息后十分焦急，再加上他知道国民革命军已从广东出师北伐，于是决定立即回国。8月17日，冯玉祥乘火车离开莫斯科回国，随行的有共产党员刘伯坚、苏联顾问乌斯曼诺夫等人。8月23日，冯玉祥被任命为国民军的国民党党代表、国民政府委员和军事委员会委员。9月3日，冯玉祥一行抵达库伦。9月15日，冯玉祥等返回国民军总司令部驻地绥远省五原县。他决心收拾残局，重振旗鼓。国民军的流散部队，听说冯玉祥回国，也纷纷携枪归队。
冯玉祥到达五原县稍事休息后便召集国民军将领鹿钟麟、宋哲元、方振武、弓富魁、何其巩、石敬亭、孙岳、徐永昌等，以及国民党中央执行委员于右任开会，商讨重振国民军事宜。在这次会上决定成立国民军联军，冯玉祥被推为国民军联军总司令。9月16日，冯玉祥发表了由刘伯坚起草的参加国民革命的宣言。冯玉祥在宣言中指出："帝国主义的侵略把中国弄穷了，又用政治侵略陷中国于危境。……苦痛的来源已经求出了，我们要解除这深切的痛苦，唯有推翻帝国主义的压迫。因此，我就投袂而起，与革命同志共同担负这个使命。现在我所努力的是遵奉孙中山先生的遗嘱，进行国民革命，实行三民主义。所有国民党一、二两次全国代表大会宣言与议决案全部接受，并促其实现。"这个宣言是国民军发生革命变革的重要标志，也是其进人国民革命新阶段的行动纲领。