月17日，国民军在五原县大校场上举行誓师授旗典礼。冯玉祥宣誓就任国民军联军总司令。会上，刘伯坚还发表了演说，深入浅出地宣传了国民革命的道理，指出了今后的斗争方向与前途。冯玉祥在演说中号召全体国民军官兵进行国民革命，响应实行孙中山倡导的三民主义，配合国民革命军完成北伐。讲演完毕，刘伯坚带领全体到会人员宣读誓词："本国民军之目的，以国民党之主义，唤起民众，铲除卖国军阀，打倒帝国主义，求中国之自由独立，并联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗，特宣誓生死与共，不达目的不止。"中国国民党中央执行委员会常务委员于右任授旗并监誓。参加典礼的有国民军一、二、三、五、六各军官兵一万多人。国民军将领李鸣仲、孙岳、方振武、鹿钟麟、宋哲元、弓富魁、何其巩、石敬亭、邓宝珊等，及刘伯坚、史可轩、乌斯曼诺夫、于右任也都参加了大会。誓师大会上还举行了易旗仪式，将五色旗改换为青天白日旗。冯玉祥宣布：改西北国民军为国民军联军，联军下辖第一、第二、第三、第五和第六军。军长分别为冯玉祥、于右任（辖二、三军）、方振武、弓富魁。会后，冯玉祥、于右任扛着红旗，率领全体官兵在五原街上游行。誓师大会后成立了国民军联军总司令部。鹿钟麟为总参谋长，何其巩为秘书长，李光中为参谋处长，陈连富为副官处长，徐廷瑷为军务处长，张吉墉为军法处长，张允荣为内防处长，薛笃弼为军需处长，石敬亭为政治部部长，刘伯坚为副部长，乌斯曼诺夫被聘为政治军事顾问。同时，选派政治工作人员分赴各军，成立政治处。冯玉祥还与于右任等着手组织军中特别党部。9月27日至29日，召开了中国国民党国民军联军全军代表大会，宣布国民联军集体加入国民党，成立最高特别党部。由刘伯坚报告国民党的主张与大会的意义；冯玉祥报告国民军及国内外形势。选出方振武、刘伯坚、任作民、赵守钰、王一飞、张兆丰、弓富魁、石敬亭等11人为执行委员；冯玉祥、徐谦、于右任、刘骥、史宗法5人为监察委员；卢召亭、张树声等7人为候补执行委员；刘仁辅等3人为候补监察委员。五原誓师标志着国民军最终摆脱了北洋军阀的控制，有力地支持和配合了从广东出发的北伐战争，推动了国民革命运动的发展。
国民党中央及各省区党部联席会议
北伐军攻克武汉和取得江西胜利后，中国国民党内部出现了迁都之争和提高党权运动。1926年9月中旬，以张静江为代主席的国民党中央宣布于10月1日在广州召开国民党中央同各省党部联席会议。
月15日，中国国民党第二届中央执委会及各省区联席会议召开。出席会议的有国民党中央执行委员会、监察委员会及各省、市和海外代表共80人。共产党员有吴玉章、于树德、恽代英、毛泽东、邓颖超等10余人参加。苏联顾问鲍罗廷参加了会议的筹备和领导工作。会议选出的主席团有5人：谭延闽、徐谦、张静江、宋庆龄、吴玉章。谭延闽在致开幕词中提出："先把几个最重要的问题讨论一下，如国民政府现在要不要迁移，国民会议如何召集，都要请大家共同讨论，以求一个适当的方法。召集的意思即在于此。希望各省同志大家来平心静气地讨论。"会议的第二天即10月16日讨论国民政府迁都问题，吴玉章主持会议。会上经过吴玉章等人的力争，最后通过如下决议："国民政府地点，应视其主要工作所在之地而决定。现在国民政府的主要工作在巩固各省革命势力的基础，因此广东省最为适宜，国民政府仍暂设于广州。"除此之外，这次联席会议还讨论了关于省政府的改组问题，省政府与国民政府的权限，中国国民党对北伐时局的方针。会议讨论和通过了一系列决议案和条例：《对全国人民宣言》、《中国国民党最近政纲》、《全国人民团体联合会之纲领》、《国民革命军代表条例》、《党代表任免条例》、《省政府对国民政府之关系》、《关于民团问题》、《最近外交政策》等。
会议宣言指出：国民党"二大"以后的10个月中，革命势力已由两广扩大到长江以南和中国的西北部。"国民政府在中国的领域上，已成为最有势力的政府了。"帝国主义和军阀在中国的势力一天天地衰败，中国民族运动日益发达。但是，帝国主义束缚中国人民的锁链还是依然存在，真正完全打倒军阀的日子尚非目前所能达到，中国人民所受的痛苦还没有改善。"要达到中国民族完全解放的目的，一定要打倒帝国主义、军阀、贪官污吏、买办阶级、走狗政客、劣绅土豪、残酷地主及其他一切反革命势力；一定要团结中国农民、工人、实业家、商人、兵士、学生、教员及其他革命知识分子。"会议通过的国民党最近纲领的重要条文有：实现全国政治上经济上的统一；废除督军、督办等军阀制度，建设民主政府；保证人民集会、结社、言论自由；废除不平等条约，重新缔结尊重中国主权的新条约；实行关税自主；废除苛捐杂税；扶助本国工商业，取消在华外国工业的特权；减轻佃农田租25％；禁止重利盘剥，年息最高不得超过20％；保障农民协会的权力，农民协会有组织农民自卫军的自由；制定劳动法，保障工人的组织自由和罢工自由等等。上述宣言和政纲，体现了北伐反帝反封建的政治方向，反映了联合战线中各阶级阶层人民的共同愿望。另外，在《党代表任免条例》中肯定了党代表的积极作用。这次会议是国民党"二大"以后的一次重要会议，确定了新形势下国民党的方针政策，对于号召群众，推动北伐，起了一定积极作用。
上海工人第一次武装起义
北伐开始后，上海的工人运动有了新的发展。从1926年6月到9月，上海工人连续举行了多次罢工，参加罢工的工人达20余万人。他们当中不仅有产业工人，还有手工业工人和店员，甚至没有参加五卅运动的闸北35家丝厂女工也参加了罢工。罢工从争取改善生活待遇的经济斗争，逐步发展到要求享有参加工会的权利和反抗压迫的政治斗争。1926年7月，中共中央扩大执行委员会会议的文件中针对上海的这一情况指出："‘五卅’后的上海，确是革命的上海，虽然帝国主义者的工部局和中国的官厅以及大商买办阶级联合的单独的向上海民众进攻，但是上海的民众仍然亦趋革命化。"这个时期的上海工人罢工高潮，进一步提高了工人的政治觉悟，扩大了工会组织，为上海工人第一次武装起义作了思想和组织上的准备。
9月间，北伐军攻人江西和孙传芳军交火，上海也在此时酝酿自治运动。9月以后，随着北伐战争向长江下游发展，上海工人的斗争转向政治性的总同盟罢工和武装起义。当时，中共上海区委的主要负责人是罗亦农和赵世炎。1926年8月中旬，中共中央接到苏联驻华大使加拉罕的来电，称"国民军不日可进据北京"。因此，中央军委命令上海区委"订新计划，对付孙传芳，组织军事委员会"。根据这一命令，上海区委立即成立了军事委员会，并在8月23日晚上召开的军事会议上作出了进一步反对孙传芳的决定。但是，这时军事委员会的工作主要是瓦解敌军，还不是准备起义。8月31日，北伐军攻到武昌城下，苏联驻沪领事得到误传的消息，以为北伐军已于9月1日下午4时占领武昌，5时占领汉阳，并将这一消息电告上海区委。据此，9月3日，中共上海区委主席团会议，首次讨论武装起义和市民自治问题。区委书记罗亦农提出，"上海地方非有一次民众暴动不可"，应提出"人民自治"口号，反对孙传芳的统治。会议决定加紧国民党上海市党部和各团体联合会的工作，建立广大的联合阵线，"从虞洽卿一直到工人部分联合"。6日，中共上海区委发表《告上海市民书》，号召人民团结起来，"根本推翻现存的统治"，"毁弃孙传芳、丁文江的大上海计划，建立上海人民自治的上海"。区委并向上海市民提出了16项斗争要求，如：租界内的居民应一律有平等的参政权；南北市的市政府由民选的自治机关管理；保障市民集会、结社、言论、出版自由；反对一切苛捐杂税等。此后，中共上海区委即通过汪寿华和国民党上海市党部及虞洽卿等联系，相约在孙传芳江西败绩，不及回顾之际，即发动工人罢工、商民罢市、学生罢课，树起自治旗帜，从而推翻孙传芳的统治。由于孙传芳的主力已进军江西，驻防上海的只有步兵1000人，警察2000人和内河小军舰两艘，这就为上海自治运动和工人武装起义提供了良好的条件。
上海国民党当局和资产阶级的头面人物虞洽卿等都支持中共上海区委的计划。在筹划起义的过程中，国民党特务委员会军事特派员钮永建与孙传芳的部下、浙江省长夏超密谋，由夏在适当时机宣布浙江独立，向上海进军；钮在上海组织暴动，里应外合，夺取上海。10月16日，夏超在杭州宣布独立，归附国民政府，17日。即派人率保安队2000人，由杭州向上海进发。夏超的独立，加快了武装起义的准备工作。当时酝酿参加起义的主要有三方面的力量：中国共产党和上海总工会组织领导的工人纠察队，约2000余人。他们有较好的组织和群众基础，是武装起义的主要力量；由大资产阶级虞洽卿掌握的商团军；中国国民党驻沪特派员钮永建在上海组织的一支武装力量。中国共产党方面于18日区委召开特别活动分子会议，由罗亦农作武装起义的动员报告，确定起义的主要领导人为罗亦农、赵世炎和李震瀛。他们与钮永建约定10月24日拂晓前开始行动，以炮声为号。10月17日，夏超率兵进军嘉兴。10月20日，中共上海区委发表《告上海市民书》，谴责孙传芳的罪恶统治；批判全浙江公会等团体要求孙、蒋先行停战，是在军阀宰制下的幻想，是"为孙传芳维持势力的和平运动"。区委指出，上海市民"要得到真正和平，只有一条路，即是市民自己武装起来"，"推翻一切军阀政权，建立市民政权"。但孙传芳不允许后门失火。18日，任命第八师第十五旅旅长宋梅村为前敌总指挥，率部迎战夏超；任命第七十六混成旅旅长李宝章为驻沪各军总指挥兼淞沪防守司令，率部进驻龙华、松江。22日，孙传芳部占领杭州，夏超独立失败。夏超的失败使上海武装起义面临着极为不利的形势。但由于通讯落后，起义军直到起义前夕也未得到夏超战败被杀的消息。23日，区委得到另一条被误传的消息："九江已克服，叶开鑫部已倒戈"。于是，仍决定起义。当时下午5时，下达动员令，以同情革命的一艘军舰开炮作起义的信号。
日凌晨三四点钟，上海工人第一次武装起义开始。但是，军舰却始终没有开炮。闸北区的工人队伍四五十人，因为没有听到炮声，自动解散。浦东区因消息泄露，起义尚未发动时，领导人陶静轩、江元青等6人即被捕。南市区约有30多人袭击二区警署的一个派出所，但因其他地区的起义均已失败，区委立即通知他们"赶快停止行动"。钮永建的队伍在徐家江向高昌庙进发时，被警署发觉，立即逃散。埋伏在南洋大学的队伍，也因被发觉而逃跑。总之，这次起义，除了在南市闹了一下，其他各区都没有发动起来。在起义中牺牲的有上海总工会执行委员陶静轩（化名陶鑫元）和南市区工人自卫团指挥奚德尧（化名李古人）等10余人，被捕者百余。