针对国民党准备发动大规模反共军事行动，中国共产党领导解放区军民予以坚决反对和回击。陕甘宁边区军民严阵以待，延安各界紧急动员，进人战斗岗位，华北八路军主力一部调到陕北和晋西北，准备歼灭进犯的国民党军。7月5日，朱德致电蒋介石、何应钦、徐永昌等人，呼吁团结，避免内战，痛切指出，若发动内战，兵连祸结，则抗战之大业势将破坏，而使日寇坐收渔利。当天，八路军后方留守兵团主任萧劲光致电在陕甘宁边区周围驻军各将领，揭露国民党调动大批军队，准备进攻陕甘宁边区，重开内战的阴谋，呼吁团结，反对内战。7月8日，中共中央向各中央局、中央分局发出关于向国民党发动宣传反击的指示，指出国民党乘共产国际解散机会，准备以武力进攻陕甘宁边区；同时发动宣传攻势，以造成反共舆论。中央决定发动宣传反击，同时准备军事力量，粉碎其可能的进攻。要求各地在7月内先后动员当地舆论，并召集民众会议，通过要求国民政府制止内战，惩办挑拨内战分子之通电，造成压倒反动气焰之热潮，并援助陕甘宁边区之自卫斗争。7月9日，延安各界3万余人隆重举行纪念抗战六周年大会，通过《呼吁团结反对内战》通电，要求国民党立即撤退包围边区的军队，开赴抗日前线；惩办挑拨内战的特务机关；讨伐33个投敌将领；并提出坚持抗战，反对内战；坚持团结，反对分裂；坚持抗日民族统一战线，反对国民党调动河防部队进攻边区等14个口号。7月10日，陇东各界民众万余人召开紧急大会，誓以全力捍卫乡土。大会致电蒋介石、胡宗南，呼吁团结抗日，反对进攻边区，要求制止内战。11日，庆阳分区党政军万余人举行大会，游行示威，决心紧急动员起来，准备痛击顽固派的进攻。12日，《解放日报》发表毛泽东写的社论《质问国民党》，历数国民党顽固派破坏团结抗战的罪行，警告国民党顽固派必须立即撤退进攻陕甘宁边区的军队。13日，晋察冀边区军政民各界万余人举行制止内战挽救危亡大会，通电全国要求国民政府迅速制止挑动内战行径。14日，中共太行分局召开反对***内战挑拨分子、援助陕甘宁边区紧急动员大会。15日，晋冀鲁豫边区太行区2万军民举行反内战示威大会。新四军领导人也发表《告全军将士书》、《告华中根据地同胞书》，号召军民为坚持团结、坚持抗战而奋斗。
在中国共产党发动强大政治攻势的同时，国际舆论和国内中间势力及进步人士，纷纷指责和反对蒋介石发动大规模军事进攻，从而引起了国际上的普遍注意，美英要利用中国抗击日本，因此也不赞成国民党在这个时候发动大规模的反共行动。在这种形势下，蒋介石不得不下令胡宗南暂停进攻边区的军事行动。1943年9月，蒋介石在国民党五届十一中全会上声称，中共问题是一个纯粹的政治问题，因此应该以政治方法来解决。会议通过了《关于中国共产党破坏抗战危害国家案件总报告之决议案》，一面污蔑中共破坏抗战，危害国家，指责中共不遵守1937年9月22日发表的《中国共产党为公布国共合作宣言》中的4项保证；另一方面又被迫表示对中共以宽大容忍的态度，竭诚期待该党之觉悟。这样，国民党被迫停止了这次大规模的反共行动。
抢救运动
延安整风运动开始后，负责审干和反奸工作的中央社会部部长康生以"左"的思想和逼、供、信的做法，制造了一起又一起假特务案。1942年12月16日，康生在西北局高干会上所作的关于锄奸问题的报告中，夸大敌情的严重性和干部队伍不纯的情况，使审干工作一度偏离了正确的方向。从12月起，康生在西北公学搞了一个试点，制造了一个所谓的敌特案件，唧轰动一时的张克勤案件。
张克勤时年19岁，1937年在甘肃加入地下党，后经甘肃工委和林伯渠同意送延安深造，在社会部所属的西北公学学习。因其父亲在兰州被敌人逮捕自首，本人对领导提意见偏激，于是康生就将他看管起来，并从一开始就采用逼、供、信、车轮战等进行逼供，经过六天六夜的肉体折磨，张克勤被迫供出"甘肃党是红旗党、假共产党"的假口供，以便过关。康生利用这一案件，到处宣扬"红旗政策"是国民党对共产党内奸政策的新策略，从而得出在国民党统治区的党组织不可靠，必须重新估计的错误结论，并随即开展了大规模的追查，把来自甘肃、河南、湖北等地的地下党和进步青年中他认为可疑的人，捕押起来，审问逼供，搞出了所谓一批特务。
年4月3日，中共中央在《关于继续开展整风运动的决定》中认为，自抗日民族统一战线成立与我党大量发展党员以来，日寇与国民党大规模地施行其特务政策，我党各地党政军民等机关中，已被他们打人大批内奸分子，其方法非常巧妙，其数量至足惊人。因此，决定在整风运动的同时，进行一次普遍的审查干部运动，审查每一个同志的思想与历史，并对确有证据的内奸分子，开展群众斗争。随后，延安各机关、学校普遍开展了审干运动，方法由内部转为公开，即开展群众性的坦白行动。到7月初的短短3个月里，有400多人被迫交代了政治问题，有相当一部分人被迫承认自己是"红旗党"，是特务。7月1日，毛泽东写信给康生，要他在《防奸经验》第6期上刊登下列内容："防奸工作有两条路线。正确路线是：首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。错误路线是：逼、供、信。我们应该执行正确路线，反对错误路线。"但是，由于党中央对敌情估计过于严重，未能及时纠正审干运动中已发生的问题。7月15日，康生在延安中直机关大会上作《抢救失足者》的报告，强调清除内奸，是目前急不可缓的任务；认为还有一些失足的人至今没有向党坦白，他们要在这紧迫的时间中挽救自己，而共产党员们也要在这短促的时间内抢救他们。这样，康生就掀起了"抢救失足者运动"，大搞逼、供、信的过火斗争，10多天内搞出了大批所谓特务，造成了大量的冤假错案。据统计，在"抢救运动"中，延安各县共抓了2463个所谓特务，有的县外来的知识分子干部，几乎全部被打成特务。如子长县39个外来知识分子干部，有37个被打成特务，并被组成所谓国民党县党部。"抢救运动"使许多同志政治上、人格上受到侮辱，心灵上遭受创伤，肉体上遭受折磨，甚至自杀身亡。
中共中央、毛泽东及时发现了"抢救运动"的错误，并采取措施予以纠正。1943年7月30日，毛泽东指示停止"抢救运动"。8月15日，毛泽东起草了《关于审查干部的决定》，指出，这一次我党在整风中审查干部，并准备进一步审查一切人员，不称为肃反，不采取将一切特务分子及可疑分子均交保卫机关处理的方针，而采取首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众的方针，就是因为这是一个群众性的问题。上述首长负责的整个方针，是和内战时期曾经在许多地方犯过的错误的肃反方针根本对立的。这个错误方针，简单地说来，就是逼、供、信三字。审讯人对特务分子及可疑分子采用肉刑、变相肉刑及其他威逼办法；然后被审人随意乱供，诬谄好人；然后审讯人及负责人不加思索地相信这种绝对不可靠的供词，乱捉乱打乱杀。10月9日，毛泽东又明确指出："一个不杀，大部不抓，是此次反特务斗争中必须坚持的政策。"由于中共中央、毛泽东及时采取了一些措施，避免了更大的损失。
年12月，中共中央发出了一系列甄别工作的指示，决定进行甄别工作。随后，延安和各地区根据中央指示的精神，对受冤屈的同志进行甄别平反，赔礼道歉。毛泽东对反特扩大化承担了主要责任，进行了自我批评，并说："抢救运动的基本错误是缺乏调查研究及区别对待这两点。"中共中央实事求是的做法，得到了受害同志的谅解，他们愉快地接受党的派遣，投身到伟大的革命战争中去。蒋介石出任国民政府主席年12月，林森被推举为国民政府代理主席，1932年起任国民政府主席，为不负实际政治责任的政府首脑。抗日战争爆发后，林森随国民政府迁居重庆。1943年5月12日晨，林森准备接见外宾时，忽觉右肢屈伸不便，原定之外事活动被迫取消。迨至26日，心脏渐呈衰竭。29日，国民党中央常务委员会举行临时会议，决定修改《国民政府组织法》第13条，规定国民政府主席因故不能视事时，由行政院长代理。8月1日下午7时4分，林森在重庆山洞双河街官邸逝世。林森死前，留下遗嘱，勖勉国人一致服从蒋介石命令，努力奋斗，俾国族早日复兴；捐资50万元，资送研习自然科学学生出国深造。
林森死后，国民党中央常务委员会于8月1日晚11时举行临时会议，居正、丁惟汾、戴传贤、孔祥熙、于右任、叶楚伧、孙科、陈果夫、何应钦、李文范、张道藩等人出席。会议由居正主持，决定接受林森医护委员会历次会议决议案；为林森逝世，全国一律下半旗致哀3日；推居正、丁惟汾、戴传贤、孔祥熙、于右任、孙科、何应钦、叶楚伧、王宠惠、陈果夫、吴铁城、邓家彦、李文范、程潜、白崇禧为林森治丧委员会委员；选任行政院长蒋介石自即日起代理国民政府主席。8月2日，林森遗体大殓。8月7日，重庆各界公祭林森，国民党党政军各机关及各国驻华使节和民众团体与会。当天，桂林、成都、贵阳、长沙、兰州、洛阳等地亦举行公祭。8月15日，延安各界千余人也举行了公祭林森大会。
蒋介石代理国民政府主席后，并不满足于当一有名无实的国家元首。于是，1943年9月10日，国民党五届十一中全会修改《国民政府组织法》，规定国民政府主席及委员由国民党中央执行委员会选任；国民政府主席为中华民国元首，对外代表中华民国；国民政府主席为陆海空军大元帅；国民政府五院院长、副院长，由国民政府主席于国民政府委员中提请中国国民党中央执行委员会选任；国民政府主席对中国国民党中央执行委员会负责，五院院长对国民政府主席负责。9月13日，国民党五届十一中全会选举蒋介石为国民政府主席，孙科、居正、戴季陶、于右任、孔祥熙、叶楚伧、覃振、朱家骅、刘尚清为国民政府委员，通过蒋介石兼行政院长、孔祥熙为行政院副院长，孙科为立法院长、叶楚伧为立法院副院长，居正为司法院院长、覃振为司法院副院长，于右任为监察院院长、刘尚清为监察院副院长，戴季陶为考试院院长、朱家骅为考试院副院长。
蒋介石出任国民政府主席后，独裁统治地位进一步加强，集国民党总裁、国民政府主席、国防参议会议长、三青团团长、战地党政委员会主任、军事委员会委员长、行政院长、中国战区盟军最高统帅和中央、中国、交通、农民四行联合办事总处主席等要职于一身，不但掌握了国民党党政军特大权，而且控制经济、财政、金融各界，甚至社会团体、民间组织亦到处插手，成为共和政体掩饰下的最大独裁者。1943年10月10日，蒋介石正式就任国民政府主席。
国民党大批军政要员投敌
年初，汪精卫集团出逃、叛国投敌后，国民党河北省保安司令张荫梧提出"曲线救国"的谬论，诡称汪精卫不是汉奸，而是曲线救国。张荫梧提出"曲线救国"谬论后，蒋介石颇为欣赏，并像瘟疫一样在国民党官员和将领中蔓延，形成"叛将如毛，降官如潮"的丑恶局面。
年3月汪伪国民政府成立前后，汪精卫为扩展自己的军事势力，相继收买了若干游杂部队及"忠义救国军"，并在日本特务机关梅机关的撮合下，收罗了已经投敌，或是尚未投敌流落在北平、开封、上海、南京等地的原国民党军事将领，如刘郁芬、鲍文樾、郑天章、杨毓殉、富双英、刘培绪、张诚、胡毓坤等，并任命他们担任伪军事机构的要员。1941年2月15日，活动在苏北、扬州、泰州一带的国民党鲁苏皖边区游击纵队指挥部副总指挥李长江在泰州发表声明，宣布率部投敌。随李投敌的高级将领有第一、第二、第三、第四、第五、第七、第十纵队司令丁聚堂、颜秀五、张松山、何春林、陈才福、秦庆霖、范杰，共计3万余人。1941年4月，在苏北地区的国民党苏鲁战区第八十九军副军长兼第一一七师参谋长潘干丞、鲁苏联军西北集团军总指挥刘相图相继投敌。
太平洋战争爆发后，随着日军在战争初期的暂时优势，中国抗战面临着巨大的困难，客观上促使大批国民党军事将领投敌。1942年4月22日，曾任国民政府军事委员会委员、山东省政府主席，时任第三十九集团军总司令孙良诚，在鲁西南定陶、曹县地区，率第六十九军、第十三旅及特务旅共2.5万人投敌，随同投敌的高级将领有新编第六师师长王清瀚、暂编第三十师师长赵云祥、第一八一师师长陈光然、新编第十三旅旅长黄贞泰、特务旅旅长郭俊峰、冀察战区游击第一纵队司令丁树本、第二纵队司令夏维礼等。1943年1月28日，时任国民党苏鲁战区新编第一师师长兼第四师--师长吴化文发表通电，公开投敌。随其投敌的有新编第四师副师长于怀安、山东省保安司令部参谋长宁春霖、山东省政府保安第二师师长张步云等共4万余人。2月25日，国民党第一二八师师长王劲哉在湖北咸宁地区被俘投敌。
年4月16日，日军4万余人分路向太行山区的国民党第二十四集团军所属的新编第五军、第二十七军、第四十一军发动全面进攻。24日，新编第五军军长孙殿英被俘，被解往新乡日军司令部，旋即发表通电，宣布投敌。5月10日，国民党中央监察委员、河北省党部主任委员、河北省政府主席、冀察战区副司令长官兼第二十四集团军总司令庞炳勋在山西陵川地区作战被俘，率部7万人投敌。随庞炳勋及孙殿英投敌的该部将领有第二十四集团军参谋长赵星彩，第一。六师师长李震汾，冀察战区挺进第四纵队司令侯如墉、副司令于光辉、参谋长李志希，新编第五军副军长杨明卿、参谋长冯养田，暂编第三师师长杨克友、副师长王遂庆，暂编第四师师长王廷瑛、副师长王瑞亮等。6月6日，国民党鲁苏战区鲁南指挥部总指挥荣子恒率所部第一一二师及第三三四旅投敌。