为了解中共并与中共建立联系，1944年1月15日，戴维斯上书美国政府，陈请尽快与中国共产党建立联系。2月9日，罗斯福通过史迪威转告蒋介石，正式提出派遣美国军事代表团的要求，遭到蒋的拒绝。3月22日，罗斯福再次致电蒋介石，提出派遣美军代表去延安的要求。在罗斯福的压力下，蒋介石不得不表示同意，但在执行时，却以种种理由拖延。7月26日和8月7日，美军观察组分两批到达延安。美军观察组在延安和晋绥、晋察冀等根据地进行了访问和考察，对中国共产党领导的抗日武装和人民政权有了比较直观的认识。1944年11月7日，戴维斯致信罗斯福，称共产党的政府和军队是中国近代史中第一次受有积极的广大人民支持的政府和军队，他们经历了不只是比中央政府军队所曾受的更大的压力，并且也经历了蒋介石军队的严密封锁；他们生存下来了，并且壮大了。
年4月，日军发动豫湘桂战役后，国民党军队兵败如山倒。对此，美国政府极为焦虑和愤怒。史迪威乃向美国陆军参谋长马歇尔建议，剥夺蒋介石指挥中国军队的权力，将指挥权交给他。7月7日，罗斯福鉴于中国军事形势告急，致电蒋介石，称中国的情况非常严重，如不采取果断而适当的措施，将会遭到严重的挫折。建议蒋介石将史迪威自缅甸召回，统率中美一切军队，授以全责与全权，以阻止敌军的深人。罗斯福还决定将史迪威提升为上将，以提高他的威望。对此紧急建议，蒋介石一方面采取拖延战术，一方面迁怒于史迪威。7月8，日，蒋介石复电罗斯福，认为这一建议匆匆付诸实施，不仅对战局无帮助，亦会引起误会和}昆乱，有损中美合作。希望罗斯福派一个人代表，授予他全权，与其合作，并调整蒋介石与史迪威的关系。7月13日，罗斯福再次致电蒋介石，敦促其采取一切步骤为史迪威尽早承担指挥权铺平道路。蒋介石一方面采取拖延战术，一方面密电孔祥熙向罗斯福进言，史迪威今已控制中国全部租借物资，若再统率中国全部军队加上装备中共，后患不可测。7月23日，蒋介石向罗斯福提出史迪威担任新职务的三个条件：（1）中国共产党不得处于史迪威权力之下，一直要到他们同意服从中国政府的行政和军事命令时才行；（2）明确规定史迪威的职责、权力、名义和对大元帅的关系；（3）租借法案安排下的一切军事供应物资的分配和处理，完全归于中国政府或其总司令权力之下。针对蒋介石的态度，罗斯福一方面表示让步，派赫尔利来华协调史迪威与蒋介石的矛盾，一方面于8月23日再次敦促蒋介石尽快任命史迪威统率中国军队，如再延误，对扭转中国战局、对盟国早日打败日本的计划来说，都是悲剧性的军事灾难。9月18日，罗斯福口气强硬地要蒋介石授予史迪威不受限制的指挥中国所有军队之权力。
月6日，赫尔利抵达重庆。8日至12日，赫尔利与蒋介石及中方代表会谈，就史迪威的职务名称及职权范围达成协议：史迪威的职务为中华民国陆空军前敌总司令，受最高统帅（委员长）之命令，商承军事委员会之同意，指挥中国陆空军对日作战。与此同时，蒋介石要求将在缅甸的远征军调回昆明、租借物资由中国控制，史迪威与蒋介石的矛盾再一次激烈化。面对罗斯福的压力，蒋介石不得不摊牌。9月24日，蒋介石告诉赫尔利，已决定要求召回史迪威。9月25日，蒋介石以备忘录送赫尔利并转电罗斯福，称史迪威在华两年间，对于中美合作极少贡献，拒绝予史迪威以指挥全部中国军队之重任，并请派人接替史迪威。赫尔利在与蒋介石接触后，也渐渐支持蒋介石的主张，史蒋纠葛胜利的天平开始倒向蒋介石方面。当天，赫尔利致电罗斯福，认为如支持史迪威，势必失去蒋介石，中国的抗日力量亦将随之消失，因此应立即调回史迪威。
月6日，罗斯福复电蒋介石，同意解除史迪威中国战区参谋长之职，不再令其负责有关租借物资事宜，但中国驻印军与远征军之训练指挥，仍由史迪威管理。针对罗斯福不同意马上召回史迪威的态度，10月9日，蒋介石再次致电罗斯福，坚决拒绝给予史迪威以任何中国军队的指挥权。当时，罗斯福正忙于四任总统的竞选工作，不愿与他一手扶植、塑造的四大国之一的中国决裂，权衡再三，下定了撤换史迪威的决心。10月14日，蒋介石建议在帕资、魏德迈、顾律格三人中选一人为中国战区参谋长。18日，罗斯福致电蒋介石，决定正式召吲史迪威。19日，赫尔利向蒋介石转达罗斯福18日电报："余现在颁发命令，将史迪威自中国战区召回，及指派魏德迈。目下美国驻中、缅、印战区应分二——中国为一方面，印缅为另一方面。印缅区由索尔登中将指挥，中国区由魏德迈指挥。陈纳德将军之第十四航空队仍留中国，受美军司令魏德迈之指挥。"20日，蒋介石复电罗斯福，同意魏德迈任中国战区参谋长。当天，蒋介石派员向史迪威授予青天白日勋章，遭到史迪威的拒绝。下午，史迪威由赫尔利陪同向蒋介石辞行。当天，史迪威又向宋庆龄告别，并电告朱德，以不能共事为歉。10月21日，史迪威悄然飞离重庆，11月2日回到美国。10月21日，美国政府任命魏德迈为美军中国战区司令兼盟军中国战区总司令蒋介石的参谋长。史迪威被召回国，表明美国对华政策发生重大改变，决心支持蒋介石在战后中国的统治。
新疆三区革命
盛世才在新疆实行反动统治后，新疆各族人民进行了反对盛世才的斗争。1940年和1941年，柯克托海（富蕴县）人民曾经发动两次武装起义，虽然最终以失败告终，但他们迅速把斗争区域转向额尔齐斯河上游。1942年，阿山哈萨克族人民在反抗斗争的基础上，建立了阿勒泰哈萨克民族复兴委员会，提出"打倒盛世才政府"口号。1943年初，起义军向乌河盛世才军队总指挥部发动进攻，几乎将那里的盛军全部歼灭。4月，起义军攻克了青河，并向阜康、奇台、孚远、乾德、昌古等县进攻，各地哈萨克族人民纷纷响应。这些起义，为新疆三区人民起义奠定了基础。
年，盛世才的新疆省政府改组，国民党省党部与县党部也纷纷建立，国民党军队则源源开进新疆，这一切使新疆各族人民增加了巨额的负担。1944年3月，新疆省政府强令新疆人民为国民党军队捐献1万匹骏马，如不能交纳马匹，则每匹马就要折交新疆币700元，这个价格，较当时市场上的马价高出一半。这一野蛮掠夺的主要受害者是伊犁、塔城、阿山三区的牧民，因而激起了他们的强烈不满。1944年9月2日，尼勒克县哈萨克、维吾尔族人民发动了反对献马的武装起义，至10月8日，起义部队攻人尼勒克县城，占领警察局，歼灭了驻扎该地的国民党军队。
尼勒克县人民武装起义，成为新疆三区革命的第一声号角。起义军攻克尼勒克县城后，吸引伊宁市内国民党军队东向移动，为伊犁地区人民起义创造了极为有利的时机。11月7日黎明，伊宁市民众发动武装起义，包围了专员公署和警察局。9日，占领电厂及国民党军重要据点，切断通往伊宁之要道果子沟。10日，起义部队控制了整个伊宁市，11日，占领伊宁市西的绥定、霍城等县。12日，起义部队代表在伊宁召开会议，成立了伊犁、塔城、阿山三区临时革命政府。11月，起义部队继续攻占绥宁、宁西、霍城、温泉、博乐、惠远等县。1945年1月，又歼灭了在艾林巴克负隅顽抗的国民党残余军队。至此，起义部队控制了伊犁全境。
年1月5日，临时革命政府颁布了施政纲领。3月8日，临时革命政府将分散在各地的起义部队1万余人组成正规的革命武装部队——民族军，并制定了解放伊犁、塔城、阿山的军事计划。从5月份开始，民族军向国民党新疆政府发动了声势浩大的军事进攻。北路民族军在北疆人民的配合下，于6月攻下额敏，7月直捣塔城，9月占领阿勒泰，塔城地区全获解放，至此，伊犁、塔城、阿山三区连成一片。中路民族军于6月攻占乌苏、精河，并乘胜直抵玛纳斯河西岸，新疆省政府危在旦夕。国民党军炸毁了玛纳斯大桥，逃往迪化（今乌鲁木齐），民族军屯兵于玛纳斯。南路民族军两次包围阿克苏，两度占领拜城、温宿。在民族军军事上取得重大胜利的情况下，1945年9月，各地起义代表在伊宁召开会议，改组临时革命政府，正式组织了伊（犁）塔（城）阿（勒泰）三区革命政府。
抗日战争胜利后，蒋介石派张治中赴新疆和平解决新疆问题。从1945年10月17日开始，新疆三区革命领导人派出以阿合买提江为首的三人代表团，与张治中等在迪化举行和平谈判。1946年1月2日，张治中与阿合买提江在迪化签署了《中央政府代表与新疆暴动区域代表之间以和平方式解决武装冲突之条款》11条及关于省政府组成问题的附文一。主要内容为：3个月内各县选出县参议会，并由此选出县长和省参议会；扩大省政府委员会，容纳各民族及各方人士；准予组织民族军队，骑步兵各3个团，总数为1.2万人，分驻三区各地，国民党军队不和民族军驻扎一起；人民有宗教信仰、出版、集会、言论的自由等。6月18日，新疆省政府改组，新疆联合政府成立，张治中兼主席，阿合买提江任副主席。新疆出现了暂时的和平局面，张治中释放了被盛世才逮捕入狱的120多名共产党员，并派人护送到延安。