蒋介石发动全面内战后，新疆警备司令宋希濂伙同大土耳其分子麦斯武德制造白色恐怖。1947年2月25日，宋希濂、麦斯武德等人在迪化组织反对和平条款的游行，并图谋杀害三区革命领导人。5月，新疆省政府改组，麦斯武德出任主席，并发动反革命武装叛乱，制造反苏反共的北塔山事件。三区革命代表愤而退出所谓的联合政府，并于8月1日在伊犁成立保卫新疆和平民主同盟；阿合买提江出任主席。三区人民在阿合买提江领导下，打退了叛军和国民党军队的进攻。
年1月，随着国内革命形势的发展，国民党在新疆的统治岌岌可危，被迫再次改组新疆省政府，成立以包尔汉为首的新政府，为支持三区革命及和平解放新疆提供了条件。1949年8月27日，阿合买提江等5名三区革命的领导人，在飞赴北平参加中国人民政治协商会议的途中遇难。9月25、26日，陶峙岳、包尔汉先后发表起义通电，新疆和平解放。12月9日，三区革命武装部队民族军到达乌鲁木齐与人民解放军会师，并被改编为第五军。12月17日，新疆省军区和新疆人民政府成立。
汪精卫病死
11月1日，国民党四届六中全会开幕。汪精卫在致完开幕词后，去会场外合影时遇刺，身中三弹，左颊、左臂及背肋三处受伤。经南京中央医院和上海德国诺尔医生的治疗，左臂及左颊子弹相继取出，但背肋处子弹因夹于四五根肋骨之间，又紧靠脊椎，手术困难，且有造成瘫痪的危险，因而未敢施行取弹手术，仅以保守疗法消炎止痛。时间一长，引发脊骨瘤，并伴有高烧，成为埋在他身上的定时炸弹，时刻威胁着他的生命。
汪精卫公开叛国投敌后，为了替主子卖命，可谓是鞍前马后操尽了心机，从而引发了病情的加剧。1943年9月18日，汪精卫高烧至38.7℃，经过治疗，体温稍降。恰在此时，日本为实施对重庆国民政府的诱降工作，急命汪精卫赴日。在这种情况下，汪精卫抱病于21日飞赴日本，频繁与日本军政首要接触。11月1日，汪精卫在参加大东亚会议时，向东条英机呈请派医生到南京为其妻陈璧君检查身体。11月13日，日本东北帝国大学内科病专家黑川利雄到南京，在为陈璧君检查身体时，也为汪精卫作了检查，发现背部子弹伤了骨头，并建议暂时不取出子弹为好。但汪精卫由于疼痛难忍，又请南京陆军总医院军医部长桃井和院长后藤诊治，认为以取出子弹为好。12月19日，汪精卫进行了取弹手术，且复元很快。但这只不过是临死前的回光反照。1944年1月9日，汪精卫病况突变，体温达38℃，且持续不退，两腿麻木，卧床不起，经日军南京医院诊治无效，只好再请已回国的黑川利雄再来诊治。黑川利雄来南京后，发现汪精卫子弹取出后，患的是脊骨瘤，脊椎骨压迫神经，造成下肢高度麻痹和周身疼痛，因此，单纯依赖药物难以治疗，惟一办法是再次施行手术，并建议汪精卫去日本医治。3月3日，汪精卫再次赴日施行手术，他自知时日不多，临行前留下手谕，交代后事："铭患病甚剧，发热50余日不能起床，盟邦东条首相派遣名医来诊，主张迁地疗养，以期速痊。现将公务交由公博、佛海代理，但望速速痊愈，以慰远念。兆铭。"汪精卫就医于名古屋帝国大学医院。1944年3月4日，帝大医院为汪精卫再次施行手术，由日本神经外科泰斗斋藤真主刀，实行椎弓切除术，由背部开刀，深入及前胸，切除胸骨三四片，历时一小时。手术中汪精卫的两腿知觉有所恢复，对于温热和触摸能作出反映。为了挽救汪精卫的生命，日本方面组成了代表当时日本最高医疗水平的治疗班子。但汪精卫患的是不治之症，他的命运与日本和南京伪国民政府命运一样，朝不保夕。此后，汪精卫病况时好时坏。9月初旬以来，汪精卫时发咳嗽；9月下旬及10月下旬，体温持续上升，一直靠注射强心针维持生命。11月10日上午6时，病状剧变，体温高至40.6℃，脉搏增至每分钟128次，食欲全无，呼吸困难，渐入危笃状态。下午4时20分，汪精卫毙命于名古屋帝国大学附属医院。
汪精卫之死，对日本帝国主义来说是一个不小的打击。日本政府决定将汪精卫的尸体运回南京。11月12日，陈璧君及其子女和汪伪国民政府行政院秘书长周隆庠等护送汪精卫尸体回国，日本首相小矶国昭、大东亚相重光葵、藏相石渡庄太郎、前首相近卫文磨及东条英机、陆军次长柴山兼次郎等前往机场送灵。飞机抵达南京后，陈公博、周佛海等伪国民政府要员前往机场接灵，随将汪精卫灵柩送往伪国民政府大礼堂。当天，伪国民政府成立了以陈公博任委员长，褚民谊、周佛海任副委员长的哀典委员会。J3日，举行人殓式。11月18日，伪中央政治委员会通过决议，称汪精卫之遗嘱，愿葬于广东，故已在广东白云山下，择定葬地，候全面和平实现后，再奉行国葬。23日，汪精卫灵柩葬于南京明孝陵前梅花山。移灵时，由伪湖北省长杨揆一宣读祭文；安葬时，由伪安徽省长罗君强代读安葬祭文。1946年1月21日夜，南京国民政府陆军总司令何应钦令第七十四军指挥工兵部队将汪墓炸毁、尸体火化。
汪精卫死后，陈公博便成为伪国民政府的头号人物。早在1943年12月汪精卫施行取弹手术时，就曾手令陈公博代行军事委员会委员长职，负责军事；周佛海代行行政院长职，负责政治。1944年3月22日，伪中央政治委员会临时会议决定，在汪精卫赴日治疗期间，伪国民政府主席一职由伪立法院院长陈公博代拆代行，伪最高国防会议、伪中央政治委员会会议、伪军事委员会常务会议均由陈公博主持；伪行政院事务、伪全国经济委员会事务由周佛海代拆代行。汪精卫死后，1944年11月12日，伪中央政治委员会召开紧急会议，推选陈公博为伪行政院院长、代理伪国民政府主席并兼任伪军事委员会委员长及新国民运动促进委员会、经济委员会委员长。18日，伪中央政治委员会举行会议，调整伪国民政府人事，决定梁鸿志为伪立法院长，顾忠琛为伪监察院院长、徐苏中为副院长，周佛海为伪军事委员会副委员长，周隆庠为伪国民政府文官长。11月20日，陈公博就任伪行政院院长、代理伪国民政府主席。至此，陈公博成为伪国民政府的头号人物。
中国陆军总司令部成立
为策应盟军对日军发动海陆大反攻，统一西南地区各部队的指挥和整训，蒋介石根据中国战区参谋长魏德迈的建议，决定建立中国陆军总司令部。1944年12月25日，中国陆军总司令部在昆明成立，总司令由参谋总长何应钦兼任，副总司令为龙云、卫立煌，参谋长为萧毅肃。
中国陆军总司令部成立时，辖有远征军卫立煌部，黔桂湘边区汤恩伯部，第四战区张发奎部，滇越边区卢汉部，加上杜聿明、李玉堂两个集团军，共28个军86个师，其他特种部队尚不在内。其序列如下：第一方面军，司令卢汉，辖第十六、第二路、第二十二军及直属暨特种部队；第二方面军等，司令张发奎，辖第四十六、第六十四、第六十二军；第三方面军，司令汤恩伯，辖第二十七集团军（辖第二十、第二十六军）、第九十四、第十三、第七十一军及特种部队；第四方面军，司令王耀武，辖第七十三、第七十四、第一○○、第十八军；昆明防守司令部，司令杜聿明，辖第五、第八军及直属部队；总部直辖部队包括第五十四，第六、第二、第五十三军；地方绥靖部队，包括第二十四、第五十六、第九十五、第十四军；军事委员会直辖部队，包括第七十九、第七十六、第六十九军。之后，中国陆军总司令部又设立了汉中行营、东南行辕、成都行辕、西昌行辕。1945年3月2日，中国陆军总司令部奉令裁撤远征军司令长官部、第四战区司令长官部、黔桂湘边区总司令部、滇越边区总司令部，与第一、第九、第十一、第十六、第二十、第二十四、第三十五等集团军番号及第十集团军副总司令部；任命卫立煌为中国陆军副总司令，卢汉、张发奎、汤恩伯、王耀武为第一、第二、第三、第四方面军司令官。到1945年4月，中国陆军总司令部辖有第一、第二、第三、第四方面军及昆明防卫司令部等；汉中行营辖第一、第五、第十、冀察战区及第二十八集团军等部；东南行辕辖第三、第七、第九战区及第二、第六、第八战区，中国驻印军、重庆卫戍部队；加上昆明行营、成都行辕、西昌行辕、绥靖部队、军事委员会直辖部队，中国陆军总司令部共辖有106个军。
年8月5日，中国陆军总司令部由昆明迁驻柳州，另于南宁设置指挥所。日本宣布无条件投降后，蒋介石于8月16日电令陆军总司令何应钦全权处理受降事宜，并通令全国各行营、各行辕主任、各战区司令长官，听候何应钦指挥。中国陆军总司令部在接受日本投降方面做了不少工作。1945年9月5日，在芷江成立党政接收计划委员会，何应钦兼任主任，谷正纲、萧毅肃兼任副主任，秘书长为李惟果。下辖党团、经济、内政、交通、财政、外交6组。该会为中国陆军总司令部幕僚性质之机构，并以陆总命令行之，具体负责起草陆总接收计划委员会组织规程，收复地区日伪各项组织事业财产接收通则、日人在华私人产业处理、日俘、日侨管理、清查隐藏日伪财产及军用品、日伪仓库物资接收处理等项事宜。9月8日，党政接收计划委员会迁至南京正式办公。中国陆军总司令部在接受日军投降的同时，指挥国民党军队抢占胜利果实，为发动反革命内战犯下了滔天罪行。