赣、粤两督的罢免，使革命党内武力讨袁的呼声高涨。黄兴着手规划倒袁的实际布署。他把行动的方向定在湖北。湖北著名革命党人詹大悲、王宪章、季雨霖、王华国、熊炳坤等在黄兴支持下，纷纷回鄂运动，前军务司长蔡济民也密谋内应。黄兴又派宁调元、熊樾山前往联络，敦促起义。正当湖北革命党人广泛联络，准备起兵之际，先前发动上海制造局之役的柳人环、文仲达、卢汉生被解赴湖北，并于6月23日转解北京。途中，文仲达变节招供："起义机关在汉口《民国日报》馆。"24日，黎元洪饬令军警会同法租界巡捕查封《民国日报》馆，搜获文件布告多件，逮捕曾毅等4名报馆编辑。负责起义全局的詹大悲，看到机关被破，急令起义部队于25日夜于南湖集合暴动。但还没发动便流产了。翌日，宁调元、熊樾山在汉口德租界被黎的军警会同德租界巡捕逮捕。是日晚，詹大悲鲁莽行动，到处派人纵火，但一事无成。仅驻扎天门、潜江一带的章裕昆一营于25日夜如期起义，因孤立无援而溃散。事后，黎元洪大肆搜捕、屠杀。湖北革命党人被摧残殆尽。
月底，孙中山由港回沪。此时，各省的空气依然沉闷。孙中山召集军事会议，力促陈其美在上海独立。章梓在南京倡议，派朱卓文前往南京运动第八师的营连长赞成起兵。但谁也不敢先发。于是，孙中山、黄兴宴请李烈钧，动员江西起兵发难。席间，李"意气自豪，谓各省如能响应，赣事尚可为。中山极力怂恿，并以南京情形告之，李遂告奋勇"。当时，江西第一旅旅长林虎派团长李思广到上海向李烈钧及在沪的革命党人汇报了江西军队斗志高昂的情况，李烈钧决心发难。他令李思广赶速回报："皖、宁、湘、粤均倚戈待命，若吾赣发难，一星期间各省即可响应，并出援军。"并密电赣中将领准备起兵。
当革命党人准备发动二次革命之际，袁世凯也在积极布署兵力，抢占江西的战略要地。7月5日，北洋军队在李纯率领下，开赴九江，与林虎所部仅距数里，南北两军虎视眈眈，战事一触即发。7月6日，袁世凯又派兵南下进驻上海制造局，在南方腹地插进一把尖刀。
决战即将来临，但革命党人还没有统一的作战计划和统一的指挥。本来，赣、皖联盟反袁，但柏文蔚认为大势已去，意志消沉。6月30日，袁世凯任命柏为陕甘筹边使，解除了他的安徽都督职务，任命孙多森为安徽民政长兼署安徽都督。柏拒绝了新任。安徽革命党人要求柏即时起义，他没有同意，也未赴沪参加军事会议。上海革命党人派龚振鹏回安徽策动反袁。7月6日，孙多森到安庆上任，安徽革命党人策划杀孙未成。柏文蔚竟在临战之际，于7月10日由安庆赴南京，"闭门谢客，藉以休息"。
月8日，李烈钧悄然抵达湖口，部署起兵事宜。但无法掌握他的基干部队。他的有战斗力的老部队，即一师二旅三团当时被分割部署在九江、南昌两地，且被敌牵制，无法运动，他只能以九、十两团为基干力量。又调集辎重、工程两营，以湖口为基地，设立讨袁军司令部。9日晚，李烈钧电告欧阳武及江西各机关，"鄙人免官赴沪养疴，忽闻北军人赣，愤不欲生，现已回赣效力"。欧阳武竟严词答复："此间皆不主战，请君速速返沪。否则，武即会同北军夹攻湖口。"并派代表三人劝李离境。李对代表说："烈钧亦知南雷（欧阳武字南雷）素主和平，但烈钧已到此，决无返沪之理。请为南雷言，好则回头见，否则来生见可也。"李烈钧以生死的抉择示意欧阳不得阻挠起义。
日，李纯得悉李烈钧已占领湖口。十一混成旅旅长马继增急报林虎正向九江开进，要求通过北军防地。李纯向京、鄂急电请援，袁世凯遂命黎元洪调拨海、陆各军迅速增援，令欧阳武"严束所部，勿受乱徒指挥"。欧阳武得悉李烈钧执意讨袁，企图调集两团兵力进攻湖口。但军队已不听他指挥，他的部下原是李烈钧旧部，支持革命。江西革命党骨干分子俞应麓控制了南昌的局面。欧阳武于11日晚上召集民政长、各司司长、都督府顾问、各报馆主笔、各公团各党派领袖开会，宣布已无调遣军队的能力，提出辞职，大家要他维持南昌秩序，才勉强留了下来。
同日，李烈钧密电委任林虎为讨袁军左翼司令，指挥一、二、七团攻击沙河、十里铺一线北军；任命方声涛为右翼司令，指挥三、九、十团攻击九江城南金鸡坡炮台北军；任命何子奇为湖口守备司令。当晚，林虎向所部下达了攻击令。12日拂晓，林虎所部向沙河北军侧翼发起猛攻，林军另一支向十里铺前进，企图包抄敌军。二次革命战争终于打响了。
在湖口，李烈钧令要塞鸣炮，宣布独立，并发布讨袁檄文，谴责袁世凯"乘时窃柄，帝制自为，……近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托"，号召"我国民宜亟起自卫，与天下共击之"。7月13日，江西省议会开会，推举李烈钧为讨袁军总司令，欧阳武为都督，贺国昌为省长，俞应麓为兵站总监。唯欧阳武称病不出。这样，江西首先举起了讨袁大旗。7月15日，黄兴在南京独立，18日，陈炯明在广东独立。随后，陈其美在上海攻江南制造局，福建许崇智、湖南蒋翊武和重庆熊克武亦率部分军队独立。袁世凯以江西、南京为进攻重点。江西方面，湖口的讨袁军，遭北洋军的水陆夹攻，于7月25日败退。8月18日北洋军攻陷南昌，占领江西。9月1日，袁军张勋部攻占南京。上海的陈其美等已在8月13日弃吴淞炮台而去，安徽的柏文蔚也被袁军所逐。随后，其他各地相继取消独立，不到两个月的"二次革命"归于失败。袁世凯乘军事胜利，解散国民党，孙中山再次逃亡日本。
民义社反袁
民义社是在袁世凯帝制自为的时期，流亡日本东京的革命党人组织的秘密反袁团体，以湖南人居多。1913年底，以湖南革命党人王道、邹永、刘白等为首组成民义社，以"恢复真正共和，殄除国贼，制造良善宪法，保存固有领土"为宗旨。该社不设首领，只设正、副理事二人主事，党务分总务、财政、军事、外交、文事五股，孙中山曾想将该社变成中华革命党湖南支部，派人进行会商。但因计划不合，该社不肯人中华革命党，但两党党员却有交叉。
年春民义社党人李国柱毁家纾难，联络同志运动军队，号召反袁。6月14日，该社发动郴、桂起义，树起讨袁大旗。义军先后攻取桂阳、宜章、临武、永与、末阳、嘉禾等县，声威大振。袁世凯连忙调集广东、江西、湖南各省兵力合围，义军与袁军展开激战。坚持月余，终因孤军奋战，寡不敌众而失败，该社党人有几十人殉难。同时，该社王道、刘国春等人设在湘潭太和栈的秘密起义机关也被袁的密探侦破，党人遇害者先后达200余人，损失惨重。
民义社受挫后，王道、李国柱等人汇，聚上海伺机起义。因起义力量不足，他们决定赶制炸弹，遣党人到各省实行暗杀，但暗杀很难成功。执行暗杀工作的党人多因事泄而牺牲。但民义社并不气馁，反袁斗志更高。一些志士纷纷加入民义社，该社的力量有所壮大。
年初，日本利用袁世凯想称帝的心理，提出了灭亡中国的《二十一条》。民义社在上海与另一革命团体少年再造党卢佛眼等人联合发起救亡会，抵制日本的侵略要求。5月，创办《救亡报》，发布《告国人书》，揭露袁世凯卖国求荣的嘴脸，鼓吹欲救国亡，在速倒袁，反响强烈。袁世凯对民义社恨之入骨，派人强行封闭了《救亡报》社。帝制丑剧公开上演后，民义社决心在上海举事，反对帝制复辟。9月10日，该社派党人炸毁袁世凯爪牙设在上海的专门鼓吹帝制的御用报纸《亚细亚报》报馆，并遣党人突袭闸北警察署，击毙警察4名，革命声威大振。不久，护国战争在云南爆发。该社党人决定重返湖南起义，驱逐祸湘袁党汤芗铭，配合护国军的入湘战略。欧事研究会对民义社义举大力支持，资助其开展革命活动。
年2月21日，民义社杨王鹏、金东舒等人率义军在长沙发难，攻打汤芗铭的都署，攻至辕门展开激战。由于民义社原来运动的军队突然倒戈，反过头来助汤军攻打义军。该社党人惊慌失措，起义失败，杨王鹏等数十人殉难。4月15日，民义社党人彭泽鸿、彭达等在平江县举事，攻占了县署。湖南各地的民义社党人纷起响应，数日之间反袁倒汤的斗争烽火遍布湖南。汤芗铭躲在长沙城固守待援。此时护国战争已全面爆发，各路护国劲旅驰骋疆场，打得北洋军招架不住，无力派军队到湖南为汤解围，汤芗铭变换花招假装同情护国，对外宣布湖南独立，借以托延时间，观战待变。民义社党人借机运动湘中反汤的军人逼迫汤去职离湘，但汤仍赖在湖南不走。形势对汤愈加不利，外有程潜所部护国军与汤军战于湘潭道林，内有各路民军"驱汤出湘"的斗争，汤芗铭已无机会东山再起，7月6日，汤乘夜色匆忙遁逃出境，湖南战事遂告完结。民义社为驱汤奋战半年，牺牲惨重，但驱汤出湘获得成功。
民义社革命党人沿袭过去单纯军事冒险的方法举行暴动，缺乏广大民众的支持，在对袁斗争中损失惨重，并未取得大的成果，但他们忧国忧民，反对帝制和拥护共和的斗争精神是值得赞扬的，不屈不挠的革命意志是值得钦佩的。他们组织的湖南起义，也为护国战争的胜利作出一定的贡献。
二次革命
3月袁世凯制造的暗杀宋教仁案件，使原来对袁世凯怀抱幻想的资产阶级革命党人受到了血的教训，很多人开始从"议会政治"、"政党内阁"的幻梦中惊醒过来。诚如宋教仁被刺前所说："脱（若）不幸而余被刺死，或足以促进吾党之奋斗，而缩短项城（即袁世凯）之命运。"最先觉悟的是孙中山，他在日本得知宋被刺后，悲愤异常，立即返国，26日到达上海，当晚即与黄兴等召开紧急会议，商讨对策。孙中山认为："袁氏将拨专制之死灰，而负国民之付托"，"宋案证据确凿，人心激昂，民气奋发，正可及时利用"，力主武力讨袁。并提出"联日"、"速战"的主张，打算在广东、福建、江西、湖南、安徽五省同时起兵，先发制人，推翻袁世凯的反动统治。以黄兴、陈其美为代表的部分国民党领导人则认为，革命党方面"武力不足恃，苟或发难必致大局糜烂"，"民国已经成立，法律非无效力"，所以坚持听候法律解决。还有的国民党人主张对袁世凯须"以其制人之道，还制其人之身"，即"欲以暗杀袁世凯，省事免牺牲"。国会中大部分国民党议员则主张联合进步党人，依据法律，进行倒袁活动。双方争论激烈，孙中山反复说明："袁世凯是总统，总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者，只有武力。"但拥护孙中山武力倒袁主张的只有江西都督李烈钧等少数人。
正当国民党内部争论不休之际，袁世凯积极筹备军力，决定与国民党兵戎相见。为了筹集战费，未经国会正式讨论，即于4月26日，也就是"宋案"公布的当天夜里，袁世凯政府与英、法、德、日、俄五国银行团签订了条件极为苛刻、数额为2500万英镑的所谓"善后大借款"，在财政上得到帝国主义的大力支持。5月1日，任命段祺瑞为代理内阁总理，确立"战时内阁"体制。6日，下达"除暴安良"令，矛头直指国民党。6日和15日先后召集紧急军事会议，确定了对国民党控制的湘、赣、皖、苏四省用兵计划，决定以段芝贵为第一军军长，率第二、第六两师及毅军驻豫、鄂边界，进攻江西，并防制湖南；以冯国璋为第二军军长，率第三师及张勋、雷震春、倪嗣冲各部，分别由津浦路与河南两路向苏、皖推进。同时，袁世凯还从政治上进一步集结反革命势力，从善后大借款中拨出160万元作活动经费，促成拥袁的共和、民主、统一三党联合，以集中力量对付国民党。5月29日，三党正式合并，拼凑成以黎元洪为理事长，梁启超、汤化龙、张謇等为理事的进步党，在国会中与反袁的国民党相对抗。在完成上述一系列反革命部署后，袁世凯正式与国民党摊牌，于5月21日，发出"传语国民党人"的最后通牒："现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人付托之重，不能以四万万人之财产生命听人捣乱。自信政治、军事经验、外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！"在袁世凯的猖狂进攻面前，国民党内部仍不能形成统一意见。对于非法的"善后借款合同"，举国哗然，纷纷反对，而部分国民党领导人仍然幻想依靠国会、依恃法律解决。孙中山则认为，在袁世凯的淫威之下，"国会乃口舌之争，法律无抵抗之力……欲求解决之方，惟有诉诸武力而已矣"。但这个正确意见竞不能为多数国民党人所接受。在国民党主持的南方各省实力派当中，除江西都督李烈钧支持武力讨袁政策外，其他各省意见纷歧，莫衷一是：湖北虽称首义之区，但已为黎元洪所把持，黎甘心附袁，成为袁世凯发动反革命内战的帮凶；湖南都督谭延闽"态度游移畏葸，军队亦不和"；安徽都督柏文蔚态度与谭延闽接近，部下也不一致；南京方面自留守府撤销后，江苏都督程德全"以依违两方为务"军队中，中下层军官较积极，上层多采取观望态度；广动都督胡汉民与陈炯明争权，内部不和，力主法律解决。万般无奈，孙中山只好以个人名义，命广东都督胡汉民首先发难，在广东宣布独立，胡以"时机未至"拒绝；又命陈其美在上海宣布独立，陈则以"上海地小，难与之抗"为理由，不能赴命。孙中山非常气愤，想亲自到广州主持武力讨袁，又被党内同志阻止。由于国民党内在讨袁问题上步调不一，举棋不定，一误再误，以致错过了发动讨袁战争的良好时机，造成军事上的被动局面。