在国民党与袁世凯对峙之际，一批旧立宪党人，如张謇、赵凤昌；接近国民党的旧官僚，如岑春煊、李经羲、伍廷芳、王芝祥；已投靠了袁世凯的老同盟会员，如汪精卫、孙毓筠、胡瑛；以及一批颇具影响的知名人士，如谭人凤、蔡元培、章士钊等，曾试图进行"调解"。5月4日，谭人凤、岑春煊、王芝祥等10人致电袁世凯，提出引渡洪述祖、赵秉钧出庭对质；大借款提交国会通过；政府不得干涉宪法的制订等项作为"南北妥协"的条件，袁世凯回电一口拒绝。5月下旬，谭人凤、王芝祥、伍廷芳和岑春炫的代表蓝建枢等到京，分别面见袁世凯。袁绝口否认有违法情事，并声称："今日非调和南、北问题，乃系地方不服从中央，中央宜如何统一问题。""宋案候法庭裁决，借款听国会解决，国会议决要如何便如何，我何违法之有？"态度非常强硬。6月初，汪精卫、蔡元培从国外回国，立即参与"调解"活动，提出如下几项妥协方案：（1）国民党仍选举袁世凯为正式总统；（2）袁世凯暂不撤换皖、赣、粤、湘四省国民党都督；（3）坚持宋案法律解决，而追究罪名仅至洪述祖、应桂馨为止，不再向上追究。这个妥协方案，实际上意味着向袁世凯屈服。但即使如此，仍不能为袁世凯所接受，袁决心以武力消灭国民党。6月9日，袁借口李烈钧反对善后借款是不服从政府，悍然下令撤销其江西都督职务；14日和30日，又下令撤销广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚职务。李、胡、柏三督是当时国民党握有实力的重要人物，袁世凯撤免三督是向国民党进攻的开始。
月初，孙中山在上海再次召开军事会议，黄兴等为大势所迫，放弃"法律解决"的主张，一致决定兴师讨袁。李烈钧在孙中山支持下决心返江西兴兵讨袁，其他地方的革命党人也表示将举兵响应。自袁世凯免国民党三督职务的命令下达后，北洋军李纯部已于7月5日开赴九江，在沙河镇与原李烈钧部下林虎部发生冲突，林部被迫退往湖口。当李烈钧8日自上海潜抵湖口时，李纯部已兵临九江城下。12日，袁世凯任命李纯为九江镇守使。同日，李烈钧在湖口宣布独立，并以江西讨袁军总司令的名义发布讨袁檄文，正式兴兵讨袁。檄文揭露袁世凯"暗杀元勋，弁髦约法，擅借巨款"等罪行，宣布以"保卫共和，驱除民贼"为目的，指出赣省之战，是"反对专制"的正义战争，号召国民"亟起自卫，与天下共击之！"还向各属及人民通电宣布约法三章："一、誓诛民贼袁世凯；二、巩固共和政体；三、保障中外人民生命财产。"当天拂晓，李烈钧讨袁军向沙河北洋军发起猛攻，"二次革命"正式爆发。首先起而响应的是南京。7月14日夜，黄兴潜往南京组织江苏讨袁军，15日率南京高级将领迫使江苏都督程德全宣布独立，黄兴被程任命为江苏讨袁军总司令，随即以江苏讨袁军总司令名义发出通电，宣告："法律解决，既经无效，仍不得不诉之于武力，作最后之解决。"又发布"督师文"，表示决心率"吊民伐罪"之师，"努力驱驰，不除袁贼，誓不生还"。此后，徐州、镇江、无锡、常州、苏州、松江、清江等地相率竖旗独立。7月17日，安徽宣布独立，柏文蔚被举为安徽讨袁军总司令。18日，上海宣布独立，陈其美为上海讨袁军总司令。同日副都督陈炯明宣布广东独立。19日，福建宣布独立，以许崇智为讨袁军总司令。25日湖南都督谭延阎被迫宣布湖南独立。8月14日，川军第三师师长熊克武任四川讨袁军总司令，在重庆宣布独立。革命党人张百祥在川西组织讨袁军，自任全蜀民军总司令。21日，袁世凯发布了一个千余言的公报，宣布"讨伐令"，诬蔑李烈钧等"破坏民国统一"，扰害地方治安，并声称：政府为"整肃纪纲，维持国本"起见，"不得不以兵力勘定"。孙中山先生是"二次革命"的领袖和策动者，他在袁世凯发布"讨伐令"的次日，即致电袁世凯，痛斥其刺杀宋教仁、非法签订"善后借款合同"等罪行，指出袁氏"舍辞职外，决无他策"，"为公仆者受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拚；杀一不辜以得天下，犹不可为，况流天下之血以从一己之欲！"又警告说："若公必欲残民以逞，善言不人，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主专制之决心，反对公之一人。义无反顾！"同日发表《告全体国民宣言》，并向北京参、众两院、国务院、各省都督、民政长官等发出通电，号召"以民命为重，以国危为急"，共同敦劝袁世凯"早日辞职，以息战祸"，若袁氏"执拗不听"，"必欲牺牲国家与人民以逞一己之业"，则应同仇敌忾，奋起讨袁。电文表明孙中山高举民主共和的旗帜，誓与袁世凯一决雌雄的坚强决心。
"二次革命"开始后，南方七省区相继独立，表面上一时颇有声势，但双方力量对比，袁世凯军事力量明显地占有优势。江西和南京是袁世凯进攻的两个主要目标，也是"二次革命"的主要战场。7月12日晨，江西讨袁军林虎部以一团兵力猛烈攻击沙河北军的左翼，首先打响了战斗。讨袁军初战取胜，毙伤北洋军120余名，占领沙河。但很快北洋军增援部队赶到，大举猛攻，相持10余日。23日晚开始，北洋军兵分三路，大举进攻湖口，讨袁军曾顽强抵抗，终于抵敌不住，不得已放弃湖口，25日湖口失陷，李烈钧败走。8月18日南昌陷落，江西讨袁军失败。江苏方面，黄兴到南京后，遇到军队不听调遣、军饷无着等种种困难；程德全一宣布独立，马上逃到上海，不与黄兴合作，所以讨袁军很快失败，被迫放弃徐州、蚌埠，退守浦口。7月25日，程德全公然声明南京独立的一切电文都是黄兴借用他的名义发出的，并诬称黄兴曾向他下跪，乞求其宣布独立等情，要求黄兴取消讨袁名义，"投戈释甲，痛自引咎，以谢天下"。又于28日向南京军界发出取消独立的密电，并令捉拿黄兴。黄兴原拟死战，受此打击，怨愤万分，竟企图自杀，经部下规劝，于当日夜乘日轮离宁赴沪，转赴日本。次日，代理江苏民政长蔡寅等宣布取消独立；8月8日国民党员何海鸣在南京发动兵变，自任江苏讨袁军总司令，再次宣布独立，但仅6小时即被已经投敌的第八师师长陈之骥（冯国璋女婿）拘禁，很快又被下层士兵所释放。11日，何海鸣第三次宣布南京独立，奋力抵御袁军，直坚持到9月1日，南京终于被张勋、冯国璋所率北洋军攻占。南京城陷后，北洋军纵兵抢掠三日，使南京人民的生命财产蒙受巨大损失。在南京保卫战期间，讨袁军各个战场纷纷失利。安徽由于第一师师长胡万泰为袁世凯所收买，于8月7日取消独立；上海陈其美于8月13日放弃吴凇；同日，福建、广东、湖南也自行宣布取消独立；9月14日，熊克武在重庆失败，讨袁军失去最后一个据点，"二次革命"至此完全失败。
"二次革命"是一场资产阶级革命民主派保卫民主共和制度的战斗，虽然很快遭到失败，但它仍然是对袁世凯独裁统治的一次冲击。"二次革命"的历史证明了单纯通过议会斗争的途径以取得政权的道路是行不通的，中国革命必须走武装斗争的道路，这是中国革命的客观规律。"二次革命"的优点在于它继承了辛亥革命武装斗争的光荣传统，即使未能取得胜利，却使革命的火种得以保存，为今后革命的复苏和发展准备了条件。"二次革命"失败的根本原因仍然是中国资产阶级及其政党的软弱性和妥协性。民国成立以来，他们一再忍辱退让，期望用调和妥协的方法来换取袁世凯的善意，维持一个所谓共和的局面，结果只是更加涣散了自己的阶级队伍和战斗意志，以致在推翻清朝后，整个资产阶级即迅速"转向为背"，抛弃革命，渴望稳定、和平，要求兴办实业，发展资本主义经济，从而使革命民主派失去本阶级的支持，不堪封建势力一击。兼之革命党人和讨袁军方面未能形成一个坚强的政治领导核心和统一的军事指挥中心，思想分歧，内部涣散，意志不能统一；战略上各自为战，步调不一，容易被敌人各个击破；忽视与人民群众斗争的配合，形成单纯军事冒险等等具体原因，"二次革命"的失败不可避免。
交通系
交通系是北洋军阀统治时期的政治派别，但它既无正式的组织形式与领导机构，也无宗旨、政纲，更无具体的政见。它人数不多，没在政坛上有过多少直接的政治表演，但对这一阶段的政争与政潮演进却有影响。
交通系的形成是与清末铁路事业的发展联系在一起的。19世纪70年代末开始，帝国主义展开了对中国路权的争夺，投资筑路。清政府也开始借款筑路。到1911年清亡为止，中国已有铁路9600多公里，因管理路政的需要，清政府于1905年设立了铁路督办大臣，次年设立邮传部，并设了铁路总局，梁士诒任局长，叶恭绰佐理局务。清末的轮、路、邮、电四政中，铁路的收益最丰厚，梁士诒也因此获得"财神"的称号，权势日重。1907年，梁奏请设立了交通银行，经理四政收入及铁路借款，梁的权势进一步膨胀。到1911年，铁路总局管辖的铁路有京汉、京奉、京张、沪宁等11条。梁利用其对路政和交通银行的把持，大批安插亲信，并与帝国主义相勾结，形成了以梁士诒、叶恭绰、朱启钤、龙建章、关赓鳞、赵庆华等人为核心的一股势力，这便是交通系的起源。
年武昌起义爆发，清政府重新起用袁世凯，梁士诒成为袁世凯窃取革命果实的积极参与者，他不但参与筹划，还直接参加北洋势力的逼宫活动。因为梁为袁篡权立了大功，袁就任临时大总统后，即任命梁为总统府秘书长。1912年5月，梁出任交通银行总经理，叶恭绰为副经理。交通系权势急剧扩张。1912～1916年，梁两度代理财政部务，周自齐两次出任财政部长，朱启钤连任三届内阁的内务总长。
交通系是袁统治的财政支柱。梁把持的交通银行享有代理国库、发行钞票的特权，交通系竭力为袁效力。1913年，善后大借款后，梁代理财政部务，发行国内公债2500万余元，提出国币条例，统一国内币制，将全国铁路统归交通部管理。这些活动为袁独裁专制提供了财政基础。1913年9月，在袁的授意下，梁士诒、一叶恭绰等人发起组织公民党。公民党的成员主要是交通系政客，交通部的职员几乎全数加入。公民党完全是袁的御用党，它的全部活动就是使袁尽早当上正式大总统。袁当上了大总统，公民党便无形解散了。
交通系把持财政、干预外交，各省军政要人进京活动也要走梁的门径。引起了袁手下一批官僚政客的不满，袁对交通系渐生疑忌。袁在登基仪式大总统宝座并解散国会后，便开始削弱交通系的权力。1914年5月，袁改内阁制为总统制，任命徐世昌为国务卿，取消了总统府秘书长一职。将由朱启钤兼任的交通总长职位给予梁敦彦，将周自齐由财政总长改任农商总长，不久，在梁敦彦的压力下，叶恭绰又辞去交通次长职务。交通系有几十人被免职或改任。1915年6月，袁世凯指使亲信发动铁路大惨案，叶恭绰、赵庆华、张弧等交通系要人牵涉案中。以周学熙、杨士琦为首的一批皖系政客趁机对交通系大加攻击。
为重振旗鼓，交通系变换方针，一方面由亲英美，转向亲日；一方面许愿为袁称帝提供经济援助，以运动收买之资。1915年9月，梁士诒策动发起"全国请愿联合会"，从筹安会手中抢过了拥戴的旗子，向参政院请愿。袁世凯帝制活动的花销，都由交通银行提供。交通系为袁世凯称帝鞍前马后奔走，所以东山再起，重为袁所任用倚重。周自齐与叶恭绰官复原职，朱启钤任大典筹备处处长，梁士诒准备出任"洪宪朝"的第一任宰辅。
袁世凯帝制的垮台，给予交通系沉重一击。1916年4月22日，由段祺瑞组阁，交通总长由亲日派分子曹汝霖担任，这是新交通系的发端。6月，袁世凯死去，南北重新统一，梁士诒、周自齐、朱启钤作为帝制祸首被通缉，逃到香港，曹汝霖在交通部门大量裁撤属于梁、叶一派的人员，任用自己的亲信。1917年7月张勋复辟失败后，段祺瑞再度组阁，曹汝霖再度出掌交通系，还一度兼任财政总长。在曹的经营下，很快形成了以曹和陆宗舆、章宗祥、曾毓隽、丁士源、吴乃昌为首的官僚政客集团，时人称之为新交通系。原来的梁士诒、叶恭绰一伙，被称之为旧交通系。
梁士诒等人失败后，旧交通系并没有迅速瓦解。由于经营多年，盘根错节，又与英美有较深的渊源，新交通系无法将旧交通系势力完全清除。新旧交通系明争暗斗。交通次长叶恭绰对曹汝霖、陆宗舆的活动多方掣肘，而曹、陆对叶也极力排挤打击。"凡一公事，总长准者次长必驳，总长驳者次长必准，及之次长之所准驳者，总长亦反其道而行之。"
为东山再起，旧交通系一面向皖系拉关系，一面也积极投靠日本。段祺瑞在天津组织讨逆军时，梁士诒曾垫资100万元，作讨逆军总司令处的临时经费。1918年2月，冯国璋下令取消了对梁士诒、周自齐、朱启钤等人的通缉。6月，梁士诒出任交通银行董事长。8月，安福国会开幕，梁被选为参议院议长，朱启钤为副议长，不久周自齐任币制局总裁，叶恭绰任实业专使，梁、叶将安福国会中的旧交通系议员50余人组成一个政团"侨园"。旧交通系似乎有中兴的气象，但实为回光返照。旧交通系的骨干人物，如周作民、胡筠、钱信云等人，早已投靠新交通系，交通部门的实权并不在梁、叶等人的手中。
第一次世界大战结束后，中国政局发生变化，导致了新旧交通系的没落。中国在巴黎和会外交的失败，曹汝霖、陆宗舆、章宗祥成为众矢之的，北京政府将3人免职。1920年7月直皖战争爆发，皖系失败，直系和奉系控制了北京政府。日本为扶植奉系，旧交通系的周自齐和叶恭绰又出任财政总长与交通总长。1921年12月，在日本的支持下，奉系又拉出梁士诒等组阁，周自齐长交通、张弧长财政，企图再建亲日政权。1922年4月，直奉战争爆发，5月奉军失败，直系掌握了北京政府大权，随即下令通缉梁士诒、叶恭绰等人。旧交通系便在政坛上销声匿迹了。
"第一流内阁"之登台与瓦解
"第一流内阁"，1913年9月组成的以熊希龄为首的进步党与北洋派联合内阁，因国务总理熊希龄、阁员梁启超、汪大燮、张謇等都是当时社会名流，故此届内阁被称为"第一流经验与第一流人才内阁"，简称"第一流内阁"或"名流内阁"。