宋案发生后，参与策划的国务总理赵秉钧为逃避舆论谴责，被迫"请假"，国务总理职务由段祺瑞代理，各部总长也七零八落，内阁成员残缺不全。1913年7月底以后，北洋军对南方用兵节节胜利，调整政府机构提到日程上来。袁世凯希望能由他的北洋派老搭档徐世昌担任国务总理，但因遭到国民党议员和部分进步党议员的激烈反对，徐不肯贸然出山，只得作罢。求其次，袁想借重进步党，因为该党在宋案及大借款问题上采取偏袒袁世凯的态度，继而又支持袁镇压"二次革命"，袁于是选择进步党人熊希龄出组内阁，认为"以党杀党，可减少反响"；且拉拢进步党，对于以后利用国会选举正式大总统和最后战胜国民党都是非常有利的。国民党在"二次革命"失败后，已然失势，正想靠进步党提携，所以对进步党组阁抱欢迎态度。7月31日，袁世凯正式任命熊希龄为国务总理。熊希龄，字秉三，湖南凤凰人，故人称熊凤凰。进士出身。戊戌维新运动时，曾助湖南巡抚陈宝箴举办新政，并担任长沙时务学堂总理，聘请梁启超为中文总教习。戊戌政变后被革职，禁锢于家。1905年充任清廷出洋考察宪政五大臣参赞，回国后历任奉天农工商局总办、盐运使、东三省清理财政监理官等职，有"理财能手"之誉。民国成立后，加入章太炎组织的中华民国联合会，后改为统一党，为理事之一。1912年任唐绍仪内阁财政总长、旋解职，12月被任为热河都统。5月进步党成立时，被推为名誉理事。支持袁世凯，反对国民党，是他的基本政治态度。但是被袁任命组阁，颇使他感到意外，曾以其个人"性质与暴徒（指以孙中山为首的革命派）、官僚皆不合"为理由，向袁提出辞呈。袁不允，复电召其"来京一行，计议大局"。7月20日，熊人京，复与进步党领导人筹商进退。进步党领袖梁启超认为组阁是扩张党势、实现进步党宪政理想的大好时机，极力怂恿熊就任，并表示自己愿任财政总长，共同筹划建国大计。但袁世凯仅把进步党人作为他的政府的陪衬，把熊希龄内阁视为过渡性政府，并不想把实权交给进步党人。所以熊一到北京，袁就把一张拟好的总长名单交给他，要害部门都由北洋派占据，仅空下农商、司法、教育3个闲职请熊希龄物色人选。财政总长袁安排了周自齐，而不肯任用梁启超，令熊改任梁为教育或司法总长。梁启超愤而不就，曾亲见袁世凯面辞。后以折衷办法解决：熊希龄自兼财政总长，改任周自齐为交通总长；熊又亲自与梁洽谈多次，坚请其人阁，谓："以公既不出，则张季直（謇）、汪伯棠（大燮）皆牵连不出，熊内阁势将小产，此时进步党将持何态度？又如公等均不出，熊内阁纯以官僚组织成之，舆论必不满意，此时进步党又将持何态度？"故"为进步党计，公亦不可不出"。梁只得答应任司法总长，但提出以"如将来对于党中所提出之政策和主张失败即行辞职"为条件，说明进步党即使组织与北洋派的联合内阁也是经过斗争的。最后确定的内阁成员为：外交：孙宝琦；财政：熊希龄；交通：周自齐；内务：朱启钤；陆军：段祺瑞；海军：刘冠雄；农商：张謇；司法：梁启超；教育：汪大燮。9月11日，国务员名单经国会通过，并由袁世凯任命。阁员9人中，进步党4人，北洋派5人。为北洋派与进步党的联合内阁，其实质是地主资产阶级联合政权。
熊希龄内阁的上台，是进步党的黄金时代。进步党人当时雄心勃勃，欲以共和为前提，通过联合袁世凯，与地主阶级结成联盟，建立强固的中央政权；并在此基础上，实行政治改造，把国家引向资产阶级宪政轨道。梁启超为内阁起草了《政府大政方针宣言》，熊希龄一上台即率全体国务员出席国会，郑重宣布大政方针，不久又在全国各大报纸正式刊布。《政府大政方针宣言》对外交、军政、财政、实业、交通、司法、教育各项大政都作了规划。在政治上，贯彻资产阶级法制精神，建设法治国，即实行责任内阁制；司法独立；重视教育；军民分治，废省改道；整顿吏制，严格考试制度；实行县、城镇乡两级地方自治。经济上，提出了一整套发展资本主义、繁荣经济的计划：一为整顿财政，从治标、治本两方面着手。其治标之策，强调政府须严格控制预算，量人为出；治本之策，提出改正税制，整理金融，统一货币，改良国库。二为发展实业，强调奖励私人工商业，制定工商法规等等，体现了浓重的资产阶级色彩，称得上是一个建设资产阶级共和国的纲领。表明梁启超、熊希龄、张謇等进步党人在建设资产阶级国家方面，确想有一番作为。但是他们的方针、他们的理想，均与袁世凯北洋集团的真实意图相抵触。袁的政策是要扩张官僚资本主义经济势力和建立封建军阀独裁政治，熊内阁的许多政策严重触犯了袁氏集团的政治经济利益，必然为袁世凯为首的军阀官僚所不容。如政治上熊内阁提出的责任内阁制，最为袁所忌恨；军民分治、废省改道方针必将大大降低握有军权的各省疆吏的权力，为各级北洋军阀所绝对不能接受；司法独立也与袁氏专制独裁水火不容；地方自治更妨碍袁氏"统一军令"、"统一政令"。经济上熊内阁整顿财政的计划，对袁世凯建立独裁统治的财政体系的企图是一种威胁，并直接损害了封建军阀和旧官僚的切身利益。特别是整顿财政须节制开支，实行减政主义，军队要缩减编制，而这一点直接与北洋派扩充武力、加强实力的政策相抵触。结果是熊希龄内阁想做的事做不成，他们能做的事，就只有助纣为虐了。这届内阁所做的第一件大事便是把袁世凯捧上正式大总统的宝座。袁在镇压了"二次革命"之后，急不可待地要在1913年10月10日武昌起义两周年纪念日当上正式大总统。他等不及履行先制定宪法、再根据宪法制定总统选举法据以选举总统的正常法律程序，而于8月5日唆使北洋派19省军事长官，由黎元洪领衔发表联名通电，提出先举总统后定宪法的主张。8月30日，黎元洪又电催梁启超和汤化龙，说只有先选总统，"方足以定人心，固国本"。梁启超等进步党人最初也曾主张先定宪法、后举总统，这时在内外压力之下，改变初衷，附和先举总统后定宪法的主张，并主动与国民党议员反复协商，终于取得一致意见，9月5日，国会顺利通过此议，使袁如愿以偿。此后，袁便不再需要国会，当年11月下令解散国民党，收缴国民党议员证书，使国会不足法定人数。1914年1月下令停止参、众两院议员职务，至此第一届国会被解散。2月，又下令停办各省地方自治会，解散各省议会。熊内阁的全部"政绩"便是恭顺地副署了袁世凯这一切破坏资产阶级民主制度的违法命令，帮助袁氏消除了国民党在国内的残余力量，将作为民主共和制度象征的第一届国会送终。在这一点上，熊希龄内阁比进步党走得更远。在国会闭会期间，进步党还曾发表过"维持国会"的"通告"，要求袁世凯政府必须于本年内召集国会；宪法必由民选机关制定。11月17日和12月3日，包括进步党人在内的众议院议员194人和参议院议员61人分别联名向袁政府提出质问，众议院议员气愤地指出："民国不能一日无国会，国会议员不能由政府取消。"并质问说："不知政府毅然出此，根据何种法律？"直至12月23日熊内阁才予复书，竞谓："对于不足法定人数之议员非法所提出之质问书，应不负法律上答复之义务。"熊希龄本人更为袁世凯辩解说，这是大总统为"挽救国家之危亡，减轻国民之痛苦"的紧急措施，是为了"巩固真正之共和，宣达真正之民意"。正因此，熊希龄内阁遭到社会舆论的抨击，被称为"帮闲内阁"，从此它便以袁世凯封建独裁势力帮凶的面目永远被钉在历史的耻辱柱上。尽管如此，进步党和熊希龄内阁仍然逃脱不了被袁世凯遗弃的命运。当初袁世凯不过是把这届内阁作为通向他建立封建专制独裁统治的一种过渡，国会被解散以后，责任内阁本身就成了他实行封建独裁的障碍，不时地抱怨"内阁办事太迟缓"，必欲一脚踢开而后快。从1914年1月下旬，北洋集团就开始叫嚣废除国务院，实行总统制，并由安徽都督倪嗣冲首先发难，通电倡议修改约法，改行总统制；其他各省都督、民政长群起呼应，说什么"若实行内阁制，俾元首退处无权，何异困蛟龙于沟壑，击麟凤以钳铁"，"项城袁公，绝世之才，中外俱瞻"，应"使大总统以无限权能展其抱负"。这些叫嚣不绝于耳，使熊希龄席不安枕；加以财政困难无法解决，遂于2月3日在国务会议上提出辞职，9日正式向袁世凯上辞呈，袁准免其财政总长兼职。12日熊再上辞呈，求免国务总理职务，袁照准。接着，梁启超、汪大燮也连上辞呈，"第一流人才内阁"至此瓦解。袁世凯为敷衍进步党人，又任命熊希龄为煤油督办，梁启超为币制局总裁兼参政院参政，汪大燮为参政院副院长，张謇为水利局总裁，原担任众议院议长的进步党领导人汤化龙被任为教育总长。这些进步党人士虽对袁世凯满腹牢骚，怨愤不已，但仍对他抱有幻想，以为只要袁不放弃民国招牌，实行"开明专制"，以后总还会有他们的出路，因此都分别赴任。显然，此时尚未到进步党与袁世凯分道扬镳的时候。
满蒙五路换文
满蒙五路换文指1913年秋袁世凯政府为取得日本对其政权的支持，不惜出卖中国路权，把满蒙五路的铁路借款权拱手送给日本，使日本把政治、经济、军事侵略势力渗入满蒙的内陆地区。
中国的东北地域辽阔，物产丰饶，资源丰富。但东北河流少，物资运输主要靠陆上交通。日本对东北觊觎已久，在清末时就攫取了南满铁路的修筑权，开始渗入东北南部地区，随着日本****势力的发展，日本侵略者把中国东北视为其日后称霸世界、灭亡中国的侵略基地，对东北的渗透不断加强。
年，日本得知英、法列强企图在东北修筑铁路的消息后，十分恐慌，害怕西方列强的插足会损害日本帝国在东北的利益，影响日本今后对整个东北的扩张计划。日本为抵制列强势力向东北的渗透，以建筑南满铁路外的并行线将会损害日本帝国的利益为由，不同意其他列强在东北修路。同时，日本政府又对袁世凯政府施加压力，利用中国发生"二次革命"、局势动荡、袁世凯急于得到日本承认的心理，把日本承认中华民国的问题硬与满蒙五路问题扯在一起，逼迫袁世凯政府让步。所谓满蒙五路问题，实为日本打算在东北建筑五条铁路，进而把侵略势力由南满地区延伸扩大到整个东北地区。这五条铁路为：四平街经郑家屯达洮南；开源至海龙；长春至洮南；洮南至承德；海龙至吉林，共长1546公里。这些铁路如筑成，则与南满铁路构成四通八达的铁路网，日本侵略势力便可覆盖整个东北，还延及热河地区。
月中旬，中日双方就满蒙五路问题开始谈判，中方负责人是交通总长朱启钤，日方负责人是横滨正金银行董事小田切万寿之助。会谈中，日方以承认中华民国为条件，迫使袁世凯政府让步。当时，袁世凯正集中全力进攻南方革命势力，镇压"二次革命"，对日本的威逼忍气吞声，唯恐得罪日本。加上北洋军在进攻国民党军时，烧杀抢掠，祸及平民，连兖州、汉口、南京等地的日本侨民也有遭北洋军抢掠的，北洋军在南京还误杀了3个日本侨民，引起日本政府的抗议。这些突发外交事件使袁世凯感到惊恐，对日本的凌厉外交攻势妥协退让，唯恐日本乘机扩大事态，利用南京事件作文章，不支持他的政权。日本看透了袁世凯为了自己的荣华富贵和飞黄腾达，不惜出卖民族利益的卑劣本性，便借机对袁世凯威吓，声称如不同意满蒙五路让给日本修筑，日本定不承认中华民国。袁世凯在日本的压力下，满足了日本针对满蒙五路问题提出的侵略要求。
月5日，日本驻华公使山座圆次郎和中国外交总长孙宝琦在北京交换了《满蒙铁路借款修筑预约大纲》的公文，内容主要有三：（1）规定中国借用日本资款筑造四平街经郑家屯至洮南府的铁路线；（2）规定了借款的办法；（3）规定中国日后如修筑洮南至承德、海龙至长春两铁路时，需要借款时须优先向日本商借。
通过满蒙五路换文，日本帝国主义实现了向内蒙地区扩张渗透的侵略愿望，为日后对满蒙地区的占领奠定了基础。袁世凯政府卖国求荣的卑劣行径，使中国的主权遭到了破坏。
中华民国第一届总统选举