4月第一届国会召开后，即着手制订宪法和选举正式大总统。按照民元《临时约法》的规定，组织政府的程序应是先产生临时总统和临时政府，再由临时总统根据临时参议院所制定的国会选举法和组织法，在10个月内召集国会，然后由国会制订出宪法，再根据宪法制订总统选举法，据以选举总统，产生政府。可是袁世凯在镇压了国民党发动的"二次革命"以后，即迫不及待地要登上正式大总统的宝座，颇嫌《临时约法》规定的产生总统的程序太繁琐，便指使爪牙极力鼓吹先选总统，后定宪法。所持理由，是说没有正式大总统，列强不承认，则中华民国在国际上立不住脚，随时有被列强瓜分或招致清室复辟的危险。国民党议员则主张按照法定程序，先制定宪法，后举总统，因为总统的权力和地位应根据宪法产生；先举总统，后定宪法，乃本末倒置，必为舆论所不容。进步党起初也主张先定宪法，后选总统。由于两党趋于一致，国会于6月底议决先定宪法，并由参、众两院推举出宪法起草委员，于7月12日正式成立宪法起草委员会，着手赶制宪法。正当此时，"二次革命"爆发，以参议院议长张继为首的一批国民党激进派议员相率南下，参与举兵讨袁，大部分国民党议员则仍留北京，幻想"以法律倒袁"。袁世凯曾一度对国会施加压力，逮捕了一批激进派国民党议员，甚至处死了几名，致使国民党议员大起恐慌，纷纷逃离北京，国会有瓦解之势。梁启超连忙上书袁世凯，要求袁发布"尊重国会令"，速发议员薪俸，以安国民党籍议员之心，勿使离散，以便借国会"使内阁通过，宪法制定，总统选出"。袁世凯立即意识到国会对他尚有用处，于是发表保护国会议员的命令，并于7月31日传询国民党本部负责人吴景濂等，限三日内将黄兴、陈其美、李烈钧、陈炯明、柏文蔚等参与发动"二次革命"的国民党领导人一律除名，则对国民党议员仍"照常保护"。吴景濂、王正廷等决议"遵政府命令办理"。故此，他一面对南方国民党用兵，一面又在北京发表保护国会和议员的命令，对国民党议员表示"宽容"。因此，正当国民党人在南方浴血奋战之时，北京的国民党议员却照常出席国会。但此时的国民党议员在袁世凯的打击、分化、瓦解、利诱之下，已分裂出一批小政团，如政友会、相友会、超然社、集益社等等，有的甚至投入进步党怀抱以求自保，所以此时国民党已完全丧失了在国会中第一大党的优势。进步党由于支持袁世凯镇压"二次革命"，受到袁的垂青，而逐渐扩充了党势，成了国会中最有影响的大党。为了进一步拉拢进步党，袁世凯于7月31日任命进步党领导人之一的熊希龄组阁，成立了所谓"第一流人才内阁"。通过这一系列纵横捭阖的手段，袁世凯初步控制了国会。为了早日攫取正式大总统职位，8月间袁指使一批议员分别向国会提出先选总统的议案，并策动由副总统、湖北都督黎元洪领衔，联合19省军、政长官联名致电参、众两院，要求两院"将一切议案概从缓议"，而"先从选举总统人手"。8月30日，黎元洪又致电进步党领袖梁启超、汤化龙，说只有先选总统，"方足以定人心、固国本"。在内外的压力下，进步党人改变了腔调，同意先选总统，后定宪法。此时国民党议员连"法律倒袁"的勇气也已丧失，只能在袁世凯划定的圈圈内，充当表决机器，所以国会于9月5日顺利通过了先选总统后定宪法案。由于国民党向进步党妥协；也由于袁世凯对国会进行压迫和干涉，引起许多议员，包括进步党议员的不满，所以进步、国民两党议员的矛盾反而日趋缓和，较易于协调一致。袁世凯恐两党接近，于己不利，故又指使亲信梁士诒以金钱和地位收买一批政客，拼凑了一个近百人的御用政党——公民党，9月7日公民党正式成立，即以梁士诒为党魁。公民党是袁世凯在国会中的打手，它成立的目的只有一个一确保袁世凯当选大总统，除此外无任何政党精神可言。所以该党成立后立即发表通电，表示拥护袁世凯为正式大总统，黎元洪为副总统。公民党虽不堪，却是权与势的象征，代表着袁世凯的意旨。因此，在公民党的鼓噪下，国会加快了选举总统的步伐。为了满足袁世凯在10月10日辛亥革命两周年纪念日登Ⅰ-JE式大总统宝座的心愿，不到一星期，宪法起草委员会即将总统选举法起草完毕，10月4日获国会通过，6日即召开总统选举会。袁世凯有进步党的支持，公民党的保驾，仍不放心，选举当天，又派出大批军警"保卫"国会。此外还收买数千名便衣军警、地痞流氓，组成所谓"公民团"，将国会会场团团围住，逼令议员选举袁世凯为大总统。根据《总统选举法》规定：大总统应由国会议员组成的选举会选举产生，选举会的法定人数由议员总数的2／3构成，候选人必须获得总票数的3／4的绝对多数才能当选。如投票两次均无人当选，则将第二次投票获票领先的两人提出作为候选人，第三次投票进行决选。本来选举袁世凯为大总统已为大势所趋，但很多议员对袁操纵选举的行径感到气愤，所以以拒绝投袁的票为消极抵制，故此经两次投票后，袁得票虽居领先地位，却未能当选。两次投票后，时已过午，议员们想回家吃饭，却被"公民团"围住大门，高呼："不选出我们中意的大总统，就休想出院！"选举会只好接续第三轮投票，将袁世凯与黎元洪二人进行决选。可怜的议员们忍饥挨饿，知道袁氏不当选，"公民团"誓不罢休，只得放弃消极抵制的想法，投票了事。结果，袁世凯终于以507票当选（到会议员共759人），"公民团"始高呼"大总统万岁"的口号，做鸟兽散。次日，又选举黎元洪为副总统。10月10日，袁世凯在清官太和殿举行了大总统宣誓就职典礼，首先按《总统选举法》的规定宣读誓词："余誓以至诚，谨守宪法，执行中华民国大总统之职务。"紧接着宣读宣言书，他引用西方资产阶级思想家的言论，强调"立宪国重法律，共和国重道德，顾道德为体，而法律为用"，但他所强调的道德，仍是"忠信笃敬"等封建道德；又对共和政体下了定义，谓"共和政体者，采大众意思，制定完全法律，而大众严守之"。强调"共和国以人民为主体"，"余愿极力设法使人民真享共和幸福，以达于乐利主义之目的"。最后又信誓旦旦地宣称："余一日在职，必一日负责！顾中华民国者，四万万人之中华民国也。"袁世凯之"逼选"总统以及他虚伪的就职宣言，堪称近代史上的一大秽闻。他爬上正式总统宝座之日，即是他开始复辟帝制之时。
英国策划西藏独立
西藏自古以来是中国领土不可分割的一部分，长期实行政教合一的统治制度。19世纪中叶，英国完成了对印度次大陆的入侵后，把侵略矛头指向西藏。目的首先是确保印度的地位不受损害，使西藏成为印度与沙俄间的缓冲地带；其次是掠夺西藏的羊毛、皮革、矿产资源，推销印度茶叶和工艺品，并通过西藏进一步向中国西部扩张。为此，英国发动了1888年和1903～1904年的两次侵藏战争，通过签订《中英藏印条约》（1890）及续约（1893）、《中英续订印藏条约》（1906）及《通商章程》（1908），英国攫取了包括开放亚东、江孜、噶大克，自由通商，派驻官员，租赁房屋，领事裁判权等侵略权益。
英军侵藏战争，加之沙俄也窥视西北，使清廷感到西藏危机。清政府不少官员主张在西藏进行改革，加强西藏与内地联系。1906年，张荫棠出任查办藏事大臣，拟定善后办法24条，主张在西藏练兵筹饷，革除苛政，发展农工商业。未及实行，张便离任。新任驻藏大臣联豫积极推行新政，设立督练公所、巡警局、学务局等新机构。在西藏改革的同时，清廷任命赵尔丰为川滇边务大臣，在藏人集中的四川西部进行改革。清廷在西藏与川西的改革，加强了西藏与内地的联系，巩固了祖国边疆。但是改革带有民族歧视意味，不易得到广大藏族人民的支持，遭到西藏上层封建农奴主阶级的反对。
英军两次侵藏后，为了消化侵略成果，避免与沙俄的冲突，英国对西藏实行"不干涉政策"，注重经济渗透和政治分化，在西藏上层人物中扶植侵英势力，拉拢和收买西藏官员，挑拨藏汉关系，制造和扩大藏汉矛盾。清廷在西藏的改革遭到西藏上层的反对，他们呈请暂缓改革，煽动各地土司头人反对改革，并直接派藏军进攻川边三岩等地。这样，清廷便决定恢复中央驻军西藏制度，派钟颖率川军人藏，以加强对西藏的控制。1910年2月12日，川军进入拉萨。在阻止川军人藏失败后，十三世达赖喇嘛偕夏札等人仓皇出逃，经亚东到达印度大吉岭，请求英国"保护"。英印总督明托、英国驻锡金政务官柏尔等人多次会见达赖，对他加以保护和支持。
武昌起义的消息传到西藏，藏局再度动荡。先是，驻藏清军因欠饷而军心浮动，军中会党分子乘机活动，有人以弃藏回川为号召煽动起事。1911年11月13日，郭元珍、何光燮等人发动兵变，囚禁联豫，推钱锡宝为首领。不久被钟颖击散。其后，钟颖主持藏政，拉萨局势稍稳。但不久征讨波密的军队在撤退途中闹事抢劫，与藏军发生冲突，涉及江孜、日喀则等地。1912年3月，拉萨市内的汉藏冲突亦因驻军抢掠寺院而升级，双方开战。英国极力插手汉藏冲突，企图把西藏从中国分裂出去，在英国的怂恿和策动下，所谓西藏"独立"的喧嚣愈演愈烈。
辛亥革命爆发后，卸任不久的英印总督明托与达赖密谈。随后达赖遣派的官员潜回西藏进行煽动，达赖的内侍达桑占东负责组织军事叛乱。他组织了一支一万多人的藏军，自任总司令，1912年3月开始向江孜驻守清军进攻。经英国驻亚东商务委员麦克唐纳的"调停"，江孜清军被迫交出武器弹药，取道印度回内地。接着，日喀则的驻军也遭同样命运。4月起，达桑占东调集各路叛军围攻拉萨，与守军激战。英国声援藏人，拒绝向守军出售粮食，守军在缺乏粮食弹药的条件下，被迫接受英人"调停"，和藏军议和，将弹药交出，经印度回内地，并赔偿兵变损失，只驻藏大臣留驻拉萨。9月，驻藏清军陆续返回内地。11月，达赖强令留藏所有官员必须于11月10日前离开西藏。钟颖及其卫队被迫离开拉萨，移驻靖西，次年3月回内地。至此，所有驻藏官员及军队均被西藏上层亲英分裂主义势力驱赶出境。
年6月，达赖在英军的护送下，从噶伦堡启程回藏。在欢送仪式上，英国官员表示：在中国维持对西藏的宗主权而不进行干涉的条件下，看到西藏内部自治，他们期望达赖喇嘛能尽其一切力量，达到目的。由于得到英国的支持，西藏亲英分裂主义势力更为猖狂。他们挑动民族仇限，煽动要把汉人驱逐干净。在藏边，藏军东进，切断川藏交通，到6月中旬，藏军先后攻陷江卡、盐井、理塘等地，包围了察木多、康定等地，直接威胁川、滇两省的安全。
年初，达赖派德尔智潜赴库伦，与沙俄卵翼下的外蒙当局密谈，签订了所谓"蒙藏条约"，议定双方相互承认脱离中国而"独立"，互相援助。因此，西藏分裂主义势力又得到了沙俄的支持。西藏问题成了困扰北京政府的一大边疆问题。北京临时政府决定对藏政策是剿抚结合，先剿后抚。1913年7月，川督尹昌衡亲率川军2500人从成都出发。8月，川军兵分两路，南路收复河口、理塘，北路解察木多、巴塘之围。同时，云南都督蔡锷派遣的一支军队收复了盐井等地。到8月底，川边失陷之地基本收复。
川、滇军队节节胜利，使西藏分裂主义势力的后台老板英国忍耐不住了。它放弃了所谓"不干涉政策"，开始公开干涉中国内政。8月17日，英国正式向中国提交照会，声明五点：（1）英政府不允中国干涉西藏内政；（2）反对华官在藏擅夺行政权并不承认中国视西藏与内地各省平等；（3）英国不欲允准在西藏境内存留无限华兵；（4）以上各节先行立约，英方将承认之意施于国民；（5）暂时中藏经过印度之交通应视为断绝。英国的照会是对中国的干涉。英国深知袁世凯政府迫切要求得到列强承认和借款，不敢贸然与英绝裂，才有此举。9月6日，朱尔典在与外交次长颜惠庆的会谈中，威胁说：如果中国政府不令川滇军停止西进，英国不仅不承认中国政府，且将以实力助藏独立。在此之前，袁世凯与朱尔典的会谈中，袁已承诺中国无意将西藏改为行省意。面对英国的强硬态度，北京临时政府终于改变了立场。8月30日，国务院电令尹昌衡，"切不可冒昧轻进，致酿交涉，摇动大局"。9月12日，又令尹昌衡，"该军已到察木多之队，务饬切勿过该处辖境"。滇军也奉命暂缓进军。这样，川、滇军基本上停止于怒江一线。