年国会重开后，9月9日国民党议员组成了宪法商榷会，包含韬园、丙辰俱乐部、益友社（前身为张宅）三个政团。益友社由国民党议员中的稳健派组成，内部又隐分为以张继、王正廷、谷钟秀为首的三个小派别。
商榷系在国会中占多数，对段祺瑞的集权独裁及研究系的拥段活动加以抵制，深为段不满。段挑动北洋督军对国会施加压力，引起了商榷系议员的不安。以孙洪伊为首的韬园派议员提出将直系首领冯国璋选为副总统，联冯制段。益友社中张继、吴景濂一派也认为冯"坐镇东南，共和复活，厥功甚钜"。附合韬园派的主张。但谷钟秀、张耀曾一派对此不满。在益友社开会讨论时，双方激烈争吵。会后，谷钟秀、张耀曾一派认为张继、吴景濂等人受人利用、"不守党纪"，决定另行组织。
年11月20日，谷钟秀、张耀曾等250余人在江西会馆召开大会，宣布政学会成立，会章规定政学会以研究政务、实行改进为宗旨，最高机构为会员总会，设主席、副主席及干事会，另设财务、内务、外交、军事等科调查会。大会确定四项主义为宣言内容：（1）对于政权取恬静主义；（2）对于政治取温和改进主义；（3）对于政府取劝告监督主义；（4）对于各政团取亲善联络主义。政学会推举张耀曾为主席，谷钟秀、钮永建为副主席，《中华新报》为政学会的舆论机关，在国会中约有120个席位。
政学会是商榷系中的右翼力量，在省制人宪、对德外交方针及国会解散等政潮中，它比商榷系的其它政团更易妥协，背离以孙中山为代表的革命民主派，倾向与军阀势力勾结。
年6月张勋解散国会，多数国会议员南下津、沪。张勋复辟失败后，重掌政权的段祺瑞拒不恢复国会，孙中山坚决反对段对约法与国会的践踏，发起护法运动。原为商榷系的民友社、丙辰俱乐部、益友社及从益友社中分立的政余俱乐部议员多赴广东参加护法斗争，而政学会议员却有不少人滞留京津。1917年8月初，京津政学会发表宣言，以中立标准提出"有条件的恢复旧国会"，企图调和南北。但段祺瑞决意重造一傀儡国会，且有研究系供其驱使，无需政学会为之效劳，对政学会的调和，不放在眼中。在调解无望后，政学会议员才有部分加入非常国会的活动。
政学系南下不久，就与西南军阀陆荣廷等相勾结，将老牌政客岑春煊奉为首脑。政学系与岑、陆的勾结，既有政治的因素，又有历史的渊源。西南军阀在护法的同时，又与直系军阀暗通声息，准备妥协。政学系与西南军阀态度一致，"对于恢复国会亦认为不妥，不甚主张恢复，惟口中不敢明言耳"。谷钟秀等人也与直系督军李纯、陈光远联络，鼓吹"有条件议和"。在护国战争时期，政学系要人多任职两广都司令部和军务院，如李根源为副都参谋，章士钊为秘书长，冷遹为参议厅长，杨永泰为财政局长，钮永建与谷钟秀任驻沪军事代表和政治代表，政学系一直以陆荣廷为依托。1917年4月陆人京，张耀曾在政学会欢迎会上致词说："政学会同人与陆公关系最切，而崇拜陆公者亦最久也。政学会同仁中，或与陆公起义之前身共患难，或于起义之后亲效奔走，以故陆公之人格事业知之最真，敬之最笃。"说明政学系与军阀陆荣廷的亲密关系。
在非常国会中，政学系人数不多，但有西南军阀的撑腰，却十分嚣张，处处以军政府的反对派自居。政学系是西南军阀打击孙中山的工具，对孙中山组织军政府，他们认为为时尚早。对孙中山任大元帅，他们认为"中山为民国元勋，共和先导，其对西南应持之态度，宜遇事推功而不与争功，尽力匡扶而不为牵制，庶易于收拾人心，保持其元老之地位"。对非常国会也加以非难："盖人数即不足法定之额，则机关之意思无从表示，若强为表示，亦不生法律之效果……我日以护法为标榜，以非法责人，乃自蹈于轶法之行为。"
护法军政府成立后，陆荣廷、唐继尧拒不就任元帅之职，暗中策划另立机关，与军政府分庭抗礼。1918年1月15日，陆荣廷、唐继尧等在广州发起成立了西南联合会议。20日，公布了《护法各省联合会议条例》。联合会议名义上是"为拥护约法、保障国会，征讨祸首、戡定内乱，巩固统一之基础，敦促宪法之成立"。而组织，但从其条例来看，它却俨然为与军政府抗衡的另一政府。政学系是这一阴谋的策划者和参与者。岑春煊居于幕后，派人游说，密函疏通。汤漪等人则在非常国会中大肆鼓吹："欲谋统一大计，西南义军应设联合大会，俾团结各方实力，为一致之主张。"联合会议的条例即是汤漪的手笔。
西南联合会议成立后，孙中山、章太炎等人予以坚决抵制和揭露。各省代表及滇军部分将士一致强烈反对。被推为外交总代表的伍廷芳和军事总代表之一的程璧光也拒不就职。联合会议只好草草收场。政学系并不甘心，又策划了改组军政府的阴谋，提出"将联合会与军政府并合，改为联合政府"。"所据之理由，谓军政府无实力以统一西南各省，故不得不籍此转，以期一致进行。"1918年2月，钮永建致电西南各省，提出设立统一机关为时势所趋，汤漪起草了"联合政府组织草案"，并附有说明："军政府有政府之名而亡其实，联合会议有政府之实而名不符。……兹为统一护法主要势力，将军政府与联合会议合并为一机关。"在政学系的积极鼓动下，2月2日，程璧光、唐绍仪、伍廷芳在海珠邀集军政府、非常国会、广东督军署及各省代表开会，议定军政府及护法联合会双方合并改为联合政府。会后，汤漪拟定了《军政府组织大纲修正案》，中心内容是将军政府原来的单独制改为总裁合议制，取消大元帅一职，设政务总裁若干人组织政务委员会，总裁地位平等、责任相同。护法各军派出代表组成联合会议统筹作战计划，其议决事件由政务委员会执行。唐继尧、刘显世、程潜等人致电赞成。
孙中山坚决反对改组军政府，号召尊重国会、拥护约法。为了揭露政学系与西南军阀的阴谋，孙拟于4月11日"邀集议员诸君茶话，说明意见"。但非常国会中的多数派益友社议员在政学系的拉拢利诱下，竟抢在4月10日召开会议。会上，政学系议员李述膺、李白芳、与益友社议员诸辅成、邓元等43人提出改组军政府组织案，获多数赞成，交付审查会审查。在11日的茶话会上，孙中山严正指出："军政府视国会如君父，国会之决议，军政府无不服从。顾如昨日所提议之改组军政府，为军政府本身之存亡问题，而国会事先绝未征求军政府意见，径行提议而付审查，揆之事理，宁得为平？且以法律而论，约法规定为元首制，夫今欲行多头制。又军政府组织大纲明明规定本大纲于约法效力完全恢复，国会完全行使职权时废止，无修改之明文，今日何以自解。""改组即是使护法根本动摇。"在5月4日的国会非常会议上，有人提议将改组案"候至正式国会成立再行提议"。政学系议员却辩称，原军政府组织大纲制度不良，需要修正，政务会议是战时内阁的变通，不是多头政治。任何法律均可修正。5月7日，非常国会召开改组案的二读会，孙中山为抗议政学系与西南军阀的阴谋已辞去大元帅职，居正在会上宣读辞职书。民友社议员秦广礼等人提议缓开二读会，先讨论孙中山辞职问题，并通电各省挽留，政学系议员却蛮横表示：坚持二读会不能变更，并以退席要挟。由于政学系及桂系的运动，非常国会竟于5月18日通过了军政府组织法。20日又选举政务总裁7人，随后，陆荣廷、唐继尧等人又将岑春煊推为主席总裁。21日，孙中山愤而离粤赴沪。政学系的阴谋得逞，护法运动被断送。
改组后的军政府为陆荣廷和政学系把持，政学系要人任以要职，李根源任参谋长，章士钊任秘书厅长，王有兰为总务厅长，冷通曲内务次长，文群为财务次长，汤漪、彭允彝等为军政府参议，金兆梭、李述膺等为军府秘书。在1919年的南北和议中，南方的11名代表中，政学系占了5名。
然而，政学系好景不长。1918年9月，旧国会在广州召开正式会议，继续审议宪法，政学系议员与益友社、民友社议员发生尖锐矛盾。政学系便以各种手段抵制宪法的制定，乃至于拒不出席会议，致使宪法会议停开。政学系在旧国会中也失去了控制力。1920年3月，李根源与李烈钧展开争夺对驻粤滇军控制权的斗争，李根源失败，政学系又少了一个武力凭借。1920年6月2日，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧联合宣言，以政务总裁不足法定人数，宣布军政府政令无效。1920年7月，直皖战争爆发，孙中山命令陈炯明率驻闽粤军回粤，驱逐桂系。1920年10月，陈炯明率军进入广州，桂系退回广西，军政府也于10月24日解散。政学系失去靠山，纷纷离粤赴京、沪。1922年直奉战争后，直系将徐世昌赶下台，推出黎元洪复位，旧国会再度恢复。政学会又组织了几个小政团，拥黎反直。1923年3月重整旗鼓，召开成立大会，县花一现。6月，直系首领曹锟将黎元洪驱逐，政学系议员因拥黎的关系也多离京，作鸟兽散。从此，政学系退出了历史舞台。